Antibiotiques et flore digestive EA 2392 Université Paris 6

Section des Unités de recherche
Rapport du comité d'experts
Unité de recherche : Antibiotiques et flore digestive
EA 2392
de l’Université Paris 6
février 2008

Section des Unités de recherche
Rapport du comité d'experts
Unité de recherche : Antibiotiques et flore
digestive - EA 2392
de l'Université Paris 6
février 2008

Rapport du comité d'experts
L'unité de recherche :
Nom de l'unité : Antibiotiques et flore digestive
Label demandé : EA
N° si renouvellement : 2392
Nom du directeur : M. Jean-Claude PETIT
Université ou école principale :
Université Pierre et Marie Curie – Paris 6
Autres établissements et organismes de rattachement :
Date(s) de la visite :
22 février 2008
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Membres du comité d'évaluation
Président :
Mme Anne COLLIGNON
Experts :
M. Ivan MATIC
M. Nigel MINTON
Mme Claire Poyart
Expert(s) représentant des comités d’évaluation des personnels
(CNU, CoNRS, CSS INSERM, représentant INRA, INRIA, IRD…..) :
Mme Pascal SERROR, représentante du CNU
Observateurs
Délégué scientifique de l'AERES :
Mme Alexandra GRUSS
Représentant de l'université ou école, établissement principal :
M. Florent SOUBRIER
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Rapport du comité d'experts
1 z Présentation succincte de l'unité
Cette équipe hospitalo-universitaire est composée de 18 personnes dont :
• 2 PHU-PH avec HDR, 3 MCU-PH dont 1HDR
• 4 Praticiens hospitaliers temps plein
• 2 Praticien Attaché temps plein dont 1 rattaché au CNR Clostridium difficile
• 1 Ingénieur (ASI RF)
• 6 techniciens
• 4 étudiants en Thèse, tous financés (1 CIFRE, 1 IP Outre mer, bourse du Ministère Algérien, salaire
hospitalier)
Nombre d’étudiants ayant soutenu leur thèse depuis 2004 : 3
Durée moyenne de la thèse : 4 ans
Nombre de membre avec PEDR : 2
Nombre de chercheurs et d’enseignants-chercheurs publiants : 5 sur 5
2 z Déroulement de l'évaluation
La bonne organisation de la journée d’évaluation a permis au comité de travailler dans de bonnes conditions.
Le comité a apprécié le choix des exposés oraux et les présentations de posters qui ont bien complété le
document écrit. Pendant la présentation des posters, les discussions avec les chercheurs ont été profitables.
De même, grâce aux entretiens avec les différentes catégories des membres de l'équipe, le comité a pu
évaluer l’organisation et le travail, réalisé par les deux équipes.
3 z Analyse globale de l’unité, de son évolution et de son
positionnement local, régional et européen
Cette unité intitulée « Antibiotiques et flore digestive » a deux axes de recherche : 1)Clostridium difficile ; 2)
les bêta-lactamases chez les entérobactéries. Cette unité ainsi structurée avait été reconduite pour le contrat
quadriennal 2005-2008 après, à la demande de la direction de la recherche, un recentrage de l’activité sur les
deux axes cités ci-dessus et l'élimination du thème de recherche sur Helicobacter pylori.
Le premier axe s’appuie sur l’activité du Centre National de Référence (CNR) de Clostridium difficile attribué
début 2007 et rattaché au CNR des anaérobies de l’Institut Pasteur de Paris. Cette labellisation constitue une
reconnaissance des travaux préalables de l’équipe sur le diagnostic et l’épidémiologie des infections à C.
difficile (ICD). Cette équipe remplit les missions de CNR qui lui ont été confiées : diagnostic, épidémiologie et
surveillance. De plus, elle développe de nouvelles technologies pour le diagnostic moléculaire.
A côté de ce travail de CNR, le groupe a développé une recherche plus fondamentale sur les mécanismes de la
résistance aux quinolones chez C. difficile et la prévalence parmi les souches de la toxine binaire, sa
caractérisation, et son rôle dans la physiopathologie des ICD.
Le groupe bêta-lactamases participe d’une part à un travail épidémiologique sur la détection et la
caractérisation de certaines bêta-lactamases en clinique humaine et sur leur origine dans les bactéries de
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