Des généticiens cartographient les résistances humaines au

Embargo 29 octobre 2013 – 5h01 (CET) / 12 :01 am (EST)
HIV - Des généticiens cartographient
les résistances humaines au sida
Nos gènes détiennent-ils la clé des futures thérapies contre le sida? Grâce au génome de
milliers de souches du virus, et avec l’aide d’un supercalculateur, des chercheurs dessinent la
première carte des résistances humaines au HIV.
La clé des futurs traitements contre le HIV se cache peut-être dans nos gènes. Toutes les personnes
séropositives déploient des stratégies de défense, et certaines parviennent même à tenir le virus en
respect, sans besoin d’aucune thérapie. Cette véritable bataille laisse des traces au cœur même de
l’agent pathogène – des mutations génétiques, qui montrent comment le virus a fait face aux assauts
de son hôte. Des chercheurs de l’EPFL et du Centre hospitalier universitaire vaudois (UNIL-CHUV)
sont parvenus à remonter la chaîne des événements, du génome du virus au génome du patient. Ils
ont pu dessiner une première carte des résistances humaines au sida. Leur travail a pour but
d’identifier de nouvelles cibles thérapeutiques ou de permettre des traitements personnalisés. Il fait
l’objet d’une publication dans la revue eLife le 29 octobre.
Le système immunitaire humain développe toujours des stratégies de défense face au HIV.
Malheureusement, «le génome du virus change à toute vitesse, au rythme de millions de mutations
quotidiennes», explique Jacques Fellay, co-auteur et chercheur à l’EPFL. Dans la majorité des cas,
l’agent pathogène trouve une parade efficace, au hasard de la sélection naturelle.
Parfois, le virus doit combattre un hôte un peu plus coriace. Il développe également des résistances,
mais cette fois-ci au prix de sa capacité de réplication. «Le virus survit mais se multiplie plus
lentement, son potentiel de nuisance est en quelque sorte neutralisé», explique le chercheur.
En étudiant des souches du virus HIV après leur séjour dans un hôte humain, les chercheurs peuvent
identifier des mutations génétiques spécifiques. Des cicatrices, en quelque sorte, qui témoignent
chacune d’un type d’attaque bien particulier mené par le système immunitaire. Quels sont les gènes
humains à l’origine de ces stratégies de défense? Parmi nos variations génétiques, lesquelles nous
prédisposent-elles à une résistance accrue ou, au contraire, à une plus grande vulnérabilité face au
HIV? Les chercheurs ont mis au point une méthode à même de répondre à ces questions.
Un supercalculateur, 1071 patients et des millions de combinaisons
Pour dresser une première carte génétique des résistances humaines au sida, les chercheurs ont dû
analyser un nombre énorme de données. Ils ont étudié des souches différentes de HIV ayant séjourné
dans 1071 personnes séropositives ; ils ont croisé plus de 3000 mutations potentielles dans le
génome viral avec plus de six millions de variations dans le génome des patients. A l’aide de
supercalculateurs, ils ont pu étudier chacune des combinaisons possibles et établir des
correspondances entre patients.
«Nous devions étudier les souches virales avant que le patient n’ait été soumis à un traitement, ce qui
est loin d’être courant», raconte Jacques Fellay. Les chercheurs ont dû notamment puiser dans des
banques de données constituées dans les années 80, avant que des thérapies efficaces ne soient
mises au point.
Inédite, cette méthode de travail indirecte a permis d’obtenir la vision d’ensemble la plus complète à
ce jour des gènes humains et de leurs implications en termes de résistance au HIV. Elle permet non
seulement de mieux comprendre comment nous nous défendons, mais également comment le virus
s’adapte. «Nous disposons maintenant d’une véritable base de données, qui nous permet de savoir
quelle variation génétique humaine induira tel ou tel type de mutation dans le virus», explique Amalio
Telenti, co-auteur et chercheur UNIL-CHUV.
Des thérapies inspirées de nos défenses naturelles
Ce travail présente deux intérêts majeurs. De nouvelles thérapies pourraient ainsi être développées
en s’inspirant des défenses génétiques humaines, tout particulièrement celles qui induisent un taux
moindre de réplication du virus. En outre, les chercheurs espèrent qu’en profilant le génome d’une
personne séropositive, il sera possible de cibler les traitements de manière personnalisée, en prenant
en compte à la fois ses forces et ses faiblesses.
Le journal eLife fait partie d’une récente initiative conjointe du Howard Hughes Medical Institute, de la
Société Max Planck et du Wellcome Trust, dans le domaine des sciences de la vie et du biomédical.
http://www.elifesciences.org
Contacts :
Lionel Pousaz, Service de presse EPFL, [email protected] ou +41 79 559 71 61
Jacques Fellay, chercheur EPFL, [email protected] ou +41 79 948 11 29
Amalio Telenti, chercheur UNIL-CHUV, [email protected] ou +41 21 314 40 97