Université Pierre et Marie Curie

Université Pierre et Marie Curie
Ecole doctorale Physiologie et Physiopathologie (ED394)
Équipe d’Arnaud Moris (CIMI – Centre d’immunologie et des maladies infectieuses)
« Immunobiologie des infections virales et présentation des antigènes »
Interactions VIH/autophagie dans les cellules dendritiques :
de la réplication à la présentation des antigènes
Par Pierre-Grégoire COULON
Thèse de doctorat d’Immunologie
Dirigée par Arnaud MORIS
Présentée et soutenue publiquement le 29 septembre 2014
Devant un jury composé de :
Pr. Vincent MARÉCHAL Président
Pr. Mathias FAURE Rapporteur
Dr. Anne HOSMALIN Rapporteur
Dr Philippe BENAROCH Examinateur
Dr. Fabien BLANCHET Examinateur

COULON Pierre-Grégoire – Thèse de doctorat – Année 2014
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Je dédie ce travail de longue haleine à ma famille, mes ami(e)s et ma chérie, sans qui
je n’aurais peut-être pas eu ce goût pour la réflexion et la découverte. Merci de m’avoir
transmis la curiosité du monde qui m’entoure.

COULON Pierre-Grégoire – Thèse de doctorat – Année 2014
Remerciements
 Au membres du jury :
Je tiens à remercier tout d’abord les membres de mon jury, Vincent Maréchal, Mathias
Faure, Anne Hosmalin, Philippe Benaroch et Fabien Blanchet pour avoir accepté d’évaluer
mon travail et fourni leurs avis éclairés.
 A mon laboratoire :
Je remercie également tout particulièrement Arnaud Moris, mon chef de laboratoire et
encadrant, qui m’a soutenu, aidé et guidé lors de cette thèse, aussi bien scientifiquement
(intellectuellement ou manuellement) qu’humainement. Je le remercie pour sa disponibilité et
sa vision de la recherche, avec laquelle je partage de nombreux points d’accroche. Merci
également de m’avoir fait participer à de grands congrès scientifiques, de m’avoir donné
l’opportunité d’encadrer des étudiants en master et merci, en résumé, de m’avoir appris ce que
signifiait « faire de la recherche ».
Ensuite, je voudrais remercier aussi les membres du laboratoire qui m’ont aidé à
mener à bien mes expériences et qui m’ont motivé dans les moments plus difficiles,
notamment Sylvain Cardinaud, Stéphanie Graff-Dubois et Alexandra Urrutia. Sans eux, je
n’aurais très certainement pas été capable de progresser aussi rapidement dans ma réflexion et
mes manipulations.
Merci à tous mes amis du laboratoire. Les étudiants avec qui j’ai travaillé et me suis
amusé, comme Julian Buchrieser, Emmanuel Atangana Maze, Angéline Rouers, Pauline
Louche et Lucie Colineau, Ophélie Momméja et Julien.
 A nos collaborateurs
Merci à nos collaborateurs, Fabien Blanchet, Olivier Schwartz, Vincent Piguet et
Nicolas Manel.
 Aux membres des plateformes
Merci à l’EFS pour les échantillons de sang et les anneaux de cytaphérèse. Merci aux
personnel des plates-formes de biologie moléculaire P3S (Plate-forme Post-génomique de la
Pitié Salpétrière) et de microscopie PICPS (Plate-forme d'Imagerie Cellulaire Pitié-
Salpêtrière) pour m’avoir formé et permis d’utiliser leurs machines. Je remercie
particulièrement Aurélien Daufin pour ses formations claires et didactiques à l’utilisation des
microscopes confocaux et du logiciel ImageJ et Phillipe Lefèvre pour la formation à
l’utilisation de l’irradiateur de l’institut Cochin.
 A mon école doctorale
Merci également à mon école doctorale ED394 « Physiologie et Physiopathologie »
pour son soutien et ses formations.
 A mes collègues, amis et membres du CIMI
Merci également aux personnes des laboratoires du CIMI, Fabrice Licata, Charles
Nuttens, Clément Levin, Elodie Guyon, Virginie Felouzis, Anya Lissina, Olivia Bonduelle,

COULON Pierre-Grégoire – Thèse de doctorat – Année 2014
Olivia Briceno, Hélène Perrin, et tous les autres avec qui j’ai passé de très bons moments et
qui m’aidaient et me soutenaient. Merci à Céline Méaudre pour les typages HLA. Merci
également à tous ceux qui, de près ou de loin, ont aidé à l’avancement du projet par leurs
suggestions et leurs discussions.
 A mes amis
Merci à mes amis de l’université et mes amis d’enfance, qui ne m’ont rien apporté
scientifiquement, mais tout apporté humainement, parce que parfois ça fait du bien de ne plus
penser « science » ! Merci à ma chérie pour m’avoir donné le sourire et du courage.
 A ma famille
Enfin, merci à mes parents et a ma famille, qui m’ont inculqué mes envies de
découverte et de réflexion, les plus importantes de toutes selon moi.
MERCI A TOUS POUR VOTRE SOUTIENT !

COULON Pierre-Grégoire – Thèse de doctorat – Année 2014
SOMMAIRE
PREFACE
IINTRODUCTION...........................................................................................................................1
AL’AUTOPHAGIE.........................................................................................................................................1
1.GENERALITES..................................................................................................................................................1
2.LAMACROAUTOPHAGIE..................................................................................................................................2
2.1.Mécanismesmoléculaires.....................................................................................................................................2
2.1.1.L’initiation......................................................................................................................................................................................3
2.1.2.LecomplexePI3K(Beclin1:hVps34:p150).....................................................................................................................3
2.1.3.LecomplexeULK(ULK1/2:Atg13:FIP200etAtg101)................................................................................................4
2.1.4.Lanucléationsurlesitedel’omégasome.........................................................................................................................5
2.1.5.Elongationduphagophoreetcomplétion........................................................................................................................7
2.1.6.Maturationetdégradationdesautophagosomes.......................................................................................................10
2.1.7.Lesvoiesd’inductionetderégulationdel’autophagie............................................................................................12
2.2.L’autophagiesélective.........................................................................................................................................14
2.2.1.Formationdesagrégatsprotéiques:interconnexionsentreleprotéasomeetlavoieautophagique14
2.2.2.Lesprotéinesréceptricesdescargos...............................................................................................................................16
2.2.3.Formesspécifiquesd’autophagiesélective...................................................................................................................18
3.L’AUTOPHAGIEMEDIEEPARLESCHAPERONNES.........................................................................................18
3.1.Mécanismesmoléculaires..................................................................................................................................18
3.2.Régulation................................................................................................................................................................19
3.3.Relevancephysiologique....................................................................................................................................20
BCELLULESDENDRITIQUESETIMMUNITE.....................................................................................22
1.ROLEDESDCDANSL’IMMUNITEINNEE.......................................................................................................22
1.1.Reconnaissancedespathogènes......................................................................................................................22
1.2.Capturedesantigènes.........................................................................................................................................24
1.3.Maturationetmigration.....................................................................................................................................25
2.ROLEDESDCDANSL’IMMUNITEADAPTATIVEETLAPRESENTATIONDESANTIGENES............................26
2.1.LesmoléculesduCMHpourlaprésentationdesantigènes...................................................................26
2.1.1.MoléculesduCMHI.................................................................................................................................................................26
2.1.2.MoléculesduCMHII...............................................................................................................................................................27
2.2.PrésentationsurlesmoléculesduCMHI.....................................................................................................28
2.2.1.PrésentationdesantigènesendogènessurlesCMHI..............................................................................................28
2.2.2.Présentationcroiséed’antigènesexogènessurlesCMHI.....................................................................................31
2.3.PrésentationsurlesmoléculesduCMHII....................................................................................................33
2.3.1.PrésentationdesantigènesexogènessurlesCMHII...............................................................................................33