Résumé

Résumé
Nom et Prénom du Doctorant: FELLAHI Siham
L~ Bronchite infectieuse aviaire est une maladie infectieuse et contagieuse du poulet associée
au virus de la bronchite infectieuse aviaire (IBV) qui appartient à la famille des Coronavirus
(Coronaviridae), le génome viral est composé d'une molécule d'ARN, simple brin de 27.6 Kb
et de polarité positive. Cette pathologie constitue l'un des axes majeur de la recherche en
médecine vétérinaire aviaire à cause des pertes économiques considérables qu'elle occasionne.
Le but du présent travail était (i) de mettre au point une technique moléculaire Sybr Green
pour le diagnostic de l'IBV et la comparer à la RT-PCR conventionnelle. (ii) d'évaluer la
prévalence nationale de l'infection à l'IBV au sein des élevages avicoles marocains. (iii) de
caractériser de point de vue moléculaire les génotypes de l'IBV en circulation au Maroc. (iv)
de réaliser une étude moléculaire rétrospective de l'IBV sur 63 souches isolées entre 1983 et
2014.
Pour ce faire, une nouvelle technique moléculaire Sybr Green pour améliorer le diagnostic et
le control de l'IBV et le différencier des autres pathologies respiratoires a été mise au point et
comparée par rapport à la RT-PCR conventionnelle.
Ainsi différentes méthodes épidémiologiques et moléculaires ont été utilisées dans cette
étude, allant d'un échantillonnage proportionnelle à la taille à travers tout le Maroc jusqu'à la
RT-PCR en temps réel pour un échantillon de 360 élevages de poulets dont 328 de poulets de
chair, 21 de poule pondeuse et 11 de poulets reproducteurs.
Le virus a été isolé sur œufs embryonnés Exempt d'Organismes Pathogènes Spécifiques
(EOPS) puis amplifié par RT-PCR conventionnelle et le séquençage d'une portion du gène SI
qui porte l'antigénicité de ce virus. L'analyse phylogénétique de séquences nuc1éotidiques et
d'acides aminés codés par la région hypervariable du gène SI (nt 705-1097)de 50 souches
isolées au Maroc, a été effectuée.
Les résultats du test moléculaire Sybr Green ont montré une forte sensibilité et spécificité par
rapport à la RT-PCR conventionnelle pour le diagnostic et la quantification de ce virus à partir
des échantillons du terrain.
L'enquête épidémiologique a montré une prévalence globale de 51.7% de l'infection à l'IBV.
Les élevages ont été classés en quatre groupes selon leur programme de vaccination: le

groupe 1 est constitué des élevages non vaccinés contre l'IBV, le groupe 2 contient les
élevages qui ont été vaccinés une seule fois, le 3ème et le 4èmegroupe ont reçu respectivement
un et deux rappels de vaccination aux 14 et 21 jours.
Ut prévalence relative des élevages IBV positifs est estimée à 66.7% dans le groupe 1 (58
élevages positif sur 87 élevages de poulet testés), suivi par 54% dans le groupe 2 (114/211),
25% dans le groupe 3 (8/32), et 20% dans le groupe 4 (6/30).La prévalence de la répartition
géographique de l'IBV a été différemment distribuée entre les différentes régions du Maroc,
mais la différence n'était pas statistiquement significative.
Le résultat de l'analyse phylogénétique a montré que trois génotypes de l'IBV étaient en
circulation au Maroc entre 2010 et 2014, Massachussetts (Mass), Italy 02 et 793/B. Mass a été
le génotype le plus dominant avec une prévalence de 66%, suivi par le génotype Italy 02
(32%) et le génotype 793/B (2%). 25% des isolats du génotype Mass offre 100% d'homologie
au virus vaccinal H120, cependant 75% des isolats sont antigéniquement différents du vaccin
et subdivisés en deux groupes, le premier groupe est dominant (96%) et distribué dans toute
les régions du Maroc, tandis que, le deuxième groupe identifié seulement dans la région du
sud du Maroc.
Le génotype Italy 02 est identifié pour la première fois au Maroc et en Afrique dans cette
étude. L'analyse phylogénétique a groupés les isolats marocains en deux classes: la première
a été identique à la souche de référence Italy 02 et la seconde est formé uniquement par les
souches marocaines. L'alignement des isolats formant cette deuxième classe, ont montré
plusieurs mutations par rapport à la souche référence Italy 02. Toutes les mutations détectées
sur le gène SI ont porté sur plusieurs sites reconnus d'importances fonctionnelles. Par ailleurs
trois nouveaux variants marocains du génotype Italy 02 ont été caractérisés. Ces derniers
partagent le même ancêtre avec le nouveau génotype espagnol "Spanish ltaly02" mais
regroupés comme un nouveau sous-génotype ou variant.
L'analyse rétrospective de l'lBV entre 1983 et 2014 a révélé une forte évolution et diversité
génétique dans les isolats marocains du génotype 793/B. Ainsi plusieurs mutations
spécifiques aux isolats responsables de la forme néphropathologique observées dans les
années 1996-2000 ont été caractérisées.
Mots clés: Virus de la bronchite infectieuse avraire, Epidémiologie, Isolement,
Caractérisation moléculaire, Phylogénie, Massachussetts, Italy 02, 793B.