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Étude de faisabilité 2002
pour le développement d'un système électronique
de surveillance nationale de la résistance aux antibiotiques
à partir des laboratoires de ville
Réseau Labville

Étude de faisabilité 2002 réseau Labville
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Groupe de travail
Dr Bandelier - LABM Pescheux - Bandelier - Singer, Toulon
Dr Le Meur - LABM d’Eylau, Paris
Dr Lhomme - LABM Muraine - Blanchon - Lhomme, Poitiers
Dr Moreau - LABM Maublanc, Paris
Dr Napoly - LABM d’Eylau, Paris
Dr Pescheux - LABM Pescheux - Bandelier - Singer, Toulon
Dr Piquemal - LABM Piquemal, Troyes
Dr Porsin-Weber - LABM Porsin - Weber - Vacher, Bourges
Dr Aubry-Damon - Département des maladies infectieuses – InVS, Saint-Maurice
S. Georges - Département des maladies infectieuses – InVS, Saint-Maurice
J. Nicolau - Service des systèmes d'information – InVS, Saint-Maurice
Coordination, analyse, rédaction du rapport
H. Aubry-Damon, S. Georges, J. Nicolau et B. Coignard
Comité de lecture du rapport
M. Herida, Département des maladies infectieuses - InVS, Saint-Maurice
D. Coulombier, OMS - CSR Office, Lyon
D. Dubois, Service des systèmes d’information – InVS, Saint-Maurice
J-C. Desenclos, Département des maladies infectieuses – InVS, Saint-Maurice
Remerciements
J. Stelling - Whonet, Brigham and Womens Hospital, Boston (Etats-Unis)
M. Guéranger - LABM d’Eylau, Paris
C. Curel - société I2A, 34, Pérols
P. Simocini - société Biorad, 92, Marnes-la-coquette
Et plus particulièrement, Anne Claire de Benoist du Département des maladies infectieuses - InVS, pour
sa participation à la constitution du réseau de laboratoires Labville.

Étude de faisabilité 2002 réseau Labville
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Introduction ..........................................................................................................................................................................5
1. Réseau Labville ..........................................................................................................................................................7
1.1 Objectifs du réseau sentinelle de biologistes de ville ............................................................................7
1.2 Echantillon de laboratoires du réseau Labville ..........................................................................................7
1.3 Equipement et engagement nécessaires .................................................................................................... 7
2. Etude de faisabilité................................................................................................................................................9
2.1 Objectifs..............................................................................................................................................................................9
2.2 Matériels et méthode..................................................................................................................................................9
2.2.1 Choix des laboratoires pilotes ..................................................................................................................................9
2.2.2 Cahier des charges de la faisabilité dans les laboratoires ........................................................................10
2.2.3 Confidentialité, anonymisation ..............................................................................................................................11
2.2.4 Constitution et traitement de la base de données ........................................................................................11
3. Résultats ........................................................................................................................................................................13
3.1 Mise en œuvre de la collaboration ..................................................................................................................13
3.1.1 Chronologie de réalisation .................................................................................................................................... 13
3.1.2 Contrat avec les laboratoires .............................................................................................................................. 13
3.1.3 Devis .............................................................................................................................................................................. 13
3.2 Extraction de données .......................................................................................................................................... 14
3.2.1 Modalités d’extraction ............................................................................................................................................ 14
3.2.2 Fichiers reçus à l’InVS ............................................................................................................................................ 15
3.3 Importation des données à l’InVS .................................................................................................................. 15
3.3.1 Mise en forme des fichiers d’extraction .......................................................................................................... 15
3.3.2 Importation des fichiers dans Whonet et constitution de la base de données .............................. 16
3.4 Analyse à partir du recueil de données des 6 LABM pilotes ........................................................ 16
4. Discussion ..................................................................................................................................................................21
5. Conclusion ..................................................................................................................................................................23
6. Références..................................................................................................................................................................25
7. Annexes ........................................................................................................................................................................27
Sommaire

Étude de faisabilité 2002 réseau Labville
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Tableaux et figure
Tableau 1 Répartition des laboratoires selon le type d’automate de bactériologie ............................ 9
Tableau 2 Répartition des laboratoires selon les systèmes informatiques de laboratoire ............ 10
Tableau 3 Différentes sources d’extractions et données obtenues par laboratoire .......................... 14
Tableau 4 Résultats des requêtes par laboratoire pour l’extraction des données ............................ 15
Tableau 5 Nombre de codes fournis par laboratoire par variable et convertis dans Baclink ........ 16
Tableau 6 Répartition des enregistrements par classe de prélèvements et proportion
de positifs .................................................................................................................................................. 17
Tableau 7 Répartition des enregistrements par classe de prélèvements .............................................. 17
Tableau 8 Taux de remplissage des variables ................................................................................................ 17
Tableau 9 Répartition des principales espèces par site ou nature de prélèvement ........................ 18
Tableau 10 Pourcentage de résistance aux antibiotiques des souches de
Staphylococcus aureus.......................................................................................................................... 19
Tableau 11 Pourcentage de résistance aux antibiotiques des entérobactéries de Groupe I .......... 19
Figure 1 Description des étapes de l’étude de faisabilité ........................................................................ 13
Annexes
Annexe 1 Représentativité géographique du réseau Labville .................................................................... 27
Annexe 2 Organisation des LABM ........................................................................................................................ 27
Annexe 3 Déclaration de participation ................................................................................................................ 28
Annexe 4 Description des classes pour l’étude de faisabilité .................................................................... 29
Annexe 5 Extrait de la base de données Labville – faisabilité.................................................................... 31
Annexe 6 Fréquence des analyses bactériologiques positives par âge et par sexe ........................ 31
Annexe 7 Résultats - Extraction de données brutes .................................................................................... 32
Annexe 8 Résultats - Importation et mise en forme des données dans Whonet .............................. 32
Abréviations
BLSE : Bêtalactamase à spectre étendu
BMR : Bactérie multirésistante
CClin : Centre de coordination de la lutte contre les infections nosocomiales
Cnam : Caisse nationale d’assurance maladie
ECBU : Examen cytobactériologique des urines
InVS : Institut de veille sanitaire
LABM : Laboratoire d’analyses de biologie médicale
LCR : Liquide céphalo-rachidien
OMS : Organisation mondiale de la santé
ORL : Oto-rhino-laryngologie
SCN : Staphylocoque à coagulase négative
SIL : Système informatique de laboratoire

Étude de faisabilité 2002 réseau Labville
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En France, 80 % de la consommation humaine d’antibiotiques est relative à des infections
diagnostiquées et traitées en ville [1-3] entraînant une pression de sélection et un impact sur la
dissémination de la résistance bactérienne aux antibiotiques [4;5]. Or, il n’existe pas de système de
surveillance nationale, microbiologique et épidémiologique, des infections les plus courantes en
médecine ambulatoire. Depuis quelques années, des laboratoires d’analyses de biologie médicale
(LABM) de ville et des laboratoires hospitaliers s’organisent en réseau, pour partager leurs expériences
et pour mettre en commun leurs résultats d’analyse ; ils contribuent à la surveillance de la sensibilité
bactérienne aux antibiotiques en ville [6-10]. Cependant, la représentativité des données issues de ces
réseaux est mal connue, rendant délicate une estimation à un niveau national [11].
Dans le cadre de ses missions de surveillance de l’état de santé de la population, l’Institut de veille
sanitaire (InVS), est amené à mettre en place des systèmes de surveillance nécessitant le recueil et le
traitement de données dans des conditions de fiabilité, d'intégrité et d'exhaustivité. L'évolution
permanente des technologies amène aujourd'hui l'InVS à rechercher, à simplifier le recueil et le
traitement des informations en utilisant notamment la télétransmission et l'extraction automatique des
données. Le projet de réseau de surveillance de la résistance aux antibiotiques des infections traitées
en médecine ambulatoire à partir des LABM a été conçu dans cet esprit.
En 2003, 4 200 laboratoires participent au diagnostic des infections en ville en France. Le réseau Labville
a été constitué en 2000 à partir d’un échantillon de LABM pour être représentatif des LABM au niveau
national en terme de recrutement de patients atteints d’infection. Soixante-dix LABM ont accepté de
mettre à la disposition de l’InVS, leurs données démographiques et bactériologiques, utiles pour la
surveillance des maladies infectieuses. Le système repose sur une extraction des informations du
dossier microbiologique enregistré dans les systèmes informatiques et des résultats bactériologiques
générés par les automates de microbiologie. La constitution du réseau Labville est novatrice au plan
organisationnel et technologique, par sa volonté de participer à l'évolution des plateaux techniques et
informatiques vers un environnement plus homogène et par la mise en place d'une solution pérenne
d'extraction automatisée de données vers un serveur commun. A ce jour, il n'existe aucun système
équivalent en France et en Europe [12].
Une étude de faisabilité a débuté en mars 2002 pour tester les fonctions d’extraction des automates et
des systèmes informatiques de laboratoire et vérifier la pertinence des données issues des LABM pour
répondre aux objectifs de surveillance. Ce rapport présente les résultats de l’étude de faisabilité.
Introduction