3 mots structurants pour la recherche en écologie microbienne

Diagnostic, acceptabilité, risques :
3 mots structurants pour la recherche
en écologie microbienne
Georges Barbier, LUBEM (EA3882), UBO
Conférence annuelle de la Recherche de l'UEB
Brest, 2 et 3 avril 2013
Organigramme
(01/04/2013)
LUBEM, Laboratoire Universitaire de Biodiversité et d’Ecologie Microbienne (EA3882) (Directeur : Georges Barbier)
ESMISAB, Plouzané
(Ecole Supérieure de Microbiologie et Sécurité Alimentaire de Brest)
Groupe 1 – LUBEM-Plouzané
Responsable : Emmanuel Coton
Enseignants chercheurs
(6,5 ETPT) :
Georges Barbier (Pr)
Gaetan Burgaud (MC)
Pierre Colin (Pr)
Emmanuel Coton (Pr)
Monika Coton (MC-HDR)
Nolwenn Hymery (MC)
Jean-Luc Jany (MC)
Gaétan Le Floch (MC)
Stéphanie Madec (MC)
Meslet-Cladière Laurence (MC)
Jérôme Mounier (MC-HDR)
Karim Rigalma (MC)
Valérie Vasseur (MC)
Enseignants chercheurs associés
Laurent Esclade (MCF)
Patrice Nodet (MCF)
Post-doctorants (3 ETPT)
Emilie Delavenne
Antoine Hermet
Jasmine Pearl
Doctorants (4,5 ETPT)
Kevin Fontaine (Région Bretagne)
Guillaume Gillot (MESR-CNIEL)
Marlène Keravec (MESR)
Céline Le Lay (CNIEL)
Vanessa Redou (MESR)
BIATOSS (2,8 ETPT) :
Danielle Arzur (TCH)
Stella Debaets (AT)
Franck Deniel (IE)
Christophe Lemeur (AT)
Florian Thomas (AT)
Marielle LeGuen (Sec)
Sylvie Tréguer (AT)
Centre de Ressources EQUASA
(Etudes en Qualité et Sécurité
Alimentaire)
Responsable : Georges Barbier
IUT / UFR Sciences Quimper
Groupe 2 – LUBEM-Quimper
Responsable : Ivan Leguérinel
Total :
Enseignants chercheurs
(6,5 ETPT)
Eric Balnois (MCF)
Benjamin Brillet (MC)
Sophie Cliquet (MC-HDR)
Louis Coroller (MC)
Olivier Couvert (MC)
Nicolas Decourcelle (MC)
Yannick Fleury (MC)
Patrick Le Chevalier (MC)
Valérie Le Guen (MC)
Ivan Leguérinel (Pr)
Pierre Mafart (Pr émerite)
Anne-Gabrielle Mathot (MC)
Camille Jegou (ATER)
EC
34 ⇔ 17 ETPT
Enseignants chercheurs associés
Pierre Batina (MC)
Emile Beliard (MC)
Julien Poupon (MC)
Personnel (3,4 ETPT):
Amélie Bonnault (IE contractuelle)
Loic Castrec (Tech contractuel)
Franck Deniel (IE)
Audrey Pawtowski (Tech contract.)
PH
4 ⇔ 1 ETPT
Post-doc 3 ETPT
Doc 12 ETPT
BIATOSS
17 ⇔ 8,6 ETPT
Doctorants (5 ETPT) :
Florie Desriac (Région Bretagne et
Quimper communauté)
Noémie Desriac (CIFRE)
Jean-Luc Moroh (Bourse Côte
d ’Ivoire)
Ntimet Narjess (CIFRE)
Clément Trunet (CIFRE)
BIATOSS (0,6 ETPT) :
Estelle Bellanger (TCH)
Stéphanie Guégan (TCH contractuelle)
Jean-Michel Hemery (AT)
Anne Levant (AA)
UFR Médecine, Brest
Groupe 3 – LUBEM-Brest /
Bactériologie, Virologie
Responsable : Christopher Payan
Enseignants chercheurs (3 ETPT)
Geneviève Héry-Arnaud(MCU-PH)
Sylvie Boisramé-Gastrin (MCU-PH)
Rozenn Le Berre (MCU-PH)
Christopher Payan (PU-PH)
Sophie Vallet (MCU-PH)
Camille Lasserre (AHU)
Praticiens Hospitaliers (0,5 ETPT)
Adissa Minoui-Tran (PH)
Didier Tandé (PH)
Doctorants (2,5 ETPT) :
Youenn Alexandre (MESR)
Marlène Keravec (MESR)
Nicolas Rouzic (PH)
BIATOSS (1,3 ETPT):
Claire Liétard (IR-HDR)
Stéphanie Gouriou (TCH)
Groupe 4 – LUBEM-Brest / Mycologie,
parasitologie
Responsable : Gilles Nevez
Enseignants chercheurs (1 ETPT)
Gilles Nevez (PU-PH)
Le Gal Solène (AHU, Doctorant)
Praticiens Hospitaliers (0,5 ETPT)
Elodie Moalic (PH)
Dorothée Quinio (PH)
BIATOSS (0,5 ETPT)
Michèle Virmaux (AT)
Projet LUBEM 2012-2015
Inactivation microbienne
Microflore d’altération
Mycologie prévisionnelle
Moisissures
G1 - ESMISAB Plouzané
Champignons filamenteux, Bactéries
Agro-alimentaire,
Environnement
 Biodiversité fongique . Méthodes d’
identification, de caractérisation, de
quantification des moisissures
 Etude et contrôle des
écosystèmes à composante fongique
Aliments / Environnement
G2 - IUT/Master IIA
Bactéries
Agro-alimentaire,
Environnement
 Inactivation des bactéries
sporulées
 Bactériocines de bactéries
d’organismes marins
Contrôle des communautés
Molécules antimicrobiennes
Ecologie
microbienne
Mucoviscidose
G3 - UFR Médecine Brest /
Bactériologie, Virologie
Bactéries, virus
Santé
 Infection et mucoviscidose
Méthodes rapides
d’identification, de
caractérisation et de
quantification des
champignons filamenteux
Axe principal 1
Ecosystèmes à
composante fongique
Communautés
pulmonaires
E4 - UFR Médecine Brest /
Mycologie, Parasitologie
Champignons, Parasites
Santé
Pneumocystis jirovecii
Pneumocystis
Axe principal 2
Ecologie microbienne
pulmonaire /
mucoviscidose
Georges Barbier – LUBEM (EA3882), UBO
Conférence annuelle de la Recherche de l'UEB - Brest, 2 et 3 avril 2013
 
Microbiologie
Etude des organismes vivants microscopiques (virus, bactéries,
archées & micro-eucaryotes (mycètes, algues et protozoaires)) / examen
au microscope / techniques spécifiques telles que stérilisation et
milieux de culture.
Seule une fraction mineure des communautés microbiennes naturelles est
obtenue par les milieux de culture conventionnels et selon la nature des
échantillons on estime que l’efficacité de culture se situe entre 0.001
and 1% (Amann et al., 1995).
Sur 100 phylums (ou embranchements) bactériens identifiés, seulement
30 ont des représentants parmi les 7300 espèces cultivées (Achtman &
Wagner, 2008).
Sur les 1,5 millions d’espèces fongiques estimées (Hawksworth, 1991),
de l’ordre de 100000 ont été décrites.
Georges Barbier – LUBEM (EA3882), UBO
Conférence annuelle de la Recherche de l'UEB - Brest, 2 et 3 avril 2013
 
Microbiologie
En fonction de leur intérêt socio-économique, certaines niches ont été plus
particulièrement étudiées : santé, agriculture, alimentation, biotechnologie,
environnement…
2µm
Microbiote intestinal
1014 cellules bactériennes, >500 espèces, 70% des micro-organismes
dénombrables par microscopie correspondent à des espèces incultivées.
L’identification des micro-organismes est difficile :
Caractères morphologiques : en général insuffisants (bactéries par
exemple) ou affaire de rares spécialistes (moisissures par exemple),
Identification phénotypique classique (métabolisme,…) : longue,
fastidieuse et souvent imprécise,
Identification génotypique : suppose de disposer de bases de données
de référence complètes et fiables.
Georges Barbier – LUBEM (EA3882), UBO
Conférence annuelle de la Recherche de l'UEB - Brest, 2 et 3 avril 2013
 
Moisissures = Champignons filamenteux
Santé (p. ex. Aspergillus fumigatus, aspergilloses invasives
)
Environnement (p. ex. Serpula lacrymans, mérule, 30x106 € /an en
France
)
Agro-alimentaire (p. ex. Aspergillus flavus, contaminant,
aflatoxines
/ Penicillium sp., technologique, camembert,
roquefort
)
Georges Barbier – LUBEM (EA3882), UBO
Conférence annuelle de la Recherche de l'UEB - Brest, 2 et 3 avril 2013
Question 1 : Quel(s) organisme(s) ???
Diagnostic
Réception d’échantillon
Purification
(Semaine 2)
Culture initiale
(Semaine 1)
Culture pure
Caractérisation
(Semaine 3)
Contaminant fongique
d’un produit alimentaire
Envoi du résultat
(plus ou moins précis)
Georges Barbier – LUBEM (EA3882), UBO
Conférence annuelle de la Recherche de l'UEB - Brest, 2 et 3 avril 2013
Diagnostic
Amélioration des méthodes d'identification et de quantification des populations et des peuplements
microbiens, connaissance structurale des écosystèmes microbiens
Identification et quantification moléculaire d’espèces fongiques
Base de données génétiques des contaminants fongiques des aliments
Projet MYCOTECH (CPER 2007-2013)
Méthodes spectrales appliquées à la caractérisation des champignons
filamenteux
Projet MOLDID (Valorial)
Quantification
Projet quantification Penicillium (Lactalis)
Identification et quantification moléculaire de communautés fongiques
Empreintes génétiques de communautés
Projet Food Microbiomes (ANR ALIA, 2008-2012)
Georges Barbier – LUBEM (EA3882), UBO
Conférence annuelle de la Recherche de l'UEB - Brest, 2 et 3 avril 2013
 
Description de la communauté fongique du Saint Nectaire
fermier par CE-SSCP (Hermet, 2013)
Georges Barbier – LUBEM (EA3882), UBO
Conférence annuelle de la Recherche de l'UEB - Brest, 2 et 3 avril 2013
Georges Barbier – LUBEM (EA3882), UBO
Conférence annuelle de la Recherche de l'UEB - Brest, 2 et 3 avril 2013
Question 2 : Effets positifs (arômes),
négatifs (mycotoxines) ???
Acceptabilité
Camembert
Roquefort
Georges Barbier – LUBEM (EA3882), UBO
Conférence annuelle de la Recherche de l'UEB - Brest, 2 et 3 avril 2013
Acceptabilité
Connaissance fonctionnelle des écosystèmes microbiens
Caractérisation fonctionnelle d’espèces fongiques (Statut QPS, EFSA)
Séquençage de génomes de moisissure d’intérêt alimentaire
Projet Food Microbiomes (ANR ALIA, 2008-2012)
Potentialités métaboliques de Penicillium roqueforti
Projet DIVAROQ (MESR-CNIEL, 2012-2015)
Etude des voies de production de mycotoxines chez Penicillium spp.
Projet PENIMET (SAD Bretagne, 2013-2014)
Georges Barbier – LUBEM (EA3882), UBO
Conférence annuelle de la Recherche de l'UEB - Brest, 2 et 3 avril 2013
Question 3 : Moyens de contrôle ?
Gestion du risque
Contamination fongique
de viennoiseries
Roquefort
Georges Barbier – LUBEM (EA3882), UBO
Conférence annuelle de la Recherche de l'UEB - Brest, 2 et 3 avril 2013
Risque
Contrôle et prévision de l’évolution des écosystèmes microbiens
Favoriser la croissance et la production d’arômes par les auxilliaires
technologiques, empêcher la croissance des contaminants et la production
de mycotoxines
Cultures bactériennes protectrices antifongiques pour la conservation des
produits laitiers fermentés
Projet FUNGINIB (ANR ALIA, 2009-2013)
Recherche de solutions naturelles pour le réduction des risques de
contamination fongique des produits de pâtisseries industrielles
Projet ACCIPEV (Valorial, 2011-2014)
Modélisation de la croissance des moisissures d’intérêt alimentaire en fonction
des paramètres de l’environnement
Projet PHYMIA (BBA, 2012-2013)
Influence des interactions microbiennes sur la croissance et le métabolisme des
champignons filamenteux
Projet INTERMYC (SAD, Bretagne, 2012-2013)
Georges Barbier – LUBEM (EA3882), UBO
Conférence annuelle de la Recherche de l'UEB - Brest, 2 et 3 avril 2013
Collection de 1235
cultures de bactéries
lactiques antifongiques
Georges Barbier – LUBEM (EA3882), UBO
Conférence annuelle de la Recherche de l'UEB - Brest, 2 et 3 avril 2013
Georges Barbier – LUBEM (EA3882), UBO
Conférence annuelle de la Recherche de l'UEB - Brest, 2 et 3 avril 2013
Diagnostic,
acceptabilité,
risques /
autres sujets…
Georges Barbier – LUBEM (EA3882), UBO
Conférence annuelle de la Recherche de l'UEB - Brest, 2 et 3 avril 2013
Merci pour votre attention