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Rôle de l’antibiothérapie et des facteurs liés à l’hôte et à
l’hospitalisation sur le risque de colonisation et
d’infection par des bactéries résistantes aux
antibiotiques
THESE DE DOCTORAT
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Présentée
et soutenue publiquement par
Didier LEPELLETIER
Le 23 juin 2006, devant le jury ci-dessous :
Président Mr G POTEL, )*''&'!+'!',)!!'(!!-'
Rapporteurs Mr JC LUCET, )*''&'!+'!',)!!'(!!-)!'
Mr P BERTHELOT-.*'!+'!',)!!'(!!-!
Examinateurs Mr G POTEL, )*''&'!+'!',)!!'(!!-'
Mme N CAROFF,.*'!+'!'-'
Directeur Mr H RICHET, )*''&'!+'!',)!!'(!!-'
Co-Directeur Mme BM IMBERT, )*''&'!+'!',)!! '(!!-'

SOMMAIRE
LISTE DES TABLEAUX……………………………………………………………….
LISTE DES FIGURES………………………………………………………………….
INTRODUCTION………………………………………………………………………..
RAPPEL BIBLIOGRAPHIQUE………………………………………………………..
I. Relation entre antibiothérapie et résistance bactérienne……………………
A. Introduction………………………………………………………………………….
B. Rappels de quelques éléments essentiels de la résistance bactérienne..
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C. Définition du potentiel d'évolution vers la résistance……………………….
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D. Exposition des populations aux antibiotiques ……………………………….
E. La relation entre usage des antibiotiques et portage d’une bactérie
résistante………………………………………………………………………………..
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6
10
14
16
17
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24
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32
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38
39

II. Relation entre antibiothérapie et flore intestinale…………………………….
A. Impact de l’usage des antibiotiques sur la colonisation digestive chez
l’homme………………………………………………………………………………..
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B. Impact de l’usage des antibiotiques en clinique vétérinaire sur la
colonisation digestive chez l’homme………………………………………………
III. De la colonisation à l’infection chez l’homme: le cas de Pseudomonas
aeruginosa………………………………………………………………………………
A. Introduction………………………………………………………………………….
B. Etude des réservoirs et colonisation de la flore digestive chez l’homme.
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C. Relation entre colonisation et infection à P. aeruginosa……………………
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RECHERCHE EPIDEMIOLOGIQUE………………………………………………….
Nature et objectifs des recherches…………………………………………………
A. Etude des facteurs de risque d’infections causées par Escherichia coli
résistant aux antibiotiques…………………………………………………………..
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2
41
41
42
44
45
48
49
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51
53
54
56
57
59
64
65
67

0)'!4article 1111111111111111111111100
20""!'11111111111111111111111111100
B. Etude bactériologique et épidémiologique de la résistance aux
céphalosporines de 3ème génération chez Escherichia coli……………………
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20""!'11111111111111111111111111100
C. Etude des facteurs de risque de colonisation gastro-intestinale par des
bacilles à Gram négatif résistants aux antibiotiques…………………………...
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27"$!&9*&%&!'=article 3>111111111
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!'!$',!'!(P. aeruginosa=article 4>11111
302&!!'!!$'!+,!*!(P. aeruginosa00
DISCUSSION GENERALE…………………………………………………………….
CONCLUSION ET PERSPECTIVES…………………………………………………
BIBLIOGRAPHIE……………………………………………………………………….
ANNEXES………………………………………………………………………………..
3
68
74
77
78
89
91
92
95
97
104
117
134
138
150
154
174

LISTE DES TABLEAUX
Tableau I. )&$'  "!      '!'  ?    "!!!   :
Staphylococcus aureus '  &   !    2@  <(!&9  *A!'
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Tableau II. '!'  &9  !6!!%&'   Pseudomonas aeruginosa  : '
(!'!"!5A&&&!6! (!=4(7'
"'>11111111111111111111111111
Tableau III. !    !'!  (  '  '   P. aeruginosa !!*!'  
6!$!"&!()B=4(7'#et al.2>111110
Tableau IV. "(/C&'4!6! (!(( '(!''&(!'
"66!($""*7'&!+&&&"-
*!'"!!'=4(7'D$(et al./EE/>110
Tableau V. "(4 '(!!'!'&!'!*!'!(
'6!'?B"$!*'!'=4(7'!'+&et al./EE>110
Tableau VI. "('(!!!'''&*!'!=4(7'&et
al.>11111111111111111111111111110
Tableau VII. "(  '  ( '(!'  '  '&    *  !'!  =4(7'
&et al.>111111111111111111111110
Tableau VIII. "(  '  *&%&!'  '  '&    *  !'!  =4(7'
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Tableau IX. !'!$',!'!('6!'?B"$!*6!'
((7'4 '(!!'!=4(7'!!&'et al0-8>111110
Tableau X. !'!%&''8'+!'&'11111111100
Tableau XI. !'!%&''E22(!'!&''8'+!'!**'&
'+!"'1111111111100
Tableau XII.   4"!!'!  '  (!!(&9  !6!!%&'  ('!'  '  
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!**'&'?111111111111
Tableau XIII. &'    !'%&  ''!'  ?    !'!  !$'!+  ( P.
aeruginosa(&'(!''$!*'?4"!''!(5'
"&!+!("791111111111111111110
Tableau XIV. !**'( 5(''!'6'+'("!/E8'& 'P.
Aeruginosa!'*!'!E22(!' '(!!'''
8'+!'&'?111111111110
Tableau XV. ) 5(''!';'& 'P. aeruginosa!''
*!'!@(!' '(!!''!"!1111110
8
16
21
38
44
46
47
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56
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101
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