Université Montpellier 2 - Master Sciences pour l`Environnement
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Université Montpellier 2 - Master Sciences pour l’Environnement Mention : Biologie des Plantes, des Microorganismes, Bioingéniéries, Bioprocédés Spécialité : IMHE (Interactions Microorganismes, Hôtes, Environnements) Renvoyer la proposition de sujet de stage à [email protected] , [email protected] Responsable des stages d’Initiation à la Recherche de M1 et de M2 : Tatiana Vallaeys : [email protected] Tél : 04 67 14 40 11 Administration : Patricia Quéméner : [email protected] Sujet de stage préciser le niveau souhaité M1 et/ou M2 (le cas échéant indiquez vos préférences: Analyse préliminaire de la diversité bactérienne associée au pollen de l’environnement anthropisé M1 Responsable (s) de stage : 2 co-responsables : Corinne TEYSSIER, MCU (HDR), UM1, UFR Pharmacie, Unité de Bactériologie, UMR 5119 ECOSYM, Equipe Pathogènes et Environnements Françoise FONS, MCU, UM1, UFR Pharmacie, Laboratoire de Botanique, Phytochimie et Mycologie, UMR 5175 CEFE, Equipe Substances Naturelles et Médiations Chimiques Encadrant (si différent du Responsable de stage notamment dans le cas où le Responsable n’est pas un Enseignant-Chercheur ou un Chercheur) : Personnel technique éventuellement impliqué dans la formation du stagiaire : Tel et Email du Responsable de stage et de l’encadrant (si différent du Responsable de stage) : [email protected] [email protected] Laboratoire d’Accueil et nom du Directeur : - UM1, UFR Pharmacie, Unité de Bactériologie – Directrice : Pr E. JUMAS-BILAK - UM1, UFR Pharmacie, Laboratoire de Botanique, Phytochimie et Mycologie – Directrice : Pr S. RAPIOR Equipe d’Accueil : - UMR 5119 Ecologie des Systèmes Marins Côtiers (ECOSYM), Equipe Pathogènes et Environnements (PE) - UMR 5175 Centre d’Ecologie Fonctionnelle et Evolutive (CEFE), Equipe Substances Naturelles et Médiations Chimiques (SubNaMed) Dans quel contexte s’insère le sujet de stage (démarrage d’un projet, travail partiel d’un sujet de thèse …….) : Mise en place d’une collaboration entre les 2 équipes sur un sujet de recherche original à l’interface entre l’écologie et la clinique humaine Techniques utilisées : Cultures bactériennes, extraction d’ADN, PCR-TTGE, analyse bioinformatique, microscopie Description du stage : donner un résumé (contexte, problématique, matériels et méthodes). Titre : Analyse préliminaire de la diversité bactérienne associée au pollen de l’environnement anthropisé Contexte : La composition des communautés bactériennes associées aux voies respiratoires des patients atteints de mucoviscidose varie au cours de la vie du patient. De façon occasionnelle, des alphaprotéobactéries (AP) sont retrouvées dans les voies respiratoires de ces patients. Hormis les AP pathogènes stricts de l’homme et des animaux comme Brucella et les rickettsies, les AP sont principalement des bactéries de l’environnement (eau, plante, rhizosphère, sol). Problématique: Jusqu’à présent, le mode d’acquisition des AP à partir de l’environnement et leur mode de transmission aux patients mucoviscidosiques a été relativement peu étudié. De façon plus générale, le mode d’acquisition des populations bactériennes minoritaires d’origine environnementale reste largement méconnu. De plus, le risque engendré par les communautés bactériennes environnementales dans les déséquilibres de flore en particulier dans les voies respiratoires des patients mucoviscidosiques n’a jamais été réellement évalué. Hypothèse: Depuis 2005, l’équipe PE a entrepris la collecte systématique des AP provenant des sécrétions respiratoires des patients mucoviscidosiques consultant le Centre Régional de Compétences sur la Mucoviscidose (CRCM) du CHU de Montpellier. Cette collecte systématique des souches d’AP a attiré notre attention sur le fait que l’on observe un isolement « saisonnier » de certaines AP collectées dans les expectorations des patients atteints de mucoviscidose. De plus, nous avons observé que des isolats de genres ou d’espèces divers peuvent être présents simultanément dans les expectorations d’un même patient alors que de façon générale leur fréquence d’isolement est relativement faible. Par conséquent, nous avons émis l’hypothèse que ces bactéries d’origine environnementale et plus particulièrement présentes chez les plantes seraient « véhiculées » dans les voies respiratoires de ces malades par l’intervention d’un « dispositif » particulier à identifier. Parmi les dispositifs naturels potentiels, les grains de pollen pourraient permettre l’acquisition d’AP associées aux plantes. Une analyse préliminaire sera donc réalisée afin d’améliorer nos connaissances sur la biodiversité des communautés bactériennes environnementales véhiculées par le pollen ce qui nous permettra par la suite de mieux comprendre l’installation des bactéries environnementales dans la flore respiratoire des sujets mucoviscidosiques. Matériels & méthodes : Il est envisagé de collecter des échantillons de pollen et d’air, de quantifier les bactéries associées à ces prélèvements, de les identifier et de les comparer d’un point de vue quantitatif et qualitatif avec les bactéries isolées de la flore respiratoire de patients mucoviscidosiques consultant le CRCM de Montpellier. - Nature des échantillons : différents prélèvements (pollen, air) seront réalisés dans l’environnement naturel, l’environnement plus ou moins anthropisé, à proximité des hôpitaux. - Quantification et identification des bactéries collectées : La quantification se fera par la culture et par des techniques indépendantes de la culture afin de pouvoir prendre en compte les bactéries viables non cultivables. L’identification pourra se faire par des méthodes de biologie moléculaire incluant l’analyse du gène de l’ARNr 16S ou d’un autre gène plus approprié. - Etude des pollens : Il sera indispensable d’identifier les différents types polliniques correspondant au pollen collecté dans l’environnement afin de connaître les familles (voire les genres ou certaines espèces) des plantes impliquées dans cette étude. - L’analyse des données (provenant des pollens et de l’air) sera réalisée en intégrant les données polliniques et les données bactériologiques ainsi que les conditions climatiques locales (température, hygrométrie, direction des vents). Le suivi des conditions météorologiques locales sera effectué par l’UMR 5119 qui réalise déjà de telles mesures (avec géolocalisation par satellite) sur l’étang de Thau et son bassin versant ainsi que sur le Golfe d’Aigues-Mortes.
