TH` ESE L’UNIVERSIT´ E BORDEAUX I

Nod’ordre : 3630
TH` ESE
pr´esent´ee `a
L’UNIVERSIT´ E BORDEAUX I
´
ECOLE DOCTORALE DE MATH´ EMATIQUES ET INFORMATIQUE
par Romain BOURQUI
POUR OBTENIR LE GRADE DE
DOCTEUR
SP´ ECIALIT´ E : Informatique
D´ecomposition et Visualisation de
graphes : Applications aux Donn´ees
Biologiques
Soutenue le : 24 Octobre 2008
Apr`es avis de :
MMe. Pascale Kuntz-Cosperec Professeure Rapportrice
M. Alexandru Telea . . . Professeur Rapporteur
Devant la Commission d’Examen compos´ee de :
M. ´ Eric Sopena . . . Professeur . . . . . . Pr´esident
MMe. Marie-France Sagot Directrice de Recheche Examinatrice invit´ee
MMe. Maylis Delest . . Professeure . . . . . Directrice de th`ese
M. David Auber . . . Maˆıtre de Conf´erences Co-directeur de th`ese
- 2008 -

D´ecomposition et Visualisation de graphes:
Applications aux Donn´ees Biologiques
Romain Bourqui

Remerciements
Mes remerciements s’adressent tout d’abord `a la r´egion Aquitaine pour avoir financ´e
mes travaux de th`ese ainsi qu’`a l’Universit´e Bordeaux 1 et au LaBRI pour m’avoir permis
de la r´ealiser dans de bonnes conditions. Je souhaite ensuite remercier tous les membres de
mon jury de th`ese, Pascale Kuntz-Cosperec, Marie-France Sagot, Eric Sopena et Alexandru
Telea pour avoir accept´e de relire et permis d’am´eliorer par leurs remarques mon manuscrit
de th`ese.
Je tiens aussi `a remercier l’ensemble des membres du th`eme «Visualisation de grandes
masses de donn´ees »pour leurs qualit´es humaines ind´eniables, leur bonne humeur quoti-
dienne ainsi bien sˆur que leur humour sans ´egal (merci Jean-Mi). En particulier, je voudrais
remercier Maylis et David qui ont su me donner la chance de r´ealiser cette th`ese avec eux.
J’en profite pour signifier toute ma gratitude et mon amiti´e `a David pour le (bon) temps
qu’il m’a consacr´e et l’enthousiasme pour la recherche qu’il m’a transmis.
Je remercie d’autre part tous les membres de ma famille pour le soutien qu’ils m’ont
apport´e. Je remercie tout particuli`erement ma m`ere qui a toujours su nous pousser `a
donner le meilleur de nous-mˆemes. Je pense d’autre part `a mon d´efunt grand-p`ere Pierre
qui m’a donn´e sa passion pour la culture et la connaissance.
Je tiens enfin `a remercier mon amie Sabrina pour m’avoir support´e (dans tous les sens
du terme) notamment durant ces derniers mois. Son soutien moral ainsi que sa pr´esence
m’ont permis de surmonter nombre de difficult´es au cours de ces trois ann´ees.
i