Algorithme de recherche locale pour la détection de segments

Algorithme de recherche locale pour la
détection de segments
transmembranaires
D. Tessier
Unité
Biopolymères, Interactions,
Assemblages
Centre ANGERS-NANTES
(Nantes)
Journées de la bioinformatique INRA (21-23/03 2016)

Journées de la bioinformatique INRA (21-23/03 2016)
Günter Blobel : Prix Nobel de physiologie
et de médecine 1999
Certaines protéines nouvellement
formées sont dotées d’un signal qui
leur permet de se diriger vers la
membrane du reticulum endoplasmic

Journées de la bioinformatique INRA (21-23/03 2016)
Protéines sécrétées Protéines membranaires
Peptide signal et signal-anchor sont hydrophobes

Journées de la bioinformatique INRA (21-23/03 2016)
Comprendre l’insertion de la protéine dans la membrane :
Ingénierie du segment H dans une protéine
LEP - Protein Leader Peptidase - par
mutagénèse
Transcription et traduction in vitro
Manip in vitro de Hessa et al. Nature 2005

Journées de la bioinformatique INRA (21-23/03 2016)
Idées de Hessa et al. A chaque acide aminé, on peut associer un
index ‘biological hydrophobicity scale’qui va être relié à « sa facilité
à s’insérer dans la membrane ». Si on combine ces index sur la
longueur du peptide inséré dans le translocon, on peut espérer
trouver la clé d’ouverture de la porte latérale du translocon.
Un segment de la protéine en cours de
synthèse est dans le translocon. Si le peptide
« ouvre » la porte latérale du translocon =>
protéine membranaire, sinon protéine
secrétée
L’index d’un acide aminé peut varier en fonction de sa
position dans le translocon.