Principaux micro- organismes impliqués dans les infections
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Principaux microorganismes impliqués dans les infections nosocomiales Les pathogènes opportunistes Micro-organisme pathogène Tout micro-organisme capable de provoquer une infection : Se multiplier chez l’hôte Et/ou Produire des toxines néfastes pour l’hôte Intéraction complexe entre micro-organisme et l’hôte Infection = déséquilibre en faveur du microorganisme Phénomène multifactoriel complexe Pathogène spécifique/opportuniste Naturellement agressif pour l’homme Provoque des lésions chez l’individu sain Provoque des infections caractéristiques Non pathogène pour l’homme sain Profite d’une situation particulière pour proliférer Minimum de pathogénicité et capacité de se multiplier à 37°C Exemple d’un pathogène opportuniste Pseudomonas aeruginosa Expression selon le service : exemple de Pseudomonas aeruginosa Type de service Fréquence parmi les espèces responsables d’IN Réanimation 18% Médecine 6% Chirurgie 4,8% Moyen séjour 3,9% Expression selon le patient : exemple de Pseudomonas aeruginosa Pathologie motivant l’hospitalisation Fréquence de l’espèce Insuffisance respiratoire 32% Insuffisance rénale 3% digestive 7% Problème neurologique 2% Les principales caractéristiques préalables des bactéries Leur écologie naturelle par rapport à l’homme : écologie susceptible d’être modifiée par les différentes pressions de sélection exercées Leur sensibilité naturelle aux antibiotiques : évolution de cette sensibilité du fait de l’acquisition de résistances Deux préalables Écologie bactérienne : statut des bactéries par rapport à l’homme Parasites stricts Commensales Saprophytes des végétaux Sensibilité naturelle aux antibiotiques Multi-sensibles Sensibilité plus réduite Résistances naturelles fréquentes La survenue d’une infection L’infection est un concept clinique dont la définition repose sur l’existence d’une réaction de l’organisme humain face à la présence d’une bactérie Il existe des conditions préalables nécessaires à la survenue de l’infection Les phases endogène Contamination exogène Colonisation Infection Contamination endogène Concerne les bactéries commensales Réservoirs constitués par la niche écologique de la bactérie Nez et S. aureus Tractus digestif et E. coli Translocation Par voie externe Par voie interne Contamination exogène Concerne tous les types de bactéries (parasites, commensales, saprophytes) Réservoirs : environnement du patient Autres patients Soignants Environnement inerte Contamination directe : le réservoir constitue le vecteur Contamination indirecte : il existe un vecteur entre le réservoir et le patient Les facteurs influant sur le risque infectieux endogène Contamination exogène Colonisation Infection -peuvent agir sur les trois phases De 3 ordres : bactérie, environnement, hôte Les facteurs bactériens Contamination Colonisation Inoculum et virulence Facteurs d’adhésion Toxines Sensibilité aux antibiotiques Infection Inoculum et virulence Inoculum S. Typhi : < 105 S. Typhimurium: > 108 S. dysenteriae : 10 M. tuberculosis : 1-10 Virulence : Taux de croissance Co-cultures Notion quantitative Génotype (chromosome +/- plasmide) : adaptabilité Pathogénicité Caractère qualitatif Production de toxines Pathogénicité Deux types de facteurs Extra-cellulaires : exoenzymes et exoprotéines Cellulaires : lipopolysaccharide (AgO), capsule Types d’activité Toxicité cellulaire Invasion Sur les macrophages et/ou polynucléaires Fibrinolysine/coagulase Effets endotoxiniques (systémiques) Facteurs d’adhésion Facteurs de la surface cellulaire Capsules, pilis, AgO L’affinité avec les « cellules cibles » détermine la nature du syndrome infectieux (exp. Ag K de E. coli et infection urinaire) Facteurs extra-cellulaires Slime, alginate, hémagglutinines Sensibilité aux antibiotiques La résistance acquise un avantage sélectif en présence d’antibiotiques Un handicap en l’absence d’antibiotiques (taux de croissance plus faible) Plasticité génomique Fréquence des mutations adaptatives compensatrices Sélection de souches résistantes à fort taux de croissance Importance des différents facteurs selon la phase Contamination Inoculum Adhésion Sensibilité aux antibiotiques Colonisation Virulence Sensibilité aux antibiotiques Infection Inoculum Adhésion Virulence pathogenicité Les facteurs de l’hôte Contamination Colonisation Défense de 1ère ligne : Défense cutanéo-muqueuse Infection Défense de seconde ligne : Réaction imflammatoire Barrière cutanéomuqueuse 3 types de défense Physique Chimique Desquamation, escalator muco-ciliaire,… Acides gras cutanés, fibronectine pulmonaire Biologique Flore endogène Défense biologique Densité et diversité de la flore endogène cutanée et muqueuse le plus souvent sensible aux antibiotiques Occupation stérique, métabolisme actif, équilibre biologique « fragile » en présence d’antibiotiques Défense biologique : effets directs Bactériocines Métabolites toxiques Déplétion en mutriements Inhibition de l’adhésion aux cellules de l’hôte Dégradation des toxines Défense biologique : effets indirects Augmentation de la synthèse des Ac Stimulation de la phagocytose Augmentation de la production d’interféron Perturbations de la barrière cutanéo-muqueuse Traitement antibiotique et défense biologique Intégrité du revêtement cellulaire muqueux ou cutané Accident (alitement, brûlures, …) Invasivité des soins Vieillissement ou pathologies Effet toxique direct (exfoliatine de S. aureus) Handicap fonctionnel Prise en charge médical Invasivité des soins Effet toxique direct (exotoxine A de P. aeruginosa et activité ciliaire, ou souches mucoïdes) Réaction inflammatoire Libération de médiateurs chimiques avec conséquences vasculaires Dilatation Stase Hyperthermie locale Réaction cellulaire Afflux local de polynucléaires et lymphocytes phagocytose Perturbations de la réaction inflammatoire Prise en charge médicale Anti-inflammatoires, « neutropéniants », anesthésie Prise en charge chirurgicale Choc interventionnel Liés au statut des patients Facteurs génétiques Facteurs constitutionnels Pathologies acquises ou congénitales Les facteurs liés à l’environnement Contamination Colonisation Infection Nombre de réservoirs environnementaux Résistance de la bactérie dans l’environnement inerte Nombre d’opportunités de contamination ces facteurs constituent la pression de colonisation Pression de sélection antibiotique : collective et individuelle Risque relatif d’acquisition exogène d’un SARM en fonction de la pression de colonisation exercée par les SARM importés Classe de PC1 Nombre d’unités Risque relatif 1 (0.0-0.2 pour 1000 jours) 16 1 2 (0.2-4.0 pour 1000 jours) 15 2.42 3 (4.0-12.8 pour 1000 jours) 16 4.14 4 (>12.8 pour 1000 jours) 16 7.50 Le nombre de cas acquis était corrélé à PC1 : r=0,62 et p <10-5 Les facteurs liés à l’environnement Contamination Colonisation + Les pratiques d’hygiène Infection Les sites infectieux et les espèces Infections nosocomiales et microorganismes (1) Les infections nosocomiales les plus fréquentes sont les infections urinaires (plus d’un tiers des infections nosocomiales : 36%). Viennent ensuite par ordre de fréquence décroissante : les pneumopathies : 12% les infections du site opératoire : 11% les infections de la peau et des tissus mous : 10% les autres infections respiratoires : 8% les bactériémies et/ou septicémies : 6% les infections ORL ou de l’œil : 6% les infections sur cathéter : 4% Infections nosocomiales et microorganismes (2) Les micro-organismes les plus fréquemment isolés sont: des bacilles à Gram négatif : 50 à 55% . - Escherichia coli : 20% , 22.6% -Pseudomonas aeruginosa : 11%, 11.1% -Proteus mirabilis 5% -Klebsiella pneumoniae 3% des cocci à Gram positif : 30 à 35% -Staphylococcus aureus : 16% 19.8%, -SCN : 5% -Entérocoques 6% et enfin des micro-organimes divers : 14% anaérobies, mycobactéries, fungi, parasites, virus…). Infections nosocomiales et microorganismes (3) Les infections nosocomiales liées à des bactéries présentent en France comme caractéristique d’être souvent résistantes aux antibiotiques. Infection urinaire E.coli Enterocoques E faecalis 80% E faecium 10 % Autres entérocoques 5% Autres entérobactéries Proteus sp Klebsiella pneumoniae P. aeruginosa S. aureus (SARM) A. baumannii Infection pulmonaire P. aeruginosa Entérobactéries E. coli K pneumoniae S. aureus A. baumannii ISO S. aureus +++ SCN Bacilles GramP aeruginosa E. coli A Baumannii…. Variable selon le type de chirurgie Bactériémies : Origine Communautaire / Nosocomiale, 1998-2002 (N=18 000) 60 % Total 50 Communautaire 40 Nosocomial 30 20 10 0 Cocci + BGN Anaérobies Levures Autres Bactériémies à cocci G+ : Origine Communautaire/Nosocomiale, 1998-2002 (N=8000) 50 % Total 40 Communautaire 30 Nosocomial 20 10 0 S. r u a s eu N C S e n P um o c o e u q St p re t oA St p re t oB Au t re s Évolution de la résistance aux -lactamines : Staphylococcus aureus Fréquence de la résistance à la méticilline: fréquence de SARM pour 100 isolats de S. aureus bactériémiques Pas de variation entre 1996 et 2002 35% en moyenne (N=4000) 28,5% dans les Bactériémies Communautaires 40,4% dans les Bactériémies Nosocomiales
