• Calcul des scores des sous-problèmes
Alignement multiple optimal par programmation dynamique
MSTSYPTPVYS H i
MSTSYPTPV-S H j
MSASYP-PVYS Y k
…
Pour N séquences
- Retenir le score max (ou min) sur 2N-1 possibilités
exemple pour 3 sequences: 7 possibilités:
T(i-1,j-1,k-1)+γ(ai,bj,ck)
T(i,j-1,k-1)+γ(-,bj,ck)
T(i-1,j,k-1)+γ(ai,-,ck)
T(i-1,j-1,k)+γ(ai,bj,-)
T(i,j,k-1)+γ(-,-,ck)
T(i,j-1,k)+γ(-,bj,-)
T(i-1,j,k)+γ(ai,-,-)
D(i,j,k)=max
«!SP-score!»:
Somme des scores des séquences
prises 2 à 2 pour l’ensemble des
paires de symboles dans la colonne
À la place de γ(ai,bj,ck):
SP(ai,bj,ck) = S(ai,bj)+S (ai,ck)+S(bj,ck)
SP(-,bj,ck) = S(-,bj)+S(-,ck)+S(bj,ck)
Etc.
Avec: S(-,-) = 0
(favorise le regroupement des indels au
niveau des mêmes colonnes de
l’alignement multiple)
γ à 3 dimensions!
On prend plutôt des «!SP-score!»