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UNIVERSITE DE LIMOGES
ECOLE DOCTORALE ED 524
FACULTE DE PHARMACIE
Equipe de recherche UMR CNRS 7276
Thèse N° [-----]
Thèse
pour obtenir le grade de
DOCTEUR DE L’UNIVERSITÉ DE LIMOGES
Discipline / Spécialité : Immunologie, oncologie et infectiologie
Présentée et soutenue par
Mohamad Adnan HALABI
Le 04/10/2013
Polymorphisme du gène LMP1 de l’EBV chez des patients français
atteints de lymphome NK/T : évolution sous traitement à base de
L-asparaginase
Thèse dirigée par Madame le Professeur Sylvie RANGER-ROGEZ
JURY
Rapporteurs
Mme. Caroline BESSON PARIS
M. Patrice MORAND GRENOBLE
Examinateurs
M. Bernard MARIAMÉ TOULOUSE
M. Jean FEUILLARD LIMOGES
Mme. Sylvie ROGEZ LIMOGES
M. Arnaud JACCARD LIMOGES

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Remerciements
Un proverbe africain dit : ‘on ne ramasse pas la farine avec une seule main.’
Un autre dit : ‘Le père de famille choisit un champ pour son fils mais ne le lui cultive pas.’
C’est pourquoi pour l’élaboration de ce travail tous les conseils ont été d’une grande utilité.
Tout d’abord je tiens à présenter mes remerciements à Madame le professeur Sylvie
RANGER-ROGEZ de m’avoir accueilli au sein de son laboratoire.
Madame, Vous m’avez apporté une aide précieuse tout au long de l’élaboration de mon
travail et vous m’avez dirigé tout au long de ces années. Merci pour votre patience, votre
gentillesse, enthousiasme et votre confiance. Soyez assuré de tout mon respect.
J’adresse mes remerciements aux rapporteurs de ma thèse
M. Patrice MORAND, Mme. Caroline Besson. Recevez Madame, Monsieur, mes plus
sincères remerciements pour m’avoir fait l’honneur de prendre connaissance de ce travail et
d’en être rapporteur. Je tiens à vous exprimer ma plus profonde reconnaissance.
Je voudrais exprimer ma gratitude à l ‘ensemble des membres du personnel du service de
Bactériologie-Virologie de CHU de Limoges, en particulier Emilie Guérin et Rémi
Moulinas, qui m’ont aidé à réaliser le séquençage à haut débit.
Je tiens à remercier toute l’équipe des services Microbiologie de la faculté de Médecine et de
la faculté de Pharmacie de Limoges, un grand merci à : Madame le Professeur Marie-
Laure DARDE, Madame le Docteur Jeanne COOK-MOREAU, Monsieur le Docteur

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Bertrand COURTIOUX, Madame le Docteur Sylvie DELEBASSEE, Mme Roselyne
MOUZET, Mme Martine GATET.
Bien sûr, atteindre ces objectifs n’aurait pas été possible sans l’aide des personnes qui m’ont
côtoyé et m’ont soutenu dans la réalisation de ce travail. Merci à : Rabih Barake, Rima,
Mona, Hazar, Nivine, Mustapha, Ahmad, Oussama pour leur disponibilité morale et pour
leur amitié.
Ces remerciements ne seraient pas complets sans une pensée pour deux amis les plus chers
Bilal AL JAAM et Bassel ISMAIL, merci pour m’avoir aidé et encouragé, et pour m’avoir
changé les idées quand j’en avais besoin.
A NOUR. Merci pour ton amour, pour ton soutien, tes aides durant la thèse avec ses
moments difficiles, ses hauts et ses bas, pour ta présence auprès de moi.
Il me sera très difficile de remercier tout le monde car c’est grâce à l’aide de nombreuses
personnes que j’ai pu mener cette thèse à son terme.
Enfin, arrivé à ce niveau d’étude revient à mes très chers parents et ma sœur
qui m’ont toujours aidé et soutenu de près et de loin…
Je t’aime Papa, Maman, Alaa et la petite Léa.

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LISTE DES ABREVIATIONS ........................................................................................................ 7!
I. INTRODUCTION ............................................................................................................... 15!
A. LE VIRUS D’EPSTEIN-BARR OU EBV ................................................................................. 15!
A.1 La découverte de l’EBV .......................................................................................................... 15!
A.2 Epidémiologie ......................................................................................................................... 16!
A.2.1 Répartition géographique ............................................................................................................... 16!
A.2.2 Age de la primo-infection ................................................................................................................ 17!
A.2.3 Différence de sexe ........................................................................................................................... 18!
A.2.4 Transmission ................................................................................................................................... 18!
A.3 Taxonomie ............................................................................................................................... 19!
A.4 Structure du virion .................................................................................................................. 20!
A.5 Génome ................................................................................................................................... 21!
A.6 L’infection par l’EBV .............................................................................................................. 23!
A.7 L’infection latente ................................................................................................................... 23!
A.7.1 Expression des gènes de latence ..................................................................................................... 23!
A.7.2 Les différentes latences virales ....................................................................................................... 25!
A.7.3 Les gènes de la phase de latence ..................................................................................................... 28!
A.7.4 Les ARN non-codants ...................................................................................................................... 35!
A.7.5 Les micro-ARN d’EBV .................................................................................................................... 37!
A.8.1. Les gènes du cycle lytique .............................................................................................................. 38!
A.9 Physiopathologie de l’infection par le virus d’Epstein-Barr .................................................. 41!
A.9.1 L’infection cellulaire ....................................................................................................................... 41!
A.10 Pathologie associée à l'infection in vivo par l'EBV .............................................................. 47!
A.10.1 La primo-infection et la mononucléose infectieuse ....................................................................... 47!
A.10.2 Pathologies survenant chez l’immunodéprimé ............................................................................. 50!
A.11 Pathologies de l’hôte immunocompétent .............................................................................. 52!
A.11.1 Lymphome de Hodgkin (LH) ......................................................................................................... 52!
A.11.2 Le lymphome de Burkitt (BL) ........................................................................................................ 54!
A.11.3 Carcinome du nasopharynx (NPC) ............................................................................................... 55!
A.12 Diagnostic ............................................................................................................................. 56!
A.12.1 Test sérologique : détection des anticorps .................................................................................... 56!
A.12.2 Les méthodes de biologie moléculaire. ......................................................................................... 57!
A.13 Traitement ............................................................................................................................. 58!
B. LA PROTEINE LMP1 ......................................................................................................... 61!
B.1 Le gène BNLF1 ....................................................................................................................... 61!
B.1.1 Structure génétique ......................................................................................................................... 61!
B.1.2 Régulation de l’expression de LMP1 .............................................................................................. 62!
B.2. Structure ................................................................................................................................. 65!
B.2.1 Le domaine amino-terminal ............................................................................................................ 66!
B.2.2 Les 6 domaines transmembranaires ................................................................................................ 67!
B.2.3 Le domaine carboxy-terminal ......................................................................................................... 67!
B.2.4 Forme lytique de la protéine LMP1 ................................................................................................ 68!
B.4 Propriétés fonctionnelles de la protéine ................................................................................. 73!
B.4.1 LMP1 induit des altérations phénotypiques .................................................................................... 73!
B.4.2 LMP1 régule l’expression et la production de cytokines ................................................................ 73!
B.4.3 LMP1 contribue au pouvoir métastatique des cellules infectées .................................................... 73!
B.4.4 Expression de LMP1 et fonction des lymphocytes T et NK ............................................................. 74!
B.5 LMP1 et apoptose .................................................................................................................. 75!
C. LES CELLULES NK (NATURAL KILLER) ....................................................................... 75!

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C.1 Définition ................................................................................................................................ 75!
C.2 Origine et développement des cellules NK ............................................................................. 77!
C.3 Régulation des cellules NK par les cytokines ......................................................................... 79!
C.4 Mode d’action des cellules NK ............................................................................................... 81!
C.4.1 La voie des Perforine / granzymes / granulysine ............................................................................ 81!
C.4.2 L'activation de la voie des caspases cellulaires ............................................................................. 82!
C.4.3 Voie mitochondriale ........................................................................................................................ 82!
C.4.4 La voie indépendante des caspases ................................................................................................. 82!
C.4.5 Cytotoxicité cellulaire dépendante des anticorps ........................................................................... 83!
C.4.6 L’induction de la cytotoxicité et les fonctions effectrices par les cytokines ................................... 83!
C.5 Rôle des cellules NK dans le contrôle de l’EBV ..................................................................... 84!
D. LE LYMPHOME NK/T EXTRA-GANGLIONNAIRE, TYPE NASAL ............................................ 85!
D.1 Historique ............................................................................................................................... 85!
D.2 Epidémiologie ......................................................................................................................... 86!
D.3 Phénotype et génotype ............................................................................................................ 87!
D.5 L’Association avec l’EBV ....................................................................................................... 88!
D.6 L’expression des gènes viraux dans le NKTL ........................................................................ 89!
D.7 Caractéristiques cliniques ...................................................................................................... 90!
D. 8 Le traitement des lymphomes nasaux .................................................................................... 90!
ARTICLE 1 ............................................................................................................................ 92!
INTRODUCTION A L’ARTICLE ....................................................................................... 92!
MATERIEL ET METHODES ...................................................................................................... 96!
DISCUSSION ......................................................................................................................... 128!
SUITE DE TRAVAIL .......................................................................................................... 133!
A. INTRODUCTION ............................................................................................................... 134!
B. MATERIELS ET METHODES ............................................................................................... 142!
C. RESULTATS : ................................................................................................................... 144!
PERSPECTIVES .................................................................................................................. 153!
LISTE DES FIGURES ......................................................................................................... 156!
LISTES DES TABLEAUX .................................................................................................. 158!
REFERENCES BIBLIOGRAPHIQUES ........................................................................... 159!