Sujet stage ingénieur bactéries fibrolytiques

Equipe « Procédés Microbiologiques et Biotechnologiques » (PMB)
Isolement de bactéries fibrolytiques intestinales :
Mise au point de la méthode d’isolement et des conditions de culture
Contexte :
Bien que présentes en faible abondance, certaines espèces du microbiote intestinal des mammifères ont un
rôle clé de voûte ce qui signifie que leur absence diminuerait grandement la dégradation ou l’utilisation d’un
substrat important et affecterait ainsi le reste de la communauté microbienne (Ze et al, 2013). C’est le cas
des bactéries fibrolytiques impliquées dans la dégradation des polysaccharides constitutifs des parois
végétales (cellulose, hémicelluloses et pectines) (Flint et al, 2012; Ze et al 2013). Grâce à la dégradation et à
la fermentation des polysaccharides en acides gras à chaîne courte (AGCC), les microorganismes
fibrolytiques contribuent à fournir de l’énergie à l’hôte qui les héberge et jouent un rôle central dans des
processus biochimiques et physiologiques impactant la santé de l’hôte. Malgré leur rôle clé, ces bactéries
fibrolytiques ont fait l’objet de très peu d’études jusqu’à aujourd’hui, en particulier parce qu’elles sont très
sensibles à l’oxygène, ce qui complique leur étude et la mise en œuvre de leur production et de leur
utilisation à grande échelle. Pourtant elles pourraient être utilisées en tant que microorganismes d’intérêt
pour améliorer le fonctionnement intestinal.
Objectif :
Le projet vise à mettre au point une méthode d’isolement de bactéries fibrolytiques issues du gros intestin
du cheval et de l’humain et des conditions optimales de culture.
Déroulement :
Le stage aura une durée de 5 à 6 mois. Pendant le stage, l’étudiant aura pour principales missions :
-
La recherche bibliographique sur les milieux et conditions de culture des bactéries fibrolytiques,
l’isolement de bactéries fibrolytiques,
la caractérisation métabolique et génomique des bactéries fibrolytiques isolées,
les analyses et discussion des résultats.
Profil de stage recherché :
-
Maitrise des outils de microbiologie et de biologie moléculaires (extraction d’ADN, PCR)
Analyse d’articles scientifiques en anglais
Aptitude au travail en équipe
Autonomie
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