Liste Sujets post doctorants 2017_V2

Contrats post doctoraux 2017
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La liste des sujets de post doctorats Ifremer 2017
SOMMAIRE
RESSOURCES BIOLOGIQUES ET ENVIRONNEMENT............................................................................ 3
É TUDE DU TRANSFERT TROPHIQUE DU CUIVRE ET D ’ UN FILTRE UV ENTRE LE PHYTOPLANCTON MARIN ET UN
CONSOMMATEUR PRIMAIRE , L ’ HUITRE CREUSE C. GIGAS .......................................................................................... 3
É VALUATION DE MESURES OPTIMALES DE GESTION SPATIALISEE : V ERS UNE GESTION DURABLE DE PERENNITE DES
PECHERIES ET DE CONSERVATION DES RESSOURCES MARINES .................................................................................. 4
E FFET DU CHANGEMENT CLIMATIQUE SUR LES POPULATIONS D ' ANCHOIS ET DE SARDINE DE LA FAÇADE
A TLANTIQUE AU TRAVERS D ' UN MODELE DEB-IBM........................................................................................... 5
D EVELOPMENT OF A FORMAL PROCEDURE TO OPTIMIZE THE CALIBRATION AND STRENGTHEN THE ROBUSTNESS
OF A COMPLEX ECOSYSTEM MODEL : A TLANTIS ................................................................................................... 6
R ECYCLAGE D ’ UN MILIEU DE CULTURE DE MICRO - ALGUES DANS LE CADRE D ’ UNE PRODUCTION EN CONTINU :
APPLICATION A LA CULTURE DE S KELETONEMA COSTATUM EN MILIEU EAU DE FORAGE ........................................ 7
U TILISATION DES SIGNATURES I SOTOPIQUES DU CU IVRE COMME T RACEUR E NVIRONNEMENTAL EN MILIEU
COTIER —I CU TE.................................................................................................................................................. 8
A CCLIMATATION DU POOL D ’ ACIDES GRAS POLYINSATURES A LONGUE CHAINE CHEZ LES MICROALGUES EN
REPONSE AUX VARIATIONS DE L ’ ENVIRONNEMENT .............................................................................................. 9
C ONTRIBUTION A L ’ ANALYSE DE LA MISE EN PLACE D ’ UNE FILIERE DE PRODUCTION ET DE TRANSFORMATION DE
BIOMASSE MARINE SUR LA POMU DE G UYANE – FOCUS COMPLEMENTAIRE SUR LA FABRICATION IN - SITU
D ’ ALIMENTS AQUACOLES . ................................................................................................................................. 10
E FFET DE L ’ ACTION COMBINEE DE SOUCHES BACTERIENNES SELECTIONNEES POUR LA BIOPRESERVATION DES
PRODUITS DE LA MER ET EVALUATION GENOMIQUE DE CRITERES DE SECURITE ALIMENTAIRE DES SOUCHES ..... 11
A NALYSE DE L ’ ACCEPTABILITE SOCIALE COMME FACTEUR DETERMINANT DU DEVELOPPEMENT DE
L ’ AQUACULTURE . U NE APPLICATION DANS LE CONTEXTE MEDITERRANEEN ..................................................... 12
E TUDE DE L ’ HONNETETE DU SIGNAL ORNEMENTAL CHEZ DEUX ESPECES DE POISSONS , LA DAURADE ROYALE
(S PARUS AURATA ) ET LE PLATAX TAHITIEN (P LATAX ORBICULARIS )..................................................................... 13
OCEANOGRAPHIE ET DYNAMIQUE DES ECOSYSTEMES................................................................. 14
CAPATHAU : CAPA CITE TROPHIQUE DE LA LAGUNE DE THAU EXPLOITEE PAR LA CONCHYLICULTURE DANS
UN CONTEXTE D ’ ATTEINTE DU BON ETAT ECOLOGIQUE DES MILIEUX COTIERS .................................................. 14
R E - OLIGOTROPHISATION DES ZONES COTIERES : IMPORTANCE DES PROCESSUS DE PERTE NETTE D ' AZOTE ET DE
PHOSPHORE ........................................................................................................................................................ 15
P HYSIOLOGIE ADAPTATIVE AUX ZONES ESTUARIENNES DES MICROALGUES PRODUCTRICES DE TOXINES
PARALYSANTES ................................................................................................................................................. 16
C HANGEMENTS ENVIRONNEMENTAUX ET LEURS IMPACTS SUR LES ESPECES PHYTOPLANCTONIQUES D ’ INTERET
POUR L ’ AQUACULTURE : PRISE EN CONSIDERATION DES FACTEURS ABIOTIQUES ET DE LA COMMUNAUTE
PHYTOPLANCTONIQUE ASSOCIEE ....................................................................................................................... 17
M ODELISATION DETERMINISTE MULTI - SPECIFIQUE DE LA DYNAMIQUE DES ASSEMBLAGES DE MACRO -
INVERTEBRES BENTHIQUES : APPLICATION A LA R ADE DE B REST ...................................................................... 18
ETOILE (ET UDE DES O NDES I NTERNES AU LARGE DES L AND E S ).................................................................... 19
D YNAMIQUE DES PETITES ECHELLES AUTOUR D ’ UN EPISODE DE CONVECTION EN M EDITERRANEE NORD
OCCIDENTALE .................................................................................................................................................... 20
D IS E NTANGLING Q UASI - GEOSTROPHIC MOTIONS AND IN TERNAL WAVES IN HIGH RESOLUTION SATELLITE
OBSERVATIONS OF THE O CEAN - EQUINO X ..................................................................................................... 21
O CEAN DECADAL VARIABILITY OVER THE LAST DECADE ................................................................................... 22
RESSOURCES PHYSIQUES ET ECOSYSTEMES DE FOND DE MER.................................................. 23

Contrats post doctoraux 2017
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C OMPREHENSION DE L ’ EVOLUTION DES PROPRIETES MECANIQUES DU P DCPD AU COURS DE LA DEGRADATION
OXYDATIVE . ...................................................................................................................................................... 23
S UCCESSION ECOLOGIQUE DES COMMUNAUTES ANIMALES ASSOCIEES AUX SOURCES HYDROTHERMALES :
COMPARAISON PLURIANNUELLE ENTRE DEUX SYSTEMES DE DORSALES . ........................................................... 24
P LONGEE AU COEUR DU PROCESSUS CELLULAIRE DE L ’ INTEGRITE GENOMIQUE CHEZ UNE A RCHAEA DE SOURCES
HYDROTHERMALES PROFONDES ......................................................................................................................... 25
I DENTIFICATION DES COMMUNAUTES MICROBIENNES SPECIFIQUEMENT ASSOCIEES AUX ECOSYSTEMES
HYDROTHERMAUX ............................................................................................................................................. 26
COPS - C OURANTS O CEANIQUES DU P ASSE ET DEPOTS S EDIMENTAIRES .......................................................... 27
S TRUCTURE DE LA CROUTE ET DU MANTEAU LITHOSPHERIQUE DE M ADAGASCAR ET DU M OZAMBIQUE PAR
ANISOTROPIE SISMIQUE ...................................................................................................................................... 28
R EPONSE DES COMMUNAUTES HYDROTHERMALES SUITE A UNE PERTURBATION INDUITE : UN EXEMPLE SUR LA
DORSALE MEDIO -A TLANTIQUE .......................................................................................................................... 29

Contrats post doctoraux 2017
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Ressources Biologiques et Environnement
Étude du transfert trophique du cuivre et d’un filtre UV entre le phytoplancton marin et un consommateur
primaire, l’huître creuse C. gigas
- Responsable scientifique : F. Akcha ([email protected])
Étude du transfert trophique du cuivre et d’un filtre UV entre le phytoplancton marin et un consommateur primaire,
l’huître creuse C. gigas
Cette demande de post-doctorat s’inscrit dans le cadre d’un projet soumis à l’AO du LaBex COTE : « Trophic transfer of
major chemical pollutants in Arcachon Bay: which impact on the Pacific oyster Crassostrea gigas ? » (TOUCAN). Ce
projet a pour objectif d’acquérir une meilleure connaissance de l’occurrence, de la distribution et du devenir de polluants
chimiques, historiques (HAP, cuivre) et émergents (certains pesticides, filtres UV), majoritaires dans le Bassin
d’Arcachon. Il vise tout particulièrement à étudier leur transfert trophique et les effets toxiques associés. Sur la base des
résultats obtenus dans le cadre du volet in situ du projet et en collaboration avec les autres chercheurs du laboratoire
d’accueil et du consortium, le post-doctorat aura pour objectif d’étudier, par une approche expérimentale, le transfert
trophique du cuivre et d’un filtre UV chez du naissain d’huître, ainsi que les effets toxiques de ces molécules pour les
deux maillons trophiques étudiés. Plus particulièrement, il déterminera l’impact direct des expositions sur la valeur
trophique des cultures de Skeletonema costatum contaminées. Il étudiera également chez le naissain d’huître l’impact de
l’exposition par la voie trophique aux deux substances émergentes sélectionnées par la mesure de paramètres
écophysiologiques (taux de filtration, d’assimilation et de croissance du naissain).
Mots-clefs : transfert trophique, phytoplancton, huître, cuivre, filtre-UV, toxicité
Trophic transfer of copper and a UV-filter from a marine phytoplankton species to the Pacific oyster C. gigas
This post-doctoral position is part of a project submitted to LaBex COTE: « Trophic transfer of major chemical pollutants
in Arcachon Bay: which impact on the Pacific oyster Crassostrea gigas? » (TOUCAN). This project aims to acquire a
better knowledge on the occurrence, distribution and fate of major chemical pollutants in Arcachon Basin, their trophic
transfer and toxic effects, considering both historic (PAHs, copper) and emerging pollutants (pesticides, UV-filters). From
the results collected during the field study and in collaboration with the other researchers from the host laboratory and the
consortium, the post-doctorate will develop an experimental approach to study the trophic transfer of copper and a UV-
filter in oyster spat, as well as the toxic effects on both trophic levels. She/He will study the direct impact of pollutant
exposure on the trophic value of contaminated cultures of Skeletonema costatum. In oyster spat, the impact of trophic
exposure to the two selected emerging substances will be assessed by the measurement of ecophysiological parameters
(filtration rate, assimilation rate, spat growth).
Key words: trophic transfer, phytoplankton, oyster, copper, UV-filter, toxicity

Contrats post doctoraux 2017
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Évaluation de mesures optimales de gestion spatialisée : Vers une gestion durable de pérennité des pêcheries et de
conservation des ressources marines
- Responsable scientifique : Maria Ching Villanueva ([email protected]) et Christophe Guinet
([email protected])
Les cétacés sont impliqués dans la déprédation de palangre pélagique dans les eaux tropicales et subtropicales de l'océan
Indien occidental et des palangres démersales dans les ZEE de Crozet et Kerguelen. La déprédation des lignes de pêche
par les mammifères marins se produit un peu partout dans le monde et conduit à des pertes financières considérables et
sont susceptibles d’avoir d’importantes conséquences écologiques. Afin de mieux comprendre les
interactions/compétitions entre les cétacés et la pêche, il est essentiel d'étudier leur distribution spatiale, leur densité et de
déterminer les habitats préférentiels des cétacés impliqués dans ces interactions. Il est aussi nécessaire d'évaluer le degré
de compétition écologique et économique entre les cétacés et les pêches. Cette étude examinera les pêcheries à la palangre
conduites depuis l’ile de la Réunion et utilisées comme cas d’étude. Différentes approches seront mises en oeuvre pour
modéliser la distribution spatio-temporelle des cétacés et des activités de pêche. Les objectifs scientifiques de cette étude
seront en priorité d’évaluer :
- Le recouvrement spatio-temporel entre cétacés et zone de pêche
- Les interactions directes et opérationnelles des cétacés avec la pêche.
En fonction de l’avancée des travaux, des questions complémentaires pourront être abordées :
- Quels plans stratégiques et d'atténuation des impacts permettent de concilier les objectifs de conservation des
mammifères marins, tout en minimisant la perte socio-économique de l'industrie de la pêche?
- Quelles seront les conséquences biologiques et socio-économiques résultant des différents scénarios de gestion
proposés?
- Déterminer quels scenarii de gestion de la pêche permet d’assurer la plus forte probabilité de durabilité écologique et
économique de la pêcherie et des populations de poissons exploitées.
Mots clefs : modélisation spatiale ; chevauchement trophique ; nourriture/proie ; pêches ; compétition
Evaluating spatial management optimal measures: Towards sustainable management of marine fisheries and
biodiversity conservation (ORCAPTIMAL)
Cetacean species are involved in pelagic longline depredation in the tropical and subtropical waters of the western Indian
Ocean and Patagonian Toothfish in the Crozet and Kerguelen EEZ. Predatory interactions of marine mammals and
fisheries occur globally that leads to considerable ecologic and financial losses. In order to better understand interactions
and competitions between cetaceans and fisheries, it is crucial to investigate the spatial distribution, density and habitat
preferences of these species and evaluate degree of ecologic and economic competitions with fisheries. This study will
consider the longline fisheries in the Reunion Island, an international French department, as case study and use different
approaches to determine if there exist a significant correlation between increasing mean regional density and the
increasing mean-ranked occurrence of species presence within the region and the fisheries. The main hotspots where high
cetacean densities and high fishing yields will be determined and investigated.
Based on the proposed spatial modeling, we will primarily evaluate:
- Marine fish depredation overlap with fisheries ;
- Direct and operational interactions of cetaceans with fisheries.
Depending on work progress, complementary questions will be addressed
- Which management strategic and mitigation plans can likely achieve the higher conservation success of marine
mammals while minimizing the socio-economic loss for the fishing industry?
- Which biological and socio-economic dynamics may result from the different management scenarios under
investigation?
- Determine what demographic and fisheries’ mitigation plans can ensure higher ecological and economic sustainability
on both fisheries and harvested fish populations.
Key words: spatial modeling, trophic overlap; food/prey; fisheries; competition

Contrats post doctoraux 2017
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Effet du changement climatique sur les populations d'anchois et de sardine de la façade Atlantique au
travers d'un modèle DEB-IBM
- Responsable scientifique : Martin Huret ([e-mail]), Pierre Petitgas ([e-mail])
Effet du changement climatique sur les populations d'anchois et de sardine de la façade Atlantique au travers d'un
modèle DEB-IBM
L'objectif est d'évaluer l'impact du changement climatique à l'horizon 2100 sur les populations d'anchois et de sardine du
golfe de Gascogne. Cette évaluation se fera par une modélisation déterministe basée sur une approche individu-centrée
(IBM) et sur la théorie DEB (Dynamic Energy Budget) pour la partie bioénergétique. Les fonctions de croissance et de
reproduction seront modélisées à l'échelle individuelle et sur l'ensemble du cycle de vie et intégrées dans un modèle de
population pour analyser le processus du recrutement, essentiel dans la dynamique de ces populations. L'étude s'inscrit
dans le projet européen H2020 CERES. Les forçages environnementaux seront issus du modèle couplé POLCOMS-
ERSEM dont les simulations réalisées par le Plymouth Marine Laboratory (partenaire du projet) couvriront la période
1960-2099 sous différents scénarios IPCC. Une première phase de l'étude concernera la calibration du modèle,
notamment la mortalité naturelle, sur une période passée soumise à la pêche, ainsi que sa validation à l'aide de données
d’abondance observée. Une seconde phase sera centrée sur l'analyse des réponses spécifiques au changement climatique
dans le golfe de Gascogne au travers des scénarios environnementaux disponibles. On pourra envisager des simulations
dans d'autres régions marines européennes couvertes par le projet, afin d'observer des tendances de rétraction ou
d'expansion des populations sous ces scénarios climatiques.
Mots clés : changement climatique, modélisation bioénergétique, modélisation individu-centrée, dynamique de
population, anchois, sardine
Impact of climate change on anchovy and sardine populations of the North-East Atlantic: a DEB-IBM modelling
approach
The objective is the evaluation of the impact of climate change at the horizon 2100 on the populations of anchovy and
sardine in the Bay of Biscay. This study will rely on mechanistic modelling at population scale based on an Individual-
Based Modelling (IBM) approach and on the Dynamic Energy Budget (DEB) theory. Growth and reproduction will be
represented at the individual level throughout the life cycle, and included in a population model to analyze the recruitment
process, which is key in the dynamics these populations. This study is part of the European H2020 CERES project. The
environmental forcing will be extracted from the coupled model POLCOMS-ERSEM from the project partner Plymouth
Marine Laboratory and will cover the period 1960-2099 under different climate change IPCC scenarios. A first step will
focus on model calibration, especially the natural mortality parameters, on a hindcast period impacted by fishery, as well
as on validation using abundance information. A second step will concern the analysis of the specific response to climate
change in the Bay of Biscay. Finally it is suggested to consider other European regions of the current area of distribution
and investigate the regional trend of expansion or retraction for the populations of both species.
Keyword: Climate change, bioenergetics modelling, Individual-based modelling, population dynamics, anchovy, sardine