v TABLES DES MATIÈRES - Faculté de médecine vétérinaire

Pathologie de la faune 2003 Daniel Martineau
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TABLES DES MATIÈRES
1. RÔLES DES VÉTÉRINAIRES DANS LA FAUNE...................................................................................8
1.1 GÉNÉRALITÉS.......................................................................................................................................8
1.2 DIAGNOSTIC DE MALADIES.....................................................................................................................8
1.3 ÉPIDÉMIOLOGIE....................................................................................................................................8
1.4 METTRE AU POINT DES MÉTHODES POUR PRÉVENIR, CONTRÔLER OU ÉLIMINER DES MALADIES IMPORTANTES
CHEZ LA FAUNE...........................................................................................................................................8
1.5 AMÉLIORER LES TECHNIQUES DE CAPTURE, LA MÉDECINE ET L'ANESTHÉSIE.............................................9
1.6 RÉHABILITATION DE LA FAUNE ...............................................................................................................9
1.7 PRÉSERVER LES ESPÈCES MENACÉES ...................................................................................................9
1.8 TOXICOLOGIE ET TOXICOLOGIE ENVIRONNEMENTALE ............................................................................10
2. BIODIVERSITÉ1,30..................................................................................................................................10
2.1 INTRODUCTION ...................................................................................................................................10
2.2 PRINCIPES DE BASE............................................................................................................................10
2.2.1 Variété.......................................................................................................................................10
2.2.2 Abondance relative : Nombre d'individus appartenant à chaque type......................................10
2.2.3 Des nombres.............................................................................................................................10
2.3 ORIGINE DE LA BIODIVERSITÉ ..............................................................................................................12
2.3.1 La première cellule....................................................................................................................12
2.3.2 Origine de la vie........................................................................................................................12
Conditions primitives, l'anaérobie.................................................................................................................12
2.3.3 La libération d'oxygène dans l'atmosphère...............................................................................13
2.3.4 L'avantage d'utiliser de l'oxygène .............................................................................................13
2.3.5 Évolution des unicellulaires en multicellulaires.........................................................................14
2.4 ÉVOLUTION, SÉLECTION NATURELLE, GÉNÉTIQUE, ENVIRONNEMENT ET BIODIVERSITÉ............................15
2.4.1 Paléontologie ............................................................................................................................15
2.4.2 Génome humain et vie sur terre................................................................................................15
2.4.3 Évolution et sélection................................................................................................................16
2.4.4 Génétique et environnement.....................................................................................................17
2.5 IMPORTANCE DE LA BIODIVERSITÉ........................................................................................................18
2.6 POURQUOI LA BIODIVERSITÉ S'AMENUISE-T-ELLE ?...............................................................................19
2.6.1 Perte d'habitat...........................................................................................................................19
2.6.2 Introduction d'espèces exotiques, transgéniques ou d'élevage................................................21
2.6.3 Destruction des espèces indigènes..........................................................................................22
Commerce d'animaux exotiques ..................................................................................................................22
Poissons..................................................................................................................................................22
Oiseaux...................................................................................................................................................23
Reptiles ...................................................................................................................................................23
Politique et Préservation....................................................................................................................24
2.7 PRÉSERVATION DE LA BIODIVERSITÉ....................................................................................................24
2.7.1 Canada......................................................................................................................................24
2.7.2 Traité de Rio..............................................................................................................................29
2.7.3 Globe.........................................................................................................................................29
3. NOTIONS D'ÉCOLOGIE........................................................................................................................29
3.1 ÉCOLOGIE..........................................................................................................................................29
3.2 ÉCOLOGIE DES ÉCOSYSTÈMES ............................................................................................................30
3.3 ÉCOLOGIE DE POPULATIONS................................................................................................................30
3.4 ÉCOSYSTÈME.....................................................................................................................................30
3.4.1 Stabilité .....................................................................................................................................31
3.4.2 Résilience .................................................................................................................................31
3.4.3 Productivité ...............................................................................................................................34

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3.4.4 Producteurs...............................................................................................................................34
3.4.5 Consommateurs........................................................................................................................34
3.4.6 Production nette........................................................................................................................34
3.4.7 Chaîne alimentaire....................................................................................................................34
3.4.8 Niveau trophique.......................................................................................................................35
3.4.9 Interdépendance entre écosystèmes........................................................................................35
3.5 IMPLICATIONS DIRECTES DES PRINCIPES D'ÉCOLOGIE............................................................................36
3.6 RÉGULATION DES POPULATIONS..........................................................................................................36
3.6.1 Modèle "bottom-up"...................................................................................................................36
3.6.2 Modèle "top-down"....................................................................................................................37
4. ALTÉRATION DE L'ENVIRONNEMENT PAR L'HOMME ....................................................................38
4.1 SURFACE TERRESTRE.........................................................................................................................38
4.2 OCÉANS.............................................................................................................................................38
4.3 AZOTE ...............................................................................................................................................39
4.4 CARBONE...........................................................................................................................................40
Surproduction de carbone..................................................................................................................40
Effet de serre................................................................................................................................................41
Réchauffement global et vie marine........................................................................................................41
Niveau des mers et réchauffement global ...............................................................................................41
Réchauffement global et Canada............................................................................................................42
Stopper le réchauffement global..............................................................................................................42
4.5 EAU...................................................................................................................................................43
Grands Lacs.................................................................................................................................................44
4.6 POLLUTION.........................................................................................................................................45
4.6.1 Composés à base de chlore .....................................................................................................46
Bélugas et composés organochlorés ...........................................................................................................46
Effets oestrogéniques des produits à base de chlore...................................................................................47
Autres effets des composés à base de chlore..............................................................................................48
4.6.2 Effets immunodépresseurs des polluants.................................................................................48
4.6.3 Effets cancérigènes des polluants............................................................................................49
Mutations......................................................................................................................................................49
Hydrocarbures aromatiques polycycliques (HAP) ........................................................................................49
• Composés mutagènes, Belugas, cancer et HAPs..........................................................................49
Bélugas du Saint-Laurent ...................................................................................................................50
Examens post-mortem...................................................................................................................51
Cancer ...........................................................................................................................................51
Les tumeurs de poissons, indicatrices de la contamination des sédiments par les HAP.........................52
Autres mécanismes de carcinogenèse.........................................................................................................53
4.6.4 Pluies acides.............................................................................................................................53
4.6.5 Trou dans la couche d’ozone....................................................................................................54
4.6.6 Métaux lourds............................................................................................................................54
Mercure........................................................................................................................................................54
4.6.7 Déversements d'huile................................................................................................................55
Déversements "opérationnels".....................................................................................................................55
Déversements majeurs accidentels..............................................................................................................55
Prévention....................................................................................................................................................56
Inspection................................................................................................................................................56
Effets des déversements d'huile...................................................................................................................56
Nettoyage.....................................................................................................................................................56
Un cas typique de déversement: l'Exxon Valdez, Prince William Sound, Alaska.........................................56
Impact sur les animaux............................................................................................................................56
Loutres:...............................................................................................................................................56
Phoques8............................................................................................................................................58
Orques épaulards...............................................................................................................................58
Oiseaux...............................................................................................................................................58
Poissons.............................................................................................................................................58
Moules................................................................................................................................................58
Humains..............................................................................................................................................59

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Conclusions générales à tirer de l'Exxon.................................................................................................59
5. PROTECTION DES ESPÈCES MENACÉES AUTREMENT QUE PAR LA PROTECTION D'HABITAT
....................................................................................................................................................................59
5.1 TECHNIQUES DE REPRODUCTION ASSISTÉE..........................................................................................60
5.1.1 Insémination artificielle..............................................................................................................60
5.1.2 Fertilisation in vitro....................................................................................................................60
5.1.3 Clonage.....................................................................................................................................60
5.1.4 Méthodes anticonceptionnelles.................................................................................................61
5.2 CONTRÔLE DES PESTES PAR DES VIRUS...............................................................................................61
5.2.1 Lapin et renard australiens........................................................................................................61
5.2.3 Maladie hémorragique virale : calicivirus..................................................................................61
5.3 POLYMERASE CHAIN REACTION (PCR).................................................................................................62
5.3.1 Baleines ....................................................................................................................................62
5.3.2 Études génétiques des animaux sauvages ..............................................................................62
6. MALADIES DE LA FAUNE....................................................................................................................63
6.1 POURQUOI DIAGNOSTIQUER LES MALADIES DE LA FAUNE?.....................................................................63
6.2 MICROPARASITES...............................................................................................................................64
6.2.1 Transmission.............................................................................................................................64
6.2.2 Virulence...................................................................................................................................64
6.3 MACROPARASITES..............................................................................................................................64
6.3.1 Transmission.............................................................................................................................64
6.3.2 Virulence...................................................................................................................................64
6.3.3 Sévérité de l'infection................................................................................................................64
6.4 ÉPIDÉMIOLOGIE..................................................................................................................................65
6.4.1 Prévalence................................................................................................................................65
6.4.2 Incidence...................................................................................................................................65
6.4.3 Taux reproducteur (Ro).............................................................................................................65
6.5 IMPACT DES MALADIES SUR LA FAUNE ..................................................................................................66
6.5.1 Le passé....................................................................................................................................66
6.5.2 Le présent.................................................................................................................................67
6.5.3 Impact de la maladie et biologie de l'hôte.................................................................................67
6.5.4 Impact sur la reproduction.........................................................................................................68
6.5.5 Récupération des carcasses.....................................................................................................68
6.6 MALADIES ÉMERGENTES .....................................................................................................................68
6.6.1 Définition...................................................................................................................................68
6.6.2 Causes......................................................................................................................................69
1. Changements environnementaux.............................................................................................................69
Oscillations naturelles dans le climat.......................................................................................................69
Réchauffement global..............................................................................................................................69
Bioterrorisme...........................................................................................................................................70
Changements environnementaux spécifiques.........................................................................................70
Irrigation..............................................................................................................................................70
Plastique, pneus.................................................................................................................................70
Transfusions sanguines......................................................................................................................70
Production animale industrielle................................................................................................................70
Maladie de la vache folle ....................................................................................................................70
Xénotransplantations...............................................................................................................................71
2. Agents infectieux......................................................................................................................................71
Apparition de nouveaux agents infectieux...............................................................................................71
Génétique...........................................................................................................................................71
Interaction entre les agents infectieux et changements environnementaux.............................................72
"Débordement" d'agents pathogènes d'animaux domestiques dans la faune.....................................72
"Débordement" d'agents pathogènes de la faune chez l'humain........................................................72
Arbovirus........................................................................................................................................72
Arénavirus......................................................................................................................................72
3. Hôtes........................................................................................................................................................72

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6.6.3 Problèmes causés par les maladies émergentes.....................................................................73
6.6.4 Problèmes pratiques posés en recherche sur les maladies émergentes chez les animaux
domestiques.......................................................................................................................................73
6.6.5 Maladies émergentes spécifiques.............................................................................................73
Prion. La maladie de la vache folle (Mad cow disease) et autres encéphalopathies spongiformes..............73
Lésions....................................................................................................................................................76
Signes cliniques.......................................................................................................................................76
Espèces susceptibles..............................................................................................................................76
Méthodes de diagnostic...........................................................................................................................76
Traitement. ..............................................................................................................................................76
Prévention, contrôle.................................................................................................................................77
Historique de la maladie de la vache folle ...............................................................................................77
Virus.............................................................................................................................................................77
Hantavirus ...............................................................................................................................................77
"Morbillivirus" équin .................................................................................................................................80
« Distemper » des lions...........................................................................................................................81
« Distemper » des mammifères marins. Morbillivirus des mammifères marins.......................................81
Phoques..............................................................................................................................................81
Cétacés ..............................................................................................................................................82
Influenza chez le phoque.........................................................................................................................83
Maladie vésiculaire des otaries de Californie: {123} ................................................................................86
Autres virus récents de mammifères marins............................................................................................86
Contamination, virus, et phoque..............................................................................................................86
Maladie hémorragique du chevreuil due à un adénovirus. ......................................................................87
Fièvre hémorragique du virus Ebola........................................................................................................87
Virus du syndrome de l'immunodéficience acquise (VIH)........................................................................87
West Nile Virus (virus du Nil Occidental).................................................................................................88
Bactéries......................................................................................................................................................90
Maladie de Lyme (Borreliose)..................................................................................................................90
Amphibiens et maladies émergentes ...........................................................................................................95
Chytridiomycose......................................................................................................................................95
Iridovirus..................................................................................................................................................95
6.7 GÉNÉTIQUE, ENVIRONNEMENT, MALADIES ET CONSERVATION ...............................................................96
6.7.1 Molécules du complexe majeur d'histocompatibilité.................................................................96
6.7.2 Guépard 3, 16, 37, 38, 48...................................................................................................................96
6.7.3 Pumas (panthères) (couguars) de Floride. (Felis concolor coryi).............................................98
6.7.4 Loups de l’Isle Royale...............................................................................................................99
6.7.5 Baleine à bosse ........................................................................................................................99
6.8 AGENTS INFECTIEUX...........................................................................................................................99
6.8.1 VIRUS.......................................................................................................................................99
Rage.............................................................................................................................................................99
Bluetongue.................................................................................................................................................104
Maladie hémorragique épizootique du cerf (Hemorrhagic disease)............................................................105
Distemper...................................................................................................................................................106
Encéphalite équine de l'Ouest...............................................................................................................106
Encéphalite équine de l'Est ...................................................................................................................107
Encéphalite de Saint Louis....................................................................................................................107
Virus de Powassan................................................................................................................................107
Snowshoe Hare Virus............................................................................................................................107
Jamestown Canyon virus.......................................................................................................................107
Colorado Tick fever virus.......................................................................................................................107
Parvovirus..................................................................................................................................................108
Pseudorage................................................................................................................................................108
Fièvre catarrhale maligne...........................................................................................................................108
Agents...................................................................................................................................................108
Forme Africaine.....................................................................................................................................108
Forme des moutons...............................................................................................................................109
Herpèsvirus bovin 1 (IBR) ..........................................................................................................................109
BVD-MD.....................................................................................................................................................110
Parainfluenza-3..........................................................................................................................................110
Maladie hémorragique du lapin..................................................................................................................110

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Lésions prolifératives à Pox........................................................................................................................110
Ecthyma contagieux. .............................................................................................................................110
Fibromatose du lapin.............................................................................................................................110
Fibromatose de l'écureuil.......................................................................................................................111
Tumeurs induites par les papovavirus........................................................................................................111
Fibromes et fibropapillomes des ongulés. .............................................................................................111
Papillomatose orale des carnivores.......................................................................................................111
Lentivirus....................................................................................................................................................111
6.8.2 BACTÉRIES............................................................................................................................111
Anthrax (Maladie à déclaration obligatoire)................................................................................................111
Helicobacter ...............................................................................................................................................113
Maladie de Lyme (Borreliose).....................................................................................................................113
Brucellose ..................................................................................................................................................113
Tuberculose ...............................................................................................................................................115
Paratuberculose.........................................................................................................................................119
Leptospirose...............................................................................................................................................119
Septicémies des rongeurs et des lagomorphes..........................................................................................121
Tularémie ..............................................................................................................................................121
Maladie de Tyzzer.................................................................................................................................123
Pseudotuberculose................................................................................................................................123
Peste.....................................................................................................................................................124
Nécrobacillose.......................................................................................................................................124
Kérato-conjonctivite à Chlamydia ..........................................................................................................124
Complexe de la pneumonie chez le mouflon.........................................................................................125
Pasteurella multocida ............................................................................................................................125
6.8.3 PROTOZOAIRES ...................................................................................................................125
Toxoplasmose............................................................................................................................................125
Giardiase....................................................................................................................................................125
Cryptosposridium. ......................................................................................................................................126
Sarcocystis sp:...........................................................................................................................................126
Anaplasmose..............................................................................................................................................126
6.8.4 FONGI.....................................................................................................................................126
Trichophyton verrucosum...........................................................................................................................126
Adiaspiromycose........................................................................................................................................127
6.8.5 PARASITES............................................................................................................................127
Rappels......................................................................................................................................................127
Trématodes. ..........................................................................................................................................127
Définitions..............................................................................................................................................127
Herbivores..................................................................................................................................................128
Généralités............................................................................................................................................128
Fascioloides magna..........................................................................................................................128
Gale sarcoptique, Cuterebra, Psoroptes, Oestres............................................................................128
Orignal...................................................................................................................................................129
Parelaphostrongylus tenuis...............................................................................................................129
Parelaphostrongylus andersoni.........................................................................................................130
Elaphostrongylus rangiferi ................................................................................................................130
Fascioloides magna..........................................................................................................................131
Taenia krabbei (Cysticercus tarandi). ...............................................................................................131
Taenia hydatigena (Cysticercus tenuicollis)......................................................................................131
Echinococcus granulosus (kyste hydatique).....................................................................................131
Wehrdikmansia cervipedis................................................................................................................131
Dictyocaulus viviparus ......................................................................................................................131
Dermacentor albipictus.....................................................................................................................131
Caribou..................................................................................................................................................132
Cerf de Virginie......................................................................................................................................132
Wapiti ....................................................................................................................................................132
Lièvre d'Amérique..................................................................................................................................132
Omnivores..................................................................................................................................................132
Moufette, raton-laveur ...........................................................................................................................132
Baylisascaris procyonis.....................................................................................................................132
Crenosoma sp ..................................................................................................................................133
Capillaria plica ..................................................................................................................................133