Un algorithme v ectoriel p our le probl`eme de la recherche des o

Un algorithme vectoriel pour le probl`eme de la
recherche des occurrences approximatives d’un
mot dans un texte.
Sylvie Hamel
Stagiaire postdoctorale du CRSNG, Universit´e McGill
(en collaboration avec Anne Bergeron)
Universit´e du Qu´ebec `a Montr´eal 27 janvier 2003

Plan de l’expos´e
1. Pr´esentation du probl`eme et de quelques applications de
celui-ci en bioinformatique.
2. Rappel de l’algorithme de Sellers pour calculer la distance
entre deux mots (table des distances).
3. G´en´eralisation de cet algorithme `a la recherche des occurrences
approximatives d’un mot dans un texte.
4. Introduction aux vecteurs de bits.
5. Qu’est-ce qu’un automate? 6. Pr´esentation d’un probl`eme int´eressant sur les automates et
d’un algorithme vectoriel pour le r´esoudre.
7. Pr´esentation de notre algorithme vectoriel (utilisant les
automates) pour la r´esolution du probl`eme de la recherche des
occurrences approximatives d’un mot dans un texte.
27 janvier 2003 Universit´e du Qu´ebec `a Montr´eal 2

Recherche approximative d’un mot dans un texte
Probl`eme: trouver toutes les occurrences ap-
proximatives d’un mot P=p1p2. . . pmdans un
texte T=t1t2. . . tn.
Exemple: Mot: TATA
Texte: ACG TAATA G CATA GGGTGTTGG TATA ...
27 janvier 2003 Universit´e du Qu´ebec `a Montr´eal 3

Applications de la recherche approximative en biologie:
1. Recherche de similitudes entre 2 s´equences biologiques.
2. Recherche d’une mol´ecule nouvellement s´equenc´ee dans les
banques de donn´ees existantes.
3. Recherche d’un g`ene dans un g´enome.
4. ...
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Plan de l’expos´e
1. Pr´esentation du probl`eme et de quelques applications de
celui-ci en bioinformatique.
2. Rappel de l’algorithme de Sellers pour calculer la distance
entre deux mots (table des distances).
3. G´en´eralisation de cet algorithme `a la recherche des occurrences
approximatives d’un mot dans un texte.
4. Introduction aux vecteurs de bits.
5. Qu’est-ce qu’un automate? 6. Pr´esentation d’un probl`eme int´eressant sur les automates et
d’un algorithme vectoriel pour le r´esoudre.
7. Pr´esentation de notre algorithme vectoriel (utilisant les
automates) pour la r´esolution du probl`eme de la recherche des
occurrences approximatives d’un mot dans un texte.
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