brizoides dans le Nord, ou Glyceria striata en Europe), les arbres pittoresques des jardins romantiques, les relictes
glaciaires ou tertiaires…
Les listes d'espèces protégées : mondiale, européenne, nationale, régionale, voire départementale sont des
référentiels juridiques légaux dont la prise en compte est obligatoire. Toutefois, leur établissement généralement
pifométrique, combiné avec leurs limitations administratives (exclusion fréquente en France des zones agricoles, des
forêts, des zones urbaines et industrielles) prête parfois à la critique scientifique. Ces listes devraient évoluer en
permanence, ce qui est assez incompatible avec la pérennité d’une législation, et être indépendantes de la
signification des inventaires utilisés pas toujours très efficiente (cas des annexes de la Directive Habitat). Dans le cas
des habitats, les référentiels utilisés officiellement (CORINE Biotopes, EUNIS, PVF, etc.) sont incohérents et
incomplets, bien qu’il existe de bien meilleures sources (programme catminat par exemple). De plus, la
représentation des différents milieux naturels dans les listes est très déséquilibrée et discutable. Enfin, seuls les
plantes vasculaires et les vertébrés font, pratiquement, l’objet d’une protection réglementaire et des pans entiers de
la biodiversité (insectes, crustacés, mollusques, annélides, bryophytes, algues, protistes, etc.) ne sont pas pris en
compte.
Les listes rouges d'espèces menacées, sont généralement plus significatives et établies aux échelles mondiale,
nationale, voire régionale. Elles suivent la plupart du temps les critères UICN (référentiels d’ONG, mais généralement
à base scientifique), établis pour chaque groupe taxinomique à l’échelle mondiale, mais faisant parfois l’objet de
transpositions régionales, comme pour les plantes en Nord – Pas-de-Calais (cf. liste CBNBL), tant il est vrai que les
critères quantitatifs mondiaux, établis par l’UICN pour les oiseaux, sont difficilement transposables aux autres
groupes et nécessitent une adaptation régionale. Elles précisent les effets, mais rarement les causes et la nature des
menaces et ne fournissent pas de solutions stratégiques ou tactiques. De plus, les espèces des milieux pionniers
peuvent être davantage menacées par une mise sous cloche, puisque leur persistance dépend de la fréquence des
perturbations. Il en est de même des espèces pyrophiles ou de lieux inondables.
Outre les critères d’état présentés ci-dessus, d'autres critères, plus fonctionnels, peuvent être pris en compte du fait
que des espèces constituent des espèces clefs de voûte (Barbault 1995) ou des espèces ressources, indispensables
au bon fonctionnement des écosystèmes locaux :
espèce clef architecturale (= espèce édificatrice ou ingénieur) : espèce indispensable à l'existence morphologique
d'un écosystème (ex. : arbres dans une forêt, sphaignes dans une tourbière acidophile, Cyperaceae dans une
tourbière basse, posidonies et zostères dans un herbier marin ...).
espèce clef structurante : espèce indispensable à la bonne diversité d'un écosystème (ex. : la plupart des
superprédateurs, qui régulent les populations d'herbivores et évitent la dominance d’une seule, les herbivores qui
régulent les populations de plantes, les abeilles qui assurent la pollinisation, les vautours qui assurent le recyclage et
l’élimination des individus malades contagieux, les décomposeurs ...).
espèce clef nutritionnelle : espèce indispensable qualitativement à la survie d’une autre espèce de valeur
patrimoniale (ex. : la succise, Succisa pratensis, pour la chenille du damier de la succise, Euphydryas aurinia, la
canneberge, Vaccinium oxycoccos, pour le nacré de la canneberge, Boloria aquilonaris).
espèce fourrage : concerne des espèces assez abondantes dont dépend la densité ou l'existence d'autres espèces
prédatrices de valeur patrimoniale (ex. : le gardon pour le brochet ou le sandre, le lombric pour la bécasse, le pinson
pour l'épervier, les plantes à fleur pour les insectes, ...)
espèce marginale évolutive : espèce génétiquement ou écologiquement marginale dans un groupe taxinomique, qui
peut permettre l'évolution d'un nouveau rameau phylogénétique en cas de disparition du rameau principal (ex. :
ours blanc chez les Ursidés, reptiles mammaliens et aviens du secondaire, Cryptothallus mirabilis, chez les hépatiques
...).
espèce parapluie : espèce bénéficiant d'un statut de protection particulier et qui peut donc par sa seule présence,
permettre de sauver un écosystème local (ex. : la grande douve, Ranunculus lingua, la littorelle, Littorella uniflora,
plantes protégées nationalement, le scarabée pique-prune, Osmoderma eremita...). Voir Bifolchi & Lodé (2005) sur
cet aspect.