ANNEXE 2 PRIX LEENAARDS 2015 POUR LA RECHERCHE MÉDICALE TRANSLATIONNELLE PROJET 2 Génome contre génome : l’impact des variations génétiques humaines sur les infections virales chroniques Interroger conjointement génome du patient et génome des virus qui l’infectent : une approche foncièrement innovante Participants à l’équipe de recherche (voir biographies en page 3): Dr. Jacques Fellay, MD PhD, professeur assistant à la Faculté des Sciences de la Vie de l’EPFL, chef de groupe de recherche au SIB Institut Suisse de Bioinformatique et médecin agréé au sein du Service des maladies infectieuses du CHUV Dr. Evgeny Zdobnov, PhD, professeur ordinaire, Département de Médecine Génétique et Développement à l’Université de Genève, chef du groupe de génomique évolutionnaire computationnelle au SIB Institut Suisse de Bioinformatique Projet rendu possible grâce à la révolution génomique Une infection virale peut être décrite comme un combat entre deux génomes : celui de l’hôte et celui du virus. Grâce à de récentes avancées dans les domaines de la génomique et de la bioinformatique, il est désormais possible d’étudier de manière globale les variations génétiques humaines et virales qui peuvent avoir une influence sur la sévérité d’une infection. « Cette étude vise à utiliser les technologies d’aujourd’hui pour comprendre une lutte qui remonte à l’aube de l’humanité: celle qui voit s'affronter l'être humain et les virus qui l’infectent », explique le Dr Jacques Fellay. Il y a encore quelques années, une telle recherche aurait été tout simplement impensable: « c’est grâce aux avancées technologiques et à la diminution drastique du coût des analyses génomiques que nous pouvons aujourd’hui imaginer une telle étude et être apte à disséquer quelles variations dans le génome des humains peut avoir un impact dans le déploiement du virus», souligne le Dr Evgeny Zdobnov. Une analyse exhaustive des variations présentes dans les génomes humains et viraux peut en effet être aujourd’hui effectuée pour une fraction (< 1%) de ce qu’une telle entreprise aurait coûté il y a une dizaine d'années. Approche innovante : interroger conjointement génome du patient et celui des virus « La nouveauté de notre approche, c’est la possibilité d’interroger dans une même étude le génome du patient et celui des virus qui l’infectent », précise le Dr Jacques Fellay. Dans cette recherche, 3 types de virus seront étudiés : le virus de l’immunodéficience humaine (VIH), celui d’Epstein Barr (EBV) et le virus cytomégalovirus (CMV). Cette approche combinée permet de détecter l’empreinte des facteurs génétiques humains dans les mutations que les virus accumulent. « En d’autres termes, les génomes viraux révèlent, par un effet miroir, nos mécanismes de défense contre ces infections », ajoute-t-il. Pour ce faire, l’équipe de recherche utilisera des technologies de séquençage à très haut débit et de génotypage à l’échelle du génome, ceci afin d’obtenir un catalogue exhaustif des variations génétiques humaines et virales. Des outils statistiques seront par ailleurs développés pour identifier des associations systématiques entre ces variations, indicatives d’une pression de sélection. Enfin, la dynamique évolutive des virus au sein de chaque patient sera également analysée. Choix des 3 virus : VIH, EBV et CMV Le VIH, le virus d’Epstein Barr (EBV – 90% de la population touchée) et le cytomégalovirus (CMV – 60% de la population touchée) sont tous les trois des virus responsables d’infections chroniques importantes, de gravité variable. Le virus de l’immunodéficience humaine (VIH) mène au SIDA, celui d’Epstein Barr (EBV) est responsable non seulement de la mononucléose mais aussi de cancers comme certains lymphomes ou carcinomes nasaux-pharyngés, tandis que le cytomégalovirus (CMV), qui est responsable d’infections gravissimes chez les personnes immunodéprimées, pourrait jouer un rôle dans le vieillissement accéléré du système immunitaire. Après l’infection aiguë, ces trois virus persistent sous forme chronique pour toute la vie de la personne infectée. Constitution du panel de patients co-infectés Dans ce projet, les interactions entre variation génétique humaine et diversité des génomes viraux seront analysées au sein d’un groupe de 500 patients chroniquement co-infectés par le VIH, le cytomégalovirus (CMV) et le virus d’Epstein-Barr (EBV). Ces 500 patients participent tous à l’Etude suisse de cohorte VIH (Swiss HIV Cohort Study, www.shcs.ch). Seuls les patients avec une immunosuppression relativement avancée (échantillons prélevés dans les années 80/90 pour la plupart, à savoir avant l’existence de trithérapies efficaces) seront pris en considération : la diminution des défenses immunitaires entraîne en effet souvent une réactivation des virus EBV et CMV, permettant ainsi aux chercheurs d’avoir suffisamment de virus dans le sang pour procéder aux analyses. Perspectives thérapeutiques « Le but de cette recherche est d’ouvrir des fenêtres insoupçonnées sur les régions de notre génome qui jouent un rôle clé dans notre défense contre les virus », résume le Dr Jacques Fellay. En d’autres termes, ce projet permettra une description détaillée des zones de « conflit génomique » entre l’homme et plusieurs virus responsables d’importantes infections chroniques, ce qui pourrait conduire à l’identification de nouveaux mécanismes de défense contre ces pathogènes et à l’élaboration de stratégies diagnostiques et thérapeutiques innovantes. Renseignements et personnes de contact : Dr Jacques Fellay, MD PhD, professeur assistant, Faculté des Sciences de la Vie, EPFL, [email protected], 021 693 18 49 Adrienne Prudente, responsable communication de la Fondation Leenaards, [email protected], 021 351 25 55 / 079 746 47 98 Dossier de presse et images libres de droit disponibles dès le 23 mars 2015 : www.leenaards.ch/presse 2 Biographies des participants à l’équipe de recherche (projet 2) Dr. Jacques Fellay, MD PhD, professeur assistant, Faculté des Sciences de la Vie, EPFL Jacques Fellay est professeur boursier du Fonds national suisse de la recherche scientifique et dirige un laboratoire consacré à la génomique humaine des maladies infectieuses à la Faculté des Sciences de la Vie de l’EPFL. Il est aussi chef de groupe de recherche au SIB Institut Suisse de Bioinformatique et médecin agréé au sein du Service des maladies infectieuses du CHUV. Ces affiliations multiples sont significatives de son désir d’interdisciplinarité et de sa volonté de rapprocher le monde de la clinique de celui de la recherche fondamentale. Après des études de médecine à Fribourg, Lausanne et Vienne, et un Doctorat en médecine en 2002, Jacques Fellay a suivi une formation de spécialiste FMH en maladies infectieuses, puis a rejoint pour 4 ans l’Université Duke, aux Etats-Unis. Depuis son retour en Suisse en 2010, il a développé avec son laboratoire une ligne de recherche en génomique humaine des infections virales. Il est auteur de plus de 80 publications scientifiques, avec des articles dans des revues telles que Nature, Science et The Lancet. Sa recherche est soutenue par le Fonds national suisse de la recherche scientifique, au travers notamment d’une bourse de Professeur SNF et de l’Etude suisse de cohorte VIH, ainsi que par diverses institutions publiques et privées. Il a reçu le Prix Latsis national en 2012 pour ses travaux sur les variations génétiques associées à la susceptibilité au VIH et l’hépatite C. Dr. Evgeny Zdobnov, PhD, professeur ordinaire, Département de Médecine Génétique et Développement, Université de Genève Evgeny Zdobnov a obtenu en 1997 un master en sciences mathématiques appliquées et technologie de l’information à l’Institut de physique et de technologie de Moscou (PhysTech), complété en 2000 par un PhD en biophysique de l’Institut de biologie moléculaire Engelgardt de l’Académie des sciences de Russie. Il a ensuite poursuivi ses recherches à l’Institut européen de bio-informatique à Cambridge (EBI-EMBL), puis au Laboratoire européen de biologie moléculaire d’Heidelberg (EMBL). En 2005, il a rejoint le Département de médecine génétique et développement de la Faculté de médecine de l’Université de Genève en qualité de professeur adjoint de la Fondation Giorgi-Cavaglieri. Il dirige également le groupe de génomique évolutionnaire computationnelle au SIB Institut Suisse de Bioinformatique. Il a été promu à la fonction de professeur ordinaire en décembre 2014. Evgeny Zdobnov a participé à l’analyse comparative de plusieurs génomes animaux récemment séquencés. Dans ce contexte, il a développé de larges collaborations internationales et a dirigé les analyses évolutives qui permettent d’identifier les familles de gènes, les orthologues, ainsi que les microARNs et leurs cibles. Son groupe de recherche a aussi développé des bases de données comme OrthDB et des outils bioinformatiques comme Newick utilities et miRmap. Evgeny Zdobnov est l’auteur de plus de 90 publications scientifiques. 3