fiche pre-ciblage des projets - ARS Guadeloupe et Martinique

FICHE PRE-CIBLAGE DES PROJETS :
IMPLANTATION DANS LA CARAÏBE D’UNE PLATEFORME DE SEQUENÇAGE DE NOUVELLE
GENERATION (NGS)
Items
Réponses
Etablissement :
CHU MARTINIQUE
ARS
ARS Martinique
Nom et Prénom du porteur du projet
DOS SANTOS Georges
Secteur
Médical
Fonction :
Ingénieur de recherche
Téléphone de contact :
0596552433
Email de contact
[email protected]
Expérience coopération :
Oui
Les pays dans la Caraïbe avec
lesquels le projet se réalisera :
Sint Maarten, Antigua, Sainte Lucie, Dominique, Trinidad, Barbade,
Grenade, Suriname, Haiti
Partenaires dans la Caraïbe identifiés :
Oui
Connexion sur un domaine de l’e-
santé :
Oui
Si vous avez répondu "oui" à la
question précédente, pouvez-vous
nous décrire comment votre projet est-
il relié à l'e-santé et/ou à la
télémédecine ?
Certains des résultats qui seront établis pourront être regroupés en base
de données consultable par les partenaires.
Création d'un réseau d'échange d'expériences et de soutiens techniques
entre les partenaires.
En quoi consiste votre projet ?
Dans la suite de notre participation au projet interreg-IV qui nous a permis
l'installation d'une plate-forme de séquençage capillaire au CHU de
Martinique nous souhaitons maintenant installer une plate-forme de
séquençage de nouvelle génération (NGS). A ce jour il n'existe aucune
plate-forme de ce type et à visée clinique ou épidémiologique dans la
Caraïbe.
Les éléments contextuels de votre
projet
1) Les infections virales ont montré leur fort potentiel de nuisance et
de déstabilisation économique. La Caraïbe a été, après l’Afrique
subsaharienne, la seconde région la plus touchée par
l’émergence du VIH/SIDA dans les années 1980. Les épidémies
récurrentes de dengue concernent des dizaines de milliers de
personnes. L’épidémie massive du chikungunya a confirmé
l’exposition de notre population à une épidémie massive similaire
à La Réunion. Le virus West Nile qui a sévit en Amérique du nord
nécessite une surveillance. Le virus Zika a émergé au Brésil et
menace la Caraïbe. Les alertes sanitaires internationales se
multiplient. L’année 2013 a été marquée par l’émergence d’un
nouveau coronavirus (MERS-CoV) au Moyen-Orient (10 ans
11.7

après le SARS-CoV qui avait occasionné 8000 syndromes
respiratoires aigus sévères dont 800 décès en 2003). Le
MERS_CoV fait l’objet d’une nouvelle alerte internationale.
L’évolution des virus grippaux aviaire (A/H5N1 et H7N9) en Asie
du sud-est est suivie par l’OMS. Les virus ne connaissant pas de
frontière, tous les territoires doivent se préparer à faire face à de
nouvelles épidémies.
2) Dans ce contexte, le séquençage de nouvelle génération
(NGS)qui permet de séquencer simultanément des milliers de
fragments d’ADN autorisant ainsi un séquençage massif en
parallèle, permettra une veille virale et/ou bactériologique méta
génomique c’est-à-dire la caractérisation de génomes viraux ou
bactériens directement à partir des échantillons de virus ou de
bactéries retrouvés dans un échantillon particulier qu’il soit
d’origine humaine, animale, végétale ou d’un environnement
particulier.
2) La susceptibilité du VIH, du virus de l'hépatite C ou des virus
influenza (grippe) aux traitements antiviraux est traditionnellement
évaluée par des tests phénotypiques (i.e. évaluation de la
capacité du virus à répliquer en présence de drogues antivirales)
ou par la détection des mutations liées aux résistances par
séquençage capillaire selon Sanger (tests génotypiques). Les
tests génotypiques qui sont utilisés pour le suivi du patient infecté
par le VIH ne peuvent cependant pas mettre en évidence les
variants représentants moins de 20% de la population virale et par
conséquent incapables de mettre en évidence les virus résistants
aux traitements présents à un taux très faible. L’utilisation du
séquençage de nouvelle génération permettra de séquencer des
sous-populations virales du VIH ne représentant que 0.1% à 1%
de la population virale totale, contribuant ainsi à l'optimisation de
la prise en charge des patients.
3) Durant la dernière décennie, des progrès spectaculaires ont eu
lieu dans la compréhension des mécanismes moléculaires et
cellulaires gouvernant l’initiation et la progression tumorale des
cancers. En parallèle, des avancées thérapeutiques majeures ont
été réalisées avec la découverte de plusieurs cibles moléculaires
et le développement des « thérapies ciblées » qui bloquent des
mécanismes spécifiques des cellules cancéreuses. Les
prescriptions médicamenteuses guidées par les marqueurs
biologiques de la tumeur correspondent à une médecine
beaucoup plus précise qualifiée de « médecine personnalisée »
par rapport aux chimiothérapies « classiques ». Suite à
l'implantation grâce au programme Interreg IV de la plateforme de
séquençage capillaire à Fort de France, la recherche des
mutations des gènes KRAS et NRAS pour des patients atteints de
tumeurs colorectales en vue d’autoriser un traitement par anti
EGFR est réalisée à Fort de France même si tous les
biomarqueurs ne peuvent pas encore être réalisés en Martinique.
L'augmentation régulière du nombre de marqueurs à déterminer
sur chaque échantillon tumoral et pour chaque patient conduit à
se tourner vers des technologies permettant de multiplexer les
analyses dans une approche « tout en un ». Dans ce contexte,
l'implantation d'une plateforme de séquençage NGS permettra de
répondre aux nouveaux besoins des praticiens en matière de
prise en charge des cancers. Elle permettra d’inscrire la

Martinique dans la dynamique du Plan Cancer 3 (2014‐2019) dont
l’objectif 6 est de « Conforter l’avance de la France dans la
médecine personnalisée ».
A quels besoins de santé publique
communs entre les DFA (Département
Français d'Amérique) et la Caraïbe,
votre projet peut-il répondre ?
La réduction de la prévalence des maladies infectieuses est une des
actions prioritaires du plan stratégique 2014-2019 de l'OPS/PAHO
(Organisation Pan américaine de la Santé). La possibilité accrue d'anticiper
la présence des vecteurs viraux ou bactériens permettra de prendre les
mesures préventives ou curatives nécessaires à la réduction de leur
propagation.
La lutte contre les résistances à l’antimicrobien fait l’objet d’un plan d’action
de l’OPS/PAHO (54èm Directive Council, septembre 2015) qui préfigure le
plan stratégique global de l'OMS qui sera présenté en 2016. La limitation
de l'émergence de résistance du VIH contribuera à la réduction la
propagation de l'épidémie à VIH dans la région Caraïbe. La mise en
évidence de souches microbiennes multi résistantes aux antibiotiques
circulant dans la Caraïbe et la connaissance de leur épidémiologie
contribueront à en limiter la propagation.
3) L'augmentation qualitative et quantitative des possibilités de
détermination des biomarqueurs tumoraux rendra ces tests plus
facilement accessibles aux patients de la Caraïbe et pourrait contribuer à
leur prise en charge dans les unités de soins des DFA disposant des
traitements appropriés.
Quels sont les autres DFA qui seront
partenaires de votre projet ?
Aucun en dehors de mon DFA
OBJECTIF GENERAL 1 :
Surveiller, détecter, identifier, caractériser des maladies nouvelles et/ou
agents infectieux émergents menaçant la santé des populations
caribéennes.
OBJECTIF GENERAL 2 :
Améliorer la prise en charge des patients caribéens atteints de cancer.
OBJECTIF GENERAL 3 :
Surveiller, détecter, identifier, caractériser les agents infectieux résistants
ou multirésistants aux traitements dans la Caraïbe (VIH, tuberculose ...).
OBJECTIF GENERAL 4 :
Améliorer la prévention de l'émergence de maladies infectieuses
"classiques"(grippe, dengue, chikungunya) ou émergentes (zika, west-
nile, coronavirus...)
OBJECTIF GENERAL 5 :
Développer la recherche et la formation de jeunes chercheurs sur les
maladies infectieuses émergentes et en oncologie dans la Caraïbe grâce
à la mise en place d'un outil de dernière génération.
D'après-vous, qu'apportera votre
projet aux populations du pays de la
Caraïbe concerné par votre projet ?
Une protection contre les risques d'épidémies grâce à une meilleure
surveillance, une meilleure détection, une meilleure identification et une
meilleure caractérisation des agents infectieux émergents ou connus
menaçant la santé.
D'après-vous, qu'apportera votre
projet au(x) DFA concerné(s) par votre
projet ?
Une protection contre les risques d'épidémies grâce à une meilleure
surveillance, une meilleure détection, une meilleure identification et une
meilleure caractérisation des agents infectieux émergents ou connus
menaçant la santé.

D'après-vous, qu'apportera votre
projet à votre établissement ?
Dans la zone de défense Antilles, le CHU de Martinique est établissement
de santé de référence (ESR) pour les risques émergents. Le laboratoire
de Virologie du CHUM est le seul service de hospitalo-universitaire dans
ce domaine pour les Antilles et la Guyane. L'installation d'une plate-forme
NGS accroitra nos capacités à surveiller et à prévenir de nouvelles
épidémies.
Dans le domaine de l'oncologie nous serons en phase avec les derniers
développements technologiques.
D'après-vous, qu'apportera votre
projet à votre partenaire caribéen ?
La possibilité d'accéder à la plateforme NGS pour le suivi des patients,
pour des projets de recherche.