Patrimoine Naturel Houat (290 ha) et Hoedic (209 ha) constituent deux entités terrestres voisines mais isolées entre elles et du continent. La mer constitue une vraie frontière naturelle : un grand nombre d’espèces ne peuvent les atteindre ou s’en échapper. La biodiversité sur Houat et Hoedic a de ce fait une signification écologique et un intérêt scientifique plus évident que pour la plupart des communes du continent. L’absence de toute agriculture intensive moderne et l'urbanisation maîtrisée ont fortement participé à préserver la richesse biologique des deux îles. L’abandon de l’ancien pâturage a néanmoins entraîné de profonds changements du paysage en quelques décennies et la disparition d’espèces dont certaines d’intérêt patrimonial. Les deux îles sœurs ne sont cependant pas des jumelles. L’île d’Hoedic est une terre proche de l’eau avec une succession de plages et de zones rocheuses peu élevées. En grande partie couverte de dunes, elle héberge de grandes étendues en étangs et dépressions humides que l’on ne trouve pas à Houat. Plus en hauteur, l’île de Houat comporte un plateau dominant de hautes falaises plongeant vers l’océan. Elle s’abaisse dans sa partie orientale, en en massif de dunes bordée d’une grande plage, se prolongeant par une flèche de sable et une des rares plages convexes de France. Les dunes plus ou moins anciennes sont un élément dominant du paysage des deux îles. La dune “blanche” héberge une végétation tolérante au sel qui se développe sur du sable mobile au contact supérieur des laisses de haute mer. Plus en arrière, la dune “grise” est stabilisée par des pelouses riches en espèces herbacées et d’abondants tapis de mousses et de lichens. Houat et Hoedic abritent environ 500 espèces de plantes spontanées sur 1 482 présentes en Morbihan. 20 sont inscrites en liste rouge armoricaine, considérées comme rares ou menacées d’extinction dans cette région. Les oiseaux sont sans conteste le groupe le mieux connu. Les premiers inventaires datent de 1868 et la présence d’ornithologues sur les îles, notamment à Hoedic, est régulière tous les ans depuis la fin des années 1970. Les mammifères sauvages ne sont pas nombreux sur les deux îles. La musaraigne des jardins et les quelques espèces de reptiles et amphibiens présentes sur les deux îles sont des témoins de l’époque où ces îles étaient rattachées au continent. Houat héberge 3 espèces de reptiles, le lézard des murailles Podarcis muralis, le lézard vert Lacerta viridis et l’orvet Anguis fragilis. Seul les deux lézards sont présents à Hoedic. Les batraciens n’existent plus aujourd’hui qu’à Hoedic. Les dépôts sauvages de déchets verts sont un facteur de risque pour le patrimoine naturel, en particulier dans les zones dunaires. Leur accumulations ont pour conséquences un enrichissement des sols en azote amenant une prolifération de plantes banales à fort développement avec une fermeture du milieu et un appauvrissement biologique. Une douzaine de plantes invasives est déjà présente sur les deux îles. La variété paysagère et biologique des deux îles est leur principale richesse, un atout important pour une économie aujourd’hui essentiellement liée au tourisme. Cependant, ce patrimoine est fragile. Toute dégradation ne pourra que nuire à la qualité de vie de leurs habitants et à l’attrait des deux îles. Il faut souligner le défi, pour les municipalités, de concilier l’affluence touristique et la préservation de l’environnement. Il n’y a cependant pas de fatalité : ces menaces dépendent aussi dans une large mesure du comportement de chacun pour préserver cette richesse.