D ’U P

THESE
Pourl’obtentiondugradede
DOCTEURDEL’UNIVERSITEDEPOITIERS
U.F.RSciencesFondamentalesetAppliquées
(DiplômeNational–Arrêtédu25avril2002)
EcoleDoctorale:Sciencespourl’EnvironnementsGayLussac
SecteurdeRecherche:TerreSolideetEnveloppesSuperficielles
Discipline:PaléontologiedesVertébrés
Présentéepar
SoizicLEFUR
LesfaunesmammaliennesduMiocènesupérieurdu
Tchad:structuredescommunautésetimplications
paléoenvironnementales
Sous la direction de
Patrick VIGNAUD, Professeur
Emmanuel FARA, Maître de Conférences
Thèse soutenue publiquement le 4 décembre 2009
Devant la Commission d’Examen
Membres du Jury
Z. ALEMSEGED
L.J. FLYNN
M. BRUNET
E. FARA
J
.-J. JAEGER
H.T. MACKAYE
P. VIGNAUD Professeur, Université de Poitiers
Rapporteur
Rapporteur
Examinateur/Président
Examinateur
Examinateur
Examinateur
Examinateur
Maître de Conférences, Université de N’Djamena
Maître de Conférences, Université de Bourgogne
Professeur, Université de Poitiers & Collège de France
PhD, Assistant Director, Harvard University
PhD, Chair and Curator, California Academy of Sciences
Professeur, Université de Poitiers

i
Remerciements
Ces trois années de thèses ont été l’occasion pour moi de côtoyer et d’apprécier un
certain nombre de personnes, appartenant au monde de la recherche ou autre. Je
tiens à présent à leur exprimer toute ma gratitude pour leur contribution, de près ou
de loin, à ce travail de recherche, par leurs conseils avisés mais également par leur
soutien inconditionnel. C’est ainsi que je me lance dans l’exercice périlleux des
remerciements que je ferai concis, mais je l’espère sans oubli.
Je commencerai tout naturellement par remercier mes directeurs de thèse, Patrick
Vignaud et Emmanuel Fara, sans qui bien sûr je n’en serais pas là aujourd’hui. La
complémentarité de leurs domaines de compétences a été une vraie richesse pour
mon apprentissage. Merci pour toute l’aide que vous m’avez apporté, vos conseils
précieux, votre soutien moral, et pour votre grande disponibilité, malgré des emplois
du temps outrageusement chargés.
Je remercie également Michel Brunet et Jean-Jacques Jaeger pour m’avoir accueilli au
sein de l’iPHEP. En particulier, Michel Brunet pour avoir contribué à proposer ce
sujet de thèse. J’espère finalement avoir répondu à vos attentes et surtout en avoir
suscité de nouvelles.
Je tiens également à remercier les autres membres du jury, mes rapporteurs,
Lawrence Flynn et Zeresenay Alemseged, ainsi que Hassan Taïsso Mackaye, d’avoir
bien voulu consacrer de leur temps à évaluer mon travail de recherche.
J’ai passé trois années extrêmement enrichissantes au sein de l’iPHEP, sur le plan
professionnel mais également sur le plan humain, et c’est à vous tous que je le dois :
Ghislaine Florent, Carine Noël, Franck Guy, Cécile Blondel, Mathieu Schuster, Olga
Otero, Géraldine Garcia, Jean-Renaud Boisserie, Stéphane Ducrocq, Xavier Valentin,
Olivier Chavasseau, Sabine Riffaut, Mouloud Benammi, Louis de Bonis, Vincent
Lazzari et Amal Le Beurre.

ii
J’adresse également mes remerciements à Anne Brunellière, pour sa remarquable
efficacité dans la recherche d’articles et sa grande gentillesse, ainsi qu’Audrey pour
sa bonne humeur et sa disponibilité.
Je ne saurai oublier les « extérieurs », anciens pictaves et/ou collaborateurs, justifiant
ainsi leurs visites (trop peu fréquentes) au laboratoire : Stéphane Peigné, avec qui j’ai
pu effectuer mes tous premiers pas dans la recherche ; mais également Fabrice
Lihoreau, Gildas Merceron et Doris Barboni. Les discussions que j’ai pu avoir avec
chacun, touchant de près ou de loin à mes recherches, ont été très enrichissantes à
chaque fois.
Ces trois années n’auraient pas été les mêmes sans la présence de mes collègues (et
amis) thésards et post-docs : Aurélie, Camille, Pauline, Diogo, Thibaut, Diana,
Guillaume, Antoine, Alice, Renaud, Faysal et j’ajouterai à cette liste Sohee et Golpar,
presque du labo maintenant… Ainsi que Le P’tit Cabaret qui a su accueillir nos
soirées quelque peu arrosées.
Je remercie également mes collègues du CIES, entre autres : Marc, Fred, Marie, Julien,
Alice, Adeline, Romain, Cyrille, avec lesquels j’ai passé des soirées très « animées » et
pu partager des expériences CIES I-NOU-BLI-ABLES !
Je terminerais en remerciant ma famille (toujours présente et chaleureuse, merci pour
les A/R Poitiers-Bretagne et pour votre soutien), et mes potes !! Alain, Nat, Marie,
Seb, Floue, Arnaud, Fanny, Guillaume, Claire, Emeline, Eric, Mily (psst, thanks pour
les cours anti-stress sur la fin), Cédrikus, P-Y, Laure, Oliv, Erel, Elod, Yo, Bertrand et
Rachelle.
Enfin, merci au capo du 4x4 (que je n’aurai malheureusement pas eu le plaisir de
rencontrer) qui a permis de révéler toute la diversité faunique du secteur de TM,
véritable point de départ de mon sujet de thèse.

iii
TABLE DES MATIERES
INTRODUCTION
PREMIERE PARTIE : JEUX DE DONNEES ET METHODOLOGIE
Chapitre 1 : Terminologie de la paléoécologie
Chapitre 2 : Les faunes fossiles du Mio-Pliocène d’Afrique
I- Assemblages mio-pliocènes du Tchad
I.1- Secteur fossilifère de Toros-Menalla (TM)
I.1.1- Quel est l’effectif minimal à considérer pour qu’un échantillon
devienne représentatif de l’assemblage fossile dont il est issu ?
I.1.2- La constitution de répliques permet-elle d’obtenir un échantillon plus
représentatif de l’assemblage fossile dont il est issu ?
I.2- Secteurs pliocènes du désert du Djourab : Koro Toro, Kollé et Kossom
Bougoudi
II- Assemblages africains du Miocène supérieur-Pliocène basal
III- Construction des jeux de données
Chapitre 3 : Base de données modernes
I- Définition des environnements africains modernes
I.1- Classification des environnements africains modernes
I.1.1- Selon le type d’habitats
I.1.2- Selon l’agencement des habitats
I.2- Quel lien entre facteurs climatiques et formations végétales ?
II- Jeux de données
Chapitre 4 : Techniques d’analyses
I- Codage des données
I.1- Structure taxinomique, diversité écologique et taxinomique
I.1.1- Structure taxinomique
I.1.2- Composition taxinomique
I.1.3- Diversité écologique
I.1.4- Diversité taxinomique
I.2- Transformation et standardisation des données
II- Techniques d’analyses multivariées
II.1- Techniques de classification
II.2- Méthodes d’ordination
II.3- Analyses discriminantes
III- Indices de similitude
IV- Tests statistiques
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