Proposition de stage de Master 2 «Microbiologie» ou «ACE

PropositiondestagedeMaster2«Microbiologie»ou«ACE»:
Influenced’uneespècegraminéenneprairiale,Holcuslanatus,surles
communautésbactériennesdusoldansuncontextedevariationsdedurée
d’engorgementeneauetpourdifférentesmodalitésderestaurationdesols
prairiaux.
Contexte.
L’estuairedelaSeinequis’étenddeRouenauHavreestcaractériséparunemosaïquedemilieuxhumides.
Danslemêmetemps,ilestoccupépardevastescomplexesindustrialo‐portuairesquiimpactentle
fonctionnementdusystèmeestuarien.DepuislemilieuduXIXèmesiècle,laSeineafaitl’objet
d’endiguementsetdetravauxdechenalisationpourautoriserlanavigationjusqu'àRouen.Ces
aménagementsimpactentlesécosystèmesdelaplainealluvialeenlesdéconnectantphysiquementdu
fleuve.Parallèlement,laplainealluvialeaégalementfaitl’objetd’aménagementspourpermettre(1)
l’utilisationagricoledessols(drainage)et(2)l’exploitationdesmatériauxalluvionnaires(sableset
granulats)impactantnotammentlesmaraisalluvionnairesetlesprairieshumides.Danscecontexte,le
GrandPortMaritimedeRouenamenéuneexpérienceoriginaleencollaborationaveclacommuned’Yville‐
sur‐SeineetleParcNaturelRégionaldesBouclesdelaSeineNormande:combleruneballastièreavecdes
sédimentsdedragagedanslebutderecréerunensemblepaysagertypiquedelaplainealluviale.Dans
cetteexpérience,lelaboratoireECODIVdel’universitédeRouenaassurélessuivisscientifiquesrelatifsau
solreconstituéetàlacolonisationspontanéeparlavégétationetlafaunedusol.Cetyped’opération
s’inscritdanslechampthématiquedel’écologiedelarestauration.Ils’appliqueàlarestaurationdeszones
humidesetplusparticulièrementdesprairieshumidestypiquesd’uneplainealluviale.Cetypede
restaurationconstitueuneproblématiqued’actualitéetunenjeuécologiquevoiréconomiqueimportant
danslecasdesystèmesestuariensfortementanthropiséscommelabassevalléedelaSeine.
Danscecadre,lesCarrièresetBallastièresdeNormandie(CBN)ontsouhaitémettreenplaceunenouvelle
opérationdecomblementdeballastièrestoujourssurlesited’Yville‐sur‐Seineetontsollicitélelaboratoire
ECODIVpourlamiseenplacedel’expérienceetlaréalisationdusuiviscientifique.L’objectifdecette
nouvelleopérationestderestaurerdesprairieshumidesàvocationagricoleauxcaractéristiques
pédologiquesetfloristiquesaussiprochesquepossibledecellesdétruitessuiteàl’exploitationet
considéréescommedesprairiesderéférence.Pourcela,danslecadredutravaildethèseréalisépar
AudreyBoigné,ECODIVaproposédetesterdifférentesmodalitésderestaurationdesolsàl’aidedes
sédimentsdedragagerecouvertsdedifférentsmatériauxpédologiquesdontl’origineestlocale.L’idéeest
detesterungradientdematièreorganiquesurcessolsrestauréspourcomparerlesvitessesde
colonisationdelavégétationd’unepartetdesuivredesfonctionsécologiquesassociéesàcesmilieux
humidesd’autrespart(capacitédestockageducarboneetdénitrification).Lebutfinalestdedéterminer
quellemodalitéseralaplusintéressanted’unpointdevueécologiquemaiségalementd’unpointdevue
opérationnelleetéconomiquepourl’exploitant.
Contenuetorganisationdustage
Danscecontexte,l’objectifdecestageestderéaliserunfocussurlacommunautébactérienne
dénitrifiante.Eneffet,laprésencedecettecommunautéestcaractéristiquedessolsdelaplainealluviale

quisubissentdesconditionsd’engorgementeneaudirectementenlienaveclesvariationsduniveaudela
nappealluviale.Laduréed’engorgementeneauinfluencelavaleurdupotentield’oxydo‐réductiondusol
quiconditionnelui‐mêmelaprésenceetl’activitédesbactériesanaérobies.Ils’agiradoncd’analyserla
réponsedecescommunautésbactériennesauxvariationsdeduréed’engorgementeneauselonles
différentesmodalitésderestaurationdusolmisesenplaceenprésenced’uneespècevégétale
graminéenneprairiale:Holcuslanatus.Pourréalisercetobjectif,uneexpérimentationencosmesaété
menéedejuinàoctobre2013danslecadredelathèsed’AudreyBoigné.Cetteexpérimentationapermis
desimulerdifférentesduréesd’inondation(3,7,30et90jours)surl’ensembledessolscorrespondants
auxdifférentesmodalitésderestaurationtestéesdansletravaildethèse,enprésenceetenabsencede
plante. Lepotentield’oxydo‐réductionainsiqueladénitrificationontétésuivisaucoursdecette
expérience.
Le(oula)stagiairedeM2réaliseralaquantificationdescommunautésbactériennesdanslesdifférentes
modalitésderestaurationdusoltestéeslorsdecetteexpérimentationencosme(400échantillonsdesols
congelésà–80°C).Ilouelleseradoncamenéàfinaliserdansunpremiertemps,paruneapproche
moléculaire,laquantificationdesbactériestotales,etdansundeuxièmetemps,àdéterminerl’abondance
desbactériesdénitrifiantes.Cestagecomportedoncuneimportantepartied’analysesmicrobiologiques
quiserontfaitesaulaboratoiredemicrobiologie,signauxetmicro‐environnementdel’universitédeRouen.
Parailleurs,danslecadredelathèsed’AudreyBoignéréaliséeaulaboratoireECODIV,le/lastagiairesera
amenéàsedéplacersurlesited’Yville‐sur‐Seinepourparticiperauxsuivisdesexpériencesmenéesinsitu.
Lestageproposés’organiseradoncdelamanièresuivante:
- Recherchebibliographique(1)surlefonctionnementdessolshydromorphes(i.e.périodiquement
engorgéeneau),(2)lescommunautésmicrobiennesassociées(bactériesdénitrifiantes)et(3)sur
lestechniquesmoléculairesdecaractérisationdecescommunautés;
- QuantificationparPCRtemps‐réeldel’abondancebactériennetotale,ainsiquedesbactéries
dénitrifiantesàpartirdessolsissusdesdifférentscosmesétudiésà0,3,7,30et90j.
- Miseenformedesrésultatsetcomparaisonsstatistiquesdesdifférentstraitements.
- Rédactiondurapport.
Lieu,duréeetconditionsdustage:
- Lieudustage:LaboratoireLMSMIRESEB2èmeétageetlaboratoireECODIVIRESEA1erétage.
- 6moisdejanvieràjuin,indemnisationprévue.
- PermisBetvéhiculepersonnelpasnécessaire.
Compétencesrequises/Niveau:
- Connaissanceenmicrobiologieindispensable;
- Espritpratique,espritdesynthèse,espritd’initiativeetautonomie.
Contact:
LaurentQuillet‐Microbiologie,LMSM‐BâtimentIRESEB‐UFRSciencesetTechniques,Université
deRouen
76821MontSaintAignan
Courriel:laurent.quillet@univ‐rouen.fr