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La Lettre de l’Infectiologue - Tome XIV - n° 9 - novembre 1999
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RÉSUMÉ. En une vingtaine d’années, le bactériologiste s’est
adapté aux enjeux médicaux et médico-économiques. Il s’est formé
à de nouvelles techniques et missions auxquelles il n’était pas pré-
paré. Une réflexion sur son statut professionnel, les structures dans
lesquelles il évolue et les nouvelles missions qu’il est amené à assu-
mer doit s’engager.
Mots-clés : Bactériologie - Biologie - Profession.
e coût de la santé aux États-Unis est à l’origine
d’une réflexion engagée par les microbiologistes de ce
pays sur l’évolution de leur discipline. Chaque mois,
de nouveaux éléments sont intégrés au débat sous
forme d’enquêtes, d’éditoriaux, d’articles, voire de fic-
tions. Même si la situation de la bactériologie améri-
caine n’est pas superposable à celle que nous connais-
sons en France, il est souhaitable d’engager une
réflexion sur les enjeux stratégiques de notre métier.
Dans une époque de changements, il nous importe
d’innover et de proposer des solutions plutôt que de
subir des choix extérieurs.
ÉTAT DES LIEUX
Le rôle du bactériologiste a considérablement évolué ces vingt-
cinq à trente dernières années. Hier, le bactériologiste était dans
son laboratoire, loin du malade, et recommandait au clinicien
de lui donner le maximum de prélèvements pour faire un bon
diagnostic. Aujourd’hui, les différents acteurs médicaux deman-
dent davantage au bactériologiste qu’une simple compétence,
des résultats de qualité et un relatif développement technique.
Avec un certain retard par rapport aux biochimistes et aux héma-
tologistes, les bactériologistes n’ont abordé véritablement l’in-
formatisation et l’automatisation de leur laboratoire qu’au début
des années 80. L’informatisation a entraîné une première évo-
lution de la discipline, permettant une meilleure évaluation de
la résistance des bactéries aux antibiotiques. Mais aujourd’hui
encore, cette mission n’est assurée qu’avec difficulté en raison
de la non-disponibilité sur le marché de logiciels réellement
adaptés à la microbiologie, quel que soit le pays. L’automati-
sation de l’identification bactérienne, de l’antibiogramme ou
de la détection des flacons positifs d’hémocultures a suscité
chez de nombreux bactériologistes, non sans raisons parfois,
des réticences, voire des rejets. Aujourd’hui, l’identification
automatisée des principales bactéries d’intérêt médical n’est
plus contestée. La lecture automatique des flacons d’hémocul-
ture est acquise dans la quasi-totalité des laboratoires recevant
ces examens, et l’antibiogramme automatisé est en passe d’être
admis grâce à l’utilisation conjointe de systèmes experts. Une
vingtaine d’années a été nécessaire pour permettre l’adoption
définitive de ces évolutions techniques.
ENJEUX
À l’aube du troisième millénaire, le bactériologiste doit-il s’at-
tendre à des changements prochains ? Ceux-ci seront-ils géné-
rés par lui ou subis en fonction des événements médicaux et
médico-économiques de ces derniers temps ?
Enjeux médicaux
Depuis quelques années, nous observons une modification des
pathologies due à l’accroissement du nombre de patients immu-
nodéprimés, d’enfants fragilisés et de personnes âgées. On
assiste, parallèlement, à la résurgence de certains pathogènes,
comme Mycobacterium tuberculosis sur un plan mondial, à
l’émergence de nouveaux pathogènes comme Chlamydophila
pneumoniae, Helicobacter pylori, Bartonella, Legionella et à
l’implication de bactéries opportunistes reconnues pour leur
faible pathogénicité dans la genèse d’infections variées. L’étio-
logie infectieuse de pathologies comme l’ulcère et le cancer
gastrique, le diabète de type 1, les lésions cardiovasculaires, la
sclérose en plaques et la maladie de Whipple est désormais
L
Peut-on dire “autant d’yeux, autant de points de vue” ?
Sans doute pas, mais notre conviction est qu’il y en aura toujours plusieurs
sur les sujets exprimés dans cette rubrique.
Aussi, notre souhait est que, face à un point de vue donné (dans La Lettre), d’autres s’expriment.
À vos plumes !
Le bactériologiste : un mutant inévitable
! R. Courcol
Centre hospitalier régional universitaire,
laboratoire de bactériologie-hygiène,
59000 Lille.

reconnue ou sérieusement envisagée. Enfin, l’accroissement de
la résistance aux antibiotiques des bactéries responsables d’in-
fections nosocomiales ou communautaires s’ajoute aux nou-
veaux champs médicaux que le bactériologiste doit désormais
maîtriser.
D’autres tâches sont apparues, auxquelles le bactériologiste par-
ticipe. Il s’agit de la lutte contre les infections nosocomiales : il
est en première ligne dans la détection des micro-épidémies, dans
la participation aux mesures d’hygiène et aux premières impli-
cations cliniques. Pour accomplir cette mission, le bactériologiste
doit mettre en place des techniques d’épidémiologie moléculaire
adaptées à la détection des clones. Son étroite collaboration avec
le pathologiste infectieux et l’épidémiologiste est devenue indis-
pensable pour mieux maîtriser le risque infectieux.
De par sa position, le bactériologiste doit participer aux réseaux
de surveillance nationaux, voire internationaux (pneumocoque,
tuberculose, coqueluche, maladies sexuellement transmissibles,
diarrhées, etc.). Il doit produire une analyse exhaustive des
résultats obtenus par son laboratoire dans des domaines tels que
la résistance aux antibiotiques et la détection des bactéries iso-
lées, en intégrant les données cliniques et pharmaceutiques,
l’évaluation de l’effet de la consommation d’antibiotiques sur
l’écologie bactérienne et la détermination de l’impact écono-
mique des différentes données microbiologiques.
L’utilisation des techniques moléculaires est devenue incon-
tournable pour certains aspects de la bactériologie. Si ces tech-
niques sont extraordinaires quant à leur sensibilité et leur spé-
cificité – par exemple, la détection des bactéries non cultivables,
fragiles ou de diagnostic difficile –, elles ne résoudront pas tout
et ne se substitueront pas complètement aux techniques conven-
tionnelles. Il ne faut pas créer de faux espoirs dans ce domaine,
même si l’apparition à moyen terme des “bio-puces” doit être
un réel progrès pour effectuer certains diagnostics. Quoi qu’il
en soit, l’introduction de ces techniques sera facilitée par une
simplification technique, une plus grande automatisation et une
réduction du coût des réactifs.
Aujourd’hui, le bactériologiste ne peut plus se retrancher der-
rière le prétexte que les bactéries se développent lentement. Les
applications de la biologie moléculaire ainsi que les nouveaux
automates et kits d’identification rapide sont connus des clini-
ciens. Ils savent que le bactériologiste peut répondre plus vite
à leurs attentes s’il met en œuvre les moyens nécessaires. Bien
utilisées, ces techniques permettront d’améliorer le diagnostic,
la prise de décisions médicales, et même le pronostic vital. La
rapidité d’obtention des résultats permet par exemple une réduc-
tion de la mortalité d’environ 45 % et une diminution du recours
à certains soins (intubations, séjours en soins intensifs, exa-
mens de laboratoire ou de radiologie) d’environ 30 %.
Enjeux médico-économiques
Le bactériologiste est aussi un acteur de l’économie de la santé.
Il est impliqué dans la réduction du volume et du coût des ana-
lyses, et dans l’optimisation du personnel technique et médi-
cal. Tous ces éléments font qu’il doit acquérir des connaissances
en économie et en management, afin de définir une stratégie
médico-économique de son métier qui sera mise en œuvre par
les gestionnaires. L’une des solutions d’actualité pour la maî-
trise des coûts est le regroupement des acteurs médicaux dans
de grandes structures médicales ou médico-techniques. Il appa-
raît également souhaitable, à l’image de ce qui a lieu dans les
autres pays européens, qu’un regroupement des 3 400 labora-
toires privés de biologie médicale se fasse. Un tel regroupe-
ment est en cours pour les 800 laboratoires existants en milieu
hospitalier. Encore faut-il que ces structures prennent en compte
la réduction de la durée des séjours hospitaliers et les nouveaux
modes d’hospitalisation et de soins ambulatoires.
SOLUTIONS
Dans le contexte actuel de réduction et de maîtrise des coûts
médicaux, de progrès scientifiques, d’innovations technolo-
giques, d’évolution des pathologies infectieuses, que proposer ?
Statut professionnel
Le biologiste hésite à choisir entre le maintien de sa pluri-
disciplinarité et l’évolution vers une spécialisation telle que le
statut de bactériologiste à part entière, intégré à une équipe de
spécialistes des diverses disciplines biologiques. Cela signifie
une meilleure compétence en bactériologie, avec pour effet
pervers un appauvrissement à terme de ses connaissances dans
les autres domaines de la biologie. Mais la solution ne serait-
elle pas de créer a un véritable statut de microbiologiste, limi-
tant la spécialisation en bactériologie, virologie, mycologie et
parasitologie aux biologistes exerçant dans les centres hospi-
taliers universitaires ?
Une autre crainte est, comme dans d’autres pays, de voir les
biologistes médicaux remplacés par des biologistes scienti-
fiques. Le risque d’une telle situation est de réduire l’acte micro-
biologique à une prestation technique démédicalisée. Les nou-
veaux biologistes coûteraient deux fois moins cher. Pour éviter
de subir cette évolution, il appartient au bactériologiste, et au
biologiste en général, de démontrer la valeur ajoutée médicale
de son travail technique tout en continuant à s’investir dans les
nouvelles missions apparues ces dernières années.
Quel que soit son choix, le bactériologiste ne peut donc plus se
limiter à son métier de base. Il doit s’ouvrir vers l’extérieur s’il
veut demeurer un acteur médical. Il doit aussi mettre son labo-
ratoire en réseau pour participer aux protocoles médicaux nova-
teurs, pour profiter des échanges de technologies, pour inter-
venir dans la maîtrise et la surveillance des épidémies et des
infections nosocomiales, et pour obtenir les ententes préalables
à la réalisation de nouveaux tests.
Assurance qualité
L’accréditation et/ou la certification des laboratoires d’analyses
sont devenues une nécessité, quel que soit le pays. Le bacté-
riologiste ne peut ignorer que son exercice futur dépend de l’ac-
créditation ou de la certification de tout ou partie de son labo-
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ratoire. Tous les acteurs médicaux sont impliqués dans l’éva-
luation de la qualité des soins. Il s’agit, entre autres, de res-
pecter les référentiels rédigés par les sociétés savantes ou par
les organismes gouvernementaux. L’assurance qualité permet
au bactériologiste d’intervenir à trois niveaux :
"Pour les patients et les médecins, il s’agit d’obtenir du bac-
tériologiste un meilleur diagnostic biologique, un résultat inter-
prété dans son contexte clinique, un meilleur conseil en anti-
biothérapie et en hygiène, une meilleure maîtrise des infections
nosocomiales, un meilleur contrôle des épidémies. La confiance
envers le laboratoire en sort renforcée. Pour certaines situations
locales, il est ainsi plus facile de comparer un laboratoire à un
autre.
"Pour le laboratoire, il s’agit de mettre en œuvre les tech-
niques les plus adaptées et/ou les plus récentes pour le dia-
gnostic étiologique des infections tout en prenant en compte le
rapport “utilité clinique-coût” pour chacune des techniques
employées, afin de satisfaire les besoins des malades. En bref,
en faire parfois moins, mais le faire toujours mieux.
"Pour le personnel, il y a une valorisation de ses responsabi-
lités, une meilleure reconnaissance de son travail, une mobili-
sation permanente pour atteindre les objectifs demandés. Un
des piliers de l’augmentation des compétences et de la qualité
est l’amélioration permanente de la formation technique et
médicale des technicien(ne)s et des biologistes. Il est donc
nécessaire de mettre en place un programme interne et externe
de formation pour l’ensemble du personnel de laboratoire. Cela
s’applique particulièrement à la microbiologie, où deux à
cinq ans sont nécessaires pour former un excellent personnel
technique. Pour motiver et médicaliser les technicien(ne)s, il
faut éviter l’organisation du travail par postes techniques, enri-
chir leurs fonctions et leurs compétences, récompenser leurs
efforts. Il est donc nécessaire de développer de nouvelles pers-
pectives de carrière en créant de nouveaux profils de poste
(assurance qualité, informatique, recherche et développement,
hygiène de l’environnement, gestion). Pour atteindre ces objec-
tifs, le personnel de laboratoire doit abandonner certaines de
ses traditions.
L’assurance qualité est aussi un moyen d’organiser la biologie
selon un concept néo-industriel. L’industrie peut aider le biolo-
giste à acquérir ce concept pour la gestion de la maîtrise des
coûts, les procédures d’organisation, les relations client-entre-
prise, la robotisation, etc., tout en conservant l’aspect analytique
du prélèvement biologique, l’intégration des données cliniques
et le conseil médical à fournir à chaque patient-client. Cela
l’oblige à mettre en place toute une série de tableaux de bord
concernant son métier, mais aussi la gestion économique du
laboratoire. L’interprétation de ces données collectées est indis-
pensable pour l’établissement d’une vision stratégique du métier.
Propositions de structures biologiques
Les grandes structures biologiques actuelles ou en projet ne
doivent pas se créer aux dépens des laboratoires plus petits, ce
qui aurait pour conséquence de les isoler. Un partenariat doit
se créer entre ces deux types de structures, ce qui permettrait,
par exemple, le transfert des technologies nouvelles validées.
Cette relation de confiance mutuelle permet une élévation géné-
rale des compétences. Toutefois, ce regroupement de la biolo-
gie risque d’entraîner un nouveau repli du bactériologiste dans
son laboratoire, repli dont il commençait, avec difficulté, à se
libérer grâce à l’apparition de nouveaux métiers, de nouvelles
compétences et de nouvelles responsabilités.
Si la tendance au regroupement des laboratoires d’analyses per-
siste, il n’est pas sûr que cela soit viable à moyen terme : on
peut en effet s’attendre à des progrès technologiques dans les
appareils de biologie délocalisée, à une évolution du système
de soins, ainsi qu’à des difficultés dans la maîtrise de la logis-
tique dédiée à ces grandes structures. La solution est, peut-être,
l’existence d’une structure de biologie centralisée n’effectuant
que les analyses spécialisées (mycobactéries, sérologie, iden-
tifications bactériennes difficiles, laboratoire de référence pour
les tests de sensibilité aux antibiotiques, épidémiologie molé-
culaire, séquençages, analyse des données bactériologiques), à
laquelle s’adosseraient des unités biologiques détachées réali-
sant des diagnostics de proximité (examens directs, identifica-
tions bactériennes, antibiogrammes de routine, techniques
moléculaires simplifiées) et ayant une réactivité plus grande
grâce au dialogue rapproché du bactériologiste avec les méde-
cins et/ou les patients.
Un laboratoire de bactériologie clinique intégré à une structure
de biologie publique ou privée doit aussi s’appuyer sur une
unité de recherche et de développement. L’intérêt de cette unité
est de mettre au point les nouvelles techniques à transférer en
routine, de participer aux différents protocoles proposés par les
réseaux de recherche, mais aussi de développer la thématique
de recherche du bactériologiste. Cela est un gage de progrès
permanent et de qualité montrant le dynamisme de la structure
biologique et sa remise en question permanente, ce qui permet
d’éviter le déclin du laboratoire et renforce la confiance du
malade vis-à-vis de son environnement médical.
CONCLUSION
Aujourd’hui, les données obtenues à partir des analyses bacté-
riologiques sont très nombreuses et sous-exploitées. Le bacté-
riologiste saura-t-il mieux les valoriser ou seront-elles pillées ?
Pourtant, la participation à la prescription et à la réalisation de
certains prélèvements techniques, l’interprétation des résultats,
le suivi et l’amélioration des règles d’hygiène, les conseils en
antibiothérapie font que le bactériologiste médical a de nom-
breux arguments recevables pour que son statut évolue vers
celui de “consultant en microbiologie clinique”. Le but n’est
pas qu’il se substitue au pathologiste infectieux, mais, de par
sa formation clinique de base, ses connaissances en physiopa-
thologie, en antibiothérapie et en hygiène, il doit être le parte-
naire à part entière d’une équipe bioclinique. L’avenir proche
montrera si le bactériologiste a su faire évoluer son statut, maî-
triser les nouveaux enjeux médicaux et démontrer la valeur
ajoutée de son travail. "
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POUR EN SAVOIR PLUS
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