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L’examen cytobactériologique des urines (ECBU) représente de loin le premier examen microbiologique prescrit. Près de 30% 
des urocultures sont positives selon les critères du référentiel de microbiologie (REMIC) 2010 ce qui en fait un examen à fort 
potentiel diagnostique. 
 
Du 15  mai au 30 octobre 2013, nous avons isolé 3612 microorganismes des urines de patients ambulatoires c’est-à-dire non 
hospitalisés dans un établissement de santé privé ou publique ou résidents dans un EHPAD.  
  
La répartition observée des microorganismes est proche de celle retrouvée dans les études en France ou à l’étranger avec une 
prévalence de  68% d’E.coli, de 14% des autres entérobactéries et de 3% de S. saprophyticus (fig.1). La prévalence urinaire du 
Streptocoque  B  (3,5%)  est  proche  des  données  de  l’ONERBA  (Observatoire  national  de  l’épidémiologie  de  la  résistance 
bactérienne)  (3).  Cette  répartition  des  microorganismes  reste  la  même  au  fil  des  années  au  contraire  de  la  résistance  aux 
antibiotiques qui évolue rapidement ces dernières années. 
 
La dernière enquête Transville de 2012 organisée par l’ONERBA sur la résistance en ville de 16328 souches d’E. coli isolées des 
urines (2) montre que la résistance d’E. coli dans l’Aube est comparable aux données nationales (fig. 2 et 3). Au niveau national, 
près de 5% des souches d’E. coli sont résistantes aux céphalosporines de 3
ème
 génération (3,6% dans l’Aube) et 3,8% des souches 
d’E.coli isolées sont productrices de BLSE (2,7% dans l’Aube). Cette proportion est en constante augmentation depuis 2003 où 
moins de 1% des souches d’E. coli étaient productrices de BLSE (1). Ces souches productrices de BLSE sont souvent résistantes 
aux  quinolones.  Ainsi  dans  l'Aube, la  résistance  aux  fluoroquinolones  semble  se  stabiliser  aux  alentours  de  10%  mais  reste 
légèrement plus élevée que la moyenne de l’étude ONERBA. La sensibilité aux furanes et à la fosfomycine qui reste supérieure à 
98% doit continuer d'interpeller les prescripteurs sur l'efficacité de ces deux molécules. 
 
Tous  germes confondus  (entérobactéries,  staphylocoques,  entérocoques,  streptocoques,...)  isolés  des  urines,  la  résistance  à  la 
fosfomycine est de 9,3%, aux furanes de 8,3%, au cotrimoxazole de 24,7% et à l’ofloxacine de 19,8%. La proportion de bactéries 
multiréristantes  retrouvées dans les urines  est de  2,93% dont 93% d’entérobactéries productrices de BLSE, 6% de S. aureus 
résistant à la méticilline (SARM) et 1% d’entérobactéries productrices de carbapénémase (EPC). 
 
Selon  l’ONERBA  et  la  SPILF  (société  de  pathologie  infectieuse  de  langue  française),  les  recommandations    concernant  le 
traitement de première intention des infections urinaires ne sont aujourd’hui pas remises en question, mais seront à reconsidérer 
en fonction de l’évolution du taux d’E. coli BLSE identifiés au sein des infections à E. coli observées dans la communauté.  
Concernant  les  infections  urinaires,  il  convient,  autant  que  faire  se  peut,  de  privilégier  le  recours  à  des  antibiothérapies 
documentées et de limiter le recours aux antibiothérapies probabilistes ; ainsi, en ce qui concerne la prise en charge de cystites 
compliquées, mais en l’absence de tout signe de gravité, il peut être envisagé de retarder la mise en route de l’antibiothérapie pour 
pouvoir disposer préalablement d’un antibiogramme.  
Concernant les pyélonéphrites et les prostatites, le traitement probabiliste de référence est aujourd’hui une C3G (parentérale) ou 
une fluoroquinolone (per os ou parentérale uniquement chez l’adulte). Les recommandations prévoient l'ajout d'un aminoside pour 
les  formes  les  plus  sévères  d'infections  urinaires  communautaires  (sepsis  grave,  pyélonéphrites  sur  obstacle,  nouveau-nés  et 
nourrissons de moins de 3 mois…) ; cet ajout sécurise en partie le risque d'échec en cas d’E. coli BLSE, les souches françaises 
restant sensibles aux aminosides dans environ 50 % des cas. 
 
Références : (1) De Mouy D, Janvier F, Mérens A, Arzouni J-P, Bouilloux J-P, Dinnat-Courtiols N, Dubouix-Bourandy A, Fabre R, Gontier P, Grillet N, Noël C, 
Payro G, Pfeffer J ,Thierry J. Sensibilité d'Escherichia coli aux quinolones et aux céphalosporines de troisième génération dans les infections urinaires 
communautaires : étude AFORCOPI-BIO 2011, RICAI 2012 ; (2)
 
Caillon J, Gueudet T, Mérens A, enquête transville 2012, RICAI 2013 ; (3)Diagnostic et 
antibiothérapie des infections urinaires bactériennes communautaires chez l’adulte ; AFSSAPS 2008 
 
 
SOMMAIRE du DYNAPRESS hiver 2013 : 
• Epidémiologie des infections urinaires dans l’Aube 
• CMV et grossesse 
• Quelle place pour les anticoagulants oraux non AVK 
 
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