DFGSM-3/Bactériologie 2016-2017 Bactéries des infections respiratoires hautes et basses et quelques espèces apparentées hors Respiratoire Bactéries des infections respiratoires hautes et basses et quelques espèces apparentées objectifs - Connaître la flore commensale normale des voies respiratoires - Comprendre l’influence du biotope respiratoire sur : le type de bactéries potentiellement responsables d’infections l’analyse bactériologique et ses résultats - Connaître les principales espèces responsables d’infections respiratoires, et : leurs principales espèces apparentées la pathologie extra-respiratoire de toutes ces espèces Bactéries des infections respiratoires hautes et basses et quelques espèces apparentées 1 - Flore du tractus respiratoire hors Respiratoire 2 - Infections respiratoires hautes espèces commensales - Streptocoques A (C, G…) - Streptococcus pneumoniae - Haemophilus influenzae espèces pathogènes obligatoires - Bordetella pertussis - Corynebacterium diphtheriae et pathologie extra-respiratoire et autres corynébactéries 3 - Infections respiratoires basses - Pseudomonas aeruginosa - Legionella pneumophila - Chlamydia pneumoniae - Mycoplasma pneumoniae - Mycobacterium tuberculosis et autres Pseudomonaceae et autres Chlamydiae et autres mycoplasmes et autres mycobactéries : M. leprae M. avium M. intracellulare M. ulcerans M. marinum 1. flore du tractus respiratoire VARS : espèces de la flore bactérienne commensale Oro-pharynx : 108 – 109 bact. / mL de salive espèces permanentes staphylocoques, streptocoques (H) corynebactéries Neisseria Haemophilus spirochètes entérobactéries anaérobies … espèces transitoires N. meningitidis S. aureus S. pneumoniae S. pyogenes C. diphtheriae H. influenzae K. pneumoniae P. aeruginosa … Trachée : flore réduite (Toux, Appareil ciliaire, Immunité humorale et cellulaire) Voies basses : normalement stériles VARS : espèces de la flore bactérienne commensale Oro-pharynx : 108 – 109 bact. / mL de salive espèces permanentes staphylocoques, streptocoques (H) corynebactéries Neisseria Haemophilus spirochètes entérobactéries anaérobies … espèces transitoires N. meningitidis S. aureus S. pneumoniae S. pyogenes C. diphtheriae H. influenzae K. pneumoniae P. aeruginosa … Trachée : flore réduite (Toux, Appareil ciliaire, Immunité humorale et cellulaire) Voies basses : normalement stériles … et espèces pathogènes Pathogènes opportunistes tous … transitoires +++ permanentes + Pathogènes obligatoires B. pertussis C. diphtheriae (tox+) C. pneumoniae M. pneumoniae B.K. Legionella VARS : espèces de la flore bactérienne commensale Oro-pharynx : 108 – 109 bact. / mL de salive espèces permanentes staphylocoques, streptocoques (H) corynebactéries Neisseria Haemophilus spirochètes entérobactéries anaérobies … espèces transitoires N. meningitidis S. aureus S. pneumoniae S. pyogenes H. influenzae K. pneumoniae P. aeruginosa C. diphtheriae … Trachée : flore réduite (Toux, Appareil ciliaire, Immunité humorale et cellulaire) Voies basses : normalement stériles … et espèces pathogènes Pathogènes opportunistes tous … permanentes + transitoires +++ Pathogènes obligatoires B.K. Legionella B. pertussis M. pneumoniae C. pneumoniae C. diphtheriae (tox+) 2. Inf. respiratoires hautes angines, rhinopharyngites, sinusites, otites Des germes de la flore commensale - Streptocoque A (C, G…) - Streptococcus pneumoniae, - Haemophilus influenzae, Des espèces pathogènes obligatoires - Bordetella pertussis (coqueluche) - Corynebacterium diphtheriae (diphtérie) Présenté par : Pr. Pauline BOUTOUX Streptococcus pyogenes chaînettes Genre Streptococcus - flores cutanéomuqueuses - cocci Gram positif en chaînettes - exigeant (milieux au sang) - anaérobie-aéro-tolérant - 20 groupes antigéniques (polyoside C) - Capsule : adhérence, échappement hors Respiratoire S. pyogenes (= strepto A) - amygdales / porteurs sains - béta-hémolytique, groupe antigénique A - protéine M et nombreuses toxines - angines, otites, phlegmon, scarlatine - également : affection cutanées, génitales, bactériémies, choc toxique, complications post-streptococciques Diagnostic - « doctor test » : antigènes de groupe A - culture - sérodiagnostic rétrospectif Antibiothérapie - Aminopénicilline (+ macrolides) b-hémolyse Doctor test négatif positif Streptococcus pyogenes chaînettes Protéine M Capture C4b BP Capture IgA anti-opsonisation phagocytose réduite Ac. lipotéichoïque + Capsule (Ac. hyaluronique) Protéine M F Peptidoglycane Membrane plasmique cytoplasme Substances extra-cellulaires Streptolysines Streptokinases, C5a peptidase Streptodornases … Toxines pyrogéniques Mimetisme protéines de surface humaines Auto-anticorps Hors sérum : Détournement du collagène (ponts fibronectine) Aggrégats Invasion tissulaire Streptocoques Non hémolytiques Streptocoques -hémolytiques hémolyse incomplète b-hémolytiques hémolyse complète du groupe B (S. agalactiae) flore maternelle méningite néo-natale peu virulents (flore orale +++) … plus virulents du groupe A (S. pyogenes) strictement humain du groupe G (S. dysgalactiae) moins fréquent, terrain digestif animal mêmes pathologies Streptococcus pneumoniae Diplocoque capsulé Bactériologie - diplocoque - capsule (variation antigénique, vaccin) - -hémolyse - nombreuses toxines, hyaluronidase, fibrinolysine … - liées à la paroi : pneumolysine*, protéine A infection - muqueuse oro-pahryngée humaine, exclusivement - nombreux porteur sains (commensalisme, terrain) - transmission inter-humaine, sans épidémie - infection endogène (sujets fragilisés, âges extrêmes) - *réaction inflammatoire intense Pathologie - rhinites, sinusites otites … Potentiel invasif : - Pneumonie Franche Lobaire Aiguë - dissémination hématogène : - bactériémie - méningite - endocardite, péritonite, etc. -hémolyse =/ b-hémolyse Vaccin Mortalité +++ Streptococcus pneumoniae Transformation incorporation d’ADN étranger (autres streptocoques oraux +++) Transglycane ext. ADN-ligand DNAse Porine PG Mb Ct Mb Ct int. Transloquase Gènes mosaïques protéines hybrides : transpeptidases d’affinité réduite pour les b-lactamines (PSDP) Streptococcus pneumoniae PSDP Antibiotiques - Pneumocoque de Sensibilité Diminuée à la Pénicilline (PSDP) : résistance : Péni-G : CMI > 1 µg/mL + Amox : CMI > 2 + C3G : CMI > 2 co-résistances (Erythromycine, Cotrimoxazole, Tétracyclines) Vaccination - Sujets vulnérables (âge, tabac, cardio-pneumopathie, splénectomie, immunodépression) - Vaccin : selon l’âge < 5 ans (conjugué, 13-valent [PREVNAR] ; 2, 4 et 11 mois) > 5 ans (polysaccharidique, 23-valent [PNEUMO 23] ; rappel 5 – 7 ans) Haemophilus influenzae Cocco-BGN Bactériologie - coccobacille Gram négatif - exigeant : facteurs de croissance (NAD, Hémine) - VARS exclusivement - colonisation permanente infection - migration accidentelle : oreille moyenne, bronches, LCR - souches non capsulées : surinfection opportunistes locales : ORL, bronchopulmonaires - souches capsulées (type b +++) invasion, méningite, épiglottite (enfant +++) Antibiothérapie - Amoxicilline + acide clavulanique (+ C3G) 1992 bactériémie Vaccin (2, 4 et 11 mois) - spécifique des capsules de type b : méningite ++ - baisse du portage des souches capsulées - peu d’effet sur les autres pathologies (otites …) dues principalement à des souches non capsulées+ méningite Haemophilus influenzae Cocco-BGN Pili (porteurs d’adhésines) - adhésion - internalisation dans les cellules épithéliales IgA protéases - échappement aux défenses mucosales Capsule (inconstante) - invasion : (internalisation dans les cellules endothéliales) barrière sanguine et hématoencéphalique - survie des bactéries circulantes - polysaccharide antigénique (6 types : a f ; b +++) - Ac protecteurs IgA sécrétoire Chaîne J / Pièce sécrétoire Haemophilus influenzae Incidence et Immunité selon l’âge Bordetella pertussis B. pertussis / Coqueluche Caractères généraux - petit cocco-bacille Gram négatif - fragile - croissance lente et fastidieuse (milieux spéciaux, 4 à 7 jours) - espèces voisines : B. parapertussis (paracoqueluche) B. bronchiseptica (infection respiratoire persistante) Cocco-BGN Epidémiologie - contamination par voie aérienne (contagion) - maladie infantile fréquente et grave (épidémies) : pays sans vaccination - résurgence : adulte anciennement vacciné (immunité s’amenuisant dans le temps) formes frustres du jeune adulte (protection réduite avec l’âge) France contagieuses pour le nourrisson, non encore vacciné France - 200 à 600 cas/an hospitalisation (75 %) - 1ère cause de décès avant 3 mois (Détresse Respiratoire Aiguë) B. pertussis / Coqueluche Adhésines (tropisme bronchiolaire, cellules ciliées) - Protéines de surface: Fimbriae activation récepteurs FHA Pertactine activation de la FHA - Hémagglutinine filamenteuse (FHA) Hématies, Cellules ciliées (bronchioles) Accumulation de mucus + paralysie ciliaire - Toxine pertussique (fraction B) leucocytes Toxines (non invasive) - Toxine pertussique (fraction A) : AMPc : cytolyse, hyperlymphocytose - Adényl-cyclase hémolysine hémolyse, apoptose (macrophages alvéolaires) - Toxine cyto-trachéale : destruction de l’épithélium cilié - Toxine dermonécrotique : idem Paralysie et destruction ciliaire + inflammation (cytonécrose, exsudation +++) Tableau sévère (asphyxie) : toxines +++ / peu de bactéries AC protecteurs, vaccin (immunité limitée 10 - 15 ans) Pas de passage materno-foetal Toxine pertussique B. pertussis / Coqueluche Diagnostic bactériologique - germe fragile, culture très difficile : sensibilité < 50 % - intérêt dans les formes atypiques - prélèvement des mucosités : aspiration nasale ou bronchique - acheminement rapide, milieu de transport - intérêt de la PCR +++ Antibiotiques - résistance : péni G, C1G, C2G - intérêt : macrolides+++ - prévention des complications pleuro-pulmonaires et ORL Prévention - vaccination (Pentacoq), précoce : m2, m3 et m11 (et rappel +++ : 6, 12, 25 ans) - antibioprophylaxie (macrolides) des sujets contacts Corynebacterium diphtheriae C. diphtheriae / diphtérie Corynebacterium spp BGP coryneforme - Bacilles, Gram +, irréguliers (en massue, en haltères) - Groupement "en palissade", "lettres de l’alphabet" genre « morphologique » - Habitat : téguments, muqueuses, et VARS - Exigeant des milieux enrichis C. diphtheriae - Toxine diphtérique, de type A-B : inconstante Toxine diphtérique inconstante (d’origine phagique) tropisme : système sympathique périphérique blocage de la synthèse protéique (ARNt) mort cellulaire - Anticorps anti-toxine, Vaccination (anatoxine) Diphtérie - Transmission inter-humaine (sécrétions rhino-pharyngées) depuis : malades, formes frustres, atypiques ou inapparentes - Rare en France (vaccination) - Cas importés C. diphtheriae / diphtérie Pathologie - Angine diphtérique : prolifération bactérienne locale, pas d’invasion pseudomembrannes (nécrose + inflammation) : voile, amygdales, piliers - Croup : laryngite asphyxiante - Manifestations générales : toxine neurotrope diffusante fatigue, léthargie, stupeur, coma paralysies sévères : myocarde, rein, surrénales (léthalité : 5 à 10 %) Diagnostic biologique - Confirmation étiologique d’un diagnostic clinique - Mise en évidence de la toxine (souche toxinogène) - Déclaration obligatoire Prélèvement - Ecouvillonnage (périphérie des fausses membranes) - Culture sur milieux spécifiques : Loeffler : rapide, présomptif (toutes les corynébactéries) Téllurite : sélectif, plus lent (3 à 4 jours) - Confirmation de l’identification (éventuellement : C. ulcerans) - Mise en évidence de la toxine Immunoprécipitation Effet cytopathogène (cultures cellulaires) PCR (gène tox)+++ - Par étapes - Suivi +++ C. diphtheriae / diphtérie Traitement en urgence - Sur arguments cliniques et épidémiologiques - Avant confirmation bactériologique - Sérothérapie antitoxique Antibiothérapie - Traitement d’appoint (arrêter la production de toxines) - Péni G, macrolides (cyclines, chloramphénicol, aminosides) Mesures d’accompagnement - Isolement, éviction scolaire, D.O. - Dépistage et antibiothérapie des porteurs dans l’entourage - Vaccination ou rappel de l’entourage - Suivi du traitement : 3 cultures négatives Vaccination - Obligatoire (m2, m4, m11, 6, 12, 25, 45, 65, 75 ans…) [DTPC] - Rappel avant voyages en zone d’endémie (pays de l’Est) Autres corynébactéries hors Respiratoire - Nombreuses espèces - Commensales de la peau et des muqueuses - Le plus souvent non pathogènes Contamination possible des prélèvements - Pouvoir pathogène : défenses abaissées - 2 espèces hautement résistantes traitement par Vancomycine, Quinolones C. jeikeium - Immunosuppression (cathéters, antibiothérapie large spectre) - Bactériémies, péritonites, méningites, pneumonies … - Endocardites (porteurs de prothèses valvulaires) C. urealyticum - Immunodéprimés, sujet âgés, avec sonde urinaire - Infection urinaire avec lithiases (uréase alcalinisation), cystites, pyélonéphrites 3. Inf. respiratoires basses Présenté par : Pr. Paul BAHOUT Inf. respiratoires bactériennes basses Germes banals (flore) - Infections bronchiques communautaires : H. influenzae, pneumocoque - Surinfections bronchiques hospitalières : entérobactéries, staphylocoques, Pseudomonas, Acinetobacter - Infections parenchymateuses : pneumocoque, staphylocoques, K. pneumoniae, anaérobies Germes atypiques (pathogènes spécifiques) Légionelles M. pneumoniae Chlamydia … BK Cytobactériologie broncho-pulmonaire Difficultés - Prélèvement : risque de contamination oro-pharyngée - Pathogènes potentiels = présents à l’état commensal Précautions - Analyse sans délai - Prélèvements profonds (mais invasifs !) - Expectoration - Aspiration bronchique (sonde d’intubation) - Mini-lavage (cathéter protégé / à l’aveugle) - Lavage bronchiolo-alvéolaire (sous fibroscopie) - Brossage bronchique protégé (faible quantité) Interprétation - Ecarter les prélèvements « salivaires » (cytologie) - Tenir compte de la quantité de bactéries et de leucocytes (numération) Biomasse Prélèvements contaminant pathogène Temps Cytobactériologie broncho-pulmonaire Prélèvements à visée bactériologique A l’aveugle prélèvement global Sous fibroscopie dirigé foyer Non protégé passage septique - Expectoration - Aspiration bronchique - Fibro-aspiration - Lavage Bronchiolo-Alvéolaire (4 x 50 mL) Protégé double KT obturation - Mini LBA (20 mL) - Aspir. distale protégée (1mL) - Brossage bronchique (1mL) Interprétation Qualité du prélèvement : cytologie, aspect « salivaire » / aspect « bronchique » Bactériologie quantitative : contamination / infection : > 107 UFC / mL, > 105, > 104, > 103 Autres signes infectieux polynucléaires Biomasse contaminant pathogène Temps Pseudomonas aeruginosa P. aeruginosa Pathogène opportuniste pathologie hospitalière variée surinfection BPc Caractères généraux - bacille Gram négatif, poussant sur milieux ordinaires - mobile polaire, aérobie stricte - capsule inconstante d'alginate (le slime) adhésion +++ - multirésistance fréquente (antibiotiques et antiseptiques) Habitat et épidémiologie - bactéries de l’environnement (sols, eaux, végétaux, flore colique transitoire) - commune en milieu hospitalier réseau d'eau, nébulisateurs humidificateurs retrouvés dans les solutés antiseptiques - diffusion épidémique possible (soins intensifs) P. aeruginosa H. influenzae génome 6.3 Mb 1.8 Mb nb de gènes > 5 500 < 2 000 environnement pharynx humain niche P. aeruginosa Facteurs de virulence Facteurs d’implantation Mobilité Exotoxines Echappement dans les liquides : flagelles Ig-protéases : élastase en surface : pili de type IV Anti-phagocytose Adhésion dépolymarisation de l’actine: ExoT surfaces inertes : fimbriae muqueuses : LPS Invasion … sidérophores : pyocyanine, pyoverdine dégradation du surfactant : phospholipase C détersion muco-ciliaire : rhamnolipides catalyse de radicaux libres : pyochéline lésions tissulaires : ExoA, ExoS, ExoU … P. aeruginosa Pathologie Infections nosocomiales : variées - surinfections respiratoires basses : mucoviscidose, soins intensifs - infections cutanées : brûlures, escarres, ulcères - sépticémie et choc (leucopénies, cancérologie) - infections urinaires (patients sondés) - méningite post traumatique ou post opératoire (neuro-chirurgie) … Infections communautaires : plus rares - infections occulaires sur lentilles - endocardites (toxicomanie, voie IV) hors Respiratoire P. aeruginosa Laboratoire Diagnostic bactériologique - tous prélèvements : respiratoires, cutanés, urine, sang, pus … - aspect typique des colonies : reflets métalliques pigments vert (pyoverdine) et bleu (pyocyanine) bacille pyocyanique - odeur typique (seringa) Antibiotiques et antibiothérapie - résistances naturelles : péni A (et clavulanate), céfotaxime, céphamycines, cotrimoxazole, quinolones 1G - traitements possibles : carboxi- et uréido-pénicilline, C3G, carbapénèmes, aminosides, ciprofloxacine - mais nombreuses résistances acquises : antibiogramme indispensable Autres BGN aérobies stricts Pathologie - environnement, milieu hospitalier, secteur humide - pouvoir pathogène opportuniste (immunodéprimé) - pathologie respiratoire (+++) et autre - multirésitance aux antibiotiques Nombreuses espèces - Acinetobacter baumannii - Burkholderia cepacia - Stenotrophomonas maltophilia - etc. Idem P. aeruginosa Legionella pneumophila L. pneumophila Caractères généraux - genre Legionella (1976) : 43 espèces dont L. pneumophila Sérotypes 1 à 14 - petit bacille Gram négatif, mobile, aérobie stricte - croissance lente et exigeante (milieux spéciaux), 10 % de CO2 - pouvoir pathogène variable L. pneumophila Habitat - bactéries de l’environnement : biofilms, protozoaires - eaux douces (lacs, rivières) - survie de 4 à 63°C - eaux de distribution (froides et chaudes, circuits de climatisation) Epidémiologie - pneumopathies communautaires et nosocomiales - sporadiques ou anadémiques - pas de transmission interhumaine - rôle du terrain (alcoolo-tabagisme, âge, diabète, cancer, immunosupression …) - France : 1200 signalements / an (~ 1.8 p 100 000 hab.) L. pneumophila Physiopathologie - infection des voies aériennes : aérosols - résistance à la phagocytose (inhibition de la fusion phago-lysosomiale) - lyse des macrophages alvéolaires infectés, diffusion de voisinage Inhibition de la fusion phago-lysosomiale - cytokines en excès, toxicité pour le parenchyme (protéases) - rôle aggravant : âge, tabac, insuffisance respiratoire chronique et immunodépression Clinique - Maladie du légionnaire = légionellose pneumonie progressive, + signes généraux : AEG, confusion, diarrhée … rémission ou aggravation (choc, CIVD) rapide et mortelle (20 %) foyers extra-pulmonaires : rares, mais graves Croissance dans le macrophage - Forme sévère de l'immunodéprimé surinfections bactériennes, abcédations - Fièvre de Pontiac courante, bénigne, non pulmonaire : syndrome pseudogippal, résolution spontanée peut laisser des « traces » immunologiques (AC résiduels) L. pneumophila Diagnostic étiologique d'une pneumonie Legionellose ? D.O., intervention ! Diagnostic présomptif rapide : antigènes urinaires - réponse en quelques heures (Imuno-chromato, ELISA) - LP1 seulement (~ 80 % des cas) - précoce (2 à 3 jours), parfois persistant (10 à 12 mois) Confirmation par culture - Retardée (5 à 10 jours) - Prélèvements : bronchiques, sang, pus - Milieux spécifiques (cystéine, fer) et sélectifs (antibiotiques) - Typage (agglutination, immuns sérums) : types courants LP1 à 14 Diagnostic rétrospectif : sérologie - Recherche des IgG, IgM et IgA (ELISA); 2 sérums à 2-3 semaines - Séroconversion critères indispensables : S2 > 4 x S1 et S2 > 128 peut manquer Immuns complexes L. pneumophila Pneumopathie + 1 signe suivant : . Cas confirmé : . isolement de Legionella dans 1 prél. clinique . titre Ac sérique (x 4) avec 1 2ème titre minimum de 128 . présence d’Ag soluble urinaire . IFD + sur 1 prél. clinique . Cas probable : . Titre unique Ac sérique 256 Rq : PCR pas reconnue comme méthode diagnostique ++ . Cas nosocomial certain : hospitalisé durant toute la période d’incubation (10 j) . Cas nosocomial probable : hospitalisé entre 2 et 9 j avant la date des 1ers signes L. pneumophila Traitement Résistance - aux b-lactamines (b-lactamase) Antibiothérapie - Macrolides+++ érythromycine 2 à 3 semaines (d'abord IV) azithromycine (PO seulement) dans les formes moins graves - Formes graves : association quinolones ou rifampicine Prévention - Surveillance et décontamination des circuits d'eau chaude collectifs - Utilisation d'eau stérile pour les aérosols (humidificateurs, nébulisateurs) - Enquêtes épidémiologiques (recherche de la source) Chlamydia pneumoniae Chlamydiae Parasite intracellulaire obligatoire phagocytes CR : corps réticulé maturation CE CR CE : corps élémentaire diffusion ~ 48 h CE CR Inclusions Persistance Chlamydia pneumoniae Nouveau nom : Chlamydophila pneumoniae Pathologie - « Pneumopathies atypiques » communautaires (10 %) - Pauci-symptomatiques : pharyngite, bronchite banale - Formes asymptomatiques - Séroprévalence : 75 % - Réinfections (immunité limitée) Diagnostic biologique - pas de culture (labos spécialisés uniquement) - PCR+++ - Sérologie primo-infection : IgM (2-3 semaines / 2-6 mois) réinfection : IgG (séroconversion 2 dilutions) Sensibilité titre élevé isolé : non significatif - Rifampicine, tétracyclines, macrolides, fluoroquinolones … autres Chlamydiae C. psittaci = Chlamydophila psittaci Oiseaux (et : domestique, élevage) - Pneumopathies atypiques traînantes C. trachomatis hors Respiratoire Régions tropicales (promiscuité, hygiène) - Trachome - Infections sexuellement transmissibles migrations, tourisme sexuel urétrites, cervicites, salpingites … Mycoplasmes Mycoplasma pneumoniae Ecologie - dépourvu de paroi++ - inféodé à la muqueuse respiratoire humaine (exigence en stérols) - portage de convalescence Pathologie - agent de la « pneumonie atypique » primitive : enfant adulte jeune (30 à 50 %) - petites épidémies automno-hivernales - formes bénignes (pharyngites, bronchites banales) - formes latentes - formes méningo-encéphalitique Diagnostic, traitement - culture difficile (> 15 j) sur milieux spéciaux : labos spécialisés - intérêt de la PCR+++ et de la sérologie (séroconversion ou titre > 64) - macrolides, cyclines, quinolones Les mycoplasmes M. pneumoniae M. hominis Ureaplasma spp. Commensal Infection Culture PCR Sérologie Non Pulmonaire + ++ ++ Oui Génitales (extra-G. ImmunoD) + Liquides, biopsies articulaires 0 0 + 0 M. genitalium + idem Autres espèces (nombreuses) Oui Non hors Respiratoire + recherche C. Trachomatis Gono, Tréponème Tuberculose, France : décès /an Résurgence Mycobactéries 1. Le bacille de la tuberculose 2. Le bacille de la lèpre 3. Autres mycobactéries hors Respiratoire Genre Mycobacterium Principales espèces - M. tuberculosis, M. africanum (variété) - M. bovis : tuberculose animale, et humaine Parasite humain ou animal obligatoire Pouvoir pathogène spécifique - M. leprae : bacille de la lèpre - Mycobactéries atypiques Bactéries de l’environnement Commensales de l’homme ou des animaux Nombreuses espèces ( > 100) Pouvoir pathogène opportuniste Genre Mycobacterium BAAR : Ziehl-Neelssen Bacilles Acides mycoliques acides gras à très longue chaine (=> C90) Paroi spécifique Arabinogalactane Peptidoglycane Membrane cytoplasmique Cytoplasme Résistance lysosomiale Échappement Acido-Alcoolo Résistance pas de Gram, mais : B. A. A. R. Paroi Diagnostic spécifique Diagnostic bactériologique tardif lipidique Croissance lente Installation lente de la maladie Antibiothérapie prolongée ATB spécifiques Antituberculeux Traitement spécifique le bacille de la tuberculose : M. tuberculosis M. tuberculosis : épidémiologie Habitat et épidémiologie - Réservoir = malades (caverne) - Contage aérien (exceptionnellement digestif) Chaque année - Nvx cas : 9 millions - Décès : 1.5 million Afrique - SIDA +++ - Problème de santé publique dans le monde entier - Emergence de formes multi-résistantes aux antibiotiques en France : Incidence (2010) : 8,1 p 100 000 - Multi-résistance : 1,6 % baisse régulière, sauf milieu de la précarité et migrants Facteurs favorisants - Promiscuité - Dénutrition - Immunodépression M. tuberculosis : pouvoir pathogène Physiopathologie - Contamination aérienne - Phagocytose : macrophages alvéolaires Inhibition de la fusion du lysosome, survie dans le phagocyte recrutement lymphocytes cytotoxiques réaction fibroblastique périphérique - Multiplication limitée : tubercule nécrose caséeuse (centrale), cellules épithélioides et lymphocytes disparition progressive (anaérobiose) - Dans certains cas : prolifération, ramollissement, évacuation (caverne) dissémination sanguine, lymphatique … et aérienne Clinique - Primo-infection tuberculeuse / Dissémination pulmonaire / extra-pulmonaire M. tuberculosis : diagnostic biologique 1) Diagnostic direct Mise en évidence du BK dans les sécrétions - pulmonaire : expectoration, fibroscopie, tubage gastrique - extrapulmonaire : pus, LCR, ganglions, biopsies osseuses … - examen microscopique (sécrétions pulmonaires) détection des B.A.A.R. recherche spécifique (auramine, Ziehl) présomption BK (selon le contexte) en quantité (sensibilité ~ 104/mL) - PCR (coût +++) uniquement si BAAR et : - exclusion du diagnostic TB devant tableau suspect - immunodéprimé : autre mycobactérie ? - échec thérapeutique : autre mycobactérie ? - mise en culture (plus sensible, plus spécifique) après décontamination et concentration de l’expectoration milieux solides spéciaux, prolongée (4 à 10 semaines) milieux liquides lecture automatique (5 à 15 jours) antibiogramme (+ 5 à 15 j.) BAAR = sujet contagieux M. tuberculosis : diagnostic biologique 2) Diagnostic indirect : recherche de l’allergie tuberculeuse (HSR) - Enquête autour d’un cas - Embauche, service à risque - Formes extrapulmonaires Intra-Dermo Réaction - Tests cutanés : IDR à la tuberculine - témoin d’une infection antérieure (y compris BCG) - à interpréter selon le contexte - Tests sanguins : Elispot-TB, QuantiFERON-TB IT® - détection de l’IFN-g - produit par les lymphocytes du sujet - en présence d’antigènes M. tuberculosis M. tuberculosis : antibiotiques Antituberculeux - Rifampicine : inhibition de la synthèse des acides nucléiques - Isoniazide : inhibition de la synthèse des acides mycoliques - Pyrazinamide (idem) - Ethambutol : inhibition de la fixation des A.M. à la paroi Résistance secondaire (= acquise au cours du traitement) - Préexistence de mutants spontanés (taille de la population) - Sélection par l’antibiotique correspondant association ATB impérative Résistance primaire - Primo-infection par un mutant résistant … non éradiqué - Collectivités (précarité, migrants traitements insuffisants) Multirésistance (MDR) - Souches résistantes à 2 antituberculeux - Env. 20 % aux USA - risque d’émergence en France XDR - Ultrarésistance - R à 3 antituberculeux M. tuberculosis : traitement Antituberculeux - Trithérapie x 2 mois, puis bithérapie - Durée totale, selon la forme : de 6 mois (pulmonaire) à 12 mois (méningée, osseuse) Prophylaxie - Vaccination BCG population à risque - Isolement respiratoire hospitalisation jusqu’à négativation des examens directs Précarité = accumulation des facteurs de risque Promiscuité Malnutrition Mauvais accès au soins Mauvaise compliance Les autres mycobactéries M. leprae : bacille de la lèpre Caractères bactériologiques - Mycobactérie non cultivable - Intérêt de l’examen microscopique (BAAR) : diagnostic, suivi du traitement frottis de produits pathologiques mucus nasal, sérosités dermiques des lésions amas intracellulaires arrondis (globi) Epidémiologie - Réservoir strictement humain (sujets infectés) - Endémique dans de nombreux PED - Forme tuberculoïde : lésions folliculaires (peu de bacilles) neuropathies périphériques, troubles sensitifs, moteurs et trophiques - Forme lépromateuse (infiltration tissulaire, immunité déficiente) Traitement - Rifampicine (quinolone) : de 6 à 24 mois Mycobactéries « atypiques » Caractères généraux - Bactéries de l’environnement : sols, aliments, eaux d’adduction - Très nombreuses espèces - Commensales : prélèvements plurimicrobiens, contaminants des cultures contamination du matériel médical (petites épidémies) Pathologie - Pouvoir pathogène opportuniste : mycobactérioses (Immunodépression,SIDA) Pulmonaires : M. avium – intracellulare, M. kansasii Pus d’abcès : M. fortuitum, M. chelonae, M. xenopi Ganglionnaires : M. scrofulaceum Cutanées : M. ulcerans, M. marinum Mycobactéries « atypiques » Diagnostic bactériologique - Croissance : plus rapide (quelques jours) - Critères étiologiques : 1) Isolements répétés 2) d’un site approprié 3) en l’absence de bacilles de la tuberculose - Antibiogramme impératif (forte résistance) Bactéries des infections respiratoires hautes et basses en résumé - Quelques espèces pathogènes spécifiques (obligatoire) - Potentiel pathogène (opportunisme) des espèces de la flore VARS - Contamination possible des prélèvements interprétation - Caractère particulier de mycobactéries (lenteur) - Pathologie extra-pulmonaire de la plupart des espèces