Antibiotiques et flore digestive EA 2392 Université Paris 6

Section des Unités de recherche
Rapport du comité d'experts
Unité de recherche : Antibiotiques et flore digestive
EA 2392
de l’Université Paris 6
février 2008
Section des Unités de recherche
Rapport du comité d'experts
Unité de recherche : Antibiotiques et flore
digestive - EA 2392
de l'Université Paris 6
février 2008
Rapport du comité d'experts
L'unité de recherche :
Nom de l'unité : Antibiotiques et flore digestive
Label demandé : EA
N° si renouvellement : 2392
Nom du directeur : M. Jean-Claude PETIT
Université ou école principale :
Université Pierre et Marie Curie – Paris 6
Autres établissements et organismes de rattachement :
Date(s) de la visite :
22 février 2008
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Membres du comité d'évaluation
Président :
Mme Anne COLLIGNON
Experts :
M. Ivan MATIC
M. Nigel MINTON
Mme Claire Poyart
Expert(s) représentant des comités d’évaluation des personnels
(CNU, CoNRS, CSS INSERM, représentant INRA, INRIA, IRD…..) :
Mme Pascal SERROR, représentante du CNU
Observateurs
Délégué scientifique de l'AERES :
Mme Alexandra GRUSS
Représentant de l'université ou école, établissement principal :
M. Florent SOUBRIER
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Rapport du comité d'experts
1 z Présentation succincte de l'unité
Cette équipe hospitalo-universitaire est composée de 18 personnes dont :
•
2 PHU-PH avec HDR, 3 MCU-PH dont 1HDR
•
4 Praticiens hospitaliers temps plein
•
2 Praticien Attaché temps plein dont 1 rattaché au CNR Clostridium difficile
•
1 Ingénieur (ASI RF)
•
6 techniciens
•
4 étudiants en Thèse, tous financés (1 CIFRE, 1 IP Outre mer, bourse du Ministère Algérien, salaire
hospitalier)
Nombre d’étudiants ayant soutenu leur thèse depuis 2004 : 3
Durée moyenne de la thèse : 4 ans
Nombre de membre avec PEDR : 2
Nombre de chercheurs et d’enseignants-chercheurs publiants : 5 sur 5
2 z Déroulement de l'évaluation
La bonne organisation de la journée d’évaluation a permis au comité de travailler dans de bonnes conditions.
Le comité a apprécié le choix des exposés oraux et les présentations de posters qui ont bien complété le
document écrit. Pendant la présentation des posters, les discussions avec les chercheurs ont été profitables.
De même, grâce aux entretiens avec les différentes catégories des membres de l'équipe, le comité a pu
évaluer l’organisation et le travail, réalisé par les deux équipes.
3 z Analyse globale de l’unité, de son évolution et de son
positionnement local, régional et européen
Cette unité intitulée « Antibiotiques et flore digestive » a deux axes de recherche : 1)Clostridium difficile ; 2)
les bêta-lactamases chez les entérobactéries. Cette unité ainsi structurée avait été reconduite pour le contrat
quadriennal 2005-2008 après, à la demande de la direction de la recherche, un recentrage de l’activité sur les
deux axes cités ci-dessus et l'élimination du thème de recherche sur Helicobacter pylori.
Le premier axe s’appuie sur l’activité du Centre National de Référence (CNR) de Clostridium difficile attribué
début 2007 et rattaché au CNR des anaérobies de l’Institut Pasteur de Paris. Cette labellisation constitue une
reconnaissance des travaux préalables de l’équipe sur le diagnostic et l’épidémiologie des infections à C.
difficile (ICD). Cette équipe remplit les missions de CNR qui lui ont été confiées : diagnostic, épidémiologie et
surveillance. De plus, elle développe de nouvelles technologies pour le diagnostic moléculaire.
A côté de ce travail de CNR, le groupe a développé une recherche plus fondamentale sur les mécanismes de la
résistance aux quinolones chez C. difficile et la prévalence parmi les souches de la toxine binaire, sa
caractérisation, et son rôle dans la physiopathologie des ICD.
Le groupe bêta-lactamases participe d’une part à un travail épidémiologique sur la détection et la
caractérisation de certaines bêta-lactamases en clinique humaine et sur leur origine dans les bactéries de
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l’environnement et d’autre part à des travaux plus fondamentaux sur la caractérisation de ces enzymes, de
leurs supports génétiques et de leur capacité à disséminer.
Les deux thèmes de recherche ont une pertinence incontestable en terme de Santé Publique.
Dans l’ensemble la production scientifique est satisfaisante compte tenu du temps consacré à la recherche.
On recense depuis 2004 :
•
76 publications dans des revues internationales à comité de lecture dont :
- 36 publications directement liées aux deux axes de recherche et 31 signées en premier ou dernier
auteur par les membres de l'équipe. On recense : 4 Emerg Inf Dis (IF 5,3), 9 Anti Microb Agent Chemother ( IF
4,37), 8 J Antimicrob Chemother (IF 3,8), 4 J Clin Microbiol (IF 3,53), 3 CMI (IF 2,68), 1 J Med Microbiol (IF
2), 1 Inf Cont Hosp Epid (IF 2,4).
- 18 publications résultant de travaux de bactériologie médicale et d'hygiène hospitalière réalisés
par les membres de l’équipe sur des thèmes différents de ceux de l’unité de recherche et en rapport avec
leur activité hospitalière et diverses collaborations. Ces articles sont publiés dans de bonnes revues de la
spécialité telles que : J Clin Microbiol (IF 3,53), Crit Care Med (IF 5,077), Int Care Med (3,724), Pediatrics (IF
4,272), AIDS (IF 5, 835), Gut (IF 7,692), Inf Control Hosp Epidemil (IF 2, 413), J Hosp Inf (2,215), J Inf Dis (IF
4,953).
- 22 sur les maladies inflammatoires chroniques de l’intestin dans de très bonnes revues de la
spécialité uniquement signées par les 3 cliniciens précédemment intégrés à l’unité mais la quittant
pour le futur quadriennal.
En conclusion, tous les enseignant-chercheurs, l’ingénieur et les Praticiens hospitaliers publient. Cependant les
publications de l’un des Praticiens sont hors des thèmes de recherche de l’unité.
La formation par la recherche est bonne avec depuis 2004, 3 étudiants ayant obtenu leur doctorat d’université
avec une durée moyenne de la thèse de 4 ans.
Actuellement, l’unité accueille 3 étudiants en thèse plus un étudiant algérien. De plus, pendant le quadriennal
6 étudiants en Master 2 ont été encadrés.
Un des PU est responsable pour l’université Paris 6, dans le cadre de la maîtrise Biologie Moléculaire et
Cellulaire, de l’enseignement de Bactériologie moléculaire et médicale en Master 1 et 2.
4 z Analyse équipe par équipe et par projet
•
Equipe C. difficile
L'équipe a contribué à des études épidémiologiques sur la prévalence de variants toxiniques de C. difficile
(souches ToxA- ToxB+) et récemment sur l’émergence d'un clone épidémique hyper virulent en Europe.
Parallèlement, elle a participé à la rédaction de recommandations européennes et françaises pour le diagnostic
et la prévention des infections à C. difficile. Par ailleurs, dans le cadre de l'étude des mécanismes de
résistance aux quinolones une protéine d’efflux de C. difficile a été décrite. Un récent travail en collaboration
avec un partenaire industriel a montré l’efficacité de vapeur de peroxyde d’hydrogène pour éradiquer les
spores de C. difficile. Ce travail pourrait être complété par l’étude de la résistance des spores en fonction des
souches. Enfin, ce groupe a étudié la répartition parmi les souches de la toxine binaire, et montré que cette
toxine était associée à une sévérité des symptômes dans les ICD.
Les projets sont en parfaite adéquation avec les missions dévolues à un CNR. Dans la poursuite de leur mission
épidémiologique, ils participent à différentes études qui visent à analyser: i) la dispersion nationale du clone
épidémique, ii) l’origine et l'évolution de ce clone iii) les facteurs de risque d’acquisition de souches
épidémiques, et iv) le rôle éventuel des animaux d’élevage et l’alimentation dans la contamination humaine.
A côté de ce travail de CNR, le groupe C. difficile projette de développer en collaboration avec des équipes de
l’Institut Pasteur une recherche plus fondamentale sur la toxine binaire, identification du site actif, rôle dans
la physiopathologie des ICD, variabilité génétique et régulation. Ces projets qui nécessitent une maîtrise des
outils génétiques seront réalisés grâce à des collaborations établies avec des équipes, notamment à l'Institut
Pasteur, ayant les expertises et les compétences requises.
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Les travaux de cette équipe ont été à l’origine de 7 publications internationales depuis 2004 et de 10
communications dans des congrès internationaux.
Le responsable de cette équipe a une renommée nationale et internationale comme le montre les invitations à
des congrès nationaux (5) et internationaux (5) sur le diagnostic et l’épidémiologie des ICD.
Une thèse a été réalisée pendant le quadriennal et 3 étudiants en Master 2 ont été encadrés.
•
Equipe bêta-lactamase
Cette équipe a une reconnaissance internationale sur la thématique des bêta-lactamases depuis de nombreuses
années en matière d’épidémiologie, de détection, et de caractérisation moléculaire. Les projets sont dans la
continuité des travaux entrepris, ils visent à caractériser les supports génétiques de ces enzymes, et à l'étude
des facteurs de risque d’acquisition ainsi qu’à développer des outils d’alerte et de diagnostic rapide.
Un nouvel axe concerne la caractérisation de clones virulents à fort pouvoir épidémique et le lien résistancevirulence. Deux espèces bactériennes seront étudiées, d’une part Escherichia coli, d’autre part Klebsiella
pneumoniae. Pour mener à bien ce projet qui nécessite l’apport de nouvelles techniques (biologie cellulaire et
modèles animaux) des collaborations ont été initiées.
Cette équipe a publié 29 publications internationales depuis 2004 et présenté 8 communications dans des
congrès internationaux. Le responsable de l’équipe a été invité 6 fois pour des conférences dans des réunions
nationales.
Trois thèses ont été réalisées pendant le quadriennal et 3 étudiants en Master 2 ont été encadrés.
5 z Analyse de la vie de l'unité
•
En termes de management :
Les discussions avec l’ensemble du personnel indiquent des bonnes relations humaines au laboratoire.
L’encadrement des doctorants et des étudiants en master est réalisé lors de la pratique quotidienne au
laboratoire et par des réunions mensuelles. Tous les doctorants présentent leurs travaux dans le cadre des
journées de l’école doctorale B2M.
La dotation récurrente universitaire est complétée par des contrats de recherche clinique français (PHRC) par
une subvention annuelle de l'InVS pour le CNR, un contrat européen (6ème programme cadre) et par des contrats
avec l’industrie. Les droits de propriété intellectuelle sont gérés quand nécessaire.
L’hygiène et sécurité est sous la responsabilité de l’ingénieur de l’unité et de l'un des PU qui est le Président
du comité d’hygiène et sécurité de l’UFR St Antoine. On peut noter l’absence de Poste Sécurité
Microbiologique pour manipuler les pathogènes et les OGM, des bureaux qui sont pas à l’abri des
manipulations, et la grande vétusté des locaux.
•
En termes de ressources humaines :
Le devenir et la promotion du personnel est bien pris en compte avec encouragement à passer les concours
pour intégration dans des postes à échelon supérieur.
Le recrutement d’un Praticien Attaché plein temps (CDD, financé InVS) ayant une double compétence de
bactériologie médicale et de génétique fondamentale et de techniciens (2 CDD, financement InVS et industriel)
est bénéfique pour l’unité en lui permettant de compléter le personnel hospitalo-universitaire et hospitalier.
Par ailleurs, le directeur de l’unité est conscient de la nécessité de recrutements futurs pour remplacer les
départs en retraite de personnel et des remplacements sont prévus.
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•
En termes de communication :
La communication se fait naturellement tous les jours dans les discussions au laboratoire. Des réunions du
laboratoire sont mensuelles, (y compris des séminaires invités), ce qui limite des interactions scientifiques.
Les chercheurs, les étudiants participent aux congrès dans leur discipline, d’abord au niveau national (RICAI,
SFM, InVS) mais aussi au niveau international dans les axes respectifs.
6 z Conclusions
•
Points forts :
Le comité de façon consensuelle a noté la reconnaissance nationale et internationale de l’unité pour son rôle
en tant que CNR des infections à Clostridium difficile et son travail de diagnostic, épidémiologie et suivi de ces
infections ainsi que sa participation à des réseaux nationaux et internationaux. Cette activité a été labellisée
par l’InVS en 2007.
De même, le comité reconnaît la bonne activité de microbiologie clinique, d’épidémiologie et de biologie
moléculaire sur le thème des bêta-lactamases
•
Points à améliorer :
Le comité a noté l’isolement de cette unité de bactériologie dans l’université Paris Pierre et Marie Curie ainsi
que son absence de participation active à l’IFR local étant donné l’éloignement des sujets de recherche.
Cette équipe est constituée uniquement d’hospitalo-universitaires ou d’hospitaliers, le temps consacré à la
recherche est donc de facto inférieur à 50% pour l’ensemble des statutaires. Le ratio HDR/statutaires reste
insuffisant.
Cette unité n’a pas le soutien de chercheurs temps plein et l’existence de très nombreux sous thèmes est
génératrice d’une dispersion de moyens.
Les compétences de l’équipe sont limitées à la bactériologie clinique, l’épidémiologie et l’analyse moléculaire
et structurale rendant difficile l’ouverture vers des études de génétique et de physiopathologie.
Les conditions physiques du laboratoire sont vétustes, ce qui pourrait dissuader l’arrivée de nouveaux
chercheurs.
•
Recommandations :
Le comité de façon consensuelle fait les recommandations suivantes afin d’augmenter la visibilité des
deux équipes :
- Concernant la thématique C. difficile: i) utiliser les données génomiques en collaboration avec des
laboratoires experts (nationaux ou internationaux) pour contribuer à l'évolution des méthodes de typage vers
une meilleure caractérisation des isolats; ii) renforcer le développement d’une recherche plus fondamentale
ciblée sur une question précise avec l’aide des collaborations initiées notamment avec des équipes de l’Institut
Pasteur.
- Concernant la thématique bêta-lactamases : focaliser la thématique sur une question précise et éviter la
dispersion et la multiplicité des sous projets.
Pour l’unité :
- Poursuivre et resserrer les collaborations nécessaires en génétique bactérienne et physiopathologie.
- Développer une politique de recrutement d’étudiants post-doctorants avec l’aide de contrats nationaux et
internationaux pour renforcer l’équipe de recherche (ANR, EEC, FRM).
7
- Redéfinir des projets pour deux chercheurs isolés.
- Rénover et mettre aux normes les laboratoires avec l’aide de l’université.
- Au sein du laboratoire, dynamiser d’avantage l’équipe par : une vie de laboratoire plus active (des réunions
scientifiques plus fréquentes) ; une stratégie plus agressive d’association avec d’autres laboratoires en
microbiologie et de poursuite des collaborations, pour pouvoir approfondir les projets de recherche. Enfin, la
présence au laboratoire d’un chercheur statutaire qui pourrait consacrer plus pleinement son temps à la vie
scientifique du laboratoire faciliterait l’implémentation de ces recommandations.
- Rénover et mettre aux normes les laboratoires avec l’aide de l’université.
- Préparer l’avenir :
i) planifier les recrutements nécessaires et augmenter le nombre d’HDR ;
ii) prévoir la succession par un chercheur dynamique du laboratoire, déjà réperé par le directeur
actuel de l’unité ;
iii) reconsidérer la recherche en microbiologie dans l’université Pierre et Marie Curie afin de limiter
l’isolement de cette équipe et la stigmatisation de leurs forces.
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EA 2392 Antibiotiques et Flore digestive
Directeur : Jean-Claude PETIT
Université Pierre et Marie Curie – Paris 6
REPONSE AU RAPPORT D’EVALUATION
Référence : AER_P06_073-EA2392-AG-V1
Vous trouverez ci-dessous les réponses à certains points soulevés dans le rapport d’évaluation de l’EA
2392 Antibiotiques et Flore digestive :
En ce qui concerne les points forts, nous n’avons pas d’éléments supplémentaires à ajouter aux
appréciations portant sur les 2 axes de recherche de l’unité : « Le comité de façon consensuelle a noté
la reconnaissance nationale et internationale de l’unité pour son rôle en tant que CNR des infections à
Clostridium difficile et son travail de diagnostic, épidémiologie et suivi de ces infections ainsi que sa
participation à des réseaux nationaux et internationaux » « De même le comité reconnaît la bonne
activité de microbiologie clinique, d’épidémiologie et de biologie moléculaire sur le thème des betalactamases » et il note que « cette équipe a une reconnaissance internationale sur la thématique des
béta-lactamases depuis de nombreuses années en matière d’épidémiologie, de détection, et de
caractérisation moléculaire. ».
En ce qui concerne les points à améliorer et les recommandations, nous avons tout particulièrement
noté certaines remarques pour lesquelles nous souhaitons apporter les réponses suivantes :
1- Limiter l’isolement de l’unité de bactériologie EA 2392 dans l’université Paris 6 Pierre et
Marie Curie :
Les forces en bactériologie dans l’université Paris 6 Pierre et Marie Curie comportent une unité
INSERM et 2 EA dont la notre :
- Unité INSERM 655 dirigée par Michel ARTHUR : Laboratoire de recherche moléculaire sur les
antibiotiques (LRMA), localisée
o sur le site du Centre de Recherches Biomédicales des Cordeliers (Michel ARTHUR,
directeur du laboratoire), avec comme thématique les structures bactériennes impliquées
dans la résistance aux antibiotiques et plus particulièrement sur les remaniements de la
voie de synthèse du peptidoglycane et la spécificité de substrat des protéines de liaison à
la pénicilline (PLP).
o sur le site Pitié-Salpêtrière de la Faculté de Médecine Pierre et Marie Curie (Wladimir
SOUGAKOFF, directeur d’équipe), avec comme thématiques la résistance aux
antibiotiques chez les bactéries à Gram négatif (études des beta-lactamases de classe A et
de classe D, la résistance aux antibiotiques chez les mycobactéries, et les nouvelles cibles
chez les bactéries à Gram positif).
-
UPRES EA 1541 Recherche expérimentale, épidémiologique et moléculaire sur la résistance aux
antibiotiques (Professeur Vincent JARLIER, directeur), localisée sur le site Pitié-Salpétrière de la
Faculté de Médecine Pierre et Marie Curie, avec comme thématiques l’étude des mécanismes
moléculaires de l’action des antibiotiques antimycobactériens et de la résistance à ces
antibiotiques et l’épidémiologie des infections à mycobactéries et de leur résistance aux
antibiotiques antimycobactériens.
-
UPRES EA 2392 Antibiotiques et Flore digestive, (Professeur Jean-Claude PETIT, directeur),
localisée sur le site Saint-Antoine de la Faculté de Médecine Pierre et Marie Curie.
Nous reconsidérons actuellement l’organisation de la recherche en bactériologie dans
l’université Pierre et Marie Curie et nous allons envisager les différentes possibilités de
regroupement sur la base des forces en présence et de leurs thématiques afin de limiter
l’isolement des équipes. Plusieurs pistes seront explorées, des contacts ont été pris dans ce sens.
2- Mettre en place une stratégie plus agressive d’association avec d’autres laboratoires en
microbiologie.
Par ailleurs, une autre approche complémentaire de la précédente consisterait à monter un réseau
francilien sur la thématique Clostridium difficile. En Ile de France 4 unités dont la notre travaillent sur
Clostridium difficile :
-
Unité des toxines et pathogénie bactérienne (M. Mock, directeur), localisée à l’Institut Pasteur de
Paris, unité dans laquelle Bruno DUPUY est responsable de la thématique Clostridium difficile et
régulation des toxines.
-
Unité des bactéries anaérobies et toxines (Michel POPOFF, directeur), localisées à l’Institut
Pasteur de Paris, dont une des thématiques portent sur les toxines de Clostridium difficile.
-
EA 3534 Ecosystème microbien digestif et santé (EMDS) (Anne COLLIGNON, directeur),
localisée à la Faculté de Pharmacie Châtenay Malabry qui travaille sur l’écosystème microbien
digestif humain et ses interactions avec l’hôte et l’environnement et dont une des thématiques
porte sur l’étude des mécanismes moléculaires de la colonisation du tube digestif par Clostridium
difficile : caractérisation et rôle dans la virulence des protéines de surface et stratégies vaccinales..
-
UPRES EA 2392 Antibiotiques et Flore digestive, (Professeur Jean-Claude PETIT, directeur),
localisée sur le site Saint-Antoine de la Faculté de Médecine Pierre et Marie Curie.
Des collaborations sont déjà établies avec ces unités. Mais une association sous la forme d’un
réseau opérationnel « Clostridium difficile » permettrait la poursuite et le renforcement de ces
collaborations et surtout de pouvoir approfondir des projets de recherche en se partageant des
thématiques précises concernant les facteurs de virulence de Clostridium difficile: Toxines A et B
(Unités de l’Institut Pasteur, Michel POPOFF et Bruno DUPUY), Facteurs de colonisation (EA
3534 d’Anne COLLIGNON, Toxine binaire (notre EA). Dans cette perspective, des contacts ont
été pris.
3- Dispersion : Thématique bêta-lactamases : focaliser la thématique sur une question précise et
éviter la dispersion et la multiplicité des sous projets.
L’équipe beta-lactamase travaille sur la phylogénie, la caractérisation et l’épidémiologie des betalactamases des entérobactéries. Historiquement cette équipe a été une des premières au monde à
montrer que les beta-lactamases responsables de la résistance aux céphalosporines de 3ème génération
chez E. coli et K. pneumoniae et Salmonella, venaient d’entérobactéries de l’environnement (thème
phylogénie). Pour comprendre cette mobilisation des gènes de l’environnement, cette équipe a
caractérisé l’environnement génétique de ces beta-lactamases. Récemment, cette équipe a été la
première à démontrer la diffusion transcontinentale d’un clone de E. coli producteur de CTX-M-15. Le
succès de ce clone est lié à la combinaison d’un clone virulent et au passage de cette beta-lactamase
CTX-M-15 sur le plasmide resident de E. coli du groupe incFII.
Ce clone virulent est responsable d’infections urinaires et particulièrement de pyélonéphrites. C’est la
raison pour laquelle un membre de l’équipe beta-lactamase Sophie VIMONT est allé travailler dans
2
l’unité INSERM U773 de Alain VANDEWALLE à Bichat afin d’étudier la virulence de ce clone dans
un modèle de pyélonéphrite expérimentale.
Ce travail de physiopathologie fait par S. Vimont au sein de cette unité INSERM d’Alain
VANDEWALLE nous semble parfaitement justifié car il s’intéresse au lien existant entre
virulence et résistance, et il est complémentaire du travail fait dans notre unité sur la capacité à
survivre de cette souche, dans l’environnement (thème épidémiologie).
4- Augmenter le nombre d’HDR : le ratio HDR/statutaires reste insuffisant.
-
Frédéric BARBUT, PH et responsable scientifique du « Laboratoire associé Clostridium
difficile » au CNR, doit déposer son HDR avant la fin de l’année 2008.
-
Dominique DECRE, MCU-PH et Charlotte VERDET, PH ont prévu de déposer leur HDR dans le
courant de l’année 2009.
De ce fait le nombre d’HDR au sein de l’équipe devrait augmenter de 3 d’ici fin 2009.
5- Renforcer le développement d’une recherche plus fondamentale ciblée sur une question
précise en poursuivant et resserrant les collaborations nécessaires en génétique bactérienne et
physiopathologie.
Thématique beta-lactamase :
Nous avons évoqué plus haut le travail sur le lien résistance-virulence, complémentaire aux travaux de
phylogénie, d’épidémiologie et de génétique de notre unité, que conduit un membre de notre équipe au
sein de l’Unité INSERM U773 d’Alain VANDEWALLE.
Nous avons choisi de faire ce travail de physiopathologie en collaboration avec une unité
expérimentée et au sein de cette unité, plutôt que de se disperser en introduisant une nouvelle
approche expérimentale (biologie cellulaire et modèles animaux) non encore maîtrisée dans
notre unité.
Thématique C difficile :
Notre équipe s’intéresse depuis quelques années aux souches de Clostridium difficile productrices de
la toxine binaire (ADP ribosyltransférase spécifique de l’actine), intérêt renforcé par le fait que le
clone épidémique hyper virulent qui a émergé récemment est producteur de toxine binaire. Nous
travaillons sur l’épidémiologie de ces souches, qu’elles appartiennent ou non au clone épidémique, sur
la physiopathologie des infections où elles sont impliquées (nous avons montré que la présence de la
toxine était associée à une sévérité plus grande des infections à Clostridium difficile) et sur la
variabilité de la structure génétique (gène, protéine, et activité enzymatique).
Nous projetons de renforcer nos travaux par le développement d’une recherche plus
fondamentale ciblée sur la génétique de la toxine binaire de Clostridium difficile (organisation
génétique, site actif et régulation), avec l’aide des collaborations déjà initiées avec des équipes de
l’Institut Pasteur (celle de Bruno Dupuy et celle de Michel Popoff). Ces travaux très
complémentaires de ceux que nous conduisons sur cette toxine et qui nécessitent une maîtrise de
certains outils génétiques, pourront être réalisés avec ces équipes qui ont l’expertise et la
compétence requises.
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6- Développer une politique de recrutement d’étudiants post-doctorants et d’un Chercheur
statutaire temps plein
L’équipe est constituée d’hospitalo-universitaires ou d’hospitaliers. Le directeur de l’unité est
pleinement conscient de la nécessité de recruter un chercheur statutaire temps plein qui pourrait
consacrer plus pleinement son temps que les hospitalo-universitaires ou les hospitaliers à la vie
scientifique du laboratoire.
Plusieurs pistes vont dans ce sens. Une première étape a été le recrutement d’une biologiste
(CDD, financé par l’InVS). Le recrutement de cette biologiste ayant une double compétence de
bactériologie médicale et de génétique fondamentale, et soutenue par deux techniciens (2 CDD,
financement InVS et industriel) a été fortement bénéfique pour l’unité, comme noté dans le
rapport d’évaluation, en lui permettant de compléter le personnel hospitalo-universitaire et
hospitalier. Au delà de ce soutien basé sur des contrats renouvelables, il nous faut œuvrer pour
faire venir rapidement un chercheur statutaire, sans minimiser les difficultés mises en avant par
les chercheurs statutaires travaillant au sein d’une petite équipe universitaire. Une autre piste
que nous allons explorer est celle de l’obtention d’un poste d’enseignant chercheur auprès de
Paris 6. Cette piste est argumentée par l’implication d’un des PU de l’Unité dans l’enseignement
de la Bactériologie à Paris 6. En effet, Guillaume ARLET est responsable pour l’université Paris
6, dans le cadre de la maîtrise Biologie moléculaire et Cellulaire, de l’enseignement de
Bactériologie moléculaire et médicale en Master 1 et 2.
Le comité nous recommande de développer une politique de recrutement d’étudiants post-doctorants
pour renforcer l’équipe de recherche. Il suggère de solliciter pour ces étudiants des contrats nationaux
et internationaux.
Nous avons retenu déjà cette possibilité de solliciter l’aide de contrats (ANR, EEC, FRM) pour
post-doctorants. Malheureusement les candidats ne sont pas nombreux et recherchent souvent
des unités où des promesses ou des engagements de recrutement au delà du post-doctorat leur
sont faits. Néanmoins nous allons nous engager dans une politique de recrutement plus
dynamique en association avec les équipes de bactériologie de Paris 6 et les équipes avec
lesquelles nous collaborons, en essayant de construire un parcours de l’étudiant dans nos
laboratoires depuis le master jusqu’au post-doctorat voire poste de chercheur.
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