Typage moléculaire des ressources de la CFBP Année 2011

Typage moléculaire des ressources de la CFBP
Année 2011-2012
Présentation de la structure d’accueil
La CFBP, Collection Française de Bactéries Phytopathogènes, existe depuis 1973,
au sein du laboratoire de pathologie végétale du centre INRA Angers-Nantes (UMR
PaVé, INRA, Angers). La collection met à la disposition de la communauté
scientifique internationale ses 6000 accessions de bactéries pathogènes de plantes
à des fins de recherche, développement et enseignement. Le site internet présente
la collection et contient un catalogue en ligne (http://www.angers.inra.fr/cfbp/).
Afin de garantir une qualité de service optimale, la collection est reconnue Centre de
Ressources Biologiques et est certifiée ISO9001 depuis 2008.
Depuis 2010 la CFBP fait partie du CIRM, réseau de collections de microorganismes
(http://www.inra.fr/crb-cirm).
Les ressources de la collection couvrent la majorité des taxons bactériens
pathogènes de plantes.
Les ressources sont conservées sous forme lyophilisée et un double est en cours de
constitution en azote liquide. Chaque année la collection s’enrichit d’une petite
centaine de souches et en distribue plus de 250 à ses partenaires à l’international.
Ces ressources sont issues des projets de recherche menés par les équipes de
recherche de l’UMR PaVé et de nos partenaires scientifiques.
La CFBP est hébergée par l’UMR77 PaVé, laboratoire de pathologie végétale de
l’INRA basé à Angers. Quatre équipes composent ce laboratoire dont l’équipe EDTaBP (Ecologie, Diversité et TAxonomie des Bactéries Phytopathogènes) qui héberge
la CFBP. Les thématiques de recherche de cette équipe sont :
-Taxonomie et phylogénie des genres Xanthomonas et Pseudomonas
-Déterminants moléculaires de la spécificité d’hôte chez Xanthomonas
-Déterminants moléculaires de la transmission des bactéries à la semence
-Emergence et ré-émergence de maladies bactériennes chez les plantes.
En janvier 2012 l’UMR PaVé, avec les 3 autres UMR du site INRA d’Angers, devient
l’Institut de Recherche en Horticulture et Semences (IRHS). Au sein de cet institut
l’équipe EDTA-BP (qui héberge la CFBP) devient l’équipe EMERSYS.
Présentation cadre scientifique
Depuis 2008 la collection est engagée dans un processus de ré-identification de ses
ressources. En effet, depuis la constitution de la collection les techniques
d’identification des bactéries, ainsi que la taxonomie, ont beaucoup évolué.
De nombreux travaux de recherche en taxonomie et phylogénie ont démontré
l’intérêt de la technique MLSA (MultiLocus Sequence Analysis). Nous avons donc
décidé, pour l’ensemble de la collection, d’obtenir la séquence nucléotidique de deux
gènes du métabolisme central. Ces données permettent pour chaque souche de
déterminer sa position sur l’arbre phylogénétique du groupe taxonomique étudié.
L’intérêt de ce travail est multiple. Les données générées nous permettrons de :
- ré-identifier les ressources de la collection
- alimenter les bases de données de la collection et de « PhyloSearch* »
- créer un service d’identification au sein de la collection
- intégrer l’identification des ressources dans le périmètre de la certification
(*PhyloSearch est un outil en ligne, d’aide à l’identification de souches bactériennes,
développé à la CFBP. PhyloSearch est accessible via le site web de la collection).
Présentation du sujet de Master 2 Pro
Dans le cadre de ce projet, le stagiaire de master 2 aura à sa charge plusieurs
groupes bactériens représentant 200 à 300 souches au total. Pour chacun de ces
groupes, il s’agira de faire une recherche bibliographique afin de déterminer les 2
gènes les plus indiqués pour la caractérisation des souches du groupe. Ensuite il
s’agira d’adapter la méthode au laboratoire, de conduire les analyses, et enfin
d’analyser les séquences nucléotidiques obtenues. Les résultats alimenteront les
bases de données de la CFBP et les cas de non conformités seront analysés et
traités avec les responsables de la CFBP. L’étudiant rédigera les modes opératoires
des tests retenus.
Informations diverses
· Public visé : étudiant en Master 2
· Durée du stage : 6 mois.
· Indemnisation : 417,09€ mensuel
· Encadrant : Le stage sera encadré par Perrine Portier, ingénieur de recherche
(INRA), conservatrice de la CFBP
· Lieu :
UMR Pathologie végétale
Collection Française de Bactéries Phytopathogènes
42, rue Georges Morel
BP 60057
49071 Beaucouzé cedex
· Contact :
[email protected]
Perrine Portier :
Tel : 02 41 22 57 19
Fax : 02 41 22 57 05
Email : [email protected]