Marie ARBRE / Fabrice KWIATKOWSKI

Centre de Lutte contre le Cancer d'Auvergne
Clermont-Ferrand - France -
Centre Jean Perrin
Gestion des données complexes
L'exemple des arbres généalogiques
en oncogénétique
9èmes Journées scientifiques
CLARA - Lyric
Lyon – 17-18 juin 2014
Fabrice KWIATKOWSKI
Marie ARBRE
Pr Yves-Jean BIGNON

Que contient un arbre généalogique
en oncogénétique ?
Homme
Femme
Personne
atteinte
d’un cancer
Personne
décédée
Séparation
Union
Sans
descendance

Les arbres généalogiques :
des objets à géométrie variable
Comment comparer
ces deux arbres ?

Calcul de scores prédictifs
du risque mutationnel
Nombreuses méthodes de calcul de ces scores :
Manchester, Eisinger, Inserm, Bodicea…
Basées sur le dénombrement des cancers,
éventuellement par tranche d’âge
Ne tiennent pas compte :
de la proportion de personnes non-atteintes
des autres données contenues dans les arbres
généalogiques (caractéristiques de natalité, pathologies
associées, taux de transmission inter-générationnelle…)

Modélisation des arbres généalogiques
Ex. chercher les occurrences
des triplets père/fils/fille
ou mère/fils/fille ?