Compte rendu n° 010871014 Mesurer la connexion génétique entre

Compte rendu n° 010871014
Mesurer la connexion génétique entre troupeaux en modèle linéaire mixte :
de la théorie à la pratique dans le contexte des évaluations génétiques
de grandes populations
Marie-Noëlle Fouillouxa, Virginie Clémentb and Denis Laloëc
aInstitut de l'Elevage, Station de génétique quantitative et appliquée, INRA, F- 78352 Jouy-en-Josas
bInstitut de l’Elevage, Station d'amélioration génétique des animaux, INRA, F-31326 Castanet-Tolosan
cStation de génétique quantitative et appliquée UR337, INRA, F-78352 Jouy-en-Josas
Résumé : Cet article présente une méthode de mesure de la connexion génétique entre
groupes d’animaux dans une population de grande taille. Cette méthode comprend deux
étapes a) calculer les coefficients de détermination (CD) de comparaison entre groupes et b)
déterminer les ensembles de groupes connectés. Les CD de comparaison ont été calculés à
l’aide d’une méthode d’échantillonnages multiples permettant d’estimer les variances
empiriques des valeurs génétiques vraies et estimées. Une méthode d’agrégation adaptée à
l’analyse d’un grand nombre de comparaisons a été développée afin de déterminer les
ensembles de groupes connectés. Un niveau de connexion est ainsi octroyé à chaque
groupe au travers de son « Caco » (Critère d’admission au rang des troupeaux connectés).
Cette méthode a été validée en mesurant la connexion génétique entre troupeaux dans une
population française de bovins à viande de taille réduite : la Parthenaise. Elle a ensuite été
appliquée à la mesure de la connexion entre troupeaux des bovins Charolais et des chèvres
en évaluation génétique en France. Il a été observé que le Caco était plus corrélé au type de
taureaux utilisés dans le troupeau (insémination artificielle opposée à monte naturelle) qu’à
la taille de ce dernier. Le Caco est aussi très sensible à la fréquence de paternités inconnues
dans le troupeau. Les troupeaux disconnectés sont facilement identifiables par de faibles
valeurs de Caco. Cette méthode est utilisée en routine pour mesurer la connexion entre
troupeaux dans les évaluations génétiques « en ferme » des races bovines à viandes en
France (IBOVAL) depuis 2002. Elle y est également utilisée depuis 2007 pour les chèvres en
évaluation génétique.