Topo TP UE 5.5b 2014/2015

TP DE MICROBIOLOGIE - ANNEE 2014-2015
Licence Sciences, Technologies, Santé mention Biologie
UE 5.5 b : Bactériologie Générale
UE optionnelle du groupe B du semestre 5 - niveau L3 biologie
MATERIEL et Hygiène-Sécurité : Travail en binôme
Blouse propre en coton obligatoire Etuve : groupe du matin, étage du haut
Cheveux longs attachés groupe de l’après midi, étage du bas
Pas de coiffure non facilement retirable
Pas de coiffure en matière inflammable
Signaler toute coupure aux doigts Pipetage uniquement avec poires
Pour le CR par binôme et les séances respecter les consignes de la dernière page
PROGRAMME DU TP : L E COURS ET LES TD DOIVENT ETRE COMPRIS
Travail stérile
Identification de 3 souches
Identification présomptive de souches d’un mélange
- Techniques de base :
- Travail stérile
- Etat frais et Coloration de Gram
- Ensemencement
- Isolement sur milieux gélosés sélectifs et non sélectifs
Identification bactérienne par l’étude des caractères métaboliques et antigéniques
I - TRAVAIL STERILE (J1, J2)
1) J1
A partir d’un bouillon Trypticase Soja (TS) de 10 mL (tube à essai), transvaser stérilement ≈
2 mL dans 5 tubes à hémolyse à l’aide d’une pipette Pasteur.
- 2 bouillons serviront au test de stérilité : les incuber 24h à 37°C.
- les 3 autres bouillons serviront pour l’identification des 3 souches (voir II).
2) J2
Les 2 bouillons non ensemencés sont-ils limpides ? Conclusion.
II - IDENTIFICATION DE 3 SOUCHES (J1, J2, J3)
Chaque binôme reçoit 3 souches isolées sur gélose TS en vue d’une identification.
1) J1
- Caractères morphologiques. Pour chacune des 3 souches, réaliser séparément :
- Gram (objectif x 100 à l’immersion). Dessiner la forme exacte (allongée, ovale,
ronde, incurvée, …). Préciser le groupement.
- Etude de la mobilité
- ensemencement d’un milieu semi-solide mannitol-mobilité : piqûre centrale avec 1 colonie.
- ensemencement d’un bouillon TS de environ 2 mL avec 1 colonie.
- Réisolement - Isoler à partir du bouillon TS ensemencé par 1 colonie chaque souche
sur une gélose TS bien séchée par la méthode des quadrants. Flamber entre chaque quadrant.
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2) J2
Etudier sur les 3 souches :
- Caractères morphologiques.
- étude de la mobilité :
- lecture du milieu mannitol-mobilité.
- état frais entre lame et lamelle à partir du bouillon TS (objectif x 40 à sec).
Comparer le groupement avec celui de J1 à partir du Gram. Notez-vous une différence ? Si
oui, pourquoi ? Quel est le groupement le plus valide ?
- étude macroscopique des colonies
- Métabolisme énergétique - T ESTS à REALISER SUR LA MEME LAME -
- catalase : Déposer 1 goutte de H
2
O
2
puis 1 colonie dans la goutte avec 1 pipette
Pasteur.
- oxydase : Déposer 1 papier buvard avec 1 goutte de réactif oxydase (TMPD).
Déposer 1 colonie avec une pipette Pasteur à la limite de la goutte et du buvard sec. Le test est
+ si c’est la colonie qui vire au rouge.
Etudier selon l’identification présomptive de la famille ou du genre :
- Caractères métaboliques
- pour bacilles Gram -
Lecture de la fermentation du mannitol et de la mobilité sur le milieu mannitol-mobilité
ensemencé en J1.
Ensemencement d’une galerie d’identification simplifiée en tubes (voir fiches techniques) :
- milieu de Kligler-Hajna
- milieu de Clark et Lubs (pour réaction de RM et VP)
- milieu urée-indole de Ferguson
- recherche de la nitrate réductase sur mannitol-mobilité.
Ensemencement d’une galerie API 10S.
- pour staphylocoques (coques Gram +, catalase +)
Lecture de la fermentation du mannitol et de la mobilité (cf. ci-dessus).
Recherche d’une DNAse : ensemencer une gélose à l’ADN par une strie centrale.
Recherche d’une coagulase : agglutination de particules de latex sensibilisées par du
fibrinogène.
- pour streptocoques (coques Gram +, catalase -)
- Lecture de la fermentation du mannitol et de la mobilité (cf. ci-dessus).
- Etude des caractères antigéniques (à faire éventuellement J3) :
Recherche du polyoside C pariétal : Réaction d’agglutination de particules de latex
sensibilisées par des anticorps spécifiques de chaque polyoside C de groupe A, B, C et D.
3) J3
- pour bacilles Gram -
Révélation et lecture de la galerie d’identification en tubes.
Test ONPG : uniquement si la bactérie est lactose - (voir milieu de Kligler-Hajna).
Révélation et lecture de la galerie API 10S.
Comparaison des résultats obtenus par les 2 méthodes.
- pour les staphylocoques
Révélation de la DNAse par ajout d’HCl concentré. Laisser en contact quelques minutes et
regarder si il y a présence ou pas d’un halo d’éclaircissement autour de la strie.
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III - ETUDE D’UN MELANGE DE GERMES (J1, J2, J3)
Chaque binôme reçoit un bouillon TS renfermant un mélange de germes.
1) J1
- Etude morphologique
- Gram : mettre 1 goutte de pipette Pasteur sur une lame et bien l’étaler.
- présomption : types de germes présents (forme, groupement, Gram)
- choix de milieux de culture sélectifs ou non pour l’isolement de ces bactéries
- Isolement sur milieux solides :
Sur des géloses séchées isoler le mélange
- sur milieu non sélectif (gélose TS) pour permettre la croissance de toutes les
bactéries aérobies non exigentes
- sur milieu(x) sélectif(s) si nécessaire pour inhiber certaines bactéries :
- milieu de Chapman sélectif pour staphylocoques et microcoques
- milieu de Drigalski sélectif pour bacilles Gram
-
courants (entérobactéries,
Pseudomonas, Vibrio).
2) J2
- Voir la qualité des isolements.
- Lecture des milieux Chapman et Drigalski.
- Identification présomptive de chaque germe :
- Gram
- oxydase
- catalase
AUCUN AUTRE TEST à faire
3) J3 Finir les lectures des tests.
COMPTE RENDU par binôme : à rendre impérativement en J3 à la fin de la séance :
- Utiliser les fiches de CR qui vous seront distribuées en J1
- Venir impérativement en J1 avec une note sur :
- principe et mode de lecture des milieux TS, Chapman et Drigalski.
- principe et mode de lecture des milieux Kligler-Hajna, Clark et Lubs, urée-
indole et du test de la recherche de la nitrate réductase.
- définition des entérobactéries.
- L’absence de ces notes en J1 sera sanctionnée
- Inclure ces notes au CR
NB : - Ne pas oublier le n° des 3 souches étudiées et la lettre du mélange.
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FICHES TECHNIQUES de L3 - UE 5.5b de BACTERIOLOGIE GENERALE
COLORATION DE GRAM : à partir d’une colonie dissociée dans une très petite goutte d’eau
COLORATION DE GRAM : à partir d’un bouillon : Déposer 1 goutte de bouillon non dilué
Réaliser un frottis sur une lame :
Sécher lentement.
Recouvrir la lame de violet de gentiane (30 sec.). Vider.
Recouvrir la lame de lugol (30 sec.). Vider. Rincer à l’eau.
Décolorer à l’alcool 100° : recouvrir la lame 10 s. d’alcool 100°. Rincer immédiatement à l’eau.
Recommencer cette décoloration si la lame n’est pas transparente.
Recouvrir la lame d’eau. Ajouter 4 gouttes de fuchsine (30 sec.). Rincer à l’eau.
Sécher en tamponnant délicatement la lame avec un papier absorbant. Marquer la lame.
EMPLOI DU MICROSCOPE
Nettoyer objectifs et oculaires au papier Joseph avant et après chaque utilisation. Ne pas coller les
yeux sur les oculaires. L’objectif x 40 ne doit jamais recevoir d’huile.
- Lames colorées
Les bactéries sont tuées, fixées sur la lame et colorées.
Condensateur monté jusqu’à la lame si le microscope le permet. Diaphragme ouvert. Objectif x 100 à
immersion (avec huile). Pour la mise au point, l’objectif trempe dans la goutte d’huile. Nettoyer au
papier Joseph après utilisation de l’objectif.
- Etat frais
Les bactéries sont vivantes en bouillon.
Déposer une anse de bouillon entre lame et lamelle. Observer l’abondance, (la forme), le groupement
et la mobilité des bactéries.
Condensateur baissé si le microscope le permet. Diaphragme fermé. Objectif x 40 à sec (sans huile).
Pour la mise au point, l’objectif est à environ 1 mm au-dessus de la lamelle.
PENSER à RESPECTER les REGLES d’Hygiène et Sécurité : lavage des mains, désinfection, tri des
déchets, bec bunsen, …
PENSER à RANGER votre paillasse en fin de TP
TP UE L3 5.5b FICHE TECHNIQUE Page 4

TECHNIQUES D’ENSEMENCEMENT DES DIFFERENTS MILIEUX DE CULTURE
- Milieux liquides
Pour tous les milieux liquides, dissocier dans le liquide une colonie prélevée avec l’anse métallique.
ex : - bouillon trypticase-soja (TS)
- milieu de RM/VP (Clark et Lubs)
- milieu urée-indole de Ferguson
- Milieux solides
- en boîtes de Petri. --> Isolement en quadrant.
- gélose TS (peptones, NaCl 5%, agar)
- milieu de Drigalski (peptone, lactose, bleu de bromothymol, cristal violet, sels biliaires, agar)
- milieu de Chapman (peptone, mannitol, rouge de phénol, NaCl 75 g/L, agar)
--> Faire une strie.
- gélose à l’ADN (peptone, ADN, NaCl 5%, agar).
- en tube.
Milieu Ensemencement Bouchon
mannitol-mobilité Piqûre fermé
Kliger-Hajna strie sur la pente + piqûre du culot entrouvert
REVELATION ET LECTURE DES MILIEUX D’IDENTIFICATION
Milieu Chapman et Drigalski : lire le métabolisme des sucres
Autres milieux : Lecture
TP UE L3 5.5b FICHE TECHNIQUE Page 5
Milieu Test Réactif à ajouter test positif test négatif
Urée-indole uréase
indole
TDA
0
Kovacs
FeCl
3
rouge
anneau rose
brun foncé
orange
jaune, beige
brun clair
Clark et Lubs RM
VP
rouge de méthyle
10 gouttes NaOH puis
10 gouttes α Naphtol
rouge
rose en 10’- tube
incliné
jaune
jaune, beige
Gélose à l’ADN DNAse HC1 halo clair
Mannitol-
Mobilité
Mannitol
Gazogène
Mobilité
0
0
0
jaune
bulle
épaisseur de la
gélose trouble
rouge
-
épaisseur de la
gélose limpide