Entrepôt de données clinique -CHU de Bordeaux

ADI GT Exploitation des données de santé – Entrepôt de données
Entrepôt de données
Biomédical - CHU de Bordeaux
Service d’information médicale,
Pôle de santé Publique, CHU de Bordeaux
Vianney Jouhet, Frantz Thiessard, Moufid Hajjar, Véronique Gilleron,
Florence Saillour-Glenisson, Rachid Salmi, Geneviève Chêne
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Utilisation secondaire
des données biomédicales
 Enjeu important reconnu
 Nombreux travaux
• Recherche clinique et Epidémiologie (EHR4CR –
EURECA – Linked2Safety)
• Vigilances (ALADIN-DTH – SALUS)
 Usage éthique et légal
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Besoins identifiés au CHU de
Bordeaux
 Repérage des patients  Phénotypage
 Détection d’évènements indésirables
 Suivie de cohorte
 Pre-screening et aide à l’inclusion pour la
recherche clinique
 EPP et Qualité de prise en charge
 …
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Interrogation transversale du
système d’information
 Infection du site opératoire (ISO)
• Acte chirurgical
• Bactériologie positive dans les 30 jours ou diagnostic
clinique de l’infection
 Phénotypage
Polyarthrites rhumatoïdes
avec nodules rhumatoïdes
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Nouveaux cas de cancer
pris en charge au CHU
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Usage actuel des données
 Infocentre / Outil décisionnel (BO)
• Direction du Système d’Information  Pilotage Analyse de
Données
 Difficultés liées au dossier patient informatisé (DPI)
• Optimisé pour la saisie  Temps de réponse
• Structure en silo
 Risque de ne pas retrouver certaines informations
• Structure complexe  Où rechercher l’information ?
• Hétérogénéité sémantique
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Hétérogénéité sémantique
M06.4
Ce patient présente depuis 5 ans une polyarthrite rhumatoïde.
On note la présence de nodules rhumatoïdes. Il n’y a pas de
syndrome sec associé
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Algorithmes complexes
• Nombre de nouveaux cas de cancer
au CHU
• Détection d’évènements indésirables
• Nombreuses sources
• Non exhaustives
• Données bruitées
Mise en œuvre très délicate avec les
outils actuels
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Enjeux : Qualité des données
Production
Représentation
Accessibilité
 Représentation
• Description des données du SIH
• Intégration sémantique
 Terminologies de référence
 Hiérarchisation de l’information
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Enjeux : Qualité des données
Production
Représentation
Accessibilité
 Accessibilité
• Utilisateurs  cliniciens / chercheurs
• Traitements automatisés
 Consolidation
 Agrégation
 Détection
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Projet - Entrepôt de données
SIH CHU de bordeaux
Extract
Transform
ETL
Load
Entrepôt
Interfaces
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Algorithmes
…
Extractions
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Entrepôt de données
• Intégration Sémantique
• Terminologies de référence
• Structuration de la représentation
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Finalité
 Valorisation des données du CHU
• Pre-screening / Faisabilité d’études
• Aide à l’inclusion
 Recherche clinique
 Cohortes
 Algorithmes complexes de détection
• Vigilances / Coordination des prélèvements / …
• Autres : 3C, Qualité (EPP, analyse de prise en charge, …)
 Autonomie des cliniciens / chercheurs
• Ergonomie des outils (orientés métiers)
• Sécurité
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Avancement
 Objectif ajouté au Contrat du Pôle de Santé Publique
 Etat des lieux (DSI – PAD) – Partage d’expérience
•
Environnement actuel  Présentation de l’infocentre
•
Présentation Ravel / Entrepôt de données (SIM - ERIAS)
 Anonymisation
 Extraction des données
•
Echange avec le CHU de Rennes
 Connecteurs et scripts d’extractions
 Réplication de base de données
 Intégration sémantique (Pôle de biologie)
•
Analyse des terminologies d’interface de biologie
•
Alignement vers un référentiel sémantique (LOINC)
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Conclusion
 Qualité des données
• Représentation et accessibilité
• Processus de consolidation et d’agrégation
 Partage d’information
• Plateforme territorial de partage
 Standardisation de l’information
 Sémantique
• Lien avec les CRB
 Bio-banques, tumorothèques, données omiques
 Utilisation conjointe avec les données clinique issues du DPI
 Recherche translationnelle
• Masse critique pour les maladies rares
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