LES IAS ET LES BMR

MB7 Bactériologie Mme MICHON
Jade de SELLE Jennifer CANONGE
Groupe 14
5/04 10h-11h
La prof a lu ses diapos tout le long de l'heure elle n'a rajouté que très peu d'informations qui ne
servent qu'à expliquer certains détails du cours. Ce ronéo ne comporte donc que les commentaires
oraux. Pour le reste, se référer aux diapos.
LES IAS ET LES BMR
1 - Définition : (diapo 3)
Avant on parlait d'infections nosocomiales pour dire qu'on les acquérissait 48H après l'admission à
l'Hôpital. Cela pose problème car cette définition manque de précision. En effet, on peut attraper
une infection même dans le cas d'une hospitalisation à domicile. De plus, cette définition ne tenait
pas compte de la durée d'incubation de certaines infections (contractées avant l'admission) qui peut
être longue.
La définition fût donc élargie en 2007 (pour éviter les procès) : on a donc changé le terme
d'infection nosocomiale en infection associée aux soins (IAS).
2 - Mécanismes et origines des germes : (diapo 6)
Il y existe deux mécanismes:
-Les infections liées directement aux soins par exemple pose de sondes urinaires, ISO (infections
sur sites opératoires), intubation trachéale...
-Les infections liées à l'environnement hospitalier qui peut être animé (la contamination peut se
faire entre les patients par l'intermédiaire du personnel), ou inanimé (air, eau, alimentation des
patients).
Il existe deux types de germes :
− Les germes endogènes (le patient s'infecte avec ses propres bactéries)
− Les germes exogènes (provenant de l'environnement, ou d'autres patients).
3 - Facteurs de risques : (diapo 7)
- Les patients qui sont le plus à même de contracter ce type d'infection sont en particulier les
personnes âgées et/ou dénutries et/ou immunodéprimées.
- Les soins qui transmettent le plus les IAS sont les procédures invasives, comme par exemple la
pose de sondes urinaires, de KT...
- L'augmentation du nombre de personnel soignant favorise également ces transmissions.
→ La 1ère règle d'hygiène est le lavage des mains.
4 - Les types d'IAS : (diapo 9)
- Entérobactéries: Elles sont très présentes dans les invasions urinaires. Ce sont des bactéries à gram
négatif.
- Pseudomonas aeruginosa: C'est une bactérie présente dans l'eau, sur les surfaces... Il faut les
rechercher dans l'eau. Elle porte le nom de BACILLE PYOCYANIQUE.
→ Les IAS peuvent être causées par des bactéries, mais aussi par des virus ou des champignons.
1
5 - Lien entre IAS et BMR (bactéries multi-résistantes) : (diapo 10)
A l'hôpital il y a de nombreux patients avec leurs propres bactéries qui vont subir beaucoup de
traitements. Ces traitements sont composés de beaucoup d'antibiotiques, ce qui va provoquer une
pression de sélection. Les bactéries qui étaient la cible des antibiotiques prescrits vont mourir,
mais d'autres bactéries vont devenir résistantes au traitement antibiotiques et se multiplient. Le
patient n'est alors pas infecté mais il porte une bactérie BMR : il constitue un réservoir de
résistance. Cela se voit particulièrement en service de réanimation, où les séjours peuvent être
prolongés et les patients soumis à de nombreux traitements antibiotiques.
6 - Support génétique des mécanismes de résistance : (diapo 11)
- Chromosomique 20%: Il y a mutation de gènes cibles par les antibiotiques. Elles sont rares au
départ mais se multiplient.
- Exogène 80%: Il y a acquisition d'information génétique sur des éléments transposables, par
exemple par transduction, transformation bactérienne ou conjugaison plasmidique (c'est à dire qu'un
plasmide se transfère entre bactéries).
7 - Espèces bactériennes impliquées dans les IAS : (diapo 12)
- Entérobactéries :
Les entérobactéries à BMR ont des BLSE. Les BLSE sont des Bêta-Lactamase à Spectre Etendu.
Ce sont des enzymes qui dégradent les Bêta-lactamines (qui sont des antibiotiques). Parler de
spectre étendu signifie que ce sont les plus actives.
Les C3G sont les Bêta lactamines les plus actives. Les BMR sont donc des bactéries qui résistent
aux C3G.
Les bactéries peuvent transmettre leur plasmide à d'autres bactéries. Par exemple, dans le cas
d'E.Coli à BLSE, la bactérie peut rendre résistantes d'autres bactéries en leur transférant son BLSE.
Cela crée de nouvelles BMR à BLSE. Ainsi, si on se retrouve en présence d'un patient à BLSE, il
faut l'isoler.
A RETENIR +++ : BLSE / BMR / C3G
NB : Il existe d'autres mécanismes, comme les HCASE. Cela se traduit par la production de
céphalosporinase qui détruit la céphalosporine.
- Staphylocoques :
SARM = Staphylocoque Aureus (= Staphylocoque doré) Résistant à la Méticilline (métiR).
Dans le cas de ce staphylocoque, on ne peut plus utiliser aucune Bêta-lactamine. On va donc utiliser
la vancomycine.
- Pseudomonas aeruginosa :
La ceftazidine est une C3G.
- Entérocoques :
Ce sont des bactéries très surveillées car il y a quelques années il y a eu en France une épidémie à
entérocoque.
2
8 - Maitrise de la diffusion des BMR : (diapo 13)
Le laboratoire va identifier la bactérie et tester sa résistance aux antibiotiques.
Il y a deux méthodes :
− La première possibilité est de prélever dans le cadre d'un dépistage. La personne n'est alors
pas malade, mais seulement PORTEUSE. Durant le dépistage on cherche les BMR. Dans le
cas d'un dépistage d'un staphylocoque doré BMR, on va réaliser un prélèvement nasal. Par
contre si on veut rechercher une entérobactérie résistante aux C3G, on va réaliser un
prélèvement rectal.
On met les prélèvements sur un milieu avec antibiotiques (ATB). Si la bactérie se multiplie alors
elle est résistante.
− La deuxième possibilité est de prélever dans le cas d'une infection acquise. Le patient est
alors malade. On réalise alors par exemple un prélèvement sur crachat, pour identifier la
bactérie responsable.
(diapo 14)
NB : 3) En service de réanimation, les prélèvements sont réalisés chaque semaine.
9 - IAS et BMR. Epidémies nosocomiales : (diapo 15)
Elles sont souvent dûes aux BMR, il faut les surveiller +++, sinon elles peuvent causer la fermeture
d'un service !
Pour prouver l'épidémie il faut faire un lien entre les différentes infections, il faut que ce soit
exactement la même bactérie qui infecte les différents patients. On réalise pour cela des études de
microbiologie pour vérifier si les bactéries ont la même information génétique.
Dans les hôpitaux il y a des unité d'hygiène mobile. Le CLIN est une structure qui lutte contre le
IAS.
NB : CAT = Conduite à tenir.
10 - Prévention : (diapo 19)
Il faut bien prescrire les antibiotiques. On doit prescrire en priorité les antibiotiques qui agissent de
manière la plus ciblée possible, pour ne pas détruire la flore environnante et limiter la formation de
BMR.
La maitrise de la formation de BMR se fait donc par le dépistage et par le bon usage des
antibiotiques.
3
MB7 Parasitologie M. STERKERS
Jade DE SELLE Jennifer CANONGE
Groupe 14
5/04 11h-12h
BASES ET PRINCIPES DU DIAGNOSTIC BIOLOGIQUE DES
PROTOZOOSES
Il y a sur le Lipcom de nombreux liens qui ne marchent pas ou qui renvoient à de mauvaises pages.
Pour l'examen, ne pas donner d'exemple en rapport avec les Helminthes car le cours est en rapport
avec les Protozooses.
Les diapos et les commentaires oraux sont dans ce ronéo mais le poly sert de référence au prof,
(d'après lui) il n'a donc pas voulu nous donner ses diapos. Nous avons tout de même relevé ses
diapos telles quelles, et les commentaires faits à l'oral sont ajoutés en italique.
1 - Le raisonnement du clinicien :
Le délai de rendu des analyses pose problème dans les cas d'urgence, car par exemple dans le cas
d'une sérologie on peut attendre longtemps avant d'avoir une série.
Prescription intelligente d'examens complémentaires adaptés
Connaissance des cycles des parasites
Distribution géographique → très importante
Mode de transmission à l'homme → eau bue, nourriture, moustique
Durée d'incubation
Organes cibles (Symptomatologie) → Hépatomégalie par exemple...
Moyens de diagnostic
Stratégie thérapeutique → La connaissance des cycles permet de la déduire
L'interrogatoire est donc particulièrement important.
2 - Les examens biologiques non spécifiques :
Valeur d'orientation plus ou moins importante selon la maladie.
Pour les protozooses : Anémie (paludisme)
Pancytopénie (leishmaniose viscérale)
Ces examens sont : Hémogramme, plaquettes, bilan hépatique...
NB : Pour les partiels, ne pas oublier de parler des examens biologiques non spécifiques. Il faut
toujours le mettre sur la copie même si ce n'est pas demandé spécifiquement.
4
3 - Les examens biologiques spécifiques :
a) Clinique :
Interrogatoire Ne pas hésiter à remonter dans le temps
Cycle des parasites
Examen clinique du patient → Hépatomégalie, fièvre, diarrhée...
Suspicion d'une parasitose
Diagnostic biologique (direct, indirect) visant à confirmer ou infirmer cette suspicion
La 1ère base est de savoir si on fait un examen direct ou indirect :
DIRECT :
Parasitologie
Mise en évidence du parasite
INDIRECT :
Immunologie, Sérologie, Anticorps
Recherche d'anticorps spécifiques → On
recherche la trace de la présence du
parasite (et pas le parasite lui même).
b) Prélèvement :
Quoi ? → Sang, liquide amniotique, LCR...
Combien ? → En fonction des techniques : 50 microL de sang (microscope)
(par exemple)
80 microL de sérum (Ac, ELISA)
300 microL de couche blanche (toxoplasmose...)
4 milliL de liquide amniotique
Où ? Vaisseaux, cavité amniotique...
- Recherche directe du parasite : prélèvements +++
Paludisme → recherche dans le sang (GR)
Toxoplasmose → recherche dans le sang (GB) et dans les tissus
Leishmaniose → recherche dans la peau, le sang, le SRE
Amibose → recherche dans les selles et le foie
Le prélèvement et les techniques doivent être adaptés. C'est un examen qui n'est ni unique ni
standardisé.
- Recherche indirecte du parasite :
Sérum, LCR, humeur aqueuse...
L'analyse d'un prélèvement n'est ni unique ni standardisée. Le clinicien doit envoyer le prélèvement
adéquat, et le biologiste doit adapter la ou les techniques de recherche du parasite au cas du patient.
→ Information et indication du clinicien pour le biologiste +++
5
4 - Recherche directe du parasite:
On ne trouve la trace du parasite que s'il est présent.
- Microscope
- Recherche d'Ag → La clairance des Ag et celle du parasite sont très proches
- PCR (génome du parasite) → S'il n'y a plus de parasite, il n'y a plus présence de l'ADN de celui-ci
- Cultures...
Le coût est très variable selon les techniques.
Pour les partiels: Si on demande « quelles sont les méthodes directes », bien citer ces 4 méthodes.
C'est un examen classique en parasitologie : il est à privilégier +++
C'est un examen rapide et bon marché.
Il est coûteux en temps ( ??? c'était écrit texto, même si ça semble incohérent...), et qui demande un
personnel qualifié. La recherche d'amibe dans les selles prend du temps, car la charge parasitaire
est faible.
Peut se faire :
- A l'état frais, entre lame et lamelle (Selles)
- Après concentration
- Après coloration d'un frottis
- Après coloration d'apposition de tissus
a) Recherche d'antigènes :
Trousses commerciales assez coûteuses.
Principes d'application en protozoologie.
Detection de plasmodium falciparum.
Le paludisme à plasmodium falciparum est recherché à l'aide d'un test sanguin qui se déroule
comme un test de grossesse :
On met une petite quantité de sang sur le test, et on lit :
Il y a une bande de contrôle « C » (pour vérifier si le test a fonctionné), et une ou deux bandes de
détection du parasite. « D »
→
C
D
---négatif
---test à refaire
(car contrôle absent)
------positif
b) PCR :
Infection où l'agent pathogène est difficile à mettre en évidence, à observer (charge parasitaire
faible) ou à cultiver.
Elle est artisanale +++ : Efficacité variable en fonction des moyens.
Elle est réservée aux grands centres car très coûteuse (150 euros).
La PCR a pris une grande importance dans le suivi de l'immunodéprimé !
Exemples d'utilisation :
DPN de la toxoplasmose congénitale
Toxoplasmose de l'immunodéprimé
Leishmaniose viscérale...
6
c) Cultures :
IN VITRO :
- Moyennement coûteux et très pratique. Fait très facilement.
→ Sur gélose à la recherche d'Acanthamibes.
- Coûteux et pratiqué dans quelques CHU.
→ Culture de Leishmaniose ou Toxoplasme.
IN VIVO :
Toxoplasme congénital (en complément de la PCR. Isolement de souches)
--------------------→ La découverte du parasite (dans le sang, les selles...) est une preuve directe de la présence du
parasite dans les tissus.
C'est le moyen le plus sûr pour affirmer l'existence d'une parasitose.
C'est différent de la mycologie : Si on détecte une aspergillose, on ne peut pas savoir si le
champignon était présent dans la pièce au départ, alors que dans le cas de la parasitologie
(Leishmaniose), si on détecte le parasite, c'est qu'il est présent dans les tissus.
Indispensable :
− Si maladie aigüe (paludisme...).
− Infection subaigüe, ou chronique mais sans traces sérologiques spécifiques (giardiose)
− Immunodépression (leishmaniose...) Les méthodes indirectes vont être en défaut. On utilise
donc les méthodes directes +++
5 - Recherche indirecte du parasite :
Recherche d'anticorps spécifiques :
Avantages :
− Simplicité (se fait essentiellement sur sérum)
− Rapidité
− Faible coût (10 / 15 euros)
Mais la preuve indirecte de la présence du parasite dans l'organisme peut persister longtemps après
l'infestation.
Cette méthode peut être l'examen le plus sûr pour certaines parasitoses (amibose hépatique...)
En cas de douleur au foie, si on recherche l'amibe dans les selles, on ne va pas le retrouver.
De même, si on fait une ponction, on ne va pas non plus le retrouver.
On est donc obligé de rechercher une trace indirecte du parasite. Puisque cette trace est passée
dans les tissus, il faut par exemple relier un abcès avec la sérologie.
Si on a une sérologie de la toxoplasmose qui est négative, et si le patient ne présente pas de déficit
immunitaire, ce n'est pas la peine de rechercher le toxoplasme : ce n'est pas un faux négatif.
ATTENTION : Si le patient présente un déficit immunitaire très profond, il y a un risque de faux
négatif.
Dans quels cas :
− Invasion des tissus : recherche du parasite impossible ou difficile (Amibose tissulaire)
− Infection subaigüe ou chronique ou l'immunité a eu le temps de s'installer (toxoplasme,
leishmaniose viscérale)
− ET si le patient ne présente pas de déficit immunitaire, il faut le faire essentiellement sur
sérum, mais aussi sur composé de titre d'anticorps.
7
On recherche la production locale d'anticorps dans un milieu spécifique :
Dans la toxoplasmose congénitale, on compare les anticorps de la mère à ceux du bébé.
De même, dans le cas de la toxoplasmose oculaire, on va comparer l'humeur aqueuse avec le sérum
pour vérifier s'il y a une prodution locale d'anticorps.
Ne pas oublier :
− Diversité des techniques+++ selon les labos (ELISA, anticorps...)
− Expression des résultats le plus souvent quantitative ou semi quantitative.
− Notion de seuil pour chaque infection, pour chaque technique et pour chaque labo.
− Doit obligatoirement comporter un examen de dépistage et de confirmation (de plus en plus,
on va réaliser des Western Blot, qui ont un coût élevé de 40 euros)
→ Le clinicien doit souvent interpréter les résultats, même si le biologiste est tenu de donner une
interprétation.
6 - Primo diagnostic de l'accès palustre simple :
Le palu est très prisé du prof, il peut tomber sous toutes ses formes...
Clinique : Embarras gastrique fébrile → fièvre, diarrhée modérée.
Séjour en zone d'endémie → zone intertropicale
Période d'incubation
Frottis sanguin → coloration au MGG
Goutte épaisse → test différent du frottis sanguin (qui est un étalement) : on n'étale pas, il y
a donc une forte concentration.
− Test diagnostic rapide (recherche d'antigènes) → C'est une urgence +++ en parasitologie,
dès qu'on y pense, il faut faire les tests immédiatement... On fait directement un frottis,
une goutte épaisse, et un TDR (test diagnostic rapide) : 24h/24, 7j/7, les résultats sont
donnés en moins de 2h.
−
−
−
−
−
7 - Leishmaniose cutanée :
On fait une biopsie ou un grattage de la lésion.
Ancien monde
Nouveau monde
Examen direct (E.D)
après coloration au MGG
E.D
par PCR
E.D
par cultures in vitro
En quelques heures
En quelques jours
1 à 6 semaines
Sensibilité 60%
Sensibilité 100%
Sensibilité 90%
La sérologie est ici inutile. La leishmaniose cutanée reste cutanée.
8
8 - Leishmaniose viscérale : sang ou moelle osseuse.
C'est une maladie du SRE
Chez l’immuno-compétent :
Recherche indirecte : sérologie spécifique.
Recherche directe : Sur MO ou sang
− Frottis coloré au MGG (sensibilité moindre)
− Culture in vitro
− PCR (sensibilité de 100% au niveau de la MO et du sang)
ATTENTION : Si le sujet est immunodéprimé, on ne réalise pas de sérologie spécifique. On va
alors favoriser le sang (détectable par PCR même s'il n'y a plus de leishmaniose viscérale)
Chez l’immuno-incompétent : pas de sérologie possible.
Recherche directe : Sur MO ou Sang
− Frottis coloré au MGG
− Culture in vitro
− PCR
9 - Toxoplasmose : (toxoplasmose acquise chez l'immuno-compétent)
Il est très important de connaître le statut sérologique de la femme enceinte.
Toxoplasmose congénitale : recherche de la toxoplasmose
-Dans le cadre d'un DPN
-A la naissance :
.Avec une recherche indirecte (Sérologie +++ → IgM, IgA)
.Avec une recherche directe du parasite dans le placenta et dans le sang du cordon
-Chez l'enfant, après la naissance : Avec une recherche indirecte basée sur des sérologies +++
10 - Toxoplasmose oculaire :
Humeur aqueuse ou vitrée :
Recherche indirecte : Ac spécifique locaux → sensibilité de 20 à 40%.
Recherche directe : PCR → sensibilité de 20 à 40%.
11 - Toxoplasmose chez l'immunodéprimé :
La sérologie est peu utilisée ( car l’interprétation est difficile est ambiguë) voire inutile.
La sérologie est plus ou moins inutile à cause de la faible sensibilité. Néanmoins, dans le cadre d'un
patient HIV, les tests gardent une bonne sensibilité, c'est donc utile dans ce cas là.
-Dans la Toxoplasmose cérébrale :
Recherche directe : PCR dans le LCR (sensibilité 60%) ou dans le sang (sensibilité 60%)
La sensibilité n'est pas excellente
-Dans la Toxoplasmose pulmonaire :
Recherche directe : PCR dans le LBA (liquide bronchio-alvéolaire) (sensibilité 100%) ou dans le
sang (sensibilité 75%).
-Dans la Toxoplasmose disséminée :
Recherche directe : PCR dans le sang (sensibilité 100%).
9
12 - Trichomonose vaginale :
Examen difficile : Le parasite ne se colore pas très bien, et il est très fragile. Lorsqu'ils sont morts
ils ne bougent plus, et sont parfois lysés, ils sont donc plus difficiles à voir.
Il ne faut donc pas laisser trop de temps entre le prélèvement et l'analyse, l'idéal étant de faire cette
dernière immédiatement après.
Trichomonase vaginale
Giardose intestinale
Clinique : rapports sexuels non protégés
Ecouvillonage
Clinique : localisation (intestin grêle
Selles +++ / Biopsie intestinale
Examen direct : à l’état frais :
Parasites mobiles
Frottis colorés au MGG
Examen direct et concentration :
→ mise en évidence de kystes
(plus rarement de formes végétatives)
13 - Bases et principes de l’étude biologique des protozooses
Clinique et examens complémentaires non spécifiques
- Suspicion diagnostique
Connaissance de l’épidémiologie (distribution géographique et cyle → mode de contamination
(transmission et durée d’incubation)).
Connaissance de la pathogénie grâce aux cycles selon le contexte clinique.
Connaissance des examens adaptés au cas clinique (chercher au bon endroit, endroit qui peut
varier dans le temps)
-Les tissus peuvent héberger des parasites ou non ?
-Délai de réponse
-Prescription d'un prélèvement adapté
-Savoir interpréter. Pour cela, il faut téléphoner au biologiste pour avoir l'interprétation des
résultats. Il faut exiger du biologiste une interprétation, demander les seuils et les analyses exactes
+++, afin de pouvoir demander un second avis à d'autres biologistes par exemple
(Si on a la crainte d'un faux positif par exemple, il faut connaître les résultats précis et les seuils,
car dans le cas contraire une interprétation des résultats précédents est impossible)
Il faut bien prescrire le prélèvement adapté +++
Diagnostic direct ou indirect → Savoir interpréter les résultats
Examens Biologiques non spécifiques → Hémogramme, plaquettes, bilan hépatique...
Conclusion :
Les stratégies diagnostiques sont très variables, elles varient selon la maladie, le cycle du parasite et
la physiopathologie.
10