Microbiologie - CHU de Saint

Journée des Correspondants
en Hygiène
Microbiologie
20 Novembre 2014 - Dr I. MARTIN
Unité d’Hygiène Inter-Hospitalière
CHU Saint-Etienne
Infection
 Une infection est la pénétration (porte d’entrée) puis le
développement de micro-organismes dans un être vivant,
avec déclenchement d'une réaction immunitaire
 Ces organismes vivants sont aussi appelés germes, flore
microbienne ou agents infectieux ou pathogènes :
 Virus : HIV – hépatites – rotavirus – varicelle …
 Champignons : candida (levures), aspergillus (filaments) …
 Parasites : poux, gale, puces …
 Cas particulier des prions = Agents Transmissibles Non
Conventionnels ATNC (Maladie de Creutzfeldt-Jakob / forme
nouveau variant « vache folle »)
 Bactéries
La flore résidente
= flore de colonisation = permanente = commensale
•Sur la peau et les muqueuses
•Se reconstitue rapidement (alimentation)
•Rôle de barrière protectrice
• Diverses bactéries : Staphylococcus epidermidis,
Staphylococcus haemolyticus (peau), Corynebacteries,
Propionibacterium acnes, Microcoques, Brevibacterium,
Acinetobacter …
 Flore cutanée, flore digestive, flore de Doderlein (gynéco.)…
La flore transitoire
= flore de contamination « en transit »
•Liée à l’activité et l’écologie du service
•Source de contamination : patient, surfaces, soignant …
 Manuportage
•Bactéries pouvant être pathogènes : Staphylococcus aureus
(peau), Pseudomonas aeruginosa (environnement),
Entérobactéries (Escherichia coli, Enterobacter, Klebsiella…),
Streptococoques du groupe A, Enterocoques, spores de
Bacillus et de Clostridium (environnement de soins) …
•Candida albicans (ex. immunodéprimés, diabétiques …
pression par antibiotiques)
Mise en évidence des bactéries


3 types de formes : bacille / coque / spirale
Coloration de GRAM  Ex. direct au microscope optique



Gram positif « violet » = paroi de peptidoglycane épaisse
 Les cocci sont en majorité à Gram Positif sauf Neisseria,
Moraxella …
Gram négatif « rose » = paroi fine + membrane externe de
lipopolysaccharide percée de porines  Les bacilles sont en
majorité à Gram Négatif sauf Listeria, clostridium…
Développement si glucides (énergie), lipides et protéines
(aliments constitutifs) - facteurs de croissance (sang, sel) - à
37°C (de 4 à 45°C) - à pH 7 - en présence d'air (= aérobies)
ou non (= anaérobies)
Forme sphérique
= coques, coccus / cocci
Forme cylindrique
= bacilles, bacillus
(Microscope électronique)
Forme spiralée = spirochètes
Treponema pallidum
(Syphilis)
Leptospire
(ictère hémorragique
/ rongeurs)
Cocci à Gram Positif
Staphylocoques : en amas, “grappe de raisin ”
 Staphylococcus aureus = doré
 Staphylocoques Coagulase Négative : S. épidermidis, S. capitis,
S. saprophyticus ...
Streptocoques :
 En “chainette” : S. pyogenes (= A / angines), S. agalactiae (= B /
voies génitales) …
 Oraux : S. pneumoniae (= Pneumocoque), S. oralis ...
 Enterocoques (D  digestifs) : E. faecalis, E. faecium ...
Microcoques
Staphylocoque
Streptocoque
Pneumocoque
Diplocoque
EXCEPTIONS : Cocci à Gram Négatif
Neisseria meningitidis = Méningocoque  Méningite
très grave et contagieuse / purpura fulminans
● Neisseria gonorrhoeae = Gonocoque  Infection
Sexuellement Transmissible
● Moraxella (ex Branhamella) catarrhalis

Méningocoque
Aspect en « grain de café »
Bacilles à Gram négatif
Entérobactéries : famille de différentes bactéries
Pseudomonas
Haemophilus
Bordella pertussis (coqueluche)
Légionella (réseaux d’eau chaude)
Pasteurella
Brucella
Acinetobacter
Helicobacter pylori (ulcère)
Etc …
Enterobactéries
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
Klebsiella pneumoniae, oxytoca
Escherichia coli = « colibacille » (infection urinaire)
Serratia marcescens
Salmonella enterica typhi, paratyphi (typhoïde) mais il
existe d’autres sérotypes (TIAC)
Shigella
Enterobacter aerogenes, cloacae
Citrobacter freundii
Proteus mirablis, vulgaris
Morganella morganii
Provindencia
Yersinia enterolytica, pseudotuberculosis, pestis ...
Pseudomonas
Bacille à gram négatif non fermantant (mais ce n’est pas
une enterobactérie)
Pseudomonas aeruginosa = « pyo » = « bacille
pyocyanique »
Autres pseudomonas :
Pseudomonas mallei et pseudomallei
Pseudomonas de l'environnement / eau
EXCEPTIONS : Bacilles à Gram Positif
Listeria monocytogenes 
● Corynébactéries
● Clostridium
●
Autres bactéries
 Bactéries atypiques :
• Mycoplasma pneumoniae, hominis ...
• Chlamydia trachomatis, pneumoniae, psittaci (perruches)…
• Rickettsia (tiques, puces) …
 Bactéries anaérobies strictes :
• Prevotella
• Propionibacterium acnes
• Clostridium difficile (diarrhées liquides post antibiotiques),
Clostridium tetanii (tetanos)…
 Spirochètes : leptospira, treponema pallidum (syphilis) …
 Mycobacteries :
• Mycobacterium tuberculosis = Bacille de Koch = BK (tuberculose),
• Mycobacterium leprae = Bacille de Hansen (lèpre)…
Ensemensement et culture
En 24 H  1 colonie = 1 clone de 106 bactéries  visible à l’œil nu
Géloses
Bouillon de culture
Culture et antibiogramme sur gelose
« Repiquage » d’1 colonie + disques imprégnés de divers
ATB  24 – 48H :
Développement
bactérien
Disque
ATB
CMI
Concentration
Minimale
Inhibitrice =
zone où la
bactérie ne
pousse plus
 couronne
d’efficacité de
l’ATB
Antibiogramme E-Test ®
Antibiogramme automatisé
Structure bactérienne (1)
Enveloppes
Membrane
externe si
Gram négatif
Noyau
Mésosome
0.2 µm
Structure bactérienne (2)
 Bactéries gram négatif = membrane externe en plus qui est
située à l’extérieur de la paroi
 Capsule = protection / antigène
 Noyau = ADN chromosomique = information génétique
 Ribosome = ARN
 Mésosome = invagination membrane cytoplasmique / vacuole
 Pili (des) = adhérence (plutôt chez gram négatif)
 Flagelle (1) = mobilité
 Plasmide = rôle aussi dans la résistance aux ATB
 Existe parfois des pili sexuels = échange de matériel génétique
dont plasmide
Résistances aux antibiotiques
1. Résistance naturelle = constitutionnelle X  Phénotype sauvage
Résistance qui touche toutes les bactéries d'une même espèce.
Ces résistances définissent les spectres d'activité des antibiotiques.
Ex. BGN R aux Glycopeptides
≠
2. Résistance acquise  Pression de sélection
Survenue dans une espèce naturellement sensible aux antibiotiques
d'une souche résistante :
 Staphylococcus aureus normalement S à la Penicilline M mais devenu R
 E. coli normalement S à la Penicilline A mais devenu R
Bactéries Multi-Résistantes BMR
 SARM = Staphylococcus aureus Résistant à la Méticilline, existe
aussi R aux Glycopeptides = GISA (très rare)
 EBLSE = Entérobactéries produisant des β-lactamases à spectre
étendu
 Acinetobacter baumannii et Pseudomonas aeruginosa, quelle que
soit leur multi-résistance aux antibiotiques (bactéries saprophytes
non commensales du tube digestif, peu de risque de diffusion
communautaire, diffusion hospitalière dans les services à risque)
 Enterococcus faecalis résistant aux glycopeptides (rarement
impliqué dans les épidémies)
Bactéries Hautement Résistantes émergentes
BHRe
• ERV : Enterococcus faecium R aux Glycopeptides (Vancomycine)
• Entérobactéries R aux Carbapenemes par production d’une
carbapénèmase
 Bactéries commensales du tube digestif, résistantes à de
nombreux antibiotiques, avec des mécanismes de résistance
transférables entre bactéries et n’ayant, à ce jour, diffusé en
France que sur un mode sporadique ou épidémique limité
 Pas de liste des pays à haut risque d’importation de ces BHRe,
il faut considérer tout rapatriement sanitaire ou antécédent
d’hospitalisation à l’étranger comme à risque potentiel, et les
patients concernés sont alors soumis à un dépistage
(écouvillonnage rectal) avec mesures complémentaires d’hygiène
spécifiques si BHRe mise en évidence
Merci de votre attention