Vietnam, Nig

MEMOIRE DU DIPLÔME D’ETUDES SPECIALISEES DE
BIOLOGIE MEDICALE
Soutenu devant le Jury interrégional
Le 24 avril 2006
Par Mlle ESPERN Anne
THESE POUR LE DIPLÔME D’ETAT
DE DOCTEUR EN PHARMACIE
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Prévalences et études génotypiques des
microsporidioses intestinales dans trois
zones géographiques distinctes
(Vietnam, Niger et France)

TABLE DES FIGURES
FIGURE 1. CLASSIFICATION DES MICROSPORIDIES INFECTANT L'HOMME,
CANNING 1989. ......................................................................................................................... 15
FIGURE 2. L’ARBRE DES EUCARYOTES, MONTRANT DES VARIATIONS DANS
LA TAILLE DES GÉNOMES. IL Y A CINQ HYPOTHÉTIQUES SUPER GROUPES :
EXCAVATES (E), UNIKONTS (U), PLANTS (P), CHROMALVEOLATES (C) AND
RHIZARIA (R). LES MICROSPORIDIES SONT TRÈS PROCHE DES
ZYGOMYCÈTES (KEELING AND SLAMOVITS 2005) ..................................................... 18
FIGURE 3. CYCLE DE DÉVELOPPEMENT DES MICROSPORIDIES.
L’ULTRASTRUCTURE DES STADES MÉRONTES ET SPORONTE VARIE SELON
LES DIFFÉRENTS GENRES DE MICROSPORIDIES. (FRANZEN AND MULLER
1999) ............................................................................................................................................. 18
FIGURE 4. ORGANISATION TYPIQUE DE LA SPORE MICROSPORIDIENNE. LA
CONFIGURATION DU FILAMENT POLAIRE VARIE SELON L'ESPÈCE DE
MICROSPORIDIES (FRANZEN AND MULLER 1999) ...................................................... 20
FIGURE 5. STADE JEUNE D’ENTEROCYTOZOON BIENEUSI. IL CONTIENT UN
SEUL NOYAU, MESURE DE 3À 4 ΜM DE DIAMÈTRE. A SA PÉRIPHÉRIE, LES
MITOCHONDRIES DE L’ENTÉROCYTE ET UNE ENCLAVE LIPIDIQUE (L).
MICROSCOPIE ELECTRONIQUE (DESPORTES-LIVAGE AND DATRY 2005) ......... 20
FIGURE 6 MÉCANISME D’INFECTION D’UNE CELLULE PAR UNE D’UNE SPORE
DE MICROSPORIDIE : (A) INVASION ACTIVE. (B) PROCESSUS PHAGOCYTAIRE
(FRANZEN 2004) ....................................................................................................................... 24
FIGURE 7 DÉCHARGE DE LA SPORE DANS LA CELLULE HÔTE (MICROSCOPIE
ÉLECTRONIQUE).(DESPORTES-LIVAGE AND DATRY 2005) ...................................... 24
FIGURE 8. DÉVELOPPEMENT D’ENTEROCYTOZOON BIENEUSI DANS
L’ÉPITHÉLIUM INTESTINAL. ............................................................................................. 26
FIGURE 9. DÉVELOPPEMENT D’ENCEPHALITOZOON INTESTINALIS DANS
L’ÉPITHÉLIUM INTESTINAL. ............................................................................................ 27
FIGURE 10. PARASITES OPPORTUNISTES INTESTINAUX DÉTECTÉS CHEZ LES
PATIENTS INFECTÉS PAR LE VIRUS DE L’IMMUNODÉFICIENCE HUMAINE DE
1993 À 2001À LA PITIÉ SALPÊTRIÈRE. LA CHUTE DU NOMBRE DE CAS EN 1994
ET EN 1996 EST L’EFFET DES TRAITEMENTS PAR LA BITHÉRAPIE, PUIS PAR
LA TRITHÉRAPIE ANTIRÉTROVIRALE HAUTEMENT ACTIVE.(DESPORTES-
LIVAGE AND DATRY 2005) ................................................................................................... 36

FIGURE 11. SPORE DE E. BIENEUSI EN MICROSCOPIE ÉLECTRONIQUE X1000.
LES FLÈCHES INDIQUENT L’ENROULEMENT DOUBLE DU TUBE POLAIRE
CARACTÉRISTIQUE DE L’ESPÈCE (CENTER FOR DISEASE CONTROL 2005) ...... 51
FIGURE 12. SPORES D’ E. BIENEUSI DANS LES SELLES D’UN PATIENT INFECTÉ
PAR LE VIH. COLORATION AU TRICHROME MODIFIÉ (OBJECTIF X100).
LABORATOIRE DE PARASITOLOGIE-MYCOLOGIE, CHU NANTES ........................ 51
FIGURE 13. SPORES D’ E. BIENEUSI, COLORATION À L’UVITEX 2B,
MICROSCOPE À FLUORESCENCE, OBJECTIF X100, FILTRE 365NM (FRANZEN
AND MULLER 2001) ................................................................................................................. 51
FIGURE 14. STRUCTURE DES PRINCIPALES MOLÉCULES UTILISÉES EN
THÉRAPEUTIQUE ................................................................................................................... 55
FIGURE 15. LABORATOIRE : INSTITUT NATIONAL D’HYGIÈNE ET
D’EPIDÉMIOLOGIE, HANOÏ. VIETNAM ........................................................................... 62
FIGURE 16 PRINCIPE DE LA PCR TEMPS RÉEL BASÉE SUR LA TECHNOLOGIE
TAQMAN. LA SONDE MARQUÉE DE PART ET D’AUTRE PAR UN REPORTER ET
UN QUENCHER EST CLIVÉE PAR L’ADN POLYMÉRASE LORS DE
L’ÉLONGATION. L’ÉLOIGNEMENT DES DEUX FLUOROCHROMES PROVOQUE
UNE ÉMISSION DE FLUORESCENCES. ............................................................................. 66
FIGURE 17. REPRÉSENTATION DES MÉCANISMES DE
CHAUFFAGE/REFROIDISSEMENT DE L’ENCEINTE. DURANT LE
REFROIDISSEMENT, LES ÉCHANTILLONS SONT SOUMIS À UNE ROTATION
(500 À 1000 RPM) AFIN DE FACILITER LES TRANSFERTS THERMIQUES. ............ 66
FIGURE 18. VUE DU DESSUS DE LA CHAMBRE DE
CHAUFFAGE/REFROIDISSEMENT. LE ROTOR TOURNE DANS LE SENS DE LA
FLÈCHE. LA POSITION DES CANAUX D'ÉMISSION ET DE DÉTECTION EST
ÉGALEMENT REPRÉSENTÉE. ............................................................................................. 67
FIGURE 19 VUE DE PROFIL DU ROTOR MONTRANT LA POSITION D'UN TUBE
TÉMOIN, DE L'INCIDENCE DE LA SOURCE D'ÉMISSION ET LA POSITION DU
FILTRE DE DÉTECTION DE 6 CANAUX AU-DESSUS DU DÉTECTEUR DE
FLUORESCENCE. .................................................................................................................... 67
FIGURE 20. CINÉTIQUE DE LA PCR TEMPS RÉEL ........................................................ 68
FIGURE 21. PCR TEMPS RÉEL : COURBE D'AMPLIFICATION DU CONTRÔLE
INTERNE (IPC), AJOUTÉ À CHAQUE ÉCHANTILLON.DE LA PCR ........................... 69
FIGURE 22. REPRÉSENTATION SHÉMATIQUE DE SÉQUENCE D’ADN
D’ENTEROCYTOZOON BIENEUSI AMPLIFIÉE PAR LE COUPLE PRIMER
MSP3/MSP4B ............................................................................................................................. 74

FIGURE 23. GEL DE POLYACRYLAMIDE 9% PRODUITS DE PCR AMPLIFIÉ PAR
DES PRIMERS MSP3/MSP4B SUR TROIS ÉCHANTILLONS DE NOTRE ÉTUDE
(H166, H173, H213 ET N9). MV : MARQUEUR V ROCHE® ............................................. 75
FIGURE 24 EXEMPLE DE CHROMATOGRAMME .......................................................... 75
FIGURE 25. PROTOCOLE D’ÉTUDE DES ÉCHANTILLONS DE SELLES DE
PATIENTS RÉCOLTÉES AU NIGER, VIETNAM ET FRANCE ...................................... 77
FIGURE 26 RÉACTION D’AMPLIFICATION DES DIFFÉRENTES DILUTIONS DE
LA GAMME DU TÉMOIN POSITIF E. BIENEUSI ET COURBE ÉTALON
PERMETTANT DE CALCULER LE COEFFICIENT DE CORRÉLATION LINÉAIRE
(R=0,99) ET LE RENDEMENT (R=92%) ............................................................................... 82
FIGURE 27 RÉACTION D’AMPLIFICATION DES DIFFÉRENTES DILUTIONS DE
LA GAMME DU TÉMOIN POSITIF E. INTESTINALIS ET COURBE
ÉTALON PERMETTANT DE CALCULER LE COEFFICIENT DE CORRÉLATION
LINÉAIRE (R=0,99), LE RENDEMENT (R=103%) ............................................................. 82
FIGURE 28. SPÉCIFICITÉ DE LA PCR TEMPS RÉEL DANS LE DIAGNOSTIC DE
MICROSPORIDIOSES INTESTINALES (GEL DE POLYACRYLAMIDE 9%) ............. 83
FIGURE 29.REPRÉSENTATION GRAPHIQUE DE LA RÉPARTITION DES ÂGES DE
LA POPULATION ÉTUDIÉE AU VIETNAM. ...................................................................... 88
FIGURE 30 REPRÉSENTATION GRAPHIQUE DU STATUT IMMUNITAIRE DE LA
POPULATION ÉTUDIÉE AU VIETNAM ............................................................................. 88
FIGURE 31 REPRÉSENTATION GRAPHIQUE DE LA RÉPARTITION DE LA
POPULATION ÉTUDIÉE EN FONCTION DES DIFFÉRENTS HÔPITAUX .................. 89
FIGURE 32 RÉPARTITION GRAPHIQUE DE LA PRÉSENCE OU NON DE
DIARRHÉES DANS LA POPULATION ÉTUDIÉE (N=170) .............................................. 92
FIGURE 33 REPRÉSENTATION DES DIFFÉRENTS GÉNOTYPES RETROUVÉS AU
VIETNAM, NIGER ET FRANCE .......................................................................................... 102
FIGURE 34 ARBRE PHYLOGÉNIQUE DES DIFFÉRENTES SÉQUENCES
ÉTUDIÉES, À LA FOIS AU VIETNAM, NIGER ET FRANCE
( HTTP://WWW.GENEBEE.MSU.SU/INDEX.HTML) ...................................................... 102
FIGURE 35 PRÉSENCE DES PORCS EN LIBERTÉ AUX ALENTOURS DES
HABITATIONS. VIETNAM ................................................................................................... 110
FIGURE 36. MARQUEUR DE POIDS MOLÉCULAIRE V DE 8 À 587 PB. ROCHE®
.................................................................................................................................................... 125
5

LISTE DES TABLEAUX
TABLEAU I. RÉVISION DE LA CLASSIFICATION DES MICROSPORIDIES
INFECTANT L'HOMME,PROPOSÉE PAR SPRAGUE ET AL. EN 1992 (SPRAGUE,
BECNEL ET AL. 1992) ............................................................................................................. 15
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