Rapport de Stage de master professionnel :

Rapport de Stage de master professionnel :
Mention : Science de l’Environnement terrestre
Spécialisation : Gestion des Eaux et des Milieux Aquatiques
Organisme d’accueil : Syndicat des Rivières des Territoires de Chalaronne
Tuteur professionel : Alice PROST Pierre PEYRARD
Tuteur universitaire : Evelyne FRANQUET Année : 2012
Diagnostic fonctionnel des zones humides de la Calonne et de la
Chalaronne en vue de la définition d’un plan de gestion
Une étude financée par :

Résumé
La zone humide de Saint-Etienne-sur-Chalaronne et le marais du Vernay sont les deux plus grandes zones
humides riveraines de cours d’eau présentes dans le périmètre du Syndicat des Rivières des Territoires de
Chalaronne. Elles occupent respectivement 96,3 hectares le long de la Chalaronne et 58,6 hectares le long de la
Calonne. Du fait de leurs dimensions particulières et en vue de l’élaboration de plans de gestion, la présente étude a
été engagée. L’approche fonctionnelle a été choisie pour l’établissement du diagnostic initial. Ainsi la biodiversité, la
qualité de l’eau, le fonctionnement hydraulique mais aussi les activités humaines ont été recherchées et décrites. Le
fonctionnement hydraulique constitue la principale source de perturbation, notamment par la présence de
nombreux barrages et de systèmes de drainage développés. Des mesures de gestion ont donc été proposées pour
concilier le mieux possible le caractère naturel de ces sites avec les activités économiques dans le but de prévenir
des risques qui peuvent menacer ces milieux.
Mots-clés : zone humide, plan de gestion, fonctionnement hydraulique, biodiversité, activités humaines.
Abstract
Saint-Etienne-sur-Chalaronne’s wetland of and the Vernay’s marsh are the two biggest rivers‘wetlands
located in Syndicat des Rivières des Territoires de Chalaronne’s perimeter. They respectively occupy 96.3 hectares
along Chalaronne and 58.6 hectares along Calonne. Because of their particular sizes and so as to elaborate
management plans, this study has been engaged. A functional approach has been chosen for the initial diagnosis’s
establishment. So biodiversity, water’s quality, hydraulic functioning and also human activities were looked for and
described. Hydraulic functioning caused the main disturbances because of several dams and well developed
drainage’s systems. Sketches of management plans were thus proposed in order to conciliate natural components of
the sites and economics activities and to prevent risks which can impact these environments.
Keywords : wetland, management plan, hydraulic functioning, biodiversity, human activities.

Sommaire
REMERCIEMENTS .........................................................................................................................................................................
INTRODUCTION .......................................................................................................................................................................... 1
CONTEXTE .................................................................................................................................................................................. 2
1) PRESENTATION DU SRTC ............................................................................................................................................................. 2
2) LE CONTRAT DE RIVIERE ................................................................................................................................................................ 2
3) DEFINITION ET REGLEMENTATIONS ................................................................................................................................................. 2
4) CARACTERISTIQUES GENERALES DU TERRITOIRE ................................................................................................................................. 3
4. 1) Localisation ........................................................................................................................................................................ 3
4.2) Hydrographie ...................................................................................................................................................................... 4
4.3) Climatologie et pluviométrie ............................................................................................................................................... 4
4.4) Contexte socio économique et occupation du sol ............................................................................................................... 5
ACQUISITIONS DES DONNEES (METHODOLOGIE) ....................................................................................................................... 6
1) DETERMINATION DU PERIMETRE D’ETUDE ........................................................................................................................................ 6
1.1) Réglementation ................................................................................................................................................................... 6
1.2) Détermination de l’hydromorphie ....................................................................................................................................... 6
1.3) Identification des plantes hygrophiles................................................................................................................................. 6
2) DETERMINATION DES INDICATEURS ................................................................................................................................................. 6
2.1) Caractérisation de la biodiversité ........................................................................................................................................ 7
2.2) Caractérisation du caractère auto épurateur de l’eau/stockage MES et nutriments ......................................................... 8
2.3) Description de la connectivité et du fonctionnement hydraulique de la zone .................................................................... 9
2.4) Activités économiques et sociales ..................................................................................................................................... 10
DIAGNOSTIC (RESULTATS) ........................................................................................................................................................ 11
1) ETAT DES LIEUX ET FONCTIONNEMENT DU MARAIS DU VERNAY .......................................................................................................... 11
1.1) Données générales ............................................................................................................................................................ 11
1.2) Fonctionnalité : Qualité et épuration de l’eau .................................................................................................................. 15
1.3) Fonctionnalité Biodiversité ................................................................................................................................................ 18
1.4) Fonctionnalité Hydrologique et Hydraulique .................................................................................................................... 22
1.5) Fonctionnalité Activités économiques et sociales ............................................................................................................. 26
2) ETAT DES LIEUX ET FONCTIONNEMENT DE LA ZONE HUMIDE DE SAINT-ETIENNE-SUR-CHALARONNE ........................................................... 28
2.1) Données générales ............................................................................................................................................................ 28
2.2) Fonctionnalité : Qualité et épuration de l’eau .................................................................................................................. 32
2.3) Fonctionnalité : Biodiversité .............................................................................................................................................. 33
2.4) Fonctionnalité Hydrologique et Hydraulique .................................................................................................................... 38
2.5) Fonctionnalité Activités économiques et sociales ............................................................................................................. 45
PROPOSITIONS DE MESURES DE GESTION ................................................................................................................................ 47
1) ENVISAGEABLES POUR LES DEUX SITES ........................................................................................................................................... 47
1.a) Objectif de protection générale des sites et communication ............................................................................................ 47
1.b) Objectif de préservation et restauration des milieux naturels et des espèces associées .................................................. 47
1.c) Objectif d’amélioration du fonctionnement hydrologique de la zone humide .................................................................. 49
2) SPECIFIQUES POUR LA ZONE HUMIDE DU VERNAY ............................................................................................................................ 49
2.a) Objectif d’amélioration du fonctionnement hydrologique de la zone humide .................................................................. 49
2.b) Objectif de préservation et restauration des milieux naturels et des espèces associées .................................................. 50
3) SPECIFIQUES POUR LA ZONE HUMIDE DE SAINT-ETIENNE-SUR-CHALARONNE ........................................................................................ 50
3.a) Objectif d’amélioration du fonctionnement hydrologique de la zone humide .................................................................. 50
3.b) Objectif de préservation et restauration des milieux naturels et des espèces associées .................................................. 51
CONCLUSION ............................................................................................................................................................................ 52
FICHES ACTIONS ....................................................................................................................................................................... 53
BIBLIOGRAPHIE ............................................................................................................................................................................
TABLE DES CARTOGRAPHIES .........................................................................................................................................................
TABLE DES TABLEAUX ...................................................................................................................................................................
TABLE DES GRAPHIQUES ..............................................................................................................................................................
TABLE DES PHOTOGRAPHIES ........................................................................................................................................................
TABLE DES FIGURES ......................................................................................................................................................................
ANNEXES ......................................................................................................................................................................................

Remerciements
Je tiens à exprimer toute ma reconnaissance à Monsieur Christophe Mégard, Président du Syndicat des Rivières des
Territoires de Chalaronne de m’avoir accepté au sein de sa structure.
Un grand merci à Alice Prost, directrice du SRTC, qui m’a accueilli et suivi en tant que maître de stage pendant ces 6
mois.
Merci à Véronique Gelin pour sa gentillesse et sa disponibilité.
Je remercie également Yannick Boissieux et Maxime Beaujouan pour leur aide précieuse, pour leur patience vis-à-vis
de mes nombreuses questions.
Merci à Thibaud Pandelakis et Antonin Toulan avec qui j’ai eu la joie de partager mon bureau pendant toute la durée
du stage. Une mention spéciale à Thibaud pour son aide en identification et à Antonin pour ses relectures du
rapport.
Je remercie toute l’équipe du SRTC pour son dynamisme et sa bonne humeur.
Je souhaite remercier, les membres du CREN : Elisabeth FAVRE et Kristell CLARY qui m’ont conseillé et accordé
beaucoup de temps pour les investigations de terrain.
Enfin, je remercie tous les acteurs du territoire avec qui j’ai eu le plaisir d’échanger.

1
Introduction
Les zones humides, très souvent associées à des milieux répulsifs et inutiles pour l’Homme, ont subi de nombreuses
modifications telles que le drainage et le remblaiement et ont vu leur nombre fortement régressé avec la disparition
de plus de la moitié d’entre elles au cours du siècle dernier.
Un regain d’intérêt pour les zones humides et notamment pour leur richesse spécifique est apparu au cours des
années 70. Depuis cette époque, les études se sont multipliées ainsi leurs intérêts ont été démontrés. Parmi, les
rôles qui leurs sont associés, les plus souvent mis en avant sont leur capacité de rétention/restitution, de
dégradation des nutriments et de réserve de biodiversité. La région Rhône-Alpes, mais aussi les Conseils Généraux
et les Syndicats de Rivière entament de nombreux inventaires de ces zones humides. Cette base de données est
essentielle pour pouvoir commencer les études sur le fonctionnement de ces milieux en vue de les préserver.
L’étude rédigée dans ce document entre dans le programme de connaissance des zones humides de l’Ain.
Après avoir dans un premier temps replacé l’étude dans son contexte, le rapport sera divisé en 3 grandes parties.
Tout d’abord, les différentes méthodes utilisées pour décrire deux zones humides seront présentées. Une fois ces
méthodes décrites, l’analyse de leurs résultats constituera la deuxième partie, ce diagnostic fonctionnel sera exposé
et découpé selon 4 grands thèmes à savoir la Qualité de l’eau, la Biodiversité, l’Hydrologie et les Activités pour
chaque zone humide. La partie finale permettra, dans un premier temps, un aperçu des mesures de gestion
envisageables pour l’ensemble des sites, puis, en second lieu, les mesures de gestion spécifiques à chaque zone. Le
plan de gestion est prévu pour 5 ans.Cependant, il va évoluer et le rythme d’exécution des mesures de gestion sera
dépendant des possibilités de la structure. Certaines investigations et mesures pourront donc intervenir dans une
période future assez longue.