CHAPITRE I : L`épidémiologie des maladies infectieuses

Université Catholique de Louvain
Faculté de Médecine
MICROBIOLOGIE MEDICALE
Prof. M. Delmée
2003-2004
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Table des matières
INTRODUCTION
CHAPITRE I :
L'épidémiologie des maladies infectieuses
CHAPITRE II :
L'épidémiologie des infections hospitalières
CHAPITRE III :
Mécanismes du pouvoir pathogène
CHAPITRE IV :
Les antibiotiques
CHAPITRE V :
Vaccination et sérothérapie
CHAPITRE VI :
Les bactéries impliquées dans les infections
du tractus respiratoire supérieur
CHAPITRE VII :
Les bactéries impliquées dans les infections
du tractus respiratoire inférieur
CHAPITRE VIII :
Les bactéries impliquées dans les infections des voies urinaires
CHAPITRE IX :
Les microorganismes impliqués dans les
infections du système nerveux central
CHAPITRE X :
Les microorganismes impliqués dans les
infections du tractus digestif
CHAPITRE XI :
Les microorganismes impliqués dans les
infections des tissus cutanés
CHAPITRE XII :
Les infections transmises par les animaux
CHAPITRE XIII :
Les microorganismes impliqués dans les
infections du tractus génital
CHAPITRE XIV :
Eléments de protozoologie
CHAPITRE XV :
Eléments d'helminthologie
CHAPITRE XVI :
Les infections chez le patient immuno-compromis
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Introduction (voir aussi les diapositives)
Les bactéries peuplent la Terre depuis plusieurs milliards d’années et il a
bien fallu que l’Homme, apparu bien après, compose avec elles pour
trouver un modus vivendi. Le corps humain porte sur lui et en lui un
nombre plus grand de bactéries que celui de ses propres cellules. Tout se
passe bien pour la grande majorité des humains en bonne santé : c’est
qu’il s’est établi entre eux un état d’équilibre dont ils bénéficient tous
les deux.
Certaines bactéries sont franchement hostiles et elles ont existé depuis
toujours. L'Homme, comme tous les vertébrés, a, de tous temps, été
exposé aux infections microbiennes. L'histoire relate des épidémies
catastrophiques à toutes les époques. Depuis le XIXème siècle (Pasteur,
Koch... et la découverte de l’étiologie microbienne transmissible des
infections), beaucoup a été fait pour diminuer le nombre et la gravité des
maladies infectieuses. Chronologiquement, l’instauration des mesures
d’hygiène et d’asepsie, la vaccination et la découverte d’agents anti-
infectieux (antibiotiques, anti-viraux...) ont profondément amélioré la
condition humaine.
On a rêvé, surtout avec les antibiotiques, de voir disparaître les
infections. Il n’en est malheureusement rien et, en ce début de XXIème
siècle, les pathologies infectieuses, avec plus de 17 millions de morts tous
les ans, restent la première cause de mortalité dans notre monde.
La situation catastrophique observée dans les pays en voie de
développement est évidemment due à une pauvreté engendrant des
conditions d'hygiène désastreuses - amplifiées encore par les conditions
climatiques -, et une carence désolante de moyens médicaux préventifs
et curatifs.
La situation dans nos pays industrialisés est meilleure mais loin d’être
parfaite. L’infection est de loin le premier motif de consultation du
médecin généraliste. Plus de 5% des malades hospitalisés développent
une infection durant leur hospitalisation. En Belgique, près de deux mille
personnes meurent encore chaque année d’infection pneumococcique et
les antibiotiques sont, de loin, les médicaments les plus vendus.
Une autre constante de la pathologie infectieuse est sa continuelle
évolution. Depuis 20 ans, des dizaines de nouveaux microorganismes
impliqués en pathologie ont été décrits. D’anciennes maladies
réapparaissent, d’autres disparaissent... De nouvelles épidémies
surviennent.
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L’Homme en bonne santé, nous l’avons dit, a trouvé un état d’équilibre
avec le monde microbien, qui lui est conféré principalement par une
gamme importante de moyens physiologiques de défense. Cet équilibre
est constamment menacé : d’abord parce qu’il rencontre à tout moment
de nouvelles bactéries (en serrant la main, en mangeant, en respirant, en
voyageant...) et qu’il lui arrive ainsi de rencontrer des microorganismes
disposant de systèmes de virulence auxquels il ne peut résister ; ensuite
parce que lui-même peut occasionnellement voir certains de ses
mécanismes de défense altérés ou perdus. Tous les paramètres de cet
équilibre instable évoluent perpétuellement, et sans doute aujourd'hui
beaucoup plus qu’auparavant. En voici des exemples:
• La population change et son comportement évolue.
La pyramide des âges a fortement évolué durant le XXème siècle, et la
population vieillit globalement, augmentant la proportion de personnes
plus sensibles à l’infection.
Les transhumances augmentent de façon exponentielle, favorisant le
brassage des populations, tout profit pour la dissémination des
pathologies épidémiques et des souches résistantes.
Les comportements sexuels ont fortement évolué depuis trente ans
favorisant des épidémies nouvelles comme le SIDA.
La médecine a fait d’énormes progrès ces dernières décennies mais il y a
un gros revers à la médaille : le nombre de patients immunodéprimés ou
présentant un déficit des mécanismes de défense ou restant hospitalisés
pour de longues périodes s’est accru très considérablement (les
prématurés, les greffés, les poses de prothèses artificielles, la
malnutrition, les thérapies anti-cancéreuses...)
• Les bactéries changent
Les bactéries ont évolué en manifestant un extraordinaire pouvoir
d'adaptation, surtout dans l'acquisition de mécanismes de résistance aux
antibiotiques, un phénomène qui s’accroît de façon constante et
inquiétante. De nouvelles bactéries sont découvertes, certaines
diminuent d’incidence, voire disparaissent, d’autres réapparaissent ou
montrent des modifications de leur pathogénicité.
• L’environnement change
Toute une série de facteurs dans notre environnement ont évolué et
certaines modifications ont entraîné une augmentation du risque
infectieux et de sa dissémination : la mondialisation de l’industrie, la
pollution, la structure de bâtiments modernes et, en particulier, celle des
hôpitaux. L'hôpital moderne, par beaucoup d'aspects, favorise l'infection :
pression antibiotique importante favorisant la sélection de souches multi-
résistantes, équipes pluridisciplinaires multipliant les contacts des
patients, multiplicité des portes d'entrées (cathéters...)
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Le médecin, qui vit au cœur de ces problèmes, doit donc bien connaître
les microorganismes, leur physiologie, leur mode de transmission, leur
pathogénicité et les moyens de lutter contre eux. Mais il doit aussi bien
connaître ses patients qui, tous, présenteront des niveaux variables de
défense vis-à-vis des microbes. Il devra enfin, ne considérer un cours de
microbiologie que comme une base qu’il devra sans cesse remettre à
jour.
A une échelle plus large, il faut observer que les pathologies infectieuses
se développent dans trois grands environnements fondamentalement
différents :
1. Le Tiers-monde paie le plus lourd tribut aux pathologies
infectieuses qui y restent épidémiques ou endémiques
sans que nous n’y apportions de grandes améliorations.
Cela nous concerne, d’abord par souci d’humanité,
ensuite parce que les transhumances en font des
pathologies d’importation de plus en plus importantes.
2. Dans nos pays industrialisés, les pathologies infectieuses
acquises “à domicile” ont fortement régressé, pas
disparu. On ne meurt plus de choléra à Bruxelles mais on
y souffre très souvent d’infection et on y meurt encore
de méningite, de pneumonie...
3. L’hôpital est le troisième environnement. Il se distingue
des deux précédents par la nature de sa population faite
de patients présentant un haut risque infectieux et
rassemblés en un lieu très fermé. C’est un problème
majeur.
Ces trois environnements nécessitent de la part du monde médical des
approches différentes : les bactéries que l’on y retrouve sont fort
différentes bien que des recoupements existent; les populations sont
différentes. Chacun a son épidémiologie propre.
La médecine a comme mission naturelle de lutter contre les pathologies
infectieuses et de permettre la diminution du nombre de cas et de leur
gravité, voire leur éradication. On distingue trois niveaux d’action qui
opèrent en séquence :
1. La prévention. C’est à ce niveau que se sont réalisés et se réalisent
encore les progrès les plus profitables pour la population. La
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