ECOLE DOCTORALE DES SCIENCES DE L’ENVIRONNEMENT D'ILE DE France N° 129 Proposition de sujet de thèse pour la rentrée 2017 Nom du Laboratoire d’accueil : Laboratoire d’Océanographie Microbienne LOMIC ; UMR 7621 Nom du Directeur du laboratoire : Fabien Joux Adresse complète du laboratoire : Laboratoire Arago - Avenue Fontaulé - 66650 Banyuls sur mer Nom du Directeur de thèse HDR : GHIGLIONE Jean-François (DR2 CNRS) Téléphone : 04 68 88 73 16 Mail : [email protected] • Titre de la thèse : Biodégradation des polymères plastiques en mer • Sujet proposé (2 pages maximum) : Description du projet: Les plastiques représentent environ 80% des déchets retrouvés en milieu marin, estimés à 8 millions de tonnes qui rejoignent l’océan chaque année. La découverte du « 7ème continent de plastique » dans le gyre du Pacifique Nord a défrayé la chronique, révélant une pollution de grande envergure, de l’ordre de 3 fois la superficie de la France. Plus récemment en 2014, notre équipe a participé à l’expédition «Tara-Méditerranée» qui a montré que cette mer semi-fermée était une autre victime de la pollution plastique, avec des concentrations aussi importante que dans le 7ème continent de plastique. Ces dernières années, nous avons réalisé de nombreux travaux pour mieux caractériser le biofilm bactérien qui colonise les plastiques, la « plastisphère ». Avec d’autres équipes, nous avons montré que l’abondance et la biodiversité présente sur les plastiques est plus importante que dans l’eau environnante. En utilisant la métagénomique, nous avons notamment révélé que des bactéries hydrocarbonoclastes et des bactéries pathogènes peuvent parfois y représenter une fraction importante. Des gènes impliqués dans la mobilité et dans le transport membranaires ont également pu être identifiés. Nous avons également pu observer que les bactéries de la plastisphère étaient particulièrement actives, avec des capacités de reminéralisation de la matière organique insoupçonnée qui soulèvent des questions sur leur importance dans les cycles biogéochimiques des Océans (thèse Claire Dussud, Univ. Paris 6, 2014-2017). Néanmoins, la caractérisation du biofilm ne donne que peu d’informations sur la biodégradabilité des polymères plastiques en mer. Si certaines bactéries cultivées en laboratoire ont montré des capacités de dégradation de certains plastiques, la biodégradation en condition naturelle reste très peu explorée. Une approche pluridisciplinaire est indispensable pour répondre à cette problématique. Notre équipe anime actuellement un groupe de travail sur ce sujet qui vise à fédérer les connaissances acquises par les physiciens et chimistes des polymères avec les biologistes (Groupement de Recherche GDR en cours de validation). Les nouvelles réglementations dénotent d’une prise de conscience des pouvoirs publics, conduisant notamment à une première interdiction des sacs plastiques à usage unique en France en 2017. Notre équipe travaille actuellement de concert avec le ministère de l’Environnement, de l’Energie et de la Mer pour la rédaction d’un décret relatif à l’interdiction de la mise sur le marché de produits cosmétiques à usage d'exfoliation (microbilles) en 2018 et pour les tiges de bâtonnets ouatés à usage domestique en 2019. Ce décret proposera des solutions alternatives utilisant des plastiques non-conventionnels biosourcés dont nous évaluons actuellement la biodégradabilité en mer. Dans le cadre d’un projet ANR coordonné par notre équipe (ANR-OXOMAR), nous travaillons également en collaboration avec le premier producteur mondial de plastiques oxo-dégradables (Symphony Environmental Technologies, London), pour évaluer leur biodégradabilité en milieu marin. Le sujet de thèse portera sur la biodégradation des polymères plastiques conventionnels et non-conventionnels (biosourcés et oxodégradables) en milieu marin. La thèse répondra à trois objectifs : Objectif 1 : démontrer la biodégradabilité de polymères plastiques conventionnels (PE, PP) et non-conventionnels (PHBV, PLA, PET, PBS, PBAT, PCL, PE-OXO) en milieu marin à partir de plusieurs approches complémentaires utilisant des techniques de respiromètrie, de perte de masse, de microscopie à force atomique et de mesures de degré d’oxydation par FTIR Objectif 2 : Objectif 3 : (collaboration avec le laboratoire F. Coulomb de Montpellier). évaluer pour la première fois les taux de dégradation et identifier les bactéries capables de dégrader certains polymères marqués par des isotopes stables (PE, PE-OXO et PHBV) en utilisant des techniques de pointe reposant sur le marquage par des isotopes stables couplés soit à la GC/RMN (collaboration avec le laboratoire ICCF de Clermont Ferrand), soit à la métagénomique (DNA-stable isotope probing). mieux comprendre les processus biochimiques clés de la dégradation des polymères conventionnels et non-conventionnels à partir d’analyses transcriptomiques réalisées sur des souches bactériennes isolées en milieu marin. Laboratoire d’accueil : Ces recherches seront réalisées au laboratoire d’Océanographie Microbienne - voir axe de recherche «Ecotoxicologie et ingénierie microbienne marine» coordonné par JF Ghiglione. Il bénéficie de laboratoires de recherche avec des équipements de pointe et d’une structure expérimentale directement reliée à la mer dans le Parc naturel marin du Golfe du Lion, où nous réalisons également nos prélèvements avec le bateau océanographique NereisII. Actuellement, ce projet implique directement 3 chercheurs permanents, 3 ingénieurs, 1 post-doctorant, 1 doctorant (en fin de thèse) et 1 master 2. Site internet de l'équipe d'accueil: http://lomic.obs-banyuls.fr/fr/axe_4_ecotoxicologie_et_ingenierie_metabolique_microbienne.html Intégration programmatique, financement des travaux de recherches: L’étudiant bénéficiera des moyens et des collaborations avec les équipes internationales impliquées dans le programme OXOMAR (ANR 2017-2021; coordinateur JF Ghiglione) et le programme MINIS (ministère de l’Environnement, de l’Energie et de la Mer 2017-2019; coordinateur JF Ghiglione). Techniques utilisées: Campagnes en mer, extraction d’ADN et d’ARN, pyroséquençage et bioinformatique, microscopie à force atomique et microscopie optique, cytomètrie en flux, culture bactérienne, production et respiration microbienne, activités ectoenzymatiques, FTIR, DNA stable isotope probing. Compétences : La sélection des étudiants reposera essentiellement sur leur motivation et sur la qualité de leur dossier. Des connaissances de base en microbiologie et en biologie moléculaire sont souhaitables. N’hésitez pas à nous contacter pour nous exposer vos motivations et pour avoir de plus amples renseignements. Mots clés : Microplastiques, biodégradation, pollution, écotoxicologie microbienne • Type de financement autre que ED 129, précisez si envisageable ou acquis (CNES, CEA, ADEME etc…) : aucun . Liste des autres doctorants que vous encadrez au 1er janvier 2017 DUSSUD Claire, Université Paris 6, bourse MENRT, date de soutenance : 31 Septembre 2017