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© Thèse de Doctorat Unique Djénéba OUERMI, 2009
THESE
Présentée
Pour l’obtention du
Doctorat Unique de l’Université de Ouagadougou
Spécialité : Sciences Biologiques Appliquées
Option : Parasitologie/Virologie
par
Djénéba OUERMI
Maître ès Sciences
sur le thème :
Soutenue publiquement le 7 Novembre 2009
Devant la commission d’examen
Président : Laya SAWADOGO, Professeur Titulaire, Université de Ouagadougou
Membres : Gustave B. KABRE, Professeur Titulaire, Université de Ouagadougou
Adrien Gaston Marie BELEM,Maître de Conférences, Université Polytechnique de Bobo
Jacques SIMPORE, Maître de Conférences, Université de Ouagadougou
Virgino PIETRA, Université de Brescia (Invité)
Prévalence des infections opportunistes parasitaires
et virales chez les personnes vivant avec le VIH/SIDA
au Centre Médical Saint Camille
et au CERBA/LABIOGENE au Burkina Faso
UNIVERSITE DE OUAGADOUGOU
Unité de Formation et de Recherche
En Science de la Vie et de la Terre
(UFR/SVT)
Laboratoire de Biologie-Ecologie
Animale (BEA)
BURKINA FASO
**********
Unité -Progrès -Justice
**********
-------------------------------
LABIOGENE
/UFR
-
SVT

© Thèse de Doctorat Unique Djénéba OUERMI, 2009
ii
DEDICACES
A mon Père Issa et à ma Mère Aminata pour votre amour, la confiance que vous avez
placé en moi depuis mon très jeune âge, votre soutien de tout ordre et pour vos
encouragements.
A mes Frères, Sœurs, Parents et Amis pour votre soutien moral, matériels et pour vos
encouragements tout au long de ces années.
A tous ceux, qui, d’une manière ou d’une autre, ont contribué à l’aboutissement de ce
travail.
A toutes les personnes infectées ou affectées par le VIH ⁄ SIDA.

© Thèse de Doctorat Unique Djénéba OUERMI, 2009
iii
REMERCIEMENTS
Ce travail a été réalisé entièrement au Laboratoire de Biologie Moléculaire et de
Génétique (LABIOGENE de l’UFR-SVT), au Centre de Recherche Biomoléculaire Pietro
Annigoni (CERBA) et au Centre Médical Saint Camille de Ouagadougou.
Je voudrais remercier le Professeur Laya SAWADOGO, Responsable de mon école
Doctorale de m’avoir acceptée dans son laboratoire de Biologie et Ecologie Animale
(BEA) pour cette spécialisation, et surtout pour avoir accepté de présider le jury. Trouvez
ici l’expression de toute ma reconnaissance.
J’exprime toute ma gratitude au Professeur Gustave B. KABRE, Vice-Président de
l’Université de Ouagadougou, membre du jury et co-directeur de cette thèse. Vous avez
accepté de suivre et de juger ce travail malgré vos multiples occupations. Soyez-en
remercié.
Je tiens à exprimer ma profonde gratitude au Professeur Jacques SIMPORE,
Directeur de cette thèse, membre du jury et Directeur de plusieurs institutions : Laboratoire
de Biologie Moléculaire et de Génétique (LABIOGENE de l’UFR/SVT) ; Centre de
Recherche Biomoléculaire Pietro Annigoni (CERBA) ; Laboratoire du Centre Médical
Saint Camille de Ouagadougou et Recteur de l’Université Saint Thomas d’Aquin (USTA).
Merci pour ce thème de recherche pertinent que vous m’avez attribué, merci pour le
support économique de cette recherche, pour votre encadrement exceptionnel, vos précieux
conseils, vos encouragements et votre disponibilité malgré vos multiples fonctions.
Je remercie le Professeur Adrien Gaston Marie BELEM (Université Polytechnique de
Bobo), pour avoir accepté de lire, critiquer et instruire cette Thèse. Merci pour votre
contribution à l’amélioration de ce document et d’avoir accepté d’être membre du jury.
Trouvez ici l’expression de toute ma gratitude.
Je remercie le Professeur Francesco CASTELLI (Université de Brescia, Italie), pour
avoir accepté de lire, critiquer et instruire cette Thèse. Merci pour votre contribution à
l’amélioration de ce document. Trouvez ici l’expression de toute ma reconnaissance.

© Thèse de Doctorat Unique Djénéba OUERMI, 2009
iv
Je remercie le Professeur Wendengoudi GUENDA (Université de Ouagadougou), pour
avoir accepté de lire, critiquer et instruire cette Thèse. Merci pour votre contribution à
l’amélioration de ce document. Trouvez ici l’expression de toute ma gratitude.
Je remercie la Conférence Épiscopale Italienne (C.E.I.) pour le support économique
dans l’achat des multiples réactifs pour la recherche de cette thèse et pour la bourse d’étude
qu’elle m’accordée.
Je remercie le chef de département de Biologie Ecologie Animale, Dr Drissa SANOU,
et tous les enseignants de l’UFR-SVT qui m’ont enseignée et formée au cours de ces
années universitaires.
Je remercie les Professeurs Jean-Baptiste NIKIEMA, Jeanne
MILOGO/RASOLODIMBY, Joseph BOUSSIM et Antoine SANON pour leur
disponibilité, leurs conseils et leurs encouragements.
Je remercie tous mes aînés en particulier, les docteurs Charlemagne GNOULA,
Simplice KAROU, Adama OUEDA, Balé BAYALA, Christelle NADEMBEGA et
Monsieur Cyrille BISSEYE, pour leur disponibilité à mes multiples sollicitations.
C’est à tout le personnel de l’équipe du laboratoire du Centre Médical Saint Camille,
de LABIOGENE et du CERBA que je m’adresse pour leur dire combien j’ai été sensible à
leur disponibilité, leur soutien, leur aide. J’ai eu plaisir à travailler avec vous.
Je tiens à remercier les Docteurs Aline LAMIEN/MEDA, Charles Euloge LAMIEN et
Martin KIENDREBEOGO pour leurs conseils, leurs encouragements.
Je remercie également tous mes promotionnaires de Thèse de l’UFR/SVT, pour leur
franche collaboration tout au long de ces années. Je tiens à remercier particulièrement,
Fernand SANKARA, Mamadou MINOUNGOU, Souleymane TRAORE, Noëlie KPODA,
Ousseni OUEDRAOGO, Malika KANGOYE pour leur aide et leur amitié manifestée tout
au long de ce travail.
Enfin j’exprime mes plus vifs remerciements et ma profonde gratitude à ma famille, la
famille OUERMI pour l’aide multiforme qu’elle m’a apportée toutes ces années, et à
monsieur Roland MEDA pour son soutien inconditionnel.

© Thèse de Doctorat Unique Djénéba OUERMI, 2009
v
SOMMAIRE
REMERCIEMENTS ......................................................................................................... iii
SOMMAIRE ....................................................................................................................... v
LISTE DES FIGURES ..................................................................................................... viii
LISTE DES TABLEAUX.................................................................................................. x
LISTE DES SIGLES ET ABRÉVIATIONS ................................................................. xii
RÉSUMÉ ........................................................................................................................... xiv
INTRODUCTION ........................................................................................................... 1
PREMIÈRE PARTIE : ...................................................................................................... 6
RAPPELS BIBLIOGRAPHIQUES ................................................................................. 6
Chapitre I: Le virus de l’Immunodéficience Humaine (VIH) ......................................... 7
I – L’énigme du VIH ...................................................................................................... 7
I.1- Classification et Origine du VIH .......................................................................... 10
I.2- Structure du virion ................................................................................................ 12
I.3- VIH : Cycle du VIH et mode d’infection ............................................................. 16
I.4- Variabilité génétique du VIH ................................................................................ 19
II- Pathogenèse de l´infection par le VIH .................................................................... 22
II.1-Transmission du VIH....................................................................................... 22
II.2- Dynamique des marqueurs de l’infection á VIH ............................................. 23
II.2.1- Différentes phases de l’infection .............................................................. 23
II.2.2- Des évolutions particulières ..................................................................... 25
III- Classification de l’infection á VIH .................................................................... 26
IV- Diagnostic de l’infection à VIH ............................................................................. 26
IV.1- Diagnostic direct ............................................................................................ 26
IV.1.1- Détection de l’antigène p24 du virus ...................................................... 26
IV.1.2- Diagnostic moléculaire ........................................................................... 26
IV.1.3-Culture du virus ........................................................................................ 27
IV.2- Diagnostic indirect : sérologie virale ............................................................. 28
IV.2.1- ELISA (Enzyme Linked ImmunoSorbent Assay) .................................. 28
IV.2.2-Tests rapides ............................................................................................. 28
V- Traitement antirétroviral du VIH .......................................................................... 29
V.1- Indications de mise sous traitement ARV ...................................................... 29
V.2- Approches thérapeutiques ............................................................................... 30
V.2.1- Inhibiteurs nucléosidiques et nucléotidiques de la Transcriptase inverse 30
V.2.2- Inhibiteurs non nucléotidiques de la transcriptase inverse (INNRT) ....... 30
V.2.3- Inhibiteurs de la protéase (IP) .................................................................. 30
V.2.4- Inhibiteurs d’entrée et de fusion ............................................................... 31
V.2.5- Inhibiteurs de l´intégrase .......................................................................... 31
VI- Suivi biologique de l´infection à VIH .................................................................... 32
VI.1- Mesure du taux de lymphocytes TCD4 ......................................................... 32
VI.2- Mesure de la charge virale plasmatique du VIH ............................................ 33
VII-Traitement ARV et suivi biologique de l’infection à VIH au Burkina Faso ..... 33
Chapitre II : Co-infections virales avec le VIH .............................................................. 35
I. Les Rotavirus .............................................................................................................. 35
I.1- Morphologie .......................................................................................................... 36
I.2- Structure ................................................................................................................ 37