Épidémiologie du syndrome reproducteur et respiratoire porcin

COLLOQUE SUR LA PRODUCTION PORCINE
Savoir pour mieux planifier l’avenir !
4 novembre 2003, Saint-Hyacinthe
Une initiative du
Comité production porcine
Épidémiologie du syndrome
reproducteur et respiratoire
porcin (SRRP) dans
les élevages québécois
Sylvie D’ALLAIRE, D.M.V., M.Sc., Ph.D.
Professeure en médecine porcine
Faculté de médecine vétérinaire, Université de Montréal
Saint-Hyacinthe (Québec)
Conférence préparée avec la collaboration de
Renée LAROCHELLE, B.Sc., M.Sc., Ph.D., Chercheure scientifique
Ronald MAGAR, B.Sc., M.Sc., D.M.V., Ph.D., Chercheur scientifique
Agence canadienne d’inspection des aliments, Laboratoire de Saint-Hyacinthe
Note : Cette conférence a été présentée lors de l’événement et a été publiée
dans le cahier des conférences.
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le catalogue des publications du CRAAQ

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ÉPIDÉMIOLOGIE DU SYNDROME REPRODUCTEUR
ET RESPIRATOIRE PORCIN (SRRP) DANS LES ÉLEVAGES QUÉBÉCOIS
INTRODUCTION
Le syndrome reproducteur et respiratoire porcin (SRRP) est apparu en Amérique du Nord en
1987. Toutefois, ce n'est qu'en 1991 que le virus responsable de cette maladie a été identifié.
Depuis, le SRRP continue d'entraîner des pertes économiques considérables pour l'industrie
porcine. C'est sans contredit chez le porc la maladie la plus importante économiquement au
Québec.
Plusieurs études ont démontré que ce virus est génétiquement très variable (Kapur et al., 1996;
Goldberg et al., 2000a, b) et certains auteurs avancent que ces variations pourraient être à
l'origine de la différence de signes cliniques observés lors d'épisodes de SRRP. La sévérité des
signes cliniques peut également être influencée par le type de système de production et le
statut immunitaire du troupeau. Afin de mieux contrôler cette condition, il est essentiel de bien
en comprendre l'épidémiologie. Le virus se transmet d'un troupeau à l'autre principalement par
l'introduction de sujets infectés et par la semence contaminée, ou tel que suggéré
expérimentalement via du matériel contaminé (aiguilles, bottes, vêtements, véhicules), des
insectes et des oiseaux (Le Potier et al., 1997; Zimmerman et al., 1997; Benfield et al. 1999;
Dee et al., 2002; Otake et al., 2002 a, b, c). Quant à la transmission par aérosol sur de longues
distances, la littérature à son sujet demeure controversée. La majorité des études portant sur la
transmission ont été effectuées à partir d'infections expérimentales alors que très peu d'études
de champ ont été menées. Des outils de diagnostic très performants ont été développés pour le
SRRP au cours des dernières années, ce qui a permis une approche originale pour l'étude de
l'épidémiologie de cette importante maladie.
Les objectifs du projet étaient d'évaluer la variation génétique parmi les souches du virus SRRP
au Québec et d'identifier des relations entre les souches afin de mieux comprendre les facteurs
impliqués dans la propagation du virus. De nombreux vétérinaires et producteurs ont participé à
cette étude et leur collaboration fut grandement appréciée. Les résultats présentés sont issus
d'une étude récente (Larochelle et al. 2003) à laquelle est ajoutée l'analyse de cas de SRRP
soumis depuis juillet 2002.
MATÉRIEL ET MÉTHODES
Au total, 369 souches de virus SRRP ont été analysées dont 347 souches obtenues de cas de
champ sur une période de cinq ans, 18 isolats de référence, trois souches vaccinales et une
souche des États-Unis.
Les échantillons soumis consistaient en des sérums ou des morceaux de poumons ou de
ganglions lymphatiques obtenus d'animaux qui avaient présenté des signes cliniques ou des

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taux d'anticorps contre le virus SRRP plus élevés que normalement attendu. Les échantillons
étaient soumis à diverses procédures de biologie moléculaire qui permettaient de séquencer
une partie du génome du virus SRRP. En bref, les souches étaient identifiées par PCR
(amplification en chaîne par polymérase ou polymerase chain reaction) de façon à amplifier la
région appelée ORF 5 (cadre de lecture ouvert ou open reading frame) du virus SRRP.
Par la suite, cette partie du génome viral (ORF 5) a été séquencée ce qui a permis de comparer
les souches entre elles. Cette analyse a permis d'obtenir le degré de ressemblance (homologie
en %) entre les souches et ainsi de déterminer si les souches étaient semblables (homologues)
ou différentes (hétérologues). Un dendrogramme a été construit et permettait de visualiser
différents regroupements de souches. Un questionnaire était complété pour chaque cas soumis
afin d'obtenir de l'information sur le type de troupeau, la localisation, les signes cliniques
observés, les sources d'approvisionnement d'animaux et les sources potentielles de
contamination du troupeau. Les détails sur la méthodologie utilisée sont décrits par Larochelle
et collaborateurs (2003).
RÉSULTATS
Les 347 souches de champ provenaient de 251 troupeaux. Pour 65 troupeaux, plus d'un
échantillon ont été soumis au cours de l'étude. Environ 70 % des cas ont été soumis durant
l'automne et l'hiver, soit de novembre à avril. La taille des troupeaux variait de 100 à 2400 truies
avec une moyenne de 610. L'inventaire moyen en pouponnière et en engraissement était
respectivement de 1680 et 2010 porcs.
Près de 60 % des cas ont été soumis pour des problèmes reproducteurs, 35 % pour des
problèmes respiratoires en pouponnière ou en engraissement et 5 % pour une augmentation
dans le troupeau des titres sérologiques envers le virus SRRP en absence de signes cliniques.
Le dendrogramme a permis d'identifier 63 regroupements comprenant de 2 à 29 séquences
chacun. Des exemples de cinq différents regroupements sont illustrés à la Figure 1.
L'homologie devait être égale ou supérieure à 98 % pour considérer les séquences comme
semblables. Ainsi, 277 séquences sur 369 (75 %) ont pu être incluses dans ces regroupements.
Les données recueillies à l'aide des questionnaires ont été utilisées pour identifier la présence
de relations entre les souches d'un même regroupement. Pour certains regroupements, un seul
type de relation pouvait être à l'origine du regroupement, alors que plusieurs relations diverses
étaient observées dans d'autres regroupements.

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Figure 1. Portion de dendrogramme illustrant cinq regroupements de différentes
souches de SRRP (accolades 1 à 5). Le regroupement 3 compte 20 souches
différentes
Les relations entre les souches pouvaient être attribuées à diverses causes (Tableau 1) :
• à l'introduction de porcelets ou de porcs à l'engrais infectés ;
• à l’introduction de sujets de remplacement infectés ;
• au fait que les souches provenaient d'un même troupeau ou d'un même site de
production ;
• à une contamination intentionnelle de cochettes en vue de les acclimater à la souche
virale présente dans l'élevage récepteur ;
• à une contamination via des objets inanimés.
Pour d'autres séquences, aucun lien n'a pu être identifié outre le fait que les souches
provenaient de troupeaux différents, mais appartenaient au même propriétaire sans être en
mesure de spécifier davantage la relation. Dans d'autres cas, aucun lien précis n'a pu être établi
autre que les souches qui provenaient de troupeaux situés dans la même région géographique.
La distribution de ces souches selon leur appartenance et la distance entre les fermes d'origine
est indiquée au Tableau 1. Les souches dites vaccinales, au nombre de 29, se retrouvaient
dans deux regroupements associés à deux types de vaccins. Pour 37 souches, aucune relation
n'a pu être observée.

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Tableau 1. Relation suspectée entre les souches au sein des regroupements
(277 souches)
Relation %
Introduction de porcelets 14,1
Introduction d'animaux de remplacement 5,8
Même troupeau d'origine 16,2
Même site de production 4,6
Même organisation 12,8
Contamination intentionnelle pour acclimatation de cochettes 2,4
Objets inanimés 1,8
Propagation régionale
Distance entre les fermes <3 km : propriétaires différents 5,8
Distance entre les fermes <3 km : même propriétaire 4,0
Distance entre les fermes >3 km et <10 km : propriétaires différents 4,9
Distance entre les fermes >3 km et <10 km : même propriétaire 2,4
Distance >10 km et <30 km 4,9
Souche vaccinale 8,9
Inconnu 11,3
Pour 65 troupeaux, plus d'une souche ont été identifiées, soit de la même soumission ou de
différents échantillons soumis sur une période de un mois à quatre ans. Dans 66 % des
troupeaux ayant effectué de multiples soumissions, les souches étaient toutes différentes.
Jusqu'à quatre souches différentes ont été identifiées au sein d'un troupeau sur une période de
deux ans et demi. Cependant dans 20 % des troupeaux avec soumissions multiples, les
souches étaient similaires. Dans les autres cas (14 %), on retrouvait des souches à la fois
différentes et similaires, par exemple, deux souches semblables et une troisième différente des
deux autres.
Les souches de type vaccinal se retrouvaient dans deux regroupements : un avec
27 séquences dont celle du vaccin RespPRRS/Repro et celle de la souche de référence ATCC-
VR2332 et un deuxième regroupement de deux séquences incluant celle du vaccin PRRS ATP.
Une souche de champ a été subséquemment identifiée dans trois de ces troupeaux. Dans dix
cas, les animaux soumis avaient été vaccinés de 3 à 122 jours auparavant (moyenne de
43 jours), alors que dans 12 autres cas les animaux soumis n'étaient pas vaccinés eux-mêmes
mais provenaient de troupeaux où une vaccination était effectuée. Six autres sujets provenaient
d'élevage où la vaccination avait cessé depuis un à deux ans auparavant et un sujet venait d'un
troupeau n'ayant jamais utilisé de vaccin pour le SRRP.