Etude intégrative des répétitions aux niveaux des séquences

Etude intégrative des répétitions
aux niveaux des séquences nucléiques,
des séquences protéiques et
des structures tridimensionnelles des protéines
Atelier de BioInformatique - Université Paris 6
Anne-Laure Abraham

Les duplications intragéniques
Duplication en tandem
Divergence
Nouvelle fonction
sous-fonctionnalisation
Adaptation des organismes
Perte de fonction /
Pathologie
Mutation / sélection
Délétion

Importance de ces duplications
•> 14% des protéines contiennent des répétitions (Marcotte, 1998)
•Formation de protéines longues
•Permet l’évolution plus rapide des protéines
•Variabilité des protéines en lien avec l’environnement :
Antigènes de surface
Protéines membranaires
Protéines sécrétées
Réponse immunitaire …
Rôle majeur dans l’évolution des protéines

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Comprendre la dynamique
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Plan
•Méthodes pour étudier les répétitions (séquences, structures)
•Données utilisées
•Algorithme de Smith et Waterman / adaptation
•Système de score
•Significativité des résultats (séquences, structures)
•Résultats
•Conclusion - Perspectives