Laboratoires, pour proposer une thématique de recherche partenariale soutenue par le dispositif CIFRE, merci de remplir les champs suivants, et d’envoyer le document à : [email protected] ● Nom du laboratoire : UMR Infectiologie et Santé Publique ISP 1282, Route de Crotelles, 37380 Nouzilly Equipe « Recherche et Innovation en Chimie Médicinale » RCIM, UFR Sciences et Techniques, Parc de Grandmont, Bât. Yves Chauvin, 32 Av. Monge ● Ville et code postal : 37200 Tours ● Numéro de reconnaissance : UMR 1282. ● Etablissement ● Candidat d’appartenance : Université François-Rabelais Tours déjà sélectionné : ● Descriptif de OUI NON la thématique de recherche (sans aucun caractère confidentiel) : Malgré l’utilisation massive d‘antibiotiques et le recours à des campagnes de vaccination, les maladies infectieuses et plus particulièrement les infections bactériennes dues à des souches résistantes aux antibiotiques demeurent une cause majeure de mortalité dans le monde. Selon une enquête récente de l’institut de veille sanitaire (InVS), les infections nosocomiales graves dues au développement de souches multi-résistantes dans le secteur hospitalier, touchent un patient hospitalisé sur vingt. Il ressort également de cette enquête que les agents infectieux fréquemment responsables de ces infections nosocomiales sont Escherichia coli, les Staphylocoques dorés (dont S. aureus résistant à la méticilline ou SARM) et Pseudomonas aeruginosa, qui entraînent la plupart du temps des infections urinaires (30 % des infections nosocomiales) ou des pneumonies (17%). Le désengagement de l'industrie pharmaceutique dans la recherche de nouvelles familles d’antibiotiques ayant participé à la recrudescence des résistances bactériennes, la découverte de nouvelles familles d’agents antibactériens apparaît comme prioritaire. En se basant sur des résultats préliminaires très prometteurs, nous souhaitons développer la préparation et la pharmacomodulation de composés hétérotricycliques de type oxazinoindolone en tant que nouveaux antibactériens originaux. ● Disciplines de la thématique de recherche : 01. Département Mathématiques et leurs interactions 02. Département Physique 03. Département Sciences de la terre et de l’univers, espace 04. Département Chimie Matériaux 06. Département Sciences humaines et humanités 07. Département Sciences de la société 08. Département Sciences pour l’ingénieur 09. Département Sciences et technologies de l’information et de la communication 05. Département Biologie, médecine et santé ● Date 10. Département Sciences agronomiques et écologiques de démarrage souhaitée : 1ier Septembre ou 1ier Octobre ● Contact mail : [email protected]................................................. Si vous souhaitez ajouter un pdf à votre annonce, merci de le joindre. Résumé Malgré l’utilisation massive d‘antibiotiques et le recours à des campagnes de vaccination, les maladies infectieuses et plus particulièrement les infections bactériennes dues à des souches résistantes aux antibiotiques demeurent une cause majeure de mortalité dans le monde. Selon une enquête récente de l’institut de veille sanitaire (InVS), les infections nosocomiales graves dues au développement de souches multirésistantes dans le secteur hospitalier, touchent un patient hospitalisé sur vingt. Il ressort également de cette enquête que les agents infectieux fréquemment responsables de ces infections nosocomiales sont Escherichia coli, les Staphylocoques dorés (dont S. aureus résistant à la méticilline ou SARM) et Pseudomonas aeruginosa, qui entraînent la plupart du temps des infections urinaires (30 % des infections nosocomiales) ou des pneumonies (17%). Le désengagement de l'industrie pharmaceutique dans la recherche de nouvelles familles d’antibiotiques ayant participé à la recrudescence des résistances bactériennes, la découverte de nouvelles familles d’agents antibactériens apparaît comme prioritaire. En se basant sur des résultats préliminaires très prometteurs, nous souhaitons développer la préparation et la pharmacomodulation de composés hétérotricycliques de type oxazinoindolone en tant que nouveaux antibactériens originaux. Enjeux socio-économiques et scientifiques auxquels répond le projet Le développement de nouveaux composés à activité antibactérienne ou antifongique présente un regain d’intérêt pour l’industrie pharmaceutique (exemple de la société Pfizer à travers ce lien : http://www.biopharmadive.com/news/pfizer-astrazeneca-antibiotics-acquisition/425060/). Ce regain d’intérêt place ces travaux dans un contexte favorable mais compétitif où la nouveauté, la validation et la valeur ajoutée des molécules ont un rôle majeur à jouer dans la course au marché. Ce projet de thèse associe des compétences multidisciplinaires en chimie, caractérisation structurale, modélisation et synthèse de molécule à moyenne ou grande échelle ainsi qu'en bactériologie. Il associera le laboratoire RICM de l'Université de Tours qui travaille depuis plus de 20 ans sur des réactions originales permettant un accès à de nombreuses structures hétérocycliques et le Centre International de Ressources Microbiennes (CIRM-BP) dédié aux bactéries pathogènes (ou d’un partenaire industriel). Ce dernier s'investit dans le développement de méthodes et la réalisation de tests permettant d'évaluer le potentiel antibactérien de diverses molécules et extraits d'origine naturelle ou de synthèse, à bas ou moyen débit selon la disponibilité des composés à tester. La découverte d’agents antibactériens qui opèreraient via de nouveaux modes d’action, non encore contournés par les mécanismes de résistance bactérienne existants et qui permettraient d’accroitre l’arsenal thérapeutique anti-infectieux, est devenue urgente. Notre approche de ce problème passe par la création d’une chimiothèque de composés basés sur un motif central privilégié. Pour la recherche de nouveaux antibiotiques, notre choix s’est orienté vers un motif tricyclique de type « oxazinoindolones » pour plusieurs raisons : - il comporte le noyau indolique qui représente une des sous-structures les plus importantes de certains médicaments et qui possède un spectre très large d’activités biologiques ; - les oxazinoindolones constituent une classe intéressante de produit puisqu’ils sont des précurseurs potentiels de produits naturels ou synthétiques présentant diverses activités biologiques (annexe 1) ; - nous avons développé une méthode de synthèse efficace et générale permettant d’accéder à ces motifs oxazinoindolones par une réaction d’iodolactonisation qui a été conduite de façon stéréo- et régiosélective selon un processus de type 6-exo-trig. Annexe 1 : Exemples des oxazinoindolones ayant des activités importantes. - Les premières oxazinoindolones synthétisées au laboratoire ont montré une activité sur Salmonella Enteritidis et sur Staphylococcus aureus avec des Concentrations Minimales Inhibitrices (CMI) non négligeables. Concernant la souche de Salmonelle, la CMI peut être comparée à la concentration critique de l’association « amoxicilline-acide clavulanique » de 32 mg/L, et pour la souche de staphylocoque, elle peut être comparée aux concentrations critiques de la kanamycine (16-32 mg/L), la mupirocine (1-256 mg/L) ou encore des nitrofuranes (64 mg/L). Le programme de recherche sera réalisé selon 2 axes : Le premier axe du projet sera réalisé à l’Université de Tours dans le laboratoire RICM, où seront synthétisées différentes générations de composés tricycliques hétérocycliques, judicieusement sélectionnées en fonction des impératifs édictés par les précédentes RSA. La synthèse s’appuiera sur les prérequis du laboratoire mais devra être adaptée au motif oxazinoindolone. Le doctorant pourra rencontrer des difficultés lors de cette partie. Il devra alors mettre au point une nouvelle méthodologie appropriée afin de préparer les analogues souhaités. La génération G1 sera inspirée des travaux initiés en 2015. En fonction des retours d'expérience du projet, une 2ième et une 3ième génération de composés tricycliques hétérocycliques seront développées en intégrant des optimisations structurales. Les synthèses et les produits seront caractérisés par de multiples techniques comme la résonance magnétique nucléaire simple et multi-dimensions, l'analyse élémentaire, la spectrométrie infrarouge et la diffraction aux rayons X. Le deuxième axe permettra d’évaluer les activités biologiques des molécules synthétisées (CIRM-BP, UMR ISP, Centre INRA Val de Loire et Université de Namur, partenaire industriel…) : Le potentiel antibactérien des différentes molécules synthétisées sera analysé grâce à la détermination de la Concentration Minimale Inhibitrice (CMI) de chacune d'elles sur un panel d'au moins 30 bactéries à Gram positif et négatif, choisies comme étant représentatives des principales infections animales et humaines. Des souches connues pour leurs résistances aux antibiotiques conventionnels seront inclues dans ce panel. L'activité des molécules les plus prometteuses sera caractérisée afin de déterminer leur durée d'application optimale. La toxicité de ces molécules sera également analysée in vitro grâce à des tests d’hémolyse et des tests sur cultures de cellules eucaryotes. La découverte d’un composé leader à cette étape pourrait alors nous conduire à affiner la structure et augmenter son affinité vis-à-vis de la cible par de nouvelles études de type RSA Les principaux objectifs de ces travaux seront donc les suivants : - de concevoir et de synthétiser des composés ayant un potentiel antibactérien en fonction de leur structure chimique (drug design) : oxazinoindolones de génération G1, G2…G3 ; - de déterminer la cible de ces composés ; - de tester l’activité antimicrobienne in vitro de ces molécules sur une large gamme de souches à Gram positif ou négatif sensibles aux antibiotiques ou multirésistantes Le doctorant devra acquérir des connaissances multidisciplinaires avec la connaissance des grandes réactions en synthèse organique, en organométallique et des grands principes de la microbiologie ainsi que leur mise en pratique dans des bonnes conditions de sécurité. Il devra connaitre toutes les techniques d’analyses et de caractérisation des composés organiques (RMN, IR, microanalyses, UV, HRMS, DRX) ainsi que les techniques usuelles en microbiologie (culture bactérienne, détermination des CMI…). Il devra également, faire preuve d’une grande rigueur scientifique et d’esprit critique dans la mise en place de nouveaux protocoles mais également dans la rédaction des résultats obtenus. Enfin l’étudiant devra apprendre à travailler en équipe et à présenter et échanger autour de ses résultats. Publications en thème avec le laboratoire : 1- C. Maaliki; Y. Chevalier; E. Thiery; J. Thibonnet Palladium and copper catalyzed Sonogashira decarboxylative coupling of aryl iodide and alkenyl carboxylic acids. Tetrahedron Lett., 2016, 57, 3358-3362. 2- C. Maaliki; E. Thiery; J. Thibonnet Emergence of Copper-Mediated formation of C-C bonds. Eur. J. Org. Chem., 2016, DOI : 10.1002/ejoc201600540. 3- F. Brossier; C. Enguehard-Gueiffier; S. Gras; M. Abarbri; J. Thibonnet Preparation of indolopyranones by a copper-mediated regioselective tandem coupling oxacyclization reaction between iodoindolylcarboxylic acids and terminal alkynes useful for the prevention and/or treatment of parasitosis induced by Apicomplexa parasites, Fr. Demande 2015, FR 3010903 A1 20150327. 4- S. Inack-Ngi; J. Petrignet; R. Duwald; M. El Hilali; M. Abarbri; A. Duchêne; J. Thibonnet Copper-Catalyzed Domino Route to Natural Nostoclides and Analogues: A Total Synthesis of Nostoclides I and II. Adv. Synth. Catal., 2013, 355 (14-15), 2936-2941. 5- M. Berri; C. Slugocki; M. Olivier; E. Helloin; I. Jacques; H. Salmon; H. Demais; M. Le Goff; P. N. Collen Marine-sulfated polysaccharides extract of Ulva armoricana green algae exhibits an antimicrobial activity and stimulates cytokine expression by intestinal epithelial cells. J Appl Phycol. 2016, 28, 2999. doi:10.1007/s10811016-0822-7.