Diffusion d`u son génome ruminants do Application - Agritrop

Délivré
Et U
NIVERSITE
Préparée
Et
M
r Bernard
Mr
Hervé
M
r Stéphane Bertagnoli, Professeur
M
r Emmanuel Albina
M
me Rianatou B. Alambedji
Invité
Mme
Mme
Diffusion d’un virus et évolution de
son génome dans les
ruminants domestiques
Application à l’épidémiosurveillance
de la ‘‘Peste des petits ruminants
Délivré
par UNIVERSITE de
MONTPELLIER 2
NIVERSITE
Cheikh Anta
Diop de Dakar
Préparée
au sein de l’école
doctorale
de l’unité de recherche CIRAD-
UMR 15 CMAEE
Spécialité :
Microbiologie/Parasitologie
Présentée par
HABIB SALAMI
Soutenance le 13/02/2015
devant le jury composé de
r Bernard
Godelle, Professeur, UM 2
Hervé
Bourhy, Directeur de recherche, IP, Paris
r Stéphane Bertagnoli, Professeur
, ENVT
r Emmanuel Albina
, Chercheur, Cirad
me Rianatou B. Alambedji
, Professeur, EISMV,
Dakar
Invité
es
Mme
Geneviève Libeau (Chercheur, Cirad)
Mme
Agnès Waret-Szkuta (Chercheur, Envt)
Diffusion d’un virus et évolution de
son génome dans les
populations de
ruminants domestiques
Application à l’épidémiosurveillance
de la ‘‘Peste des petits ruminants
MONTPELLIER 2
Diop de Dakar
- Sénégal
doctorale
SIBAGHE
UMR 15 CMAEE
Microbiologie/Parasitologie
HABIB SALAMI
devant le jury composé de
Examinateur
Rapporteur
Rapporteur
Dir.de thèse
Dakar
Co-Dir de thèse
Diffusion d’un virus et évolution de
populations de
:
Application à l’épidémiosurveillance
de la ‘‘Peste des petits ruminants
’’.

Quelle que soit la durée de la nuit, le jour finira toujours par se lever
— Dicton africain
A ma famille et mes amis.
A mes confrères vétérinaires.
Et à la France pour son hospitalité...

En premier lieu je tiens à remercier Bernard Godelle, Hervé Bourhy, Stéphane Bertagnoli,
et Agnès Waret-Szkuta qui ont accepté de prendre part à mon jury de thèse. Je souhaite
également remercier Nathalie Charbonnel et Sylvie Dallot pour avoir participé aux comités de
suivi de thèse et pour la qualité des échanges scientifiques qui m’ont été très précieux.
Plusieurs personnes ont participé à la construction de ce projet de thèse, parmi ces personnes,
je voudrais remercier en France, Dominique Martinez, Thierry Lefrançois et Renaud Lancelot
pour m’avoir accueilli durant cinq longues années, au sein de l’UMR 15, Contrôle des mal-
adies Animales Exotiques et Emergentes (CMAEE). A travers ces personnes, je remercie les
assistantes de l’UMR et toutes les équipes qui la composent.
Je remercie très profondément Geneviève Libeau pour la confiance qu’elle m’a accordée en
acceptant d’encadrer ces travaux de thèse, pour ses multiples conseils et pour toutes les heures
qu’elle a consacrées à diriger cette recherche. J’aimerais également lui dire à quel point j’ai
apprécié sa grande disponibilité et la détermination avec laquelle elle m’a aidé à surmonter
les difficultés. Enfin, j’ai été extrêmement sensible à ses qualités humaines.
Je tiens à exprimer toute ma gratitude à Emmanuel Albina pour avoir spontanément accepté
de diriger cette thèse. Je le remercie de m’avoir guidé tout au long de ce travail de recherche et
pour sa grande réactivité.
Mes remerciements vont également à Olivier pour m’avoir initié à la biologie moléculaire,
pour sa disponibilité et son implication dans ces travaux de thèse ; ce travail est aussi le tien.
Merci de m’avoir « recruté » dans l’équipe volley du bâtiment G, auprès d’Ignace, de Xavier, de
Séraphin et de Renata ; merci également à nos adversaires du bâtiment K, Stéphane, Marilyne,
Henri, Emilie et Michel; vous m’avez permis de mieux gérer le stress.
Je remercie également les collègues chercheurs et doctorants de l’UMR15, qui m’ont formé et
soutenu durant ces années : Vincent pour m’avoir beaucoup aidé en phylogénie moléculaire,
Cécile pour son aide précieuse dans la compréhension de la virologie, Patricia pour son appui
scientifique et technologique, Juliette pour son aide dans l’analyse des séquences virales,
Caroline pour son appui dans l’étude de l’évolution virale, Sylvain et David pour toutes les fois
où vous avez répondu présent pour les questions informatiques. Merci pour votre disponibilité,
votre soutien m’a été très utile.
A mes collègues de bureau, je dis un grand « Dieuridieuf » à Thierno pour toutes ces heures
passées sur la mise en forme des tableaux et figures de ce manuscrit.
Merci à Stéphanie que j’appelle affectueusement « petite sœur » pour toutes "ces longues et
difficiles journées de thèse", pour sa précieuse aide dans les analyses bayésiennes, pour ces
discussions intéressantes que nous avons eu, merci pour tous ces bons moments que nous
avons passés dans la bonne humeur et pour bien plus encore...
Merci « aux compagnons d’armes » Jennifer, Juliana, Clotilde et Haijin pour toutes les fois où
j’ai débarqué dans vos bureaux pour vous demander de l’aide, pour votre amabilité.
Merci à Virginie de m’avoir aidé à comprendre la technologie NGS et pour toutes les heures de
discussions passionnées sur ces méthodes.
Je remercie sincèrement Pachka pour la mise en forme de ce manuscrit de thèse, j’ai fortement
apprécié son aide, sa disponibilité et ses conseils durant cette importante étape de la thèse.
Merci pour cette aptitude à rendre service aux autres et pour sa grande générosité.

Je remercie également Renata, Lucia, Catherine, Colette, Christian, François, Karine, Laeticia
et Phillipe Totté pour leur spontanéité à apporter des solutions scientifiques et techniques
durant ces années de thèse.
Merci à Phillipe Caufour, pour ses précieux conseils, sa grande disponibilité et sa sincère
amitié ; Merci à Eva et Alice pour leur générosité.
A l’UMR 22 AGIR, je remercie "Tata Betty”, Timothé, Vladmir, Alexis, Gaelle, Marie, Arthur,
Marie-Marie, pour votre contribution scientifique, technique et votre soutien moral.
Ce travail est le fruit de plusieurs collaborations ;
Je voudrais pour cela remercier tous les membres du Laboratoire National d’Elevage de
Recherches Vétérinaires de Dakar pour m’avoir accueilli et soutenu durant ces mois passés au
sein de l’équipe de virologie animale de l’ISRA. C’est ici l’occasion de remercier à « l’africaine
» le Dr Yaya Thiongane qui n’a ménagé aucun effort pour la réalisation du projet et le bon
déroulement des missions de terrain au Sénégal.
Je remercie sincèrement le Dr Modou Moustapha Lo pour sa forte implication dans l’encadrement
de la thèse, pour avoir participé aux missions sur le terrain, et pour tous ces moments difficiles
mais intéressants que nous avons passés au clair de lune au milieu de nulle part.
Je remercie la "doyenne” Mariam Diop pour son précieux appui technique, sa générosité et
ses conseils scientifiques avisés.
Je remercie également le Dr Alpha Diallo, Madame Aminata Ndoye, pour les échanges scien-
tifiques, leur soutien et leur implication.
Je remercie les chercheurs du laboratoire de parasitologie du LNERV, qui ont participé aux
missions de terrain : je cite les Dr Momar Tall, actuel Chef du LNERV, le Dr Assane G. Fall, et
Mr Dane Seye qui m’a initié aux missions de terrain.Je remercie l’ensemble du personnel de
l’ISRA : Maryam, Sagna, Moussa, Ousseyne, Lamine, Issa, Oupah, Ndeye Sarr...
J’adresse toute gratitude à ma co-directrice de thèse ; professeur Rianatou B. Alambedji, pour
avoir accepté de suivre ces travaux à l’Ecole Vétérinaire de Dakar, et je saisi l’occasion pour
remercier mon frère et ami Dr Assoumy pour sa grande implication dans la gestion de mon
dossier de cotutelle. Je remercie Dr Aurélie Cailleau pour ses conseils scientifiques, son aide
précieuse à la construction du plan de thèse.
Je voudrais adresser ma profonde gratitude à Jean Luc Guérin de l’Ecole Nationale Vétérinaire
de Toulouse pour sa collaboration dans le séquençage à haut débit des virus, sa participation à
mes différents comités de thèse et pour son amitié.Dans l’équipe de virologie de l’ENVT, je re-
mercie Guillaume pour son appui scientifique dans la préparation des librairies, le traitement
bio-informatique des données, et sa sympathie. Je remercie également Mariette, Etienne,
Gilles et Solène pour leur chaleureuse hospitalité.
Cette thèse a mis à contribution un nombre indénombrable de personnes, je ne pourrais pas
tous les citer ici ; je voudrais remercier certains amis et collègue du Cirad qui ont fortement
contribué à sa réalisation : Valère, Martin, Sergio, Ramzi, Harena, Fridolin, Illiassou, Racem,
Elena, Faten, Enriqué, Magali, Illuminée, Johanna, Anaïs, Hermine, Yéo, Nadia et Clément.
Enfin j’aimerais dire « misaotra » à Emilie, pour sa présence, sa compréhension, son soutien
et ses conseils avisés; « misaotra betsaka » pour les vacances malgaches, rien ne valait une
grande île pour rédiger la partie bibliographique !
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