Kluyveromyces lactis

Quel lien avec les communautés
microbiennes en présence
et leur dynamique en cours
d’affinage?
Quelle est la composition de ces communaut
Description de ces communautés par
* des approches classiques de microbiologie
* des techniques moléculaires
Description des communautés
microbiennes
Approche Classique
Approche Moléculaire
Lait,
fromages
ØCulture sur milieux
ØIdentification phénotypique
et moléculaire d’isolats
ØCaractérisation au niveau
espèce et souches
ØEtude d’un pool d’acides
nucléiques considérés
comme une communauté
complexe
A
Flore lactique thermophile INRA
Log (N)
B
B
Log 9,5
(N)
C
9,3
A
Lactococcus lactis INRA
C
8,5
8,3
7,5
7,3
6,5
6,3
5,5
5,3
4,5
4,3
3,5
3,3
0
0
1
8
30
90
1
8
150
30
Jours
90
150
Jours
Levures
A
Lactobacille INRA
B
Log (N)
9
C
8
Log (N)
6
5
7
6
4
5
3
4
3
2
2
0
0
0,2
1
8
30
60
90
150
A
Pseudomonas INRA
B
C
8
7
6
5
4
3
2
0
0,2
1
8
30
Jours
60
90
1
8
30
Jours
Jours
Log (N)
0,2
150
60
90
150
Dénombrements sur milieux
Pseudom onas INRA
Lactobacilles INRA
7
6,5
6
5,5
5
4,5
4
3,5
3
2,5
2
7,4
A8j
A150j
7,2
A8j
7
A150j
B 8J
B150j
C8j
C150j
A8j
A150j
B 8J
B150j
C8j
B 8J
6,8
B150j
6,6
C8j
6,4
C150j
6,2
C150j
A8j
A150j
B 8J
B150j
C8j
C150j
Le uconos tocs INRA
Entérobactéries INRA
8
7,9
7
6
A8j
5
A150j
4
B 8J
3
B150j
2
C8j
A8j
7,4
A150j
B 8J
6,9
B150j
C8j
6,4
C150j
C150j
1
0
5,9
A8j
A150j
B 8J
B150j
C8j
C150j
A8j
A150j
Le vures INRA
B 8J
B150j
C8j
C150j
Flore therm ophile INRA
6,5
9
6
A8j
5,5
A150j
5
8
A8j
A150j
7
B 8J
4,5
B150j
4
B 8J
6
B150j
C8j
C150j
3,5
3
C8j
5
C150j
4
A8j
A150j
B 8J
B150j
C8j
C150j
A8j
A150j
B 8J
B150j
C8j
C150j
Staphylococcus levures
Entérocoques
fin d’affinage
B2 B3
Lactobacillus début
B1
Lactobacillus
8, 30, 90j,150j
Fact. 2 : 21%
0
B : Arome beurre
caramel , crème
fraîche
A2
Leuconostocs
A3
Levures début
pH
début de fabrication
A1
C2
Pseudomonas
pH
en cours d’affinage
C1
Flores thermophiles
C3
C : Arome aillacée
,épicé , amer
0
Fact. 1 : 41%
Stabilité des niveaux de flores microbiennes dans une exploitation donnée
• [levures], [Lactobacillus], [Leuconostocs],
Lactocococcus des laits de gerle
importantes > laits non traits dans la gerle
• Augmentation des flores jusqu’à 8 jours
puis diminution plus ou moins importante
jusqu’à 5 mois
• Stabilité des niveaux de flores ( bactéries
lactiques, levures) dans les laits sur une
période d’1 mois
Relation variables sensorielles et microbiologiques
Arome épicé(5mois)-[thermophiles150j]
Arome de beurre -[flore thermophile 8j]
1,80
1,60
1,40
1,20
1,00
0,80
0,60
0,40
0,20
0,00
5,00
r=0,83
3,50
3,00
2,50
Note
Note
r=0,84
2,00
1,50
1,00
0,50
6,00
7,00
8,00
9,00
0,00
6,00
10,00
6,50
7,00
7,50
8,00
8,50
9,00
9,50
10,00
Log (N/g)
LogN
[Levure 8j] et arôme aigre
Arôme aigre -[levures à 150 j]
2,20
2,20
1,70
1,70
1,20
1,20
Note
Note
r=0,85
0,70
0,20
-0,305,40
r=-0,81
0,70
0,20
5,60
5,80
6,00
6,20
6,40
6,60
-0,304,00
4,50
5,00
Log(N/g)
6,50
7,00
Piquant et [Leuconostocs 8j]
r=0,87
1,0
1,0
r=0,79
0,8
Note
0,8
Note
6,00
Log( N/g)
Piquant et [Entérocoques150 j]
0,6
0,4
0,6
0,4
0,2
0,2
0,0
4,00
5,50
4,50
5,00
5,50
Log (N/g)
6,00
6,50
7,00
0,0
7,20
7,40
7,60
7,80
Log (N)
8,00
8,20
8,40
7,50
Hybridation
Tri d’isolats
Profils génomiques
Espèces de bactéries lactiques
A
Lb. paracasei
Lb. plantarum
Ec. faecalis
Ec. faecium
Ln. mesenteroides
Ln. pseudomesenteroides
Lc. lactis lactis
Lc. garviae
Pc. pentosaceus
Str. millieri
Str. macedonicus
Str. Salivarius
B
Lb. paracasei
Lb. plantarum
Ec. faecalis
• Espèces présentes dans les
3 productions
–
–
–
–
–
–
–
Lb. plantarum,
Lb. paracasei,
Ln. mesenteroides,
Ln. pseudomesenteroides,
Lc.lactis lactis,
E. faecium,
E. faecalis
Ec. faecium
Ln. mesenteroides
Ln.
pseudomesenteroides
Lc. lactis lactis
C
Lb. paracasei
Lb. plantarum
Ec. faecalis
Ec. faecium
Ln. mesenteroides
Ln. pseudomesenteroides
Lc. lactis lactis
Lc. garviae
Pc. pentosaceus
Str. millieri
Str. macedonicus
Str. Salivarius
• Espèces rencontrées
certaines productions
dans
– Lc. garvieae,
–
–
–
–
St. thermophilus,
St. millieri,
St . macedonicus,
P. pentosaceus
• Diversité importante dans le
fromage A
Espèces de levures
A
Pichia minuta
Debaryomyces hansenii
Candida zeylanoides,
Candida silvae
Clavispora lusitaniae
Torulaspora delbrueckii
Kluyveromyces lactis
Kl.marxianus
B
Pichia minuta
Debaryomyces hansenii
Candida zeylanoides,
Candida silvae
Clavispora lusitaniae
Torulaspora delbrueckii
Kluyveromyces lactis
Kl.marxianus
Saccharomyces cerevisiae
C
• Espèces présentes dans les 3
productions
– Kluyveromyces lactis
– Torulaspora delbrueckii
– Kluyveromyces marxianus
• Espèces rencontrées
dans
certaines productions
– Candida sylvae
– Candida zeylanoides
– Clavispora lusitaniae
– Pichia minuta
– Saccharomyces cerevisiae
Pichia minuta
Debaryomyces hansenii
Candida zeylanoides,
Candida silvae
Clavispora lusitaniae
Torulaspora delbrueckii
Kluyveromyces lactis
Kl.marxianus
Saccharomyces cerevisiae
• Diversité importante dans les
fromages A et C
Autres flores
– Bactéries Gram négatif ( non identifiés)
– Bactéries non lactiques :6 espèces de
Staphylococcus, 2 espèces de Bacillus …
– 9 espèces de bactéries corynéformes
uniquement mises en évidence par approche
moléculaire directe
– Propionibacterium