Université de Sherbrooke

Université de Sherbrooke
Description des phénotypes cliniques des patientes diagnostiquées pour un cancer de
l’ovaire de type épithélial à partir d’un entrepôt de données cliniques : un soutien
pour la génomique fonctionnelle.
Par
Vincent Normandeau-Babin
Programmes de sciences cliniques
Mémoire présenté à la Faculté de médecine et des sciences de la santé
en vue de l’obtention du grade de maître ès science (M.Sc.)
en sciences cliniques (profil recherche)
Sherbrooke, Québec, Canada
Juillet 2013
Membres du jury d’évaluation
Andrew Grant, MB, ChB, MRCP, FRCPC, DPhil, FACMI, Biochimie, Faculté de
médecine et des sciences de la santé, Université de Sherbrooke
Denise St-Cyr Tribble, Inf., Ph. D., Sciences cliniques, Faculté de médecine et des sciences
de la santé, Université de Sherbrooke
Anne-NÎarie Mes-Masson, Ph. D., Faculté de médecine, Université de Montréal
© Vincent Normandeau-Babin, 2013

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Description des phénotypes cliniques des patientes diagnostiquées pour un cancer de
l’ovaire de type épithélial à partir d’un entrepôt de données cliniques : un soutien
pour la génomique fonctionnelle.
Par
Vincent Normandeau-Babin
Programmes de sciences cliniques
Mémoire présenté à la Faculté de médecine et des sciences de la santé en vue de l’obtention
du grade de maître ès science (M.Sc.) en sciences cliniques (profil recherche), Faculté de
médecine et des sciences de la santé, Université de Sherbrooke, Sherbrooke, Québec,
Canada, J1H 5N4
Ce projet de maîtrise vise à décrire les phénotypes cliniques des patientes diagnostiquées
pour un cancer de l’ovaire de type épithélial afin de soutenir la génomique fonctionnelle.
Pour réaliser ce projet de recherche, quatre objectifs ont été réalisés : 1) proposer un modèle
conceptuel décrivant les phénotypes cliniques des patientes à partir de données médicales
enregistrées dans un entrepôt de données cliniques; 2) à partir du modèle conceptuel, créer
deux outils informatiques, dont l’un, le Master Specimen File (MSF) qui extrait des
variables du modèle conceptuel issues des rapports de chirurgie et de pathologie des
patientes (p. ex. histologie, stade, grade, etc.) afin de confirmer leurs diagnostics et de
décrire leurs tissus de recherche selon des caractéristiques tissulaires, cellulaires et
moléculaires. L’autre, le Clinical Response Database (CRD), permet de visualiser d’autres
variables (p. ex. traitements, résultats d’imagerie médicale et marqueurs tumoraux) pour
déterminer l’ordre des traitements, les réponses aux traitements ainsi que les survies des
patientes; 3) utiliser les deux outils informatiques au Centre hospitalier universitaire de
Sherbrooke (CHUS) pour décrire les phénotypes cliniques de patientes recrutées pour le
Laboratoire de génomique fonctionnelle de l ’Université de Sherbrooke (LGFUS); et 4)
réanalyser les résultats d’une étude publiée en 2009 par le LGFUS en effectuant un
nouveau regroupement des patientes selon leurs phénotypes cliniques. L’utilisation des
outils informatiques au CHUS a permis de décrire les phénotypes cliniques de 106 patientes
diagnostiquées pour un cancer de l’ovaire de type épithélial. Ces outils ont permis de
sélectionner les patientes dont les phénotypes cliniques correspondent à des critères de
sélection établis par le LGFUS. Cette sélection a permis d’effectuer la réanalyse des
résultats d’une étude génomique et de constater que les patientes ayant des phénotypes
cliniques hétérogènes ont des moyennes de ratio d’événements d’épissage alternatif de
gènes statistiquement différentes. De plus, cette réanalyse a permis d’obtenir de nouveaux
résultats statistiquement significatifs et d’apporter de nouvelles hypothèses concernant le
gène CDCA1 dans le cadre du cancer de l’ovaire de type épithélial.
Mots dés : Cancer de l’ovaire, entrepôt de données cliniques, génomique fonctionnelle, modèle
conceptuel, outils informatiques, phénotype clinique, pise en charge médicale, recherche
translationnelle.

Dédicace
Ce mémoire est dédié à ma tante Lucille et à mon oncle Jean, tous deux éteints d ’un cancer.

Épigraphe
« In writing the history o f a disease, every philosophical hypothesis [...] should lie in
abeyance [...] [T]he clear and natural phenomena of the disease should be noted [...]
accurately, and in ail their minuteness; in imitation o f those pointers who represent in their
portraits the smallest moles andfaintest spots »
-Thomas Sydenham. (1749). Médical Observations (3 éd.). London