La phylogénie est l’histoire de l’évolution des espèces. La classification phylogénétique compare des formes de vie modernes à des fossiles de formes semblables. Sa représentation ressemble à un arbre. Pour déterminer les relations entre les organismes, les taxinomistes comparent l’apparence, les structures internes, stades de développement et la composition chimique. DÉTERMINATION DES RELATIONS ENTRE LES ORGANISMES / PREUVES DE L'ÉVOLUTION 1. LA PALÉONTOLOGIE L'étude des fossiles démontre la disparition de plusieurs espèces. Les paléontologues observent également par l'étude des fossiles l'augmentation de la diversité et l'accroissement de la complexité dans le temps. 2. L'ANATOMIE (COMPARÉE) La ressemblance entre l'aile de l'oiseau, l'aile de la chauve-souris et la main humaine nous porte à croire que tous ces organismes partagent une ascendance commune. Les structures biologiques qui ont une même origine évolutive sont dites homologues. 3. LES STRUCTURES VESTIGIALES Le coccyx et l'appendice chez l'humain sont des structures inutiles. On peut croire qu'ils furent à une époque une queue et une glande digestive dont nous aurions perdu l'usage au cours des millénaires. 4. L'EMBRYOLOGIE COMPARÉE Bien malin qui pourrait distinguer les embryons de différents mammifères aux premiers stades de leur formation. On peut donc supposer un lien historique entre ces organismes. 5. LA BIOCHIMIE COMPARÉE On retrouve de l'ADN chez tous les êtres vivants. Cette molécule est légèrement différente d'une espèce animale à l'autre. Les protéines formées à partir des informations de l'ADN varient également d'une espèce à l'autre. La ressemblance biochimique est malgré tout évidente et nous indique une filiation certaine entre tous les organismes vivants.