etude d`impact de la qualite intra

ETUDE D’IMPACT DE LA QUALITE INTRA-SEDIMENTAIRE EN VUE
DE LA PROTECTION DES NAÏADES SUR LES RIVIERES DE LA
CURE ET DU COUSIN
Action E3-2013-1-1
SarahFouillé
‐
Master2Ecologie‐Environnement
Spécialité:GestiondesHabitatsetdesBassinsVersants
UniversitédeRennes1
‐
Maîtredestage:NicolasGalmiche
CoordinateurLIFE+«Continuitéécologique»auParcnaturelrégionalduMorvan
‐
Tuteurdestage:DavidRenaud
Enseignantchercheuràl’UniversitédeRennes1
‐
Responsabledeformation:GabrielleThiébaut
Enseignantchercheuràl’UniversitédeRennes 1
©
Masson Rémy
©
P
rié Vincen
t

REMERCIEMENTS
Que de personnes rencontrées pendant ce stage et que de personnes à remercier…
Pour commencer, je souhaite tout d’abord remercier mon maître de stage Nicolas Galmiche,
coordinateur du programme LIFE + « Continuité écologique » et sa collègue Myrtille Biarne
Chargée de mission administrative et financière, pour m’avoir permis d’effectuer ce stage au sein
de leur équipe. Merci à vous pour votre accueil et vos conseils et votre bonne humeur.
Je remercie également Monsieur Jean- Philippe Caumont, Directeur du Parc naturel régional du
Morvan et Monsieur Laurent Paris, Responsable du pôle environnement de m’avoir accueillie au
sein de cette structure.
Un grand merci, également à toute l’équipe du Parc pour leur gentillesse et plus particulièrement
au pôle environnement pour leur soutien et leurs conseils lors de la phase terminale de rédaction
du rapport. Un grand merci à Christine Dodelin, Chargée de mission Natura 2000, pour son aide
en statistiques.
Je remercie également mes colocataires, Fanny Rambo, stagiaire au PNR du Morvan, Aurélien
Moureau, stagiaire à la Société d’Histoire Naturelle d’Autun et Pascal Auber, conseiller info-
énergie au PNR du Morvan pour les bons moments que nous avons passés ensemble.
Une pensée pour Damien Lerat de la Société d’Histoire Naturelle d’Autun, merci de m’avoir initiée
au logiciel Mark.
Je souhaite également remercier la Délégation interrégionale Bourgogne/Franche-Comté de
l’ONEMA, pour le prêt du conductimètre hydraulique et la Direction Départementale des
Territoires de l’Yonne pour le prêt du courantomètre.
Une grand merci également à mes amis, Sébastien Le Ny pour m’avoir fournie des chutes de câbles
électriques nécessaires à la confection des sticks hypoxies ; Yves le Goff pour ses talents de soudeur
et Sébastien Le Gourrierec pour son aide lors de la fabrication des pièges à sédiments.
Enfin, merci à tous les gens que j’ai pu rencontrer lors de ce stage et qui d’une manière ou d’une
autre m’ont permis d’en apprendre plus sur ce métier et sur ces deux espèces de naïades.

PRESENTATION DU PARC NATUREL REGIONAL DU MORVAN
Créés en 1967 à l’initiative
de la DATAR (Délégation à
l’Aménagement du Territoire
à l’Action Régionale), les
Parcs naturels régionaux
(Pnr) se veulent moins
contraignants que les Parcs
naturels nationaux. Ils sont
implantés sur des territoires
habités, pourvus d’une
identité forte, d’une richesse
patrimoniale, naturelle et
culturelle importante, mais
dont l’équilibre est fragile.
Un Parc est régit par une
charte renouvelable, établie
pour 12 ans.
Les principales missions d’un Pnr sont de :
 Préserver et valoriser le patrimoine naturel et culturel,
 Favoriser le développement économique et la qualité du cadre de vie,
 Aménager le territoire,
 Informer et sensibiliser les habitants et les visiteurs,
 Conduire des actions expérimentales ou innovantes.
Aujourd’hui, 48 Pnr sont recensés sur le territoire français, (Figure 1) dont celui du Morvan.
Figure 1 : Parcs naturels régionaux français

Le Parc naturel régional du Morvan (PNRM) a été créé en 1970, il fait donc partie des plus anciens
PNR de France. Il est situé en plein cœur de la région Bourgogne, à l’interface des quatre
départements de la Côte-d’Or, de la Nièvre, de la Saône et Loire et de l’Yonne.
Ce parc regroupe depuis 2008,
117 communes adhérentes ainsi
que 5 villes partenaires (Figure
2). Ce territoire s’étend sur une
superficie d’environ 2900 Km²,
pour une population de plus de
71 000 habitants.
Depuis sa création, le Parc
contribue au développement
économique, social, culturel de
la région ainsi qu’à
l’aménagement du territoire. Il
constitue également un haut lieu
de protection des milieux
naturels et des espèces associées
comme le révèlent la présence
de 12 sites Natura 2000 et
d’autres zones de protection
comme les Zones Naturelles d’Intérêt Ecologique Faunistique et Floristique (ZNIEFF).
La maison du PNR du Morvan est basée au niveau de la commune de Saint-Brisson dans la Nièvre.
Ce syndicat mixte emploie une cinquantaine d’employés qui sont répartis, outre les services
généraux, en quatre pôles :
 un pôle environnement,
 un pôle culture,
 un pôle économie durable,
 un pôle éducation.
Figure 2 : Territoire du Pnr du Morvan

SOMMAIRE
I. INTRODUCTION ......................................................................................................................... 1
II. PRESENTATION DE DEUX ESPECES CIBLES DU PROGRAMME : LA MOULE
PERLIERE (MARGARITIFERA MARGARITIFERA) ET DE LA MULETTE EPAISSE (UNIO
CRASSUS) ............................................................................................................................................ 3
Systématique ............................................................................................................................. 3 A.
Généralités ................................................................................................................................ 3 B.
Cycle de vie et de reproduction des naïades ............................................................................. 4 C.
Mode de nutrition et de respiration ........................................................................................... 5 D.
Habitats ..................................................................................................................................... 5 E.
Exigences écologiques .............................................................................................................. 5 F.
Les menaces .............................................................................................................................. 7 G.
Statuts de protection .................................................................................................................. 7 H.
III. MATERIELS ET METHODES................................................................................................ 8
Présentation du site d’étude ...................................................................................................... 8 A.
1. Le bassin versant de la Cure .................................................................................................. 8
2. Présentation des 3 sites d’études ......................................................................................... 11
3. Localisation des stations d’études ....................................................................................... 11
Analyse et synthèse de l’état des sous bassins versants de la Cure et du Cousin. .................. 15 B.
1. Analyse diachronique de l’Occupation du sol ..................................................................... 15
2. Evaluation de l’aléa d’érosion du bassin versant de la Cure et du Cousin .......................... 15
3. Synthèse de l’évolution de la qualité de l’eau sur le bassin versant de la Cure et du Cousin
15
4. Synthese des diagnostiques piscicoles de 2012. .................................................................. 16
Delimitation des stations d’etudes .......................................................................................... 16 C.
Analyses des populations de naïades ...................................................................................... 17 D.
1. Localisation des naïades sur les stations ............................................................................. 17
2. Protocole Capture-Marquage-Recapture ............................................................................. 17
Analyse du compartiment intra-sédimentaire ......................................................................... 19 E.
1. La qualité physique des cours d’eau : Indice d’Attractivité Morphodynamique (IAM) ..... 19
2. Mesure potentiel d’oxydoréduction, de température et de pH ............................................ 20
La Conductivité hydraulique ....................................................................................................... 21
3. Sticks hypoxies et profondeur d’oxygénation du sédiment................................................. 21
4. Pièges à sédiments ............................................................................................................... 22
5. Analyses statistiques des résultats ....................................................................................... 22
IV. RESULTATS .......................................................................................................................... 23
Analyse des sous bassins versants .......................................................................................... 23 A.
1. Comparaison diachronique de l’occupation des sol des sous bassins versants ................... 23
1. Evaluation de l’aléa d’érosion des sous bassins versants de la Cure et du Cousin ............. 23
1. Synthèse de la qualité de l’eau ............................................................................................ 24
2. Synthèses des données piscicoles ........................................................................................ 26
3. Récapitulatif de l’etat des sous bassins versants ................................................................. 27
Etat des effectifs de naïades sur les stations d’étude .............................................................. 27 B.
Comparaison de l’habitat physique des stations d’etudes ....................................................... 29 C.
Influence de l’habitat sur la repartition des naïades ................................................................ 31 A.
Analyse de la qualité du compartiment intra-sédimentaire .................................................... 32 B.
1. Qualité de l’eau interstitielle ............................................................................................... 32
2. Estimation du colmatage des sédiments .............................................................................. 33