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Méthode
Nous avons analysés 72 souches d'entérobactéries isolées dans notre laboratoire entre 2010 et 2012.
Les phénotypes de résistance BLSE sont caractérisés par la synergie entre les disques AMC et ATM, FEP,
CAZ ou CXM et le test des doubles disques avec acide clavulanique (a.clav). Une CMI à l’ERT >1mg/l ou
le test de Hodge modifié positif identifient un phénotype carbapénèmase (carbase) possible. Parmi
nos 5 carbases, deux sont des souches de référence (CQE). La synergie (>4mm) entre les disques de
FOX avec et sans oxacilline (FOC) ou un MASTDISCS ID (MAST Diagnostic, France) positif identifie les
souches AmpC. Les bactéries présentant des résistances inexpliquées ou de phénotype hyperOXY sont
classées dans le groupe «négatif». L’ADN est extrait sur NucliSENS EasyMag (Biomérieux, Suisse). La
mise en évidence des gènes de BLSE (CTX-M, TEM, SHV), AmpC plasmidiques (CMY-1/MOX, CMY-
2/FOX, DHA, ACC, ACT/MIR) et carbapénèmases (KPC, NDM, OXA-48, VIM, IMP) est réalisée avec le
test CT103.
Evaluation d’une technique de puce à ADN permettant la détection rapide et
la caractérisation moléculaire des gènes de résistances des entérobactéries
Luce Bertaiola, Marie-Lise Tritten, Hans H. Siegrist et Reto Lienhard
ADMED Microbiologie, La Chaux-de-Fonds, Suisse
Fig.1: Nombre d’espèces incluses dans l’étude
39%
33%
21%
4%
3%
1%
CTX M1
CTX M15-like
CTX M9
CTX M1-like
TEM104K
TEM 238S
Fig.2: Pourcentage des gènes BLSE caractérisés
génétiquement par le test CT103
0
2
4
6
8
10
12
14
16
18
20
CTX M1
CTX M15-
like
CTX M9
CTX M1-
like
TEM104K
TEM
238S
SHV
E. coli
K. peumoniae
Fig.3: Répartition des gènes BLSE caractérisés par le test CT103 chez E. coli
et K. pneumoniae
Phénotype identifié
ESBL
AmpC
Carbase
Négatif
CT 103
ESBL
50
0
0
0
AmpC
0
5
0
0
Carbase
0
0
4
0
Négatif
0
6
1
10
Tableau 1: Tableau comparatif montrant les résultats
obtenus par caractérisation phénotypique et par
caractérisation génotypique (CT103)
Résultats
Le CT103 a caractérisé génétiquement 91% des souches de manière concordante avec nos
observations phénotypiques. Parmi les 72 souches, 4 présentent 2 types de résistance différents qui
ont été correctement identifiés par le test. Sur 50 phénotypes BLSE, tous sont génétiquement
identifiés. Les gènes prédominant sont CTX-M1 (39%), CTX-M15-like (33%) et CTX-M9 (21%). CT103
confirme 5 souches AmpC parmi les 11 suspectés et 4 entérobactéries du groupe carbapénémase
parmi les 5 profils suspectés. Toutes les souches hyperOXY sont génétiquement caractérisées négatives
par le test.
Discussion
La plupart des entérobactéries isolées présentant un profil de résistance inclus dans le kit ont pu être confirmées. La présence de souches ERT non
sensibles (Enterobacter spp et Hafnia spp) peuvent présenter un test de Hodge modifié positif et nécessite un test de confirmation décisif.
Six souches suspectées AmpC et une carbapénémase sont rendues négatives par le CT103 (Table 2). Il pourrait s’agir d’AmpC chromosomiques ou AmpC
plasmidiques non inclus dans le panel du CT103. Le CT103 n’a détecté aucun génotype de résistance non suspecté ou non identifié avec les critères
phénotypiques. Ce test nous a permis de détecter la première souche OXA-48 (K. pneumoniae) au sein du laboratoire.
Souche
Mast
différence
FOX-FOC
Antagonisme
IMP-CRO
Synergie
a.clav.
CMI ERT
Disque
ERT
Expert SIR
CT103
Commentaires
E.aerogenes
AmpC
≤4mm
nég
nég
0.19
i
AmpC
nég
AmpC réellement ?
E. coli
AmpC
≤4mm
nég
nég
/
S
0
nég
AmpC réellement ?
E. coli
AmpC
>4mm
nég
nég
/
S
AmpC
nég
AmpC plasmidique non inclus dans CT103?
E. cloacae
AmpC
>4mm
nég
nég
/
I
Case Hyp.
nég
AmpC chromosomique, Case Hyp.
E. coli
AmpC
>4mm
nég
nég
/
S
Case Hyp.
nég
AmpC chromosomique, Case Hyp.
K. pneumoniae
négatif
>4mm
pos
nég
/
S
0
nég
AmpC chromosomique ?
H. alvei
AmpC
≤4mm
pos
nég
6
R
Case Hyp.
nég
AmpC chrom., Case Hyp.+ carbase chromosomique ?
Objectif
Evaluer l’utilité de la technique d’amplification et d’hybridation sur puce à ADN « Check-MDR CT103 »
(CT103) (Check-Points, Wageningen, Pays-Bas) dans un laboratoire régional non universitaire.
Tableau 2: Tableau comparatif montrant les caractéristiques phénotypiques des 7 souches rendues négatives par le CT103
Abréviations: Case Hyp.: Céphalosporinase hyperproduite, FOX=cefoxitine, FOC= FOX+oxacilline, IPM= imipénème, CRO= ceftriaxone, ERT= ertapénème, Expert SIR= système
expert du SIRSCAN (i2a, France)
Conclusion
1) Nous observons une très bonne concordance entre les profils phénotypiques établis et les génotypes révélés par le CT103. Ce test représente une
méthode précise, utile et efficace pour le suivi épidémiologique des souches.
2) Au sein de notre laboratoire, cette méthode permet l’identification et la confirmation rapide (dans les 2-3 jours) des carbapénémases plasmidiques.
3) L’EUCAST 2012 ne recommandant pas l’identification des AmpC ou BLSE, un test incluant les gènes de carbapénèmases seulement suffirait au besoin du
laboratoire .
42
26
2
1
1
E. coli
Klebsiella sp.
P. mirabilis
H. alvei
C. freundii