Note sur l`évaluation de l`état de conservation des espèces marines

RapportSPN2012/40Octobre2012
ServiceduPatrimoineNaturel
Muséumnationald’Histoirenaturelle
FannyLEPAREUR
AnnabelleAISH
Notesurl’évaluationdel’étatde
conservationdesespècesmarines
d’intérêtcommunautaireetdeleurs
habitats,àl’échelled’unsite
Natura2000enmer
‐‐‐
Version1

Référencebibliographiquedudocument:
LepareurF.&AishA.,2012.Notesurl’évaluationdel’étatdeconservationdesespèces
marinesd’intérêtcommunautaireetdeleurshabitatsàl’échelled’unsiteNatura2000en
mer–Version1.Octobre2012.RapportSPN2012/40,MNHN,Paris,34pages.
Remerciementspourlarelecture
NousremercionsFrançoiseClaro(MNHN‐SPN),VincentRidoux(CRMM),EmilienLasneet
EricFeunteun(MNHN‐CRESCO),HuguesCasabonnetetNoëmieMichez(MNHN‐SPN).
Créditsphotographiquesdelapagedecouverture:
‐Bandeau:HalichoerusgrypusPhoquegris(codeUE1364),©PhilippeGourdain
‐PhocavitulinaPhoqueveau‐marin(codeUE1365),©Jean‐PhilippeSiblet
‐FrayèredeLampetrafluviatilisLamproiefluviatile(codeUE1099),©EmilienLasne
‐CarettacarettaTortuecaouanne(codeUE1224),©Jean‐BaptisteSenegas
‐TursiopstruncatusGrandDauphin(codeUE1349),©GECEM
Créditsphotographiquesdela4edecouverture:
- PetromyzonmarinusLamproiemarine(codeUE1095),©EmilienLasne
‐AlosaalosaGrandealose(codeUE1102),illustration©V.Nowakowski
1

Sommaire
Préambule .......................................................................................................................... 3
1Contexteetobjectifs ................................................................................................... 4
1.1Lecadrejuridique....................................................................................................... 4
1.1.1ObjectifsdelaDHFFetdelaDO ........................................................................ 4
1.1.2Evaluationnationaleàl’échellebiogéographique(DHFF)................................. 4
1.1.3Evaluationnationalepouruneéchelleeuropéenne(DO) ................................. 4
1.1.4Evaluationàl’échelledusiteNatura2000(DHFFetDO) .................................. 5
1.2Objectifsdecettenote............................................................................................... 5
2Définitions................................................................................................................... 6
2.1Espèced’intérêtcommunautaireetespècedite«Natura2000»............................ 6
2.2Etatdeconservationd’uneespècemarineetdesonhabitatàl’échelle
biogéographiqueetnationale................................................................................................ 7
2.3Etatdeconservationd’uneespècemarineetdesonhabitatàl’échelledusite
Natura2000............................................................................................................................ 8
2.4Habitatd’uneespèced’intérêtcommunautaire ....................................................... 9
2.5Lesprogrammesd’acquisitiondeconnaissances,versuneaméliorationdenotre
connaissanceglobale ............................................................................................................. 9
3Lesdifférenteséchellesd’évaluationdel’étatdeconservationdeshabitatsd’espèces
………………………………………………………………………………………………………………………………..11
3.1L’échelledusiteNatura2000(cf.figure1) .............................................................. 11
3.2Lesautreséchelles(cf.figures2et3) ...................................................................... 11
4Evaluationdel’étatdeconservationd’unhabitatd’espèceNatura2000 .................. 16
4.1Besoinpourlagestion.............................................................................................. 16
4.2Besoinsécologiques ................................................................................................. 17
4.2.1Lespoissonsamphihalins ................................................................................. 17
4.2.2L’AphaniusdeCorse(Aphaniusfasciatus(Valenciennes,1821)) .................... 21
4.2.3LaTortuecaouanne(Carettacaretta(Linnaeus,1758)).................................. 22
4.2.4LeGrandDauphin(Tursiopstruncatus(Montagu,1821)) ............................... 24
4.2.5LeMarsouincommun(Phocoenaphocoena(Linnaeus,1758))....................... 25
4.2.6LePhoquegris(Halichoerusgrypus(Fabricius,1791)) .................................... 26
4.2.7LePhoqueveau‐marin(Phocavitulina(Linnaeus,1758))............................... 28
4.3Commentévaluerl’étatdeconservationdeshabitatsd’espècesNatura2000:
quelquesélémentsderéponse............................................................................................ 30
Bibliographie .................................................................................................................... 32
2

Préambule
ourleréseaudesitesNatura2000enmer,leMNHN‐SPNassureunappuiscientifique
notammentenproposantunedémarchequalité,desréférentielsetdesguides
méthodologiques.
P
SuiteàlaphasededésignationdessitesNatura2000autitredelaDirective«Habitat‐
Faune‐Flore»(DHFF)(ConseildelaCEE,1992)etdelaDirective«Oiseaux»(DO)(Conseilde
l’UnioneuropéenneetParlementeuropéen,2009)surledomainemarin,unephase
d’acquisitiondeconnaissancesplusfineestencourspourlagestiondessites.Lesrésultats
decestravauxaiderontàorienterlesactionsdegestionpouratteindrelesobjectifsdes
directives.Ilsdoiventpermettrederéaliser:
- unebasecartographiquedeshabitatsnaturelsmarinsetdesespècesd’intérêt
communautairedessitesNatura2000;
- uneévaluationdel’étatdeconservationdeshabitatsnaturelsmarinsetdesespèces
marinesd'intérêtcommunautaireetdeleurshabitatsàl'échelledechaquesite.
Conformémentàl'articleR.414‐11duCodedel'environnement(Anonyme,2008),cetétat
deconservationdoitêtrerenseignédanslesdocumentsd'objectifs(Docobs)dessitesde
façonàpouvoirorienterlesprisesdedécisionàl’échellelocale.Cesrésultatssontensuite
retranscritsdanslesFormulairesStandardsdeDonnées(FSD)dechaquesite.
Pourleshabitatsnaturelslistésàl’annexeIdelaDHFF,unepremièreversionduGuide
méthodologiquepourévaluerl’étatdeconservationdeshabitatsnaturelsmarinsàl’échelle
dusiteNatura2000aétéréalisée(Lepareur,2011).Elleaétéfourniedansunpremiertemps
àl’AAMPafind’appuyerleprogrammeCARTHAMquipermettradedisposerd’unebase
cartographiqueetd’uneévaluation,oupourlemoinsd’unedescription,del’étatdes
habitatsnaturelsmarinspourchaquesite.
LeprogrammeCARTHAMviseuneconnaissanceplusapprofondiedeshabitatsnaturels
marinsmaisn’apaspuaborderprécisémentlecasdesespècesetdeleurshabitats.Eneffet,
leslacunesdeconnaissancespourlesespèceslistéesàl’annexeIIdelaDHFFetpourles
oiseauxmarinssusceptiblesdejustifierlacréationdeZonedeProtectionSpéciale(ZPS)
(Comolet‐Tirmanetal.,2007)ontétéunfreinpourévaluerleurétatdeconservation.La
présentenote,danssaversion1,poselesbasesdelaréflexionencourssurl’étatde
conservationdecesespècesd’intérêtcommunautaireavecunfocussurleurshabitats
fonctionnels.Cettenotepréciseainsicequel’onentendparétatdeconservationdes
espècesetfaitétatdesréflexionsetdesétudesencours,deslacunesetdeslimitespourle
qualifierendéveloppantlaréflexionsurl’évaluationdeleurshabitats.Laquestiondes
différenteséchellespourréaliserl’évaluationdeleurshabitatsyestabordée.
Deuxprogrammesd’acquisitiondeconnaissancespourlespoissonsamphihalinsetles
mammifèresmarinsetoiseauxsontencoursetapporterontdesélémentsnouveauxpour
mieuxappréhenderl’évaluationdel’étatdeconservationdesespècesetdeleurshabitats.
Cesélémentscomplèterontcettenotedanssaversion2.
3

1 Contexteetobjectifs
1.1 Lecadrejuridique
1.1.1 ObjectifsdelaDHFFetdelaDO
LaDirectivedite«Habitats‐Faune‐Flore»(DHFF)fixeunobjectifàatteindreàsavoir,
maintenirourestaurerdansunétatdeconservationfavorableleshabitatsnaturelsetles
espècesd’intérêtcommunautaireinscritsauxannexesI,II,IVetV(art.2).
LaDirectivedite«Oiseaux»(DO)fixedesobjectifsàatteindreàsavoir,i)maintenirou
adapteràunniveausuffisantlapopulationdesespècesviséesàl’article1er(art.2)etii)
préserver,maintenirourétablirunediversitéetunesuperficiesuffisantesd’habitatspour
cesmêmesespèces(art.3.1).
Pouratteindrecesobjectifs,cesdeuxdirectivesimposentauxEtatsmembresde:
- constituerunréseaud’airesgérées(Natura2000)pourleshabitatsnaturelsde
l’annexeIetlesespècesdel’annexeIIdelaDHFF(ZSC)ainsiquepourlesoiseaux
justifiantlacréationdeZPS(annexeIdelaDOetespècesmigratricesdontlavenue
estrégulière(art.4.2)),
- mettreenplacedesmesuresdeprotectionstrictepourlesespèces(annexeIV)dela
DHFF(art.12etsuivants),
- réaliserunesurveillancedel’étatdeconservationdeshabitatsetdesespèceslistés
danslaDHFF(art.11)etd’enrendrecomptepériodiquement(art.17)dansun
rapportdevantêtrefournitouslessixansàlaCommissioneuropéenne,
- réaliserunrapportsurlesdispositionsnationalesprisesenvertudelaDO(art.12)
fournitouslestroisansàlaCommissioneuropéenne.
1.1.2 Evaluationnationaleàl’échellebiogéographique(DHFF)
EnFrance,l’évaluationdel’étatdeconservationdeshabitatsnaturelsetdesespècesà
l’échellebiogéographique,stipuléeàl’article17delaDHFF,concernequatredomaines
biogéographiquesduterritoiremétropolitainavecdeuxrégionsmarines(Atlantiquemarin
etMéditerranéemarin).Cetteévaluationestréaliséeselonuncadreméthodologique
communàtouslesEtatsmembres(EuropeanCommission,2011a)fourniparlaCommission
européenneetadaptéauniveaunationalparleMNHN(Bensettitietal.,2012).
1.1.3 Evaluationnationalepouruneéchelleeuropéenne(DO)
EnFrance,l’évaluationdel’étatetdestendancesdespopulationsd’oiseauxàl’échelle
nationalefaitl’objetd’unrapportageàlaCommissioneuropéenne(art.12).Cetteévaluation
estréaliséeselonuncadreméthodologiquecommunàtouslesEtatsmembres(European
Commission,2011b)fourniparlaCommissioneuropéenneetadaptéauniveaunationalpar
leMNHN(Comolet‐Tirmanetal.,2012).
4