3 mots structurants pour la recherche en écologie microbienne

Diagnostic, acceptabilité, risques :
3 mots structurants pour la recherche
en écologie microbienne
Georges Barbier, LUBEM (EA3882), UBO
Conférence annuelle de la Recherche de l'UEB
Brest, 2 et 3 avril 2013

Organigramme (01/04/2013)
Groupe 1 – LUBEM-Plouzané
Responsable : Emmanuel Coton
Enseignants chercheurs
(6,5 ETPT) :
Georges Barbier (Pr)
Gaetan Burgaud (MC)
Pierre Colin (Pr)
Emmanuel Coton (Pr)
Monika Coton (MC-HDR)
Nolwenn Hymery (MC)
Jean-Luc Jany (MC)
Gaétan Le Floch (MC)
Stéphanie Madec (MC)
Meslet-Cladière Laurence (MC)
Jérôme Mounier (MC-HDR)
Karim Rigalma (MC)
Valérie Vasseur (MC)
Enseignants chercheurs associés
Laurent Esclade (MCF)
Patrice Nodet (MCF)
Post-doctorants (3 ETPT)
Emilie Delavenne
Antoine Hermet
Jasmine Pearl
Doctorants (4,5 ETPT)
Kevin Fontaine (Région Bretagne)
Guillaume Gillot (MESR-CNIEL)
Marlène Keravec (MESR)
Céline Le Lay (CNIEL)
Vanessa Redou (MESR)
BIATOSS (2,8 ETPT) :
Danielle Arzur (TCH)
Stella Debaets (AT)
Franck Deniel (IE)
Christophe Lemeur (AT)
Florian Thomas (AT)
Marielle LeGuen (Sec)
Sylvie Tréguer (AT)
Centre de Ressources EQUASA
(Etudes en Qualité et Sécurité
Alimentaire)
Responsable : Georges Barbier
Personnel (3,4 ETPT):
Amélie Bonnault (IE contractuelle)
Loic Castrec (Tech contractuel)
Franck Deniel (IE)
Audrey Pawtowski (Tech contract.)
Groupe 2 – LUBEM-Quimper
Responsable : Ivan Leguérinel
Enseignants chercheurs
(6,5 ETPT)
Eric Balnois (MCF)
Benjamin Brillet (MC)
Sophie Cliquet (MC-HDR)
Louis Coroller (MC)
Olivier Couvert (MC)
Nicolas Decourcelle (MC)
Yannick Fleury (MC)
Patrick Le Chevalier (MC)
Valérie Le Guen (MC)
Ivan Leguérinel (Pr)
Pierre Mafart (Pr émerite)
Anne-Gabrielle Mathot (MC)
Camille Jegou (ATER)
Enseignants chercheurs associés
Pierre Batina (MC)
Emile Beliard (MC)
Julien Poupon (MC)
Doctorants (5 ETPT) :
Florie Desriac (Région Bretagne et
Quimper communauté)
Noémie Desriac (CIFRE)
Jean-Luc Moroh (Bourse Côte
d ’Ivoire)
Ntimet Narjess (CIFRE)
Clément Trunet (CIFRE)
BIATOSS (0,6 ETPT) :
Estelle Bellanger (TCH)
Stéphanie Guégan (TCH contractuelle)
Jean-Michel Hemery (AT)
Anne Levant (AA)
Groupe 3 – LUBEM-Brest /
Bactériologie, Virologie
Responsable : Christopher Payan
Enseignants chercheurs (3 ETPT)
Geneviève Héry-Arnaud(MCU-PH)
Sylvie Boisramé-Gastrin (MCU-PH)
Rozenn Le Berre (MCU-PH)
Christopher Payan (PU-PH)
Sophie Vallet (MCU-PH)
Camille Lasserre (AHU)
Praticiens Hospitaliers (0,5 ETPT)
Adissa Minoui-Tran (PH)
Didier Tandé (PH)
Doctorants (2,5 ETPT) :
Youenn Alexandre (MESR)
Marlène Keravec (MESR)
Nicolas Rouzic (PH)
BIATOSS (1,3 ETPT):
Claire Liétard (IR-HDR)
Stéphanie Gouriou (TCH)
Groupe 4 – LUBEM-Brest / Mycologie,
parasitologie
Responsable : Gilles Nevez
Enseignants chercheurs (1 ETPT)
Gilles Nevez (PU-PH)
Le Gal Solène (AHU, Doctorant)
Praticiens Hospitaliers (0,5 ETPT)
Elodie Moalic (PH)
Dorothée Quinio (PH)
BIATOSS (0,5 ETPT)
Michèle Virmaux (AT)
ESMISAB, Plouzané
(Ecole Supérieure de Microbiologie et Sécurité Alimentaire de Brest)
IUT / UFR Sciences Quimper UFR Médecine, Brest
LUBEM, Laboratoire Universitaire de Biodiversité et d’Ecologie Microbienne (EA3882) (Directeur : Georges Barbier)
Total :
EC
34 ⇔ 17 ETPT
PH
4 ⇔ 1 ETPT
Post-doc 3 ETPT
Doc 12 ETPT
BIATOSS
17 ⇔ 8,6 ETPT

Projet LUBEM 2012-2015
G2 - IUT/Master IIA
Bactéries
Agro-alimentaire,
Environnement
Inactivation des bactéries
sporulées
Bactériocines de bactéries
d’organismes marins
G1 - ESMISAB Plouzané
Champignons filamenteux, Bactéries
Agro-alimentaire,
Environnement
Biodiversité fongique . Méthodes d’
identification, de caractérisation, de
quantification des moisissures
 Etude et contrôle des
écosystèmes à composante fongique
Aliments / Environnement
!!
G3 - UFR Médecine Brest /
Bactériologie, Virologie
Bactéries, virus
Santé
Infection et mucoviscidose
!
E4 - UFR Médecine Brest /
Mycologie, Parasitologie
Champignons, Parasites
Santé
Pneumocystis jirovecii
!
Microflore d’altération
Mycologie prévisionnelle
Contrôle des communautés
Molécules antimicrobiennes
Méthodes rapides
d’identification, de
caractérisation et de
quantification des
champignons filamenteux
Ecologie
microbienne
Communautés
pulmonaires
Moisissures
Inactivation microbienne
Pneumocystis
Mucoviscidose
Axe principal 1
Ecosystèmes à
composante fongique!
Axe principal 2
Ecologie microbienne
pulmonaire /
mucoviscidose!

Georges Barbier – LUBEM (EA3882), UBO
Conférence annuelle de la Recherche de l'UEB - Brest, 2 et 3 avril 2013
" Microbiologie
Etude des organismes vivants microscopiques (virus, bactéries,
archées & micro-eucaryotes (mycètes, algues et protozoaires)) / examen
au microscope / techniques spécifiques telles que stérilisation et
milieux de culture.
Seule une fraction mineure des communautés microbiennes naturelles est
obtenue par les milieux de culture conventionnels et selon la nature des
échantillons on estime que l’efficacité de culture se situe entre 0.001
and 1% (Amann et al., 1995).
Sur 100 phylums (ou embranchements) bactériens identifiés, seulement
30 ont des représentants parmi les 7300 espèces cultivées (Achtman &
Wagner, 2008).
Sur les 1,5 millions d’espèces fongiques estimées (Hawksworth, 1991),
de l’ordre de 100000 ont été décrites.

Georges Barbier – LUBEM (EA3882), UBO
Conférence annuelle de la Recherche de l'UEB - Brest, 2 et 3 avril 2013
" Microbiologie
En fonction de leur intérêt socio-économique, certaines niches ont été plus
particulièrement étudiées : santé, agriculture, alimentation, biotechnologie,
environnement…
Microbiote intestinal
1014 cellules bactériennes, >500 espèces, 70% des micro-organismes
dénombrables par microscopie correspondent à des espèces incultivées.
L’identification des micro-organismes est difficile :
Caractères morphologiques : en général insuffisants (bactéries par
exemple) ou affaire de rares spécialistes (moisissures par exemple),
Identification phénotypique classique (métabolisme,…) : longue,
fastidieuse et souvent imprécise,
Identification génotypique : suppose de disposer de bases de données
de référence complètes et fiables.
2µm!