Prélèvement

Explorations bactériologiques,
virologiques, parasitologiques et
mycologiques en dermatologie
M. Segondy
Infections cutanées
En guise d’introduction:
De très nombreux agents microbiens peuvent être
retrouvés au niveau de la peau:
- soit à l’état normal: flore cutanée
• Bactéries essentiellement
- soit à l’état pathologique
• Bactéries, virus, parasites, champignons
Infections cutanées
1. Infections bactériennes
– Il faut distinguer la colonisation d'une lésion cutanée
d'une infection
– Toute lésion est colonisée par la flore cutanée
• Flore cutanée résidente
–
–
–
–
Staphylocoques coagulase négative
Corynebactéries
Propionibactérium acnes
Staphylocoque doré (20% des individus)
• Flore cutanée transitoire
– Entérobactéries, entérocoque (origine digestive)
– Bacillus, Pseudomonas, acinetobacter… (environnement)
Infections cutanées
1. Infections bactériennes
• Germes banaux
– Impétigo, folliculites, érysipèle, cellulite/fasciite…
staphylocoques, steptocoques +++
(≠ atteintes cutanées toxiniques: exfoliation, scarlatine… )
– Infections des plaies et brûlures:
staphylocoques, streptocoques, entérobactéries,
Pseudomonas, anaérobies etc…
Colonisation ou Infection ?
• Germes spécifiques
– Pasteurella, Borrelia, Eikenella corrodens, Bartonella,
Tréponema etc…
• Immunodéprimés
– Nocardia, Actinomyces, mycobactéries…
Infections cutanées
2. Virus
•
•
•
•
HSV1, HSV2 (Herpès labial, génital)
VZV (varicelle, zona)
Entérovirus (syndrome pieds-mains-bouche)
Papillomavirus (verrues, condylomes, épidermodysplasie
verruciforme…)
• Poxvirus (monkeypox, orf, nodule des trayeurs…)
Manifestations cutanée indirectes (mécanisme
immunopathologique):
– Fièvres éruptives: rougeole, rubéole, Parvo. B19, HHV6
– Rashs cutanés: EBV, VIH, adénovirus, dengue…
– Vascularites viro-induites: HBV (PAN), HCV (cryoglobulinémie)
Infections cutanées
3. Parasites
• Arthropodes
-
Gale
Pédiculoses
Myases
Tungose
• Helminthes
- Filarioses cutanées (dracunculose, onchocercose, loase)
- Larva migrans
• Protozaires
- Leishmaniose cutanée
- Amibiase cutanée (ne se voit pas en France)
Infections cutanées
4. Champignons
Onychomycoses, mycoses de la peau glabre, teignes
• Levures
• Malassezia furfur (Pityriasis versicolor)
• Candida
• Dermatophytes
• Microsporum
• Trichophyton
Mycoses tropicales
• Mycétome fongique
• Chromomycoses (blastomycoses)
Localisation cutanée ou sous-cutanées de mycoses
profondes chez l'immunodéprimé
Les prélèvements
1. Bactériologie
•
Quelques règles!
•
•
Les prélèvements ne sont indiqués que si
l'infection est cliniquement établie
Les prélèvements de surface des plaies sont
toujours positifs
– Faible fiabilité
– Tentation de traitement antibiotique inutile (inefficace sur
colonisation) et risque de pression de sélection et de
résistance
Les prélèvements
1. Bactériologie
•
Infections superficielles
•
Impétigo, folliculites, furoncles, intertrigos
Diagnostic essentiellement clinique
Examen bactériologique le plus souvent inutile
Les prélèvements
1. Bactériologie
•
Erysipèle, Fasciite nécrosante
Prélèvement:
- Ponctions sous-cutanée Désinfection
cutanée préalable Injection un peu de
sérum Φ dans la lésion et ré-aspirer.
-ou Biopsie
Examen peu sensible! Peu d'intérêt dans
les formes typiques en l'absence de
signes de co-morbidité.
Prélèvement:
En per-opératoire.
Ponction sous-cutanée ou biopsie
Les prélèvements
1. Bactériologie
•
Plaies
•
Plaies aiguës
•
•
•
•
•
Traumatiques (risque contamination tellurique,
aquatique…)
Morsures, griffures
Brûlures
Plaies chirurgicales
Plaies chroniques
•
Escarres, ulcères de jambe, pied diabétique…
Les prélèvements
•
Plaies
•
•
•
•
•
Distinguer une simple colonisation d'une infection!!!
Ne prélever qu'en présence de signes cliniques d'infection
(douleur, chaleur, fièvre, suppuration…)
Débridement préalable
Nettoyage au sérum Φ stérile, voire antiseptique doux à la
surface de la plaie éliminé par rinçage au sérum Φ avant
prélèvement
Méthodes de prélèvement:
•
•
•
•
Ecouvillonnage: le plus utilisé mais difficulté de distinguer
colonisation et infection. Non adapté aux anaérobies
Curetage avant écouvillonnage: + spécifique que
l'écouvillonnage simple
Biopsie tissulaire: lésions profondes
Aspiration à l'aiguille fine: lésions profondes collectées
Les prélèvements
1. Bactériologie
La réalisation d'hémocultures est souvent
utile: fièvre, lésions profondes, étendues,
suspicion d'atteinte osseuse…
Les prélèvements
2. Virologie
•
•
Lésions: écouvillonnage appuyé
Vésicules: percer avant écouvillonnage
Les prélèvements
3. Parasitologie
•
Myase, tungose, filaire de Médine:
•
•
•
•
Extraction du parasite pour identification
macroscopique
Onchocercose: biopsie cutanée
Loase: microfilaires dans le sang
Leishmaniose cutanée:
•
•
•
Raclage de la lésion (périphérie)
Suc dermique
Éventuellement biopsie
Les prélèvements
4. Mycologie
•
Lésions squameuses
•
•
Lésions suintantes
•
•
Scotch test
Ongles
•
•
Ecouvillonnage
Pityriasis versicolor
•
•
Grattage (curette de Brocq, grattoir de Vidal)
Fragments (ciseaux, curette)
Cuir chevelu, zones pileuses
•
Pince à épiler ± squames ± écouvillonnage (si pus)
Examen bactériologique
1. Examen direct (bleu de méthylène et gram)
•
•
•
Présence et quantité de polynucléaires
Charge microbienne
Caractère monomicrobien, polymicrobien
Examen bactériologique
2. Cultures bactériennes
•
•
Quantitatives ou semi-quantitatives pour différencier
colonisation et infection ?
Aérobies et anaérobies selon la localisation
Examen bactériologique
3. Antibiogramme
•
•
•
Selon le résultat des cultures et le contexte
clinique
Antibiogramme à ne pas réaliser en cas de
flore polymorphe, sans bactéries à forte
potentialité invasive
Antibiogramme si:
•
Bactéries à potentialité invasive: S. aureus,
Streptocoques β-hémolytiques, Pseudomonas…
surtout si flore monomorphe
Examen bactériologique
4. PCR
•
Recherche de bactéries non cultivables selon
le contexte clinique.
•
Ex: Borrelia (Maladie de Lyme) diagnostic précoce
au stade d'érythème migrant
Examen virologique
• Repose essentiellement à l'heure actuelle
sur la recherche ciblée par PCR de virus
dans les lésions:
– HSV-1, HSV-2
– VZV
– Plus rarement:
• Entérovirus
• Papillomavirus
Examen parasitologique
• Arthropodes et helminthes
Filaire de Médine
(Dracunculose)
– Identification morphologique
Sarcopte (gale)
• Leishmaniose cutanée
– Examen direct sur frottis
cutané
– Culture et PCR pour
identification de l’espèce (labo de référence)
Examen mycologique
1. Examen direct
Candida
Dermatophyte
– Il est indispensable!
– A l’état frais
• Sans fixation ni coloration
• Avec éclaircissant (lactophénol)
– Après fixation et coloration
• Hotchkiss-MacManus
– Permet un diagnostic rapide de mycose
Examen mycologique
2. Culture
– Sur milieux spéciaux (Sabouraud)
– Nécessite plusieurs jours (1 à 3 semaines
pour les dermatophytes)
– Identification: morphologie macro et
microscopique, caractères culturaux,
fermentation des sucres…
Examen mycologique
• .
Candida
Trichosporum
Examen mycologique
3. Antifongigramme
– Réservé aux infections fongiques invasives
(candida +++)
– Généralement sans utilité dans les infections
cutanées
Sérodiagnostics dans les infections
cutanées
• Infections bactériennes
– Infections à streptococcus pyogenes
• ASLO, ASD: peu sensible (30-50%) et rétrospectif
(2 sérums à 15j d'intervalle)
– Maladie de Lyme (Borrelia)
– Syphilis
– Maladie des griffes du chat (Bartonella)
Sérodiagnostics dans les infections
cutanées
• Infections virales
– Infections à VZV:
• Varicelle: présence d'IgM
• Zona: IgM inconstantes
– Fièvres éruptives
•
•
•
•
Rougeole
Rubéole
Megalérythème épidémique (Parvovirus B19)
…
Sérodiagnostics dans les infections
cutanées
• Infections parasitaires
– Arthropodes: pas de sérodiagnostic
– Helminthes: sérodiagnostic filariose: sans
intérêt dans les filarioses cutanées
– Leishmaniose cutanée: pas d’intérêt de la
sérologie ( ≠ leishmaniose viscérale)
Sérodiagnostics dans les
infections cutanées
• Infections fongiques
– Sérodiagnostic réservé aux mycoses
profondes (candidoses, aspergilloses)