9_biologie moleculaire depistage ERG
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Place de la biologie moléculaire dans le dépistage des entérocoques résistants aux glycopeptides C. ALAUZET, H. TRONEL, A. LOZNIEWSKI CHU de Nancy Les glycopeptides Grosses molécules → ne passent pas les membranes vancomycine VANCOCINE® teicoplanine TARGOCID® Bloquent la synthèse de la paroi bactérienne Les glycopeptides Ala Ala peptidoglycane Les glycopeptides Ala Ala + Ala Ala peptidoglycane Les glycopeptides Ala Ala Ala + Ala glycopeptide peptidoglycane Les glycopeptides Ala Ala Ala peptidoglycane + Ala glycopeptide ARRÊT DE LA SYNTHÈSE DE LA PAROI = MORT DE LA BACTÉRIE Résistance aux glycopeptides Ala Ala + Lac gène van = DAla-DLac ligase Lac peptidoglycane Résistance aux glycopeptides Ala Ala + Lac Lac glycopeptide gène van = DAla-DLac ligase peptidoglycane Résistance aux glycopeptides Ala Ala + Lac Lac glycopeptide gène van = DAla-DLac ligase peptidoglycane Résistance aux glycopeptides Ala Ala + Lac Lac peptidoglycane glycopeptide gène van = DAla-DLac ligase LA SYNTHÈSE DE LA PAROI CONTINUE Résistance aux glycopeptides Plusieurs gènes van différents : vanA → résistance haut niveau VA + TEC E. faecium, E. faecalis, autres espèces et autres genres plasmidique +++ → DISSÉMINATION vanB → résistance niveau variable VA E. faecium, E. faecalis chromosomique++ (plus rarement plasmidique) vanC → résistance naturelle bas niveau VA tous les E. gallinarum, E. caselliflavus et E. flavescens Résistance aux glycopeptides Problématique des ERG : MULTIRÉSISTANCE ≠ PATHOGÉNICITÉ • portage infection • passage du gène vanA au SAMR DÉPISTAGE pour éviter DISSÉMINATION RAPIDE SENSIBLE SPÉCIFIQUE Détection des ERG Prélèvement Q-PCR Bouillon d’enrichissement sélectif Suspension Culture sur milieu sélectif identification + antibiogramme PCR Biologie Moléculaire Ensemble des techniques de manipulation des acides nucléiques étude des eucaryotes, PROCARYOTES et virus identification des espèces bactériennes typage épidémiologique de souches détection de gènes de résistance aux ATB détection de gènes de virulence Biologie Moléculaire extraction de l’ADN Biologie Moléculaire extraction de l’ADN Réaction de Polymérisation en Chaîne = PCR AMORCES isolement du gène cible Biologie Moléculaire extraction de l’ADN Réaction de Polymérisation en Chaîne = PCR X° du gène cible AMORCES isolement du gène cible Biologie Moléculaire extraction de l’ADN Réaction de Polymérisation en Chaîne = PCR X° du gène cible AMORCES isolement du gène cible SIGNAL AMPLIFIE Détection des ERG Directement à partir du prélèvement Détection des ERG Directement à partir du prélèvement Q-PCR ou PCR en temps réel fluorescence proportionnelle à la quantité initiale du gène cible LC VRE Detection Kit® (Roche) VRE GenExpert Kit® fin 2008 (Cepheid) Détection des ERG Directement à partir du prélèvement Q-PCR ou PCR en temps réel ― RAPIDE +++, sensible ++, kits commercialisés ― spécificité : vanB retrouvé chez anaérobies = FP ― selles = inhibiteurs de PCR++ technique d’extraction adaptée surcoût+++, petites séries Détection des ERG Après culture sur milieu sélectif Détection des ERG Après culture sur milieu sélectif ― NANCY : E. faecium vanA+ PCR systématique sur colonies suspectes Détection des ERG Après culture sur milieu sélectif ― NANCY : E. faecium vanA+ E. faecium vanA vanC2-C3 patient - vanC1 E. faecalis T+ PCR systématique sur colonies suspectes protocole PCR « maison » standardisation GenoType®Enterococcus (Biocentric) Détection des ERG Après culture sur milieu sélectif ― Extraction de l’ADN par choc thermique ― SPÉCIFICITÉ+++ ― Résultats en 24-48 (72h) • moins rapide que Q-PCR • plus rapide que l’identification (plurimicrobien) ― Élimination des pb d’identification ou de CMI ― Détection des souches hétérogènes (VA-I / TEC-S) Détection des ERG Prélèvement Q-PCR Bouillon d’enrichissement sélectif Suspension Culture sur milieu sélectif identification + antibiogramme PCR Détection des ERG Prélèvement Q-PCR Bouillon d’enrichissement sélectif Suspension RAPIDITÉ Culture sur milieu sélectif identification + antibiogramme PCR Détection des ERG Prélèvement SENSIBILITÉ Q-PCR Bouillon d’enrichissement sélectif Suspension Culture sur milieu sélectif identification + antibiogramme PCR Détection des ERG Prélèvement Q-PCR Bouillon d’enrichissement sélectif Suspension Culture sur milieu sélectif SPÉCIFICITÉ identification + antibiogramme PCR Détection des ERG Prélèvement STRATÉGIE À Q-PCR Bouillon d’enrichissement sélectif ADAPTER Suspension Culture sur milieu sélectif AUX BESOINS identification + antibiogramme PCR
